Published June 15, 2023
| Version v1
Publication
Open
On-Site Sequencing Of Sars-Cov-2 Genomes Identify Two Variant Of Concern Clusters In Pahang, Malaysia
Creators
- 1. Dow University of Health Sciences
Description
Timely variant identification is required in respond to effective public health measures. It has been demonstrated that comprehending genetic epidemiology can be aided by a combination of public health expertise and through viral genomic sequencing using Oxford Nanopore Technologies (ONT). The purpose of this study is to determine the utility of using Oxford Nanopore Sequencing to elucidate the genetic epidemiology in two significant clusters in Pahang, Malaysia. The combined oropharyngeal and nasopharyngeal swabs of clinical specimens from two significant clusters in Pahang, Malaysia, were retrieved for long-read sequencing. Results: We identify Beta and Delta variants as 2 variants of concern from our analysis. We found that the B.1.351 (ß) and B.1.617 (D) variants were responsible for the Taman Tanah Putih Baru and Pasar Kemunting clusters, respectively. In conclusion, ONT long-read sequencing tools offer a practical solution with a number of advantages. ONT devices are compact, affordable, and need little technical hands-on or laboratory equipment to prepare samples. They can also be used to quickly and adaptably execute sequencing analyses and to understand genomic epidemiology.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يلزم تحديد المتغيرات في الوقت المناسب للاستجابة لتدابير الصحة العامة الفعالة. وقد ثبت أن فهم علم الأوبئة الوراثية يمكن أن يساعده مزيج من الخبرة في مجال الصحة العامة ومن خلال التسلسل الجيني الفيروسي باستخدام تقنيات أكسفورد نانوبور (ONT). الغرض من هذه الدراسة هو تحديد فائدة استخدام تسلسل أكسفورد نانوبور لتوضيح علم الأوبئة الوراثية في مجموعتين مهمتين في بهانغ، ماليزيا. تم استرجاع المسحات الفموية البلعومية والأنفية البلعومية المشتركة للعينات السريرية من مجموعتين مهمتين في باهانج، ماليزيا، للتسلسل طويل المدى. النتائج: نحدد متغيرات بيتا ودلتا كمتغيرين مثيرين للقلق من تحليلنا. وجدنا أن المتغيرات B.1.351 (ß) و B.1.617 (D) كانت مسؤولة عن مجموعات Taman Tanah Putih Baru و Pasar Kemunting، على التوالي. في الختام، تقدم أدوات التسلسل طويلة المدى من ONT حلاً عمليًا مع عدد من المزايا. الأجهزة ONT مدمجة وبأسعار معقولة وتحتاج إلى القليل من المعدات العملية أو المختبرية التقنية لإعداد العينات. كما يمكن استخدامها لتنفيذ تحليلات التسلسل بسرعة وبشكل قابل للتكيف وفهم علم الأوبئة الجيني.Translated Description (French)
Une identification rapide des variantes est nécessaire pour répondre à des mesures de santé publique efficaces. Il a été démontré que la compréhension de l'épidémiologie génétique peut être facilitée par une combinaison d'expertise en santé publique et par le séquençage génomique viral à l'aide d'Oxford Nanopore Technologies (ONT). Le but de cette étude est de déterminer l'utilité d'utiliser le séquençage des nanopores d'Oxford pour élucider l'épidémiologie génétique dans deux grappes importantes à Pahang, en Malaisie. Les prélèvements oropharyngés et nasopharyngés combinés d'échantillons cliniques de deux grappes significatives à Pahang, en Malaisie, ont été récupérés pour un séquençage à longue lecture. Résultats : Nous identifions les variants bêta et delta comme 2 variants préoccupants à partir de notre analyse. Nous avons constaté que les variantes B.1.351 (ß) et B.1.617 (D) étaient responsables des grappes Taman Tanah Putih Baru et Pasar Kemunting, respectivement. En conclusion, les outils de séquençage à lecture longue ont offrent une solution pratique avec un certain nombre d'avantages. Les appareils ONT sont compacts, abordables et nécessitent peu d'équipements techniques pratiques ou de laboratoire pour préparer les échantillons. Ils peuvent également être utilisés pour exécuter rapidement et de manière adaptable des analyses de séquençage et pour comprendre l'épidémiologie génomique.Translated Description (Spanish)
Se requiere una identificación oportuna de las variantes para responder a medidas efectivas de salud pública. Se ha demostrado que comprender la epidemiología genética puede ser ayudado por una combinación de experiencia en salud pública y a través de la secuenciación genómica viral utilizando Oxford Nanopore Technologies (ONT). El propósito de este estudio es determinar la utilidad del uso de la secuenciación de nanoporos de Oxford para dilucidar la epidemiología genética en dos grupos significativos en Pahang, Malasia. Los hisopos orofaríngeos y nasofaríngeos combinados de muestras clínicas de dos grupos significativos en Pahang, Malasia, se recuperaron para la secuenciación de lectura larga. Resultados: Identificamos las variantes Beta y Delta como 2 variantes de preocupación de nuestro análisis. Encontramos que las variantes B.1.351 (ß) y B.1.617 (D) fueron responsables de los grupos Taman Tanah Putih Baru y Pasar Kemunting, respectivamente. En conclusión, las herramientas de secuenciación de larga lectura ONT ofrecen una solución práctica con una serie de ventajas. Los dispositivos ONT son compactos, asequibles y necesitan poco equipo técnico práctico o de laboratorio para preparar las muestras. También se pueden utilizar para ejecutar análisis de secuenciación de forma rápida y adaptable y para comprender la epidemiología genómica.Files
2802.pdf
Files
(338.1 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:9ee6da045c7fa62d8093f2a2b9956540
|
338.1 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التسلسل الموقعي لجينوم سارس- كوف-2 يحدد نوعين مختلفين من المجموعات المثيرة للقلق في بهانغ، ماليزيا
- Translated title (French)
- Le séquençage sur site des génomes Sars-Cov-2 identifie deux variantes de grappes de préoccupations à Pahang, en Malaisie
- Translated title (Spanish)
- La secuenciación in situ de los genomas de Sars-Cov-2 identifica dos variantes de grupos de preocupación en Pahang, Malasia
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4382284480
- DOI
- 10.15282/cst.v2i2.8859