Published May 13, 2022 | Version v1
Publication Open

rs401502 and rs11575934 Polymorphisms of the IL-12 Receptor Beta 1 Gene are Protective Against Colorectal Carcinogenesis

Creators

  • 1. Institut Pasteur de Tunis
  • 2. Tunis University
  • 3. Tunis El Manar University
  • 4. University of Carthage

Description

Background: Colorectal cancer (CRC) is a major public health problem worldwide and in Tunisia. It ranks among the main cancers in terms of incidence and cancer-related cause of death. Its pathogenesis is currently considered to be multifactorial involving genetic and environmental factors. Recent studies have suggested that the gene encoding the β1 subunit of the IL-12 receptor, an important pro-inflammatory cytokine of the anti-tumor response, could be involved in the susceptibility to inherited CRC. Hence, it would be interesting to study the role of single nucleotide polymorphisms (SNPs) within the IL-12RB1 gene (rs401502 and rs11575934) in CRC susceptibility. Aim: Our purpose was to assess whether genetic variants IL-12RB1 +1196G/C (rs401502) and IL-12RB1 +705A/G (rs11575934) within the IL-12RB1 gene are associated with the sporadic CRC risk. Methods: A total of 110 Tunisian patients with sporadic CRC and 141 healthy control subjects were included in this study. Genotyping was performed by high-resolution melting (HRM) analysis. All results were confirmed by direct DNA sequencing or PCR-RFLP methods. Later, the allele frequencies and genotype distribution were established and compared between the control group and CRC patients. Results: The obtained results showed that the two target SNPs were in Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) in both patients and controls. Minor allele frequencies of rs401502 SNP were 16.4% in CRC cases and 23.8% in controls. Mutant allele of rs11575934 SNP was present with 21.4% in CRC patients and 29.8% in control group. An association study showed a significant association of two target polymorphisms with CRC, according to the dominant genetic model with OR = 0.577, 95% CI = [0.343 to 0.972], p = 0.038 and OR = 0.547, 95% CI = [0.328 to 0.911], p = 0.02, respectively. Conclusion: In this study, we found, for the first time, a potential protective effect of two SNPs in the IL-12RB1 gene, namely rs401502 and rs11575934, in sporadic colorectal cancer in Tunisians.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

معلومات أساسية: سرطان القولون والمستقيم هو مشكلة صحية عامة رئيسية في جميع أنحاء العالم وفي تونس. وهو يصنف من بين أنواع السرطان الرئيسية من حيث الإصابة وأسباب الوفاة المرتبطة بالسرطان. يعتبر التسبب في المرض حاليًا متعدد العوامل ينطوي على عوامل وراثية وبيئية. اقترحت الدراسات الحديثة أن الجين الذي يشفر الوحدة الفرعية β 1 لمستقبل IL -12، وهو سيتوكين مهم مؤيد للالتهابات للاستجابة المضادة للورم، يمكن أن يشارك في قابلية الإصابة بـ CRC الموروثة. وبالتالي، سيكون من المثير للاهتمام دراسة دور تعدد أشكال النيوكليوتيدات الأحادية (SNPs) داخل جين IL -12RB1 (rs401502 و rs11575934) في حساسية CRC. الهدف: كان هدفنا هو تقييم ما إذا كانت المتغيرات الجينية IL -12RB1 +1196G/C (rs401502) و IL -12RB1 +705A/G (rs11575934) داخل جين IL -12RB1 مرتبطة بمخاطر CRC المتفرقة. الطرق: تم تضمين ما مجموعه 110 مريضًا تونسيًا مصابًا باتفاقية حقوق الطفل المتفرقة و 141 من الأشخاص الأصحاء الخاضعين للرقابة في هذه الدراسة. تم إجراء التنميط الجيني من خلال تحليل الذوبان عالي الدقة (HRM). تم تأكيد جميع النتائج من خلال تسلسل الحمض النووي المباشر أو طرق تفاعل البوليميراز المتسلسل. في وقت لاحق، تم تحديد ترددات الأليل وتوزيع النمط الجيني ومقارنتها بين المجموعة الضابطة ومرضى CRC. النتائج: أظهرت النتائج التي تم الحصول عليها أن اثنين من SNPs المستهدفة كانا في توازن هاردي واينبرغ (HWE) في كل من المرضى والضوابط. كانت ترددات الأليل الطفيفة لـ rs401502 SNP 16.4 ٪ في حالات CRC و 23.8 ٪ في الضوابط. كان الأليل المتحول لـ rs11575934 SNP موجودًا بنسبة 21.4 ٪ في مرضى CRC و 29.8 ٪ في المجموعة الضابطة. أظهرت دراسة ارتباط وجود ارتباط كبير بين تعدد الأشكال المستهدف مع اتفاقية حقوق الطفل، وفقًا للنموذج الجيني السائد مع OR = 0.577، 95 ٪ CI = [0.343 إلى 0.972]، P = 0.038 و OR = 0.547، 95 ٪ CI = [0.328 إلى 0.911]، P = 0.02، على التوالي. الخلاصة: في هذه الدراسة، وجدنا، لأول مرة، تأثيرًا وقائيًا محتملاً لاثنين من SNPs في جين IL -12RB1، وهما rs401502 و rs11575934، في سرطان القولون والمستقيم المتقطع لدى التونسيين.

Translated Description (French)

Contexte : Le cancer colorectal (CCR) est un problème majeur de santé publique dans le monde et en Tunisie. Il se classe parmi les principaux cancers en termes d'incidence et de cause de décès liée au cancer. Sa pathogenèse est actuellement considérée comme multifactorielle impliquant des facteurs génétiques et environnementaux. Des études récentes ont suggéré que le gène codant pour la sous-unité β1 du récepteur IL-12, une cytokine pro-inflammatoire importante de la réponse antitumorale, pourrait être impliqué dans la sensibilité au CCR héréditaire. Par conséquent, il serait intéressant d'étudier le rôle des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) au sein du gène IL-12RB1 (rs401502 et rs11575934) dans la sensibilité au CCR. Objectif : Notre objectif était d'évaluer si les variants génétiques IL-12RB1 +1196G/C (rs401502) et IL-12RB1 +705A/G (rs11575934) du gène IL-12RB1 sont associés au risque sporadique de CCR. Méthodes : Un total de 110 patients tunisiens atteints de CCR sporadique et 141 sujets témoins sains ont été inclus dans cette étude. Le génotypage a été effectué par analyse de fusion à haute résolution (HRM). Tous les résultats ont été confirmés par séquençage direct de l'ADN ou par des méthodes PCR-RFLP. Plus tard, les fréquences des allèles et la distribution des génotypes ont été établies et comparées entre le groupe témoin et les patients atteints de CCR. Résultats : Les résultats obtenus ont montré que les deux SNP cibles étaient en équilibre de Hardy-Weinberg (HWE) chez les patients et les témoins. Les fréquences alléliques mineures de rs401502 SNP étaient de 16,4 % dans les cas de CCR et de 23,8 % dans les témoins. L'allèle mutant de rs11575934 SNP était présent avec 21,4 % chez les patients atteints de CCR et 29,8 % dans le groupe témoin. Une étude d'association a montré une association significative de deux polymorphismes cibles avec le CCR, selon le modèle génétique dominant avec OR = 0,577, IC à 95 % = [0,343 à 0,972], p = 0,038 et OR = 0,547, IC à 95 % = [0,328 à 0,911], p = 0,02, respectivement. Conclusion : Dans cette étude, nous avons trouvé, pour la première fois, un effet protecteur potentiel de deux SNP dans le gène IL-12RB1, à savoir rs401502 et rs11575934, dans le cancer colorectal sporadique chez les Tunisiens.

Translated Description (Spanish)

Antecedentes: El cáncer colorrectal (CCR) es un importante problema de salud pública en todo el mundo y en Túnez. Se encuentra entre los principales cánceres en términos de incidencia y causa de muerte relacionada con el cáncer. Actualmente se considera que su patogénesis es multifactorial e involucra factores genéticos y ambientales. Estudios recientes han sugerido que el gen que codifica la subunidad β1 del receptor de IL-12, una importante citocina proinflamatoria de la respuesta antitumoral, podría estar implicado en la susceptibilidad al CCR hereditario. Por lo tanto, sería interesante estudiar el papel de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) dentro del gen IL-12RB1 (rs401502 y rs11575934) en la susceptibilidad al CCR. Objetivo: Nuestro propósito fue evaluar si las variantes genéticas IL-12RB1 +1196G/C (rs401502) e IL-12RB1 +705A/G (rs11575934) dentro del gen IL-12RB1 están asociadas con el riesgo de CCR esporádico. Métodos: En este estudio se incluyeron un total de 110 pacientes tunecinos con CCR esporádico y 141 sujetos de control sanos. El genotipado se realizó mediante análisis de fusión de alta resolución (HRM). Todos los resultados se confirmaron mediante secuenciación directa de ADN o métodos PCR-RFLP. Más tarde, se establecieron las frecuencias alélicas y la distribución del genotipo y se compararon entre el grupo de control y los pacientes con CCR. Resultados: Los resultados obtenidos mostraron que los dos SNP objetivo estaban en equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) tanto en pacientes como en controles. Las frecuencias alélicas menores del SNP rs401502 fueron del 16,4% en los casos de CCR y del 23,8% en los controles. El alelo mutante de SNP rs11575934 estaba presente con 21.4% en pacientes con CRC y 29.8% en el grupo de control. Un estudio de asociación mostró una asociación significativa de dos polimorfismos diana con CCR, según el modelo genético dominante con OR = 0,577, IC 95% = [0,343 a 0,972], p = 0,038 y OR = 0,547, IC 95% = [0,328 a 0,911], p = 0,02, respectivamente. Conclusión: En este estudio, encontramos, por primera vez, un posible efecto protector de dos SNP en el gen IL-12RB1, a saber, rs401502 y rs11575934, en el cáncer colorrectal esporádico en tunecinos.

Files

pdf.pdf

Files (638.0 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:1158b35a5ed5ef68cafe5a2cfa7c66d3
638.0 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
rs401502 و rs11575934 تعد تعدد الأشكال لمستقبلات IL -12 بيتا 1 واقية ضد سرطان القولون والمستقيم
Translated title (French)
rs401502 et rs11575934 Les polymorphismes du gène bêta 1 du récepteur IL-12 sont protecteurs contre la carcinogenèse colorectale
Translated title (Spanish)
rs401502 y rs11575934 Los polimorfismos del gen del receptor beta 1 de IL-12 son protectores contra la carcinogénesis colorrectal

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4280652605
DOI
10.3389/fgene.2022.864419

Is supplement to
https://openalex.org/W1967821671 (Other)
https://openalex.org/W3030842346 (Other)
https://openalex.org/W2374019147 (Other)
https://openalex.org/W1969795570 (Other)
https://openalex.org/W2125789691 (Other)
https://openalex.org/W2063781606 (Other)
https://openalex.org/W2015369371 (Other)
https://openalex.org/W2370262613 (Other)
https://openalex.org/W4290263427 (Other)
https://openalex.org/W2060097039 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Tunisia

References

  • https://openalex.org/W822279670
  • https://openalex.org/W1500141139
  • https://openalex.org/W1531168526
  • https://openalex.org/W1594610456
  • https://openalex.org/W1820818689
  • https://openalex.org/W1966224736
  • https://openalex.org/W1967595513
  • https://openalex.org/W1981038069
  • https://openalex.org/W1990639778
  • https://openalex.org/W2016415903
  • https://openalex.org/W2019275773
  • https://openalex.org/W2026519359
  • https://openalex.org/W2044325609
  • https://openalex.org/W2046269089
  • https://openalex.org/W2061403472
  • https://openalex.org/W2082599522
  • https://openalex.org/W2084001707
  • https://openalex.org/W2085852125
  • https://openalex.org/W2088975602
  • https://openalex.org/W2118094114
  • https://openalex.org/W2121717907
  • https://openalex.org/W2123487582
  • https://openalex.org/W2132445166
  • https://openalex.org/W2145676989
  • https://openalex.org/W2156872221
  • https://openalex.org/W2399139987
  • https://openalex.org/W2605709726
  • https://openalex.org/W2655728305
  • https://openalex.org/W2765914354
  • https://openalex.org/W2775682443
  • https://openalex.org/W2802597629
  • https://openalex.org/W2888432580
  • https://openalex.org/W2893036042
  • https://openalex.org/W2899367630
  • https://openalex.org/W2901219667
  • https://openalex.org/W2902009844
  • https://openalex.org/W2905299769
  • https://openalex.org/W2939065081
  • https://openalex.org/W2943631130
  • https://openalex.org/W2946321956
  • https://openalex.org/W2970355164
  • https://openalex.org/W3007958496
  • https://openalex.org/W3010908101
  • https://openalex.org/W3031647965
  • https://openalex.org/W3088848045
  • https://openalex.org/W3128646645