Published January 1, 2017 | Version v1
Publication Open

Proficiency of data interpretation: identification of signaling SNPs/specific loci for coronary artery disease

Creators

  • 1. University of Faisalabad
  • 2. National University of Sciences and Technology
  • 3. University of Pittsburgh

Description

Coronary artery disease (CAD) is a complex disorder involving both genetic and non-genetic factors. Genome-wide association studies (GWAS) have identified hundreds of single nucleotides polymorphisms (SNPs) tagging over > 40 CAD risk loci. We hypothesized that some non-coding variants might directly regulate the gene expression rather than tagging a nearby locus. We used RegulomeDB to examine regulatory functions of 58 SNPs identified in two GWAS and those SNPs in linkage disequilibrium (LD) (r2 ≥ 0.80) with the GWAS SNPs. Of the tested 1200 SNPs, 858 returned scores of 1–6 by RegulomeDB. Of these 858 SNPs, 97 were predicted to have regulatory functions with RegulomeDB score of < 3. Notably, only 8 of the 97 predicted regulatory variants were genome-wide significant SNPs (LIPA/rs2246833, RegulomeDB score = 1b; ZC3HC1/rs11556924, CYP17A1-CNNM2-NT5C2/rs12413409, APOE-APOC1/rs2075650 and UBE2Z/rs46522, each with a RegulomeDB score = 1f; ZNF259-APOA5-APOA1/rs964184, SMG6/rs2281727 and COL4A1-COL4A2/rs4773144, each with a RegulomeDB score = 2b). The remainder 89 functional SNPs were in linkage disequilibrium with GWAS SNPs. This study supports the hypothesis that some of the non-coding variants are true signals via regulation of gene expression at transcription level. Our study indicates that RegulomeDB is a useful database to examine the putative functions of large number of genetic variants and it may help to identify a true association among multiple tagged SNPs in a complex disease, such as CAD. http://www.regulomedb.org/;https://www.broadinstitute.org/mpg/snap/

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

مرض الشريان التاجي (CAD) هو اضطراب معقد ينطوي على عوامل وراثية وغير وراثية. حددت دراسات الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS) مئات من الأشكال المتعددة للنيوكليوتيدات المفردة (SNPs) التي تحتوي على أكثر من 40 موقع خطر CAD. افترضنا أن بعض المتغيرات غير المشفرة قد تنظم التعبير الجيني بشكل مباشر بدلاً من وضع علامة على موضع قريب. استخدمنا RegulomeDB لفحص الوظائف التنظيمية لـ 58 SNPs المحددة في اثنين من GWAS وتلك SNPs في اختلال التوازن الرابط (LD) (r2 ≥ 0.80) مع GWAS SNPs. من بين 1200 SNPs التي تم اختبارها، أعاد 858 درجة من 1–6 من قبل RegulomeDB. من بين 858 SNPs، كان من المتوقع أن يكون لـ 97 وظيفة تنظيمية مع درجة RegulomeDB < 3. والجدير بالذكر أن 8 فقط من 97 متغيرًا تنظيميًا متوقعًا كانت عبارة عن SNPs مهمة على مستوى الجينوم (LIPA/rs2246833، درجة RegulomeDB = 1b ؛ ZC3HC1/rs11556924، CYP17A1 - CNNM2 - NT5C2/rs12413409، APOE - APOC1/rs2075650 و UBE2Z/rs46522، كل منها بدرجة RegulomeDB = 1f ؛ ZNF259 - APOA5 - APOA1/rs964184، SMG6/rs2281727 و COL4A1 - COL4A2/rs4773144، كل منها بدرجة RegulomeDB = 2b). أما ما تبقى من 89 SNPs وظيفية فكانت في حالة اختلال توازن مع GWAS SNPs. تدعم هذه الدراسة الفرضية القائلة بأن بعض المتغيرات غير المشفرة هي إشارات حقيقية من خلال تنظيم التعبير الجيني على مستوى النسخ. تشير دراستنا إلى أن قاعدة بيانات RegulomeDB هي قاعدة بيانات مفيدة لفحص الوظائف المفترضة لعدد كبير من المتغيرات الجينية وقد تساعد في تحديد ارتباط حقيقي بين العديد من النيوكلوتايد الموسومة في مرض معقد، مثل CAD. http://www.regulomedb.org/ ؛https://www.broadinstitute.org/mpg/snap/

Translated Description (French)

La coronaropathie (CAD) est une maladie complexe impliquant à la fois des facteurs génétiques et non génétiques. Les études d'association à l'échelle du génome (GWAS) ont identifié des centaines de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) marquant plus de 40 locus de risque de coronaropathie. Nous avons émis l'hypothèse que certaines variantes non codantes pourraient réguler directement l'expression des gènes plutôt que de marquer un locus voisin. Nous avons utilisé RegulomeDB pour examiner les fonctions réglementaires de 58 SNP identifiés dans deux GWAS et les SNP en déséquilibre de liaison (LD) (r2 ≥ 0,80) avec les SNP GWAS. Sur les 1200 SNP testés, 858 ont retourné des scores de 1 à 6 par RegulomeDB. Parmi ces 858 SNP, 97 devaient avoir des fonctions régulatrices avec un score RegulomeDB < 3. Notamment, seulement 8 des 97 variants régulateurs prédits étaient des SNP significatifs à l'échelle du génome (LIPA/rs2246833, score RegulomeDB = 1b ; ZC3HC1/rs11556924, CYP17A1-CNNM2-NT5C2/rs12413409, APOE-APOC1/rs2075650 et UBE2Z/rs46522, chacun avec un score RegulomeDB = 1f ; ZNF259-APOA5-APOA1/rs964184, SMG6/rs2281727 et COL4A1-COL4A2/rs4773144, chacun avec un score RegulomeDB = 2b). Les 89 SNP fonctionnels restants étaient en déséquilibre de liaison avec les SNP GWAS. Cette étude soutient l'hypothèse que certains des variants non codants sont de vrais signaux via la régulation de l'expression génique au niveau de la transcription. Notre étude indique que RegulomeDB est une base de données utile pour examiner les fonctions putatives d'un grand nombre de variants génétiques et qu'elle peut aider à identifier une véritable association entre plusieurs SNP marqués dans une maladie complexe, telle que CAD. http://www.regulomedb.org/ ;https://www.broadinstitute.org/mpg/snap/

Translated Description (Spanish)

La enfermedad arterial coronaria (EAC) es un trastorno complejo que involucra factores genéticos y no genéticos. Los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) han identificado cientos de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) que marcan más de > 40 loci de riesgo de CAD. Planteamos la hipótesis de que algunas variantes no codificantes podrían regular directamente la expresión génica en lugar de marcar un locus cercano. Utilizamos RegulomeDB para examinar las funciones reguladoras de 58 SNP identificados en dos GWAS y aquellos SNP en desequilibrio de ligamiento (LD) (r2 ≥ 0.80) con los SNP de GWAS. De los 1200 SNP evaluados, 858 obtuvieron puntuaciones de 1–6 por RegulomeDB. De estos 858 SNP, se predijo que 97 tenían funciones reguladoras con una puntuación de RegulomeDB de < 3. En particular, solo 8 de las 97 variantes reguladoras predichas fueron SNP significativos en todo el genoma (LIPA/rs2246833, puntuación RegulomeDB = 1b; ZC3HC1/rs11556924, CYP17A1-CNNM2-NT5C2/rs12413409, APOE-APOC1/rs2075650 y UBE2Z/rs46522, cada uno con una puntuación RegulomeDB = 1f; ZNF259-APOA5-APOA1/rs964184, SMG6/rs2281727 y COL4A1-COL4A2/rs4773144, cada uno con una puntuación RegulomeDB = 2b). Los 89 SNP funcionales restantes estaban en desequilibrio de ligamiento con los SNP de GWAS. Este estudio respalda la hipótesis de que algunas de las variantes no codificantes son señales verdaderas a través de la regulación de la expresión génica a nivel de transcripción. Nuestro estudio indica que RegulomeDB es una base de datos útil para examinar las funciones putativas de un gran número de variantes genéticas y puede ayudar a identificar una verdadera asociación entre múltiples SNP etiquetados en una enfermedad compleja, como CAD. http://www.regulomedb.org/;https://www.broadinstitute.org/mpg/snap/

Files

bax078.pdf.pdf

Files (93 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
93 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
إجادة تفسير البيانات: تحديد الإشارات SNPs/مواضع محددة لمرض الشريان التاجي
Translated title (French)
Maîtrise de l'interprétation des données : identification des SNP de signalisation/locus spécifiques pour les maladies coronariennes
Translated title (Spanish)
Competencia en la interpretación de datos: identificación de SNP de señalización/loci específicos para la enfermedad arterial coronaria

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2786051698
DOI
10.1093/database/bax078

Is supplement to
https://openalex.org/W4386782890 (Other)
https://openalex.org/W4327743144 (Other)
https://openalex.org/W4313320911 (Other)
https://openalex.org/W4245077728 (Other)
https://openalex.org/W3210948575 (Other)
https://openalex.org/W3183204001 (Other)
https://openalex.org/W3153862770 (Other)
https://openalex.org/W3045443958 (Other)
https://openalex.org/W2607424049 (Other)
https://openalex.org/W2185941092 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W1487581481
  • https://openalex.org/W195118571
  • https://openalex.org/W1984737558
  • https://openalex.org/W1986682972
  • https://openalex.org/W1989541725
  • https://openalex.org/W1996671557
  • https://openalex.org/W1997639391
  • https://openalex.org/W2002726934
  • https://openalex.org/W2012697072
  • https://openalex.org/W2039360623
  • https://openalex.org/W2045919621
  • https://openalex.org/W2046075288
  • https://openalex.org/W2049733019
  • https://openalex.org/W2050838276
  • https://openalex.org/W2058401000
  • https://openalex.org/W2060075610
  • https://openalex.org/W2063040470
  • https://openalex.org/W2065435420
  • https://openalex.org/W2072138640
  • https://openalex.org/W2085218211
  • https://openalex.org/W2092398847
  • https://openalex.org/W2095821741
  • https://openalex.org/W2097572487
  • https://openalex.org/W2125418295
  • https://openalex.org/W2125550416
  • https://openalex.org/W2127368042
  • https://openalex.org/W2128476271
  • https://openalex.org/W2139087021
  • https://openalex.org/W2141820415
  • https://openalex.org/W2154990905
  • https://openalex.org/W2166853391
  • https://openalex.org/W2189189168
  • https://openalex.org/W2238851414
  • https://openalex.org/W2318823386
  • https://openalex.org/W2731273929
  • https://openalex.org/W2741287998
  • https://openalex.org/W4210821588