Published May 4, 2023 | Version v1
Publication Open

Tissue proteome analysis for profiling proteins associated with lymph node metastasis in gallbladder cancer

Creators

  • 1. Safdarjang Hospital
  • 2. National Institute of Pathology
  • 3. Manipal Academy of Higher Education
  • 4. Jamia Hamdard
  • 5. Institute of Molecular Medicine
  • 6. Govind Ballabh Pant Hospital
  • 7. Institute of Bioinformatics
  • 8. University of Delhi

Description

Abstract Lymph node (LN) metastasis is the earliest sign of metastatic spread and an established predictor of poor outcome in gallbladder cancer (GBC). Patients with LN positive GBC have a significantly worse survival (median survival- 7 months) than patients with LN negative disease (median survival- ~ 23 months) in spite of standard treatment which includes extended surgery followed by chemotherapy, radiotherapy and targeted therapy. This study aims at understanding the underlying molecular processes associated with LN metastasis in GBC. Here, we used iTRAQ-based quantitative proteomic analysis using tissue cohort comprising of primary tumor of LN negative GBC ( n = 3), LN positive GBC ( n = 4) and non-tumor controls (Gallstone disease, n = 4), to identify proteins associated with LN metastasis. A total of 58 differentially expressed proteins (DEPs) were found to be specifically associated with LN positive GBC based on the criteria of p value ≤ 0.05, fold change ≥ 2 and unique peptides ≥ 2. These include the cytoskeleton and associated proteins such as keratin, type II cytoskeletal 7 (KRT7), keratin type I cytoskeletal 19 (KRT19), vimentin (VIM), sorcin (SRI) and nuclear proteins such as nucleophosmin Isoform 1 (NPM1), heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 isoform X1 (HNRNPA2B1). Some of them are reported to be involved in promoting cell invasion and metastasis. Bioinformatic analysis of the deregulated proteins in LN positive GBC using STRING database identified 'neutrophil degranulation' and 'HIF1 activation' to be among the top deregulated pathways. Western blot and IHC analysis showed a significant overexpression of KRT7 and SRI in LN positive GBC in comparison to LN negative GBC. KRT7, SRI and other proteins may be further explored for their diagnostics and therapeutic applications in LN positive GBC.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

نقائل العقد الليمفاوية المجردة (LN) هي أول علامة على الانتشار النقيلي ومؤشر ثابت على ضعف النتيجة في سرطان المرارة (GBC). المرضى الذين يعانون من سرطان الدم اليفعي لديهم بقاء أسوأ بكثير (متوسط البقاء على قيد الحياة - 7 أشهر) من المرضى الذين يعانون من مرض سرطان الدم اليفعي السلبي (متوسط البقاء على قيد الحياة - ~ 23 شهرا) على الرغم من العلاج القياسي الذي يشمل الجراحة الممتدة تليها العلاج الكيميائي والعلاج الإشعاعي والعلاج الموجه. تهدف هذه الدراسة إلى فهم العمليات الجزيئية الأساسية المرتبطة بنقائل LN في GBC. هنا، استخدمنا التحليل البروتيني الكمي القائم على iTRAQ باستخدام مجموعة أنسجة تتكون من ورم أولي من LN سلبي GBC ( ن = 3)، LN إيجابي GBC ( ن = 4) وضوابط غير الورم (مرض الحصاة الصفراوية، ن = 4)، لتحديد البروتينات المرتبطة بنقائل LN. تم العثور على ما مجموعه 58 بروتينًا معبرًا عنها بشكل تفاضلي (DEPs) مرتبطة تحديدًا بـ LN موجب GBC بناءً على معايير قيمة p ≤ 0.05، وتغير الطية ≥ 2 والببتيدات الفريدة ≥ 2. ويشمل ذلك الهيكل الخلوي والبروتينات المرتبطة به مثل الكيراتين، والهيكل الخلوي من النوع الثاني 7 (KRT7)، والهيكل الخلوي من النوع الأول من الكيراتين 19 (KRT19)، والفيمنتين (VIM)، والسورسين (SRI) والبروتينات النووية مثل النيوكليوفوسمين Isoform 1 (NPM1)، والبروتينات النووية غير المتجانسة A2/B1 isoform X1 (HNRNPA2B1). ويقال إن بعضهم يشارك في تعزيز غزو الخلايا والانبثاث. حدد التحليل المعلوماتي الحيوي للبروتينات التي تم تحريرها في خلايا الدم الحمراء الإيجابية باستخدام قاعدة بيانات السلسلة "إزالة حبيبات العدلات" و "تنشيط HIF1" ليكون من بين أفضل المسارات التي تم تحريرها. أظهر تحليل اللطخة الغربية والسكان البشريون الدوليون تعبيرًا مفرطًا كبيرًا عن KRT7 و SRI في LN إيجابية GBC مقارنة بـ LN سلبية GBC. يمكن استكشاف KRT7 و SRI والبروتينات الأخرى بشكل أكبر لتشخيصها وتطبيقاتها العلاجية في LN إيجابية GBC.

Translated Description (French)

Résumé La métastase des ganglions lymphatiques (LN) est le premier signe de propagation métastatique et un prédicteur établi de mauvais résultats dans le cancer de la vésicule biliaire (GBC). Les patients avec un CBG LN positif ont une survie significativement plus faible (survie médiane - 7 mois) que les patients avec une maladie LN négative (survie médiane - ~ 23 mois) malgré le traitement standard qui comprend une chirurgie prolongée suivie d'une chimiothérapie, d'une radiothérapie et d'une thérapie ciblée. Cette étude vise à comprendre les processus moléculaires sous-jacents associés aux métastases LN dans le CBG. Ici, nous avons utilisé une analyse protéomique quantitative basée sur iTRAQ en utilisant une cohorte de tissus comprenant une tumeur primaire de CBG LN négatif ( n = 3), un CBG LN positif ( n = 4) et des témoins non tumoraux (maladie de Gallstone, n = 4), pour identifier les protéines associées à la métastase LN. Un total de 58 protéines exprimées différentiellement (DEP) ont été trouvées spécifiquement associées au CBG LN positif sur la base des critères de valeur de p ≤ 0,05, de changement de pli ≥ 2 et de peptides uniques ≥ 2. Ceux-ci comprennent le cytosquelette et les protéines associées telles que la kératine, le cytosquelette de type II 7 (KRT7), le cytosquelette de type I 19 (KRT19), la vimentine (VIM), la sorcine (SRI) et les protéines nucléaires telles que la nucléophosmine Isoform 1 (NPM1), les ribonucléoprotéines nucléaires hétérogènes A2/B1 isoform X1 (HNRNPA2B1). Certains d'entre eux seraient impliqués dans la promotion de l'invasion cellulaire et des métastases. L'analyse bioinformatique des protéines dérégulées dans le CBG LN positif à l'aide de la base de données STRING a identifié la « dégranulation des neutrophiles » et l '« activation de HIF1 » comme étant parmi les principales voies dérégulées. L'analyse Western blot et IHC a montré une surexpression significative de KRT7 et SRI dans le CBG LN positif par rapport au CBG LN négatif. KRT7, SRI et d'autres protéines peuvent être explorées plus avant pour leurs applications diagnostiques et thérapeutiques dans le CBG LN positif.

Translated Description (Spanish)

Resumen La metástasis en los ganglios linfáticos (LN) es el signo más temprano de diseminación metastásica y un predictor establecido de malos resultados en el cáncer de vesícula biliar (GBC). Los pacientes con GBC positivos para LN tienen una supervivencia significativamente peor (mediana de supervivencia: 7 meses) que los pacientes con enfermedad negativa para LN (mediana de supervivencia: ~ 23 meses) a pesar del tratamiento estándar que incluye cirugía prolongada seguida de quimioterapia, radioterapia y terapia dirigida. Este estudio tiene como objetivo comprender los procesos moleculares subyacentes asociados con la metástasis de LN en GBC. Aquí, utilizamos el análisis proteómico cuantitativo basado en iTRAQ utilizando una cohorte de tejidos que comprende tumores primarios de GBC negativos para LN ( n = 3), GBC positivos para LN ( n = 4) y controles no tumorales (enfermedad de cálculos biliares, n = 4), para identificar proteínas asociadas con metástasis de LN. Se encontró que un total de 58 proteínas expresadas diferencialmente (DEP) estaban asociadas específicamente con GBC positivos para LN en función de los criterios de valor de p ≤ 0.05, cambio en veces ≥ 2 y péptidos únicos ≥ 2. Estos incluyen el citoesqueleto y las proteínas asociadas como la queratina, el citoesqueleto 7 de tipo II (KRT7), el citoesqueleto 19 de tipo I de queratina (KRT19), la vimentina (VIM), la sorcina (SRI) y las proteínas nucleares como la isoforma 1 de nucleofosmina (NPM1), la isoforma X1 de las ribonucleoproteínas nucleares heterogéneas A2/B1 (HNRNPA2B1). Se informa que algunos de ellos están involucrados en la promoción de la invasión celular y la metástasis. El análisis bioinformático de las proteínas desreguladas en GBC positivos para LN utilizando la base de datos STRING identificó la "desgranulación de neutrófilos" y la "activación de HIF1" entre las principales vías desreguladas. El análisis de transferencia Western e IHC mostró una sobreexpresión significativa de KRT7 y SRI en GBC positivos para LN en comparación con GBC negativos para LN. KRT7, SRI y otras proteínas pueden explorarse más a fondo para sus aplicaciones diagnósticas y terapéuticas en GBC positivos para LN.

Files

s12885-023-10840-3.pdf

Files (3.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:4b527c66aae45f40c8553263654a0066
3.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل بروتيوم الأنسجة للبروتينات التنميطية المرتبطة بنقائل العقدة الليمفاوية في سرطان المرارة
Translated title (French)
Analyse du protéome tissulaire pour le profilage des protéines associées à la métastase des ganglions lymphatiques dans le cancer de la vésicule biliaire
Translated title (Spanish)
Análisis del proteoma tisular para el perfilado de proteínas asociadas con la metástasis de ganglios linfáticos en el cáncer de vesícula biliar

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4368364238
DOI
10.1186/s12885-023-10840-3

Is supplement to
https://openalex.org/W3082540237 (Other)
https://openalex.org/W27068978 (Other)
https://openalex.org/W2356054987 (Other)
https://openalex.org/W2349676626 (Other)
https://openalex.org/W2151409808 (Other)
https://openalex.org/W2122657282 (Other)
https://openalex.org/W2047300347 (Other)
https://openalex.org/W2032782814 (Other)
https://openalex.org/W1970743655 (Other)
https://openalex.org/W1942513699 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1587423226
  • https://openalex.org/W1964146204
  • https://openalex.org/W1974992308
  • https://openalex.org/W1988059242
  • https://openalex.org/W1989497479
  • https://openalex.org/W2004270986
  • https://openalex.org/W2004825749
  • https://openalex.org/W2007114497
  • https://openalex.org/W2020950350
  • https://openalex.org/W2044825069
  • https://openalex.org/W2057007264
  • https://openalex.org/W2071945430
  • https://openalex.org/W2095190169
  • https://openalex.org/W2096621059
  • https://openalex.org/W2101125805
  • https://openalex.org/W2128446760
  • https://openalex.org/W2129252880
  • https://openalex.org/W2139887303
  • https://openalex.org/W2147453890
  • https://openalex.org/W2151855684
  • https://openalex.org/W2308521384
  • https://openalex.org/W2398842284
  • https://openalex.org/W2408649823
  • https://openalex.org/W2413854576
  • https://openalex.org/W2524677443
  • https://openalex.org/W2565513642
  • https://openalex.org/W2742500444
  • https://openalex.org/W2745441374
  • https://openalex.org/W2766700932
  • https://openalex.org/W2793716456
  • https://openalex.org/W2888304939
  • https://openalex.org/W2891011884
  • https://openalex.org/W2899621095
  • https://openalex.org/W2900569176
  • https://openalex.org/W2931971040
  • https://openalex.org/W2950371294
  • https://openalex.org/W2978859551
  • https://openalex.org/W2981657634
  • https://openalex.org/W2997856190
  • https://openalex.org/W3018026506
  • https://openalex.org/W3042652350
  • https://openalex.org/W3049245577
  • https://openalex.org/W3087838993
  • https://openalex.org/W3108651801
  • https://openalex.org/W3126365363
  • https://openalex.org/W3135080385
  • https://openalex.org/W3157960208
  • https://openalex.org/W3174567951
  • https://openalex.org/W3202915034
  • https://openalex.org/W4200255350
  • https://openalex.org/W4283017342
  • https://openalex.org/W4313598810