Published February 3, 2023 | Version v1
Publication Open

Chákṣu: A glaucoma specific fundus image database

Creators

  • 1. Manipal Academy of Higher Education
  • 2. Indian Institute of Science Bangalore
  • 3. Kasturba Medical College, Manipal
  • 4. Dr. Ram Manohar Lohia Institute of Medical Sciences
  • 5. Nethradhama Superspeciality Eye Hospital

Description

We introduce Chákṣu-a retinal fundus image database for the evaluation of computer-assisted glaucoma prescreening techniques. The database contains 1345 color fundus images acquired using three brands of commercially available fundus cameras. Each image is provided with the outlines for the optic disc (OD) and optic cup (OC) using smooth closed contours and a decision of normal versus glaucomatous by five expert ophthalmologists. In addition, segmentation ground-truths of the OD and OC are provided by fusing the expert annotations using the mean, median, majority, and Simultaneous Truth and Performance Level Estimation (STAPLE) algorithm. The performance indices show that the ground-truth agreement with the experts is the best with STAPLE algorithm, followed by majority, median, and mean. The vertical, horizontal, and area cup-to-disc ratios are provided based on the expert annotations. Image-wise glaucoma decisions are also provided based on majority voting among the experts. Chákṣu is the largest Indian-ethnicity-specific fundus image database with expert annotations and would aid in the development of artificial intelligence based glaucoma diagnostics.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

نقدم تشاكسو - قاعدة بيانات لصور قاع الشبكية لتقييم تقنيات الفحص المسبق للزرق بمساعدة الكمبيوتر. تحتوي قاعدة البيانات على 1345 صورة قاع ملونة تم الحصول عليها باستخدام ثلاث علامات تجارية من كاميرات قاع المتاحة تجاريًا. يتم تزويد كل صورة بمخططات للقرص البصري (OD) والكوب البصري (OC) باستخدام ملامح مغلقة ناعمة وقرار طبيعي مقابل الجلوكوما من قبل خمسة أطباء عيون خبراء. بالإضافة إلى ذلك، يتم توفير الحقائق الأساسية للتجزئة من خلال دمج التعليقات التوضيحية للخبراء باستخدام خوارزمية المتوسط والوسيط والأغلبية وتقدير مستوى الحقيقة والأداء المتزامن (STAPLE). تُظهر مؤشرات الأداء أن اتفاقية الحقيقة الأساسية مع الخبراء هي الأفضل مع خوارزمية ستابل، تليها الأغلبية والوسيط والمتوسط. يتم توفير نسب الكوب إلى القرص الرأسية والأفقية والمساحة بناءً على تعليقات الخبراء التوضيحية. يتم أيضًا توفير قرارات DrDeramus الحكيمة للصور بناءً على تصويت الأغلبية بين الخبراء. تشاكسو هي أكبر قاعدة بيانات لصور قاع العين خاصة بالعرق الهندي مع تعليقات الخبراء وستساعد في تطوير تشخيصات DrDeramus القائمة على الذكاء الاصطناعي.

Translated Description (English)

We introduce Chákṣu-a retinal fundus image database for the evaluation of computer-assisted glaucoma prescreening techniques. The database contains 1345 color fundus images acquired using three brands of commercially available fundus cameras. Each image is provided with the outlines for the optic disc (OD) and optic cup (OC) using smooth closed contours and a decision of normal versus glaucomatous by five expert ophthalmologists. In addition, segmentation ground-truths of the OD and OC are provided by fusing the expert annotations using the mean, median, majority, and Simultaneous Truth and Performance Level Estimation (STAPLE) algorithm. The performance indices show that the ground-truth agreement with the experts is the best with STAPLE algorithm, followed by majority, median, and mean. The vertical, horizontal, and area cup-to-disc ratios are provided based on the expert annotations. Image-wise glaucoma decisions are also provided based on majority voting among the experts. Chákṣu is the largest Indian-ethnicity-specific fundus image database with expert annotations and would aid in the development of artificial intelligence based glaucoma diagnostics.

Translated Description (French)

Nous présentons Chákṣu, une base de données d'images du fond d'œil rétinien pour l'évaluation des techniques de dépistage préalable du glaucome assisté par ordinateur. La base de données contient 1345 images de fond d'œil en couleur acquises à l'aide de trois marques de caméras de fond d'œil disponibles dans le commerce. Chaque image est fournie avec les contours du disque optique (DO) et de la coupelle optique (CO) en utilisant des contours fermés lisses et une décision de normal contre glaucomateux par cinq ophtalmologistes experts. En outre, les vérités de fond de segmentation de la DO et de l'OC sont fournies en fusionnant les annotations d'experts à l'aide de l'algorithme de moyenne, médiane, majorité et d'estimation simultanée de la vérité et du niveau de performance (STAPLE). Les indices de performance montrent que l'accord terrain-vérité avec les experts est le meilleur avec l'algorithme de STAPLE, suivi de la majorité, de la médiane et de la moyenne. Les rapports coupe/disque verticaux, horizontaux et de surface sont fournis sur la base des annotations d'experts. Les décisions relatives au glaucome en termes d'image sont également fournies sur la base d'un vote à la majorité des experts. Chákṣu est la plus grande base de données d'images de fond d'œil spécifique à l'ethnie indienne avec des annotations d'experts et aiderait au développement de diagnostics de glaucome basés sur l'intelligence artificielle.

Translated Description (Spanish)

Presentamos? kṣu, una base de datos de imágenes del fondo de la retina para la evaluación de técnicas de preselección de glaucoma asistidas por ordenador. La base de datos contiene 1345 imágenes de fondo de ojo en color adquiridas utilizando tres marcas de cámaras de fondo de ojo disponibles comercialmente. Cada imagen se proporciona con los contornos del disco óptico (OD) y la copa óptica (OC) utilizando contornos cerrados lisos y una decisión de normal versus glaucomatoso por parte de cinco oftalmólogos expertos. Además, las verdades básicas de segmentación del OD y el OC se proporcionan fusionando las anotaciones de los expertos utilizando el algoritmo de estimación de la media, la mediana, la mayoría y la estimación simultánea de la verdad y el nivel de rendimiento (STAPLE). Los índices de rendimiento muestran que el acuerdo de verdad fundamental con los expertos es el mejor con el algoritmo STAPLE, seguido de la mayoría, la mediana y la media. Las relaciones de copa a disco verticales, horizontales y de área se proporcionan en función de las anotaciones de los expertos. Las decisiones sobre el glaucoma en función de la imagen también se proporcionan en función del voto mayoritario entre los expertos. ? kṣu es la base de datos de imágenes de fondo de ojo específica de la etnia india más grande con anotaciones de expertos y ayudaría en el desarrollo de diagnósticos de glaucoma basados en inteligencia artificial.

Files

s41597-023-01943-4.pdf.pdf

Files (46.3 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:cd726a3d1712f58473d4f8a14f08ca10
46.3 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تشاكسو: قاعدة بيانات لصور قاع العين خاصة بالجلوكوما
Translated title (English)
Chákṣu: A glaucoma specific fundus image database
Translated title (French)
Chákṣu : une base de données d'images de fond d'œil spécifique au glaucome
Translated title (Spanish)
? kṣu: Una base de datos de imágenes del fondo de ojo específica para el glaucoma

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4319080011
DOI
10.1038/s41597-023-01943-4

Is supplement to
https://openalex.org/W3211522503 (Other)
https://openalex.org/W3149002813 (Other)
https://openalex.org/W3103891644 (Other)
https://openalex.org/W3047343382 (Other)
https://openalex.org/W2942833458 (Other)
https://openalex.org/W2900403221 (Other)
https://openalex.org/W2186399002 (Other)
https://openalex.org/W2177654152 (Other)
https://openalex.org/W2031867636 (Other)
https://openalex.org/W1700148625 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1969496006
  • https://openalex.org/W1974969377
  • https://openalex.org/W1997259062
  • https://openalex.org/W2034786340
  • https://openalex.org/W2054928682
  • https://openalex.org/W2069533927
  • https://openalex.org/W2093545979
  • https://openalex.org/W2095405787
  • https://openalex.org/W2099540110
  • https://openalex.org/W2100756624
  • https://openalex.org/W2101608218
  • https://openalex.org/W2122644916
  • https://openalex.org/W2134857847
  • https://openalex.org/W2148347694
  • https://openalex.org/W2158642611
  • https://openalex.org/W2170203892
  • https://openalex.org/W2489822048
  • https://openalex.org/W2790291405
  • https://openalex.org/W2828862258
  • https://openalex.org/W2944284561
  • https://openalex.org/W2979448322
  • https://openalex.org/W4394159737
  • https://openalex.org/W632231935