Published September 1, 2020 | Version v1
Publication Open

Assessment of Yam mild mosaic virus coat protein gene sequence diversity reveals the prevalence of cosmopolitan and African group of isolates in Ghana and Nigeria

Creators

  • 1. International Institute of Tropical Agriculture
  • 2. National Root Crops Research Institute
  • 3. University of Ibadan
  • 4. Council for Scientific and Industrial Research
  • 5. University of Greenwich
  • 6. Natural Resources Institute

Description

This study analyzed the genetic diversity of 18 Yam mild mosaic virus (YMMV, genus Potyvirus) isolates collected from field surveys in Ghana (N = 8) and Nigeria (N = 10) in 2012-13. The full coat protein (CP) encoding region of the virus genome was sequenced and used for comparison and phylogenetic analysis of the YMMV isolates available in the NCBI nucleotide database. The mean nucleotide (nt) diversity was 13.4% among the 18 isolates (17 from D. alata and one from D. rotundata), 11.4% within the isolates of Ghana and 7.4% within the isolates of Nigeria. The phylogenetic clustering of the 18 YMMV isolates did not show correlation with the country of origin, and they aligned with the reference sequences of four of the 11 YMMV monophyletic groups representing the cosmopolitan group and the African group of YMMV isolates. High sequence homology of 99% between the YMMV sequence from Nigeria (CP12-DaN6-1) and a previously reported sequence from Togo (GenBank Accession Number AF548514) suggests a prevalence of seed-borne virus spread within the region. Understanding YMMV sequence diversity in West Africa aid in the improvement of diagnostic assays necessary for virus indexing and seed certification.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

حللت هذه الدراسة التنوع الجيني لعزلات 18 فيروس يام الفسيفسائي الخفيف (YMMV، جنس Potyvirus) التي تم جمعها من المسوحات الميدانية في غانا (N = 8) ونيجيريا (N = 10) في 2012-2013. تم تسلسل منطقة ترميز بروتين الغلاف الكامل لجينوم الفيروس واستخدامها للمقارنة والتحليل الوراثي لعزلات YMMV المتوفرة في قاعدة بيانات النوكليوتيدات NCBI. كان متوسط تنوع النيوكليوتيدات (NT) 13.4 ٪ من بين 18 عزلًا (17 من D. alata وواحد من D. rotundata)، و 11.4 ٪ داخل عزلات غانا و 7.4 ٪ داخل عزلات نيجيريا. لم يُظهر التجميع الوراثي لعزلات YMMV الـ 18 ارتباطًا ببلد المنشأ، كما أنها تتماشى مع التسلسلات المرجعية لأربعة من مجموعات YMMV أحادية العرق الـ 11 التي تمثل المجموعة العالمية والمجموعة الأفريقية لعزلات YMMV. يشير التماثل العالي للتسلسل بنسبة 99 ٪ بين تسلسل YMMV من نيجيريا (CP12 - DaN6 -1) وتسلسل تم الإبلاغ عنه سابقًا من توغو (رقم انضمام بنك الجينات AF548514) إلى انتشار الفيروس المنقول بالبذور داخل المنطقة. يساعد فهم تنوع تسلسل YMMV في غرب إفريقيا في تحسين المقايسات التشخيصية اللازمة لفهرسة الفيروسات واعتماد البذور.

Translated Description (French)

Cette étude a analysé la diversité génétique de 18 isolats du virus de la mosaïque légère de l'Yam (YMMV, genre Potyvirus) recueillis lors d'enquêtes sur le terrain au Ghana (N = 8) et au Nigéria (N = 10) en 2012-2013. La région codant pour la protéine d'enveloppe complète (CP) du génome du virus a été séquencée et utilisée pour la comparaison et l'analyse phylogénétique des isolats de YMMV disponibles dans la base de données nucléotidiques du NCBI. La diversité nucléotidique moyenne (nt) était de 13,4 % parmi les 18 isolats (17 de D. alata et un de D. rotundata), de 11,4 % dans les isolats du Ghana et de 7,4 % dans les isolats du Nigéria. Le regroupement phylogénétique des 18 isolats YMMV n'a pas montré de corrélation avec le pays d'origine, et ils se sont alignés avec les séquences de référence de quatre des 11 groupes monophylétiques YMMV représentant le groupe cosmopolite et le groupe africain des isolats YMMV. Une homologie de séquence élevée de 99 % entre la séquence YMMV du Nigéria (CP12-DaN6-1) et une séquence précédemment signalée du Togo (GenBank Accession Number AF548514) suggère une prévalence de la propagation du virus transmis par les semences dans la région. Comprendre la diversité des séquences YMMV en Afrique de l'Ouest aide à l'amélioration des tests de diagnostic nécessaires à l'indexation des virus et à la certification des semences.

Translated Description (Spanish)

Este estudio analizó la diversidad genética de 18 aislados del virus del mosaico leve del ñame (YMMV, género Potyvirus) recolectados de estudios de campo en Ghana (N = 8) y Nigeria (N = 10) en 2012-13. La región codificante de la proteína de cubierta completa (CP) del genoma del virus se secuenció y se utilizó para la comparación y el análisis filogenético de los aislados de YMMV disponibles en la base de datos de nucleótidos del NCBI. La diversidad media de nucleótidos (nt) fue del 13,4% entre los 18 aislados (17 de D. alata y uno de D. rotundata), el 11,4% dentro de los aislados de Ghana y el 7,4% dentro de los aislados de Nigeria. El agrupamiento filogenético de los 18 aislados de YMMV no mostró correlación con el país de origen, y se alinearon con las secuencias de referencia de cuatro de los 11 grupos monofiléticos de YMMV que representan el grupo cosmopolita y el grupo africano de aislados de YMMV. Una alta homología de secuencia del 99% entre la secuencia de YMMV de Nigeria (CP12-DaN6-1) y una secuencia previamente informada de Togo (número de acceso de GenBank AF548514) sugiere una prevalencia de propagación del virus transmitido por semillas dentro de la región. Comprender la diversidad de secuencias de YMMV en África Occidental ayuda a mejorar los ensayos de diagnóstico necesarios para la indexación de virus y la certificación de semillas.

Files

28353%20SILVA_Assessment_of_Yam_Mild_Mosaic_Virus_%28OA%29_2020.pdf.pdf

Files (1.3 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b6c179838ece47015cd7126ab03af73b
1.3 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقييم تنوع تسلسل الجينات البروتينية لفيروس يام الفسيفسائي المعتدل يكشف عن انتشار مجموعة العزلات العالمية والأفريقية في غانا ونيجيريا
Translated title (French)
L'évaluation de la diversité des séquences géniques des protéines de l'enveloppe du virus de la mosaïque légère de l'igname révèle la prévalence des groupes d'isolats cosmopolites et africains au Ghana et au Nigeria
Translated title (Spanish)
La evaluación de la diversidad de la secuencia génica de la proteína de la cubierta del virus del mosaico leve del ñame revela la prevalencia de aislados cosmopolitas y africanos en Ghana y Nigeria

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3026809110
DOI
10.1016/j.cpb.2020.100156

Is supplement to
https://openalex.org/W3080949602 (Other)
https://openalex.org/W2258157464 (Other)
https://openalex.org/W2046755703 (Other)
https://openalex.org/W2588162075 (Other)
https://openalex.org/W2068321275 (Other)
https://openalex.org/W1805906318 (Other)
https://openalex.org/W132651337 (Other)
https://openalex.org/W2033381726 (Other)
https://openalex.org/W2026462909 (Other)
https://openalex.org/W2314757260 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Nigeria

References

  • https://openalex.org/W772918311
  • https://openalex.org/W1555086867
  • https://openalex.org/W1972311819
  • https://openalex.org/W1989208180
  • https://openalex.org/W1996423252
  • https://openalex.org/W2008442738
  • https://openalex.org/W2008772045
  • https://openalex.org/W2024460343
  • https://openalex.org/W2025921185
  • https://openalex.org/W2027341070
  • https://openalex.org/W2036215574
  • https://openalex.org/W2063239761
  • https://openalex.org/W2067858818
  • https://openalex.org/W2095724872
  • https://openalex.org/W2097706568
  • https://openalex.org/W2153719179
  • https://openalex.org/W2153754203
  • https://openalex.org/W2158714788
  • https://openalex.org/W2165395904
  • https://openalex.org/W2311203695
  • https://openalex.org/W2782325601
  • https://openalex.org/W2787972865