Published January 3, 2020
| Version v1
Publication
Open
Peer Review #2 of "Identification of a genome-specific repetitive element in the Gossypium D genome (v0.1)"
Creators
- 1. Gembloux Agro-Bio Tech
- 2. University of Liège
- 3. Cotton Research Institute
- 4. Jaramogi Oginga Odinga University of Science and Technology
- 5. Anyang Institute of Technology
- 6. Tarim University
Description
The activity of genome-specific repetitive sequences is the main cause of genome variation between Gossypium A and D genomes.Through comparative analysis of the two genomes, we retrieved a repetitive element termed ICRd motif, which appears frequently in the diploid Gossypium raimondii (D 5 ) genome but rarely in the diploid Gossypium arboreum (A 2 ) genome.We further explored the existence of the ICRd motif in chromosomes of G. raimondii, G. arboreum, and two tetraploid (AADD) cotton species, Gossypium hirsutum and Gossypium barbadense, by fluorescence in situ hybridization (FISH), and observed that the ICRd motif exists in the D 5 and Dsubgenomes but not in the A 2 and A-subgenomes.The ICRd motif comprises two components, a variable tandem repeat (TR) region and a conservative sequence (CS).The two constituents each have hundreds of repeats that evenly distribute across 13 chromosomes of the D 5 genome.The ICRd motif (and its repeats) was revealed as the common conservative region harbored by ancient Long Terminal Repeat Retrotransposons.Identification and investigation of the ICRd motif promotes the study of A and D genome differences, facilitates research on Gossypium genome evolution, and provides assistance to subgenome identification and genome assembling.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
نشاط التسلسلات المتكررة الخاصة بالجينوم هو السبب الرئيسي لاختلاف الجينوم بين جينوم غوسيبيوم A و D. من خلال التحليل المقارن للجينومين، استرجعنا عنصرًا متكررًا يسمى عزر ICRd، والذي يظهر بشكل متكرر في جينوم Gossypium raimondii ثنائي الصيغة الصبغية (D 5 ) ولكن نادرًا ما يظهر في جينوم Gossypium arboreum ثنائي الصيغة الصبغية (A 2 ). استكشفنا كذلك وجود عزر ICRd في كروموسومات G. raimondii و G. arboreum ونوعين من القطن رباعي الصيغة الصبغية (AADD)، Gossypium hirsutum و Gossypium barbadense، من خلال الفلورة في الموقع التهجين (FISH)، ولاحظ أن عزر ICRd موجود في D 5 و Dsubgenomes ولكن ليس في A 2 و A - subgenomes. يتكون عزر ICRd من مكونين، منطقة تكرار ترادفي متغير (TR) وتسلسل محافظ (CS). يحتوي كل مكون من المكونين على مئات التكرارات التي توزع بالتساوي عبر 13 كروموسومًا من جينوم D 5. تم الكشف عن عزر ICRd (وتكراراته) كمنطقة محافظة مشتركة تأويها الناقلات الرجعية الطويلة المدى القديمة. يعزز تحديد عزر ICRd والتحقيق فيه دراسة اختلافات الجينوم A و D، وتسهل البحث في تطور جينوم Gossypium، وتقدم المساعدة لتحديد الجينوم الفرعي وتجميع الجينوم.Translated Description (French)
L'activité des séquences répétitives spécifiques au génome est la principale cause de variation du génome entre les génomes de Gossypium A et de Gossypium D. Grâce à une analyse comparative des deux génomes, nous avons récupéré un élément répétitif appelé motif ICRd, qui apparaît fréquemment dans le génome diploïde de Gossypium raimondii (D 5 ) mais rarement dans le génome diploïde de Gossypium arboreum (A 2 ). Nous avons exploré plus en détail l'existence du motif ICRd dans les chromosomes de G. raimondii, G. arboreum et de deux espèces de coton tétraploïdes (AADD), Gossypium hirsutum et Gossypium barbadense, par fluorescence in situ hybridation (FISH), et a observé que le motif ICRd existe dans les sous-génomes D 5 et D mais pas dans les sous-génomes A 2 et A. Le motif ICRd comprend deux composants, une région de répétition en tandem variable (TR) et une séquence conservatrice (CS). Les deux constituants ont chacun des centaines de répétitions qui se répartissent uniformément sur 13 chromosomes du génome D 5. Le motif ICRd (et ses répétitions) a été révélé comme la région conservatrice commune abritée par les anciens rétrotransposons à répétition longue terminale. L'identification et l'étude du motif ICRd favorisent l'étude des Différences entre les génomes A et D, facilite la recherche sur l'évolution du génome de Gossypium et fournit une assistance à l'identification et à l'assemblage du génome du sous-génome.Translated Description (Spanish)
La actividad de las secuencias repetitivas específicas del genoma es la principal causa de la variación del genoma entre los genomas de Gossypium A y D. A través del análisis comparativo de los dos genomas, recuperamos un elemento repetitivo denominado motivo ICRd, que aparece con frecuencia en el genoma diploide de Gossypium raimondii (D 5 ) pero rara vez en el genoma diploide de Gossypium arboreum (A 2 ). Exploramos más a fondo la existencia del motivo ICRd en los cromosomas de G. raimondii, G. arboreum y dos especies de algodón tetraploide (AADD), Gossypium hirsutum y Gossypium barbadense, por fluorescencia in situ hibridación (FISH) y observó que el motivo ICRd existe en los subgenomas D 5 y D, pero no en los subgenomas A 2 y A. El motivo ICRd comprende dos componentes, una región de repetición en tándem variable (TR) y una secuencia conservadora (CS). Cada uno de los dos constituyentes tiene cientos de repeticiones que se distribuyen uniformemente a través de 13 cromosomas del genoma D 5. El motivo ICRd (y sus repeticiones) se reveló como la región conservadora común albergada por los antiguos retrotransposones de repetición terminal larga. La identificación e investigación del motivo ICRd promueve el estudio de A y D, facilita la investigación sobre la evolución del genoma de Gossypium y proporciona asistencia para la identificación del subgenoma y el ensamblaje del genoma.Files
submission.pdf
Files
(1.3 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:f4d71945b2450b4cf5b4de4c78040eea
|
1.3 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مراجعة الأقران رقم2 من "تحديد عنصر متكرر خاص بالجينوم في جينوم Gossypium D (v0.1 )"
- Translated title (French)
- Examen par les pairs n °2 de « Identification d'un élément répétitif spécifique au génome dans le génome de Gossypium D (v0.1) »
- Translated title (Spanish)
- Revisión por pares n .º2 de "Identificación de un elemento repetitivo específico del genoma en el genoma de Gossypium D (v0.1)"
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4239588368
- DOI
- 10.7287/peerj.8344v0.1/reviews/2
References
- https://openalex.org/W1832554097
- https://openalex.org/W1974365473
- https://openalex.org/W1976182511
- https://openalex.org/W1986980583
- https://openalex.org/W1995189416
- https://openalex.org/W1997928813
- https://openalex.org/W2000372952
- https://openalex.org/W2002459433
- https://openalex.org/W2004718349
- https://openalex.org/W2005531417
- https://openalex.org/W2022583339
- https://openalex.org/W2033611197
- https://openalex.org/W2042086471
- https://openalex.org/W2046137036
- https://openalex.org/W2046951653
- https://openalex.org/W2053555525
- https://openalex.org/W2054254276
- https://openalex.org/W2055058281
- https://openalex.org/W2056715858
- https://openalex.org/W2059864757
- https://openalex.org/W2065461553
- https://openalex.org/W2071501400
- https://openalex.org/W2077252433
- https://openalex.org/W2083047609
- https://openalex.org/W2092026879
- https://openalex.org/W2092882875
- https://openalex.org/W2093776734
- https://openalex.org/W2098466396
- https://openalex.org/W2101844654
- https://openalex.org/W2106959091
- https://openalex.org/W2111743803
- https://openalex.org/W2112814753
- https://openalex.org/W2114179812
- https://openalex.org/W2128018453
- https://openalex.org/W2132584083
- https://openalex.org/W2132926880
- https://openalex.org/W2142678478
- https://openalex.org/W2142972505
- https://openalex.org/W2144430955
- https://openalex.org/W2167737093
- https://openalex.org/W2170613743
- https://openalex.org/W2176111319
- https://openalex.org/W2182016599
- https://openalex.org/W2244364036
- https://openalex.org/W2259334551
- https://openalex.org/W2306224954
- https://openalex.org/W2321749216
- https://openalex.org/W2559191318
- https://openalex.org/W2792921678
- https://openalex.org/W2799389113
- https://openalex.org/W2800524954
- https://openalex.org/W2807924031
- https://openalex.org/W2810116850
- https://openalex.org/W2902012935
- https://openalex.org/W2903091157
- https://openalex.org/W2921474111
- https://openalex.org/W67429121