Published April 16, 2024
| Version v1
Publication
Open
Impact of the COVID-19 pandemic on the real-world diagnostic infrastructure for tuberculosis—An ESGMYC collaborative study
Creators
- 1. Research Center Borstel - Leibniz Lung Center
- 2. Ştefan cel Mare University of Suceava
- 3. University of Zagreb
- 4. University Hospital Centre Zagreb
- 5. Sorbonne Université
- 6. Assistance Publique – Hôpitaux de Paris
- 7. Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses
- 8. Inserm
- 9. Istituto Nazionale per le Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani
- 10. Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico
- 11. Radboud University Nijmegen
- 12. Radboud University Medical Center
- 13. LMU Klinikum
- 14. Ludwig-Maximilians-Universität München
- 15. London School of Hygiene & Tropical Medicine
- 16. Biomedical Research and Training Institute
- 17. German Center for Infection Research
- 18. University Medical Center Hamburg-Eppendorf
- 19. Universität Hamburg
Description
We determined the impact of the COVID-19 pandemic on mycobacterial diagnostic services. 40 laboratories from 22 countries completed an online questionnaire covering the redeployment of the laboratory infrastructure and/or staff for SARS-CoV-2 testing, staff shortages and supply chain disruptions. 28 laboratories reported monthly numbers of samples processed for mycobacterial investigations and monthly numbers of M . tuberculosis complex (MTBC) PCRs performed between October 1st 2018 and October 31st 2020. More than half (23/40) of the participating TB laboratories reported having performed COVID-19 diagnostics in the early phase of the pandemic, in part with negative impact on the mycobacterial service activities. All participating laboratories reported shortages of consumables and laboratory equipment due to supply chain issues. Average monthly sample numbers decreased by 24% between January 2020 and October 2020 compared to pre-pandemic averages. At the end of the study period, most participating laboratories had not returned to pre-pandemic average MTBC PCR throughput.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
حددنا تأثير جائحة كوفيد-19 على خدمات تشخيص المتفطرات. أكمل 40 مختبرًا من 22 دولة استبيانًا عبر الإنترنت يغطي إعادة نشر البنية التحتية للمختبر و/أو الموظفين لاختبار فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة ونقص الموظفين واضطرابات سلسلة التوريد. أبلغ 28 مختبرًا عن أعداد شهرية من العينات التي تمت معالجتها لفحوصات المتفطرات وأعداد شهرية من PCRs لمجمع السل (MTBC) التي تم إجراؤها بين 1 أكتوبر 2018 و 31 أكتوبر 2020. أفاد أكثر من نصف (23/40) مختبرات السل المشاركة أنها أجرت تشخيصات COVID -19 في المرحلة المبكرة من الوباء، جزئياً مع تأثير سلبي على أنشطة خدمة المتفطرات. أبلغت جميع المختبرات المشاركة عن نقص في المواد الاستهلاكية ومعدات المختبرات بسبب مشاكل سلسلة التوريد. انخفض متوسط أعداد العينات الشهرية بنسبة 24 ٪ بين يناير 2020 وأكتوبر 2020 مقارنة بمتوسطات ما قبل الجائحة. في نهاية فترة الدراسة، لم تعد معظم المختبرات المشاركة إلى متوسط إنتاجية تفاعل البوليميراز المتسلسل قبل الجائحة.Translated Description (French)
Nous avons déterminé l'impact de la pandémie de COVID-19 sur les services de diagnostic mycobactérien. 40 laboratoires de 22 pays ont rempli un questionnaire en ligne couvrant le redéploiement de l'infrastructure de laboratoire et/ou du personnel pour le dépistage du SRAS-CoV-2, les pénuries de personnel et les perturbations de la chaîne d'approvisionnement. 28 laboratoires ont signalé le nombre mensuel d'échantillons traités pour les enquêtes mycobactériennes et le nombre mensuel de PCR du complexe M. tuberculosis (MTBC) effectuées entre le 1er octobre 2018 et le 31 octobre 2020. Plus de la moitié (23/40) des laboratoires de lutte contre la tuberculose participants ont déclaré avoir effectué des diagnostics de COVID-19 au début de la pandémie, en partie avec un impact négatif sur les activités de services mycobactériens. Tous les laboratoires participants ont signalé des pénuries de consommables et d'équipements de laboratoire en raison de problèmes de chaîne d'approvisionnement. Le nombre moyen d'échantillons mensuels a diminué de 24 % entre janvier 2020 et octobre 2020 par rapport aux moyennes d'avant la pandémie. À la fin de la période d'étude, la plupart des laboratoires participants n'étaient pas revenus au débit moyen de PCR MTBC avant la pandémie.Translated Description (Spanish)
Determinamos el impacto de la pandemia de COVID-19 en los servicios de diagnóstico de micobacterias. 40 laboratorios de 22 países completaron un cuestionario en línea que cubre la redistribución de la infraestructura de laboratorio y/o el personal para las pruebas de SARS-CoV-2, la escasez de personal y las interrupciones de la cadena de suministro. 28 laboratorios informaron el número mensual de muestras procesadas para investigaciones de micobacterias y el número mensual de PCR del complejo de M. tuberculosis (MTBC) realizadas entre el 1 de octubre de 2018 y el 31 de octubre de 2020. Más de la mitad (23/40) de los laboratorios de TB participantes informaron haber realizado diagnósticos de COVID-19 en la fase temprana de la pandemia, en parte con un impacto negativo en las actividades del servicio de micobacterias. Todos los laboratorios participantes informaron de escasez de consumibles y equipos de laboratorio debido a problemas en la cadena de suministro. El número medio de muestras mensuales disminuyó un 24% entre enero y octubre de 2020 en comparación con las medias anteriores a la pandemia. Al final del período de estudio, la mayoría de los laboratorios participantes no habían vuelto al rendimiento medio de PCR MTBC previo a la pandemia.Files
journal.pone.0291404&type=printable.pdf
Files
(1.9 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:073bd46d12ad695893d0fa4c93555ada
|
1.9 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تأثير جائحة COVID -19 على البنية التحتية لتشخيص السل في العالم الحقيقي - دراسة تعاونية ESGMYC
- Translated title (French)
- Impact de la pandémie de COVID-19 sur l'infrastructure de diagnostic de la tuberculose dans le monde réel - Une étude collaborative ESGMYC
- Translated title (Spanish)
- Impacto de la pandemia de COVID-19 en la infraestructura de diagnóstico real de la tuberculosis: un estudio colaborativo de ESGMYC
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4394856638
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0291404
References
- https://openalex.org/W188495911
- https://openalex.org/W3009705041
- https://openalex.org/W3033206596
- https://openalex.org/W3041532377
- https://openalex.org/W3098180951
- https://openalex.org/W3129180813
- https://openalex.org/W3162181721
- https://openalex.org/W3164962581
- https://openalex.org/W3168336371
- https://openalex.org/W3195496969
- https://openalex.org/W4220656655
- https://openalex.org/W4233395309