Published July 27, 2023 | Version v1
Publication Open

Assessment of genetic diversity among native Algerian rabbit populations using microsatellite markers

Creators

  • 1. University of Laghouat
  • 2. Université de Mostaganem
  • 3. Universidade do Porto
  • 4. Ministry of Agriculture and Land Reclamation

Description

Abstract. Having higher adaptability against abiotic stress, which is characterized in rural areas in developing countries, local farm animal genetic resources (FAGRs) are increasingly precarious for random and unsystematic crossing with exotic breeds. In this study, 85 microsatellite loci were utilized to assess genetic diversity among native Algerian rabbits (NARs) sampled from an area of 753 km (from north to south) and 919 km (from east to west). Those distances covered 25 significant geographical points in seven rural areas (El Taref, Mostaganem, Sidi Bel Abbès, M'Sila, Dar Chioukh, Faidh El Botma, and Laghouat). A total of 558 alleles were observed in this study. The highest genetic diversity was registered in the southern direction among NAR populations. The mean number of alleles per locus (MNa) and the inbreeding coefficient (FIS) were highest in Laghouat (4.482 and 0.232), while they were lowest in El Taref (4.000 and 0.149). In the current study, the number of private alleles (Pa) ranged from 9 to 23. In addition, the average of observed heterozygosity (0.427) was lower than the expected value (0.524) due to high levels of inbreeding. The discriminant analysis of principal components (DAPC), the neighbor-joining tree (NJ), and the analysis of STRUCTURE software confirmed the classification of populations according to geographical zones into four main groups (east, west, south, and middle). The results of the current study are useful for breeding improvement and conservation plan research in relation to local animal genetic resources in Algeria.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الخلاصة: نظرًا لزيادة القدرة على التكيف مع الإجهاد اللاأحيائي، والذي يتميز به المناطق الريفية في البلدان النامية، فإن الموارد الوراثية لحيوانات المزرعة المحلية (FAGRs) غير مستقرة بشكل متزايد للعبور العشوائي وغير المنتظم مع السلالات الغريبة. في هذه الدراسة، تم استخدام 85 موقعًا للأقمار الصناعية الدقيقة لتقييم التنوع الجيني بين الأرانب الجزائرية الأصلية (NARs) التي تم أخذ عينات منها من منطقة 753 كم (من الشمال إلى الجنوب) و 919 كم (من الشرق إلى الغرب). غطت تلك المسافات 25 نقطة جغرافية مهمة في سبع مناطق ريفية (الطارف، مستغانم، سيدي بل عباس، المسيلة، دار شيوخ، فيض البطمة، لغوات). لوحظ ما مجموعه 558 أليلًا في هذه الدراسة. تم تسجيل أعلى تنوع وراثي في الاتجاه الجنوبي بين سكان NAR. كان متوسط عدد الأليلات لكل موضع (MNa) ومعامل التزاوج الداخلي (FIS) هو الأعلى في الأغوات (4.482 و 0.232)، بينما كان الأدنى في الطارف (4.000 و 0.149). في الدراسة الحالية، تراوح عدد الأليلات الخاصة (Pa) من 9 إلى 23. بالإضافة إلى ذلك، كان متوسط تغاير الزيجوت الملحوظ (0.427) أقل من القيمة المتوقعة (0.524) بسبب ارتفاع مستويات التزاوج الداخلي. أكد التحليل التمييزي للمكونات الرئيسية (DAPC)، والشجرة المجاورة (NJ)، وتحليل برنامج البنية تصنيف السكان وفقًا للمناطق الجغرافية إلى أربع مجموعات رئيسية (الشرق والغرب والجنوب والوسط). نتائج الدراسة الحالية مفيدة لبحوث خطة تحسين وحفظ التربية فيما يتعلق بالموارد الوراثية الحيوانية المحلية في الجزائر.

Translated Description (French)

Résumé. Ayant une plus grande adaptabilité contre le stress abiotique, qui est caractérisé dans les zones rurales des pays en développement, les ressources génétiques des animaux d'élevage locaux (RGAA) sont de plus en plus précaires pour les croisements aléatoires et non systématiques avec des races exotiques. Dans cette étude, 85 loci microsatellites ont été utilisés pour évaluer la diversité génétique chez les lapins algériens indigènes (NAR) échantillonnés dans une zone de 753 km (du nord au sud) et de 919 km (d'est en ouest). Ces distances couvraient 25 points géographiques importants dans sept zones rurales (El Taref, Mostaganem, Sidi Bel Abbès, M'Sila, Dar Chioukh, Faidh El Botma et Laghouat). Au total, 558 allèles ont été observés dans cette étude. La diversité génétique la plus élevée a été enregistrée dans la direction sud parmi les populations NAR. Le nombre moyen d'allèles par locus (MNa) et le coefficient de consanguinité (fis) étaient les plus élevés à Laghouat (4,482 et 0,232), tandis qu'ils étaient les plus faibles à El Taref (4,000 et 0,149). Dans la présente étude, le nombre d'allèles privés (Pa) variait de 9 à 23. De plus, la moyenne de l'hétérozygotie observée (0,427) était inférieure à la valeur attendue (0,524) en raison des niveaux élevés de consanguinité. L'analyse discriminante des composantes principales (DAPC), l'arbre de rattachement des voisins (NJ) et l'analyse des logiciels de STRUCTURE ont confirmé la classification des populations selon les zones géographiques en quatre groupes principaux (est, ouest, sud et milieu). Les résultats de la présente étude sont utiles pour l'amélioration de l'élevage et la recherche sur les plans de conservation en relation avec les ressources génétiques animales locales en Algérie.

Translated Description (Spanish)

Resumen. Al tener una mayor adaptabilidad contra el estrés abiótico, que se caracteriza en las zonas rurales de los países en desarrollo, los recursos genéticos de animales de granja locales (FAGR) son cada vez más precarios para el cruce aleatorio y no sistemático con razas exóticas. En este estudio, se utilizaron 85 loci de microsatélites para evaluar la diversidad genética entre conejos argelinos nativos (NAR) muestreados en un área de 753 km (de norte a sur) y 919 km (de este a oeste). Esas distancias cubrieron 25 puntos geográficos significativos en siete áreas rurales (El Taref, Mostaganem, Sidi Bel Abbès, M'Sila, Dar Chioukh, Faidh El Botma y Laghouat). En este estudio se observaron un total de 558 alelos. La mayor diversidad genética se registró en la dirección sur entre las poblaciones NAR. El número medio de alelos por locus (MNa) y el coeficiente de endogamia (FIS) fueron más altos en Laghouat (4.482 y 0.232), mientras que fueron más bajos en El Taref (4.000 y 0.149). En el estudio actual, el número de alelos privados (Pa) varió de 9 a 23. Además, la media de heterocigosis observada (0,427) fue inferior al valor esperado (0,524) debido a los altos niveles de endogamia. El análisis discriminante de componentes principales (DAPC), el árbol de unión de vecinos (NJ) y el análisis del software de ESTRUCTURA confirmaron la clasificación de las poblaciones según las zonas geográficas en cuatro grupos principales (este, oeste, sur y medio). Los resultados del presente estudio son útiles para la mejora de la cría y la investigación del plan de conservación en relación con los recursos zoogenéticos locales en Argelia.

Files

aab-66-207-2023.pdf.pdf

Files (1.4 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5cd1ff5f66da02fefebcc655635c2dab
1.4 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقييم التنوع الجيني بين مجموعات الأرانب الجزائرية الأصلية باستخدام علامات الأقمار الصناعية الصغيرة
Translated title (French)
Évaluation de la diversité génétique parmi les populations de lapins algériens indigènes à l'aide de marqueurs microsatellites
Translated title (Spanish)
Evaluación de la diversidad genética entre las poblaciones de conejos argelinos nativos utilizando marcadores de microsatélites

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4385357082
DOI
10.5194/aab-66-207-2023

Is supplement to
https://openalex.org/W745186178 (Other)
https://openalex.org/W4385805745 (Other)
https://openalex.org/W4220835978 (Other)
https://openalex.org/W2902818519 (Other)
https://openalex.org/W2390398602 (Other)
https://openalex.org/W2370691381 (Other)
https://openalex.org/W2366524928 (Other)
https://openalex.org/W2364905502 (Other)
https://openalex.org/W2358541894 (Other)
https://openalex.org/W2352675633 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Egypt

References

  • https://openalex.org/W1991931658
  • https://openalex.org/W2027190829
  • https://openalex.org/W2032094921
  • https://openalex.org/W2058701464
  • https://openalex.org/W2098126593
  • https://openalex.org/W2107473082
  • https://openalex.org/W2127396309
  • https://openalex.org/W2127567559
  • https://openalex.org/W2133504796
  • https://openalex.org/W2136197631
  • https://openalex.org/W2150080263
  • https://openalex.org/W2158271301
  • https://openalex.org/W2161339576
  • https://openalex.org/W2219554167
  • https://openalex.org/W2601123149
  • https://openalex.org/W2606250850
  • https://openalex.org/W2607886940
  • https://openalex.org/W2783512980
  • https://openalex.org/W2795215619
  • https://openalex.org/W2795809221
  • https://openalex.org/W2885084682
  • https://openalex.org/W2888106544
  • https://openalex.org/W2889677856
  • https://openalex.org/W2891404788
  • https://openalex.org/W2980767418
  • https://openalex.org/W3001002587
  • https://openalex.org/W3007362851
  • https://openalex.org/W3033351656
  • https://openalex.org/W3034204432
  • https://openalex.org/W3034971708
  • https://openalex.org/W3039568717
  • https://openalex.org/W3120073948
  • https://openalex.org/W3132644980
  • https://openalex.org/W3168612758
  • https://openalex.org/W3183469995
  • https://openalex.org/W3194963163
  • https://openalex.org/W4205591916
  • https://openalex.org/W4223417816
  • https://openalex.org/W4223929155
  • https://openalex.org/W4245029845
  • https://openalex.org/W4247314459
  • https://openalex.org/W4292651668
  • https://openalex.org/W4299498251
  • https://openalex.org/W4379793169