Published January 1, 2011
| Version v1
Publication
Open
Using Randomly Amplified Polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction of <i>Barbodes</i> spp. in Thailand
Creators
- 1. Kalasin University
- 2. Rajamangala University of Technology Isan
- 3. Mahasarakham University
Description
Problem statement: The genetic diversity of Barbodes species in Thailand is presently unavailable. The objectives of this study were to study external morphology and genetic diversity using Randomly Amplified Polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction (RAPD-PCR) of three Barbodes species; Barbodes altus, B. gonionotus and Barbodes sp. Approach: Two of twelve screened decanucleotide primers (OPA07 and UBC122), were selected for the genetic analysis of Barbodes genera. Results: Thirty-five reproducible and polymorphic fragments (250-2150 bp in length) were generated across the investigated species. The percentages of polymorphic band were 7.69, 3.85 and 6.25% for B. altus, B. gonionotus and Barbodes sp., respectively. The UPGMA indicated a similarity coefficient between B. gonionotus and Barbodes sp. up to 90%. The candidate species-specific marker of UBC122 primer was found in only Barbodes sp. Conclusion: This approach indicates that Barbodes sp. may be a variant species of B. gonionotus.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
بيان المشكلة: التنوع الجيني لأنواع باربود في تايلاند غير متوفر في الوقت الحالي. كانت أهداف هذه الدراسة هي دراسة التشكل الخارجي والتنوع الوراثي باستخدام تفاعل سلسلة البلمرة والحمض النووي متعدد الأشكال المضخم عشوائيًا (RAPD - PCR) لثلاثة أنواع من الباربودات ؛ باربودس ألتوس، ب. غونيونوتوس وباربودس سب. النهج: تم اختيار اثنين من اثني عشر من بادئات ثنائي النوكليوتيد التي تم فحصها (OPA07 و UBC122) للتحليل الجيني لأجناس الباربودات. النتائج: تم توليد خمسة وثلاثين شظية قابلة للتكاثر ومتعددة الأشكال (طولها 250-2150 نقطة أساس) عبر الأنواع التي تم فحصها. كانت النسب المئوية للشريط متعدد الأشكال 7.69 و 3.85 و 6.25 ٪ لـ B. altus و B. gonionotus و Barbodes sp.، على التوالي. أشار UPGMA إلى معامل تشابه بين B. gonionotus و Barbodes sp. يصل إلى 90 ٪. تم العثور على العلامة الخاصة بالأنواع المرشحة لطلاء UBC122 التمهيدي في Barbodes sp فقط. الاستنتاج: يشير هذا النهج إلى أن الباربودات sp. قد تكون نوعًا مختلفًا من B. gonionotus.Translated Description (French)
Énoncé du problème : La diversité génétique des espèces de Barbodes en Thaïlande est actuellement indisponible. Les objectifs de cette étude étaient d'étudier la morphologie externe et la diversité génétique en utilisant la réaction en chaîne ADN polymorphique amplifiée aléatoirement (RAPD-PCR) de trois espèces de Barbodes ; Barbodes altus, B. gonionotus et Barbodes sp. Approche : Deux des douze amorces décanucléotidiques criblées (OPA07 et UBC122) ont été sélectionnées pour l'analyse génétique des genres Barbodes. Résultats : Trente-cinq fragments reproductibles et polymorphes (250-2150 pb de longueur) ont été générés parmi les espèces étudiées. Les pourcentages de bande polymorphe étaient de 7,69, 3,85 et 6,25 % pour B. altus, B. gonionotus et Barbodes sp., respectivement. L'UPGMA a indiqué un coefficient de similarité entre B. gonionotus et Barbodes sp. allant jusqu'à 90%. Le marqueur spécifique à l'espèce candidate de l'amorce UBC122 n'a été trouvé que dans Barbodes sp. Conclusion : Cette approche indique que Barbodes sp. peut être une espèce variante de B. gonionotus.Translated Description (Spanish)
Declaración del problema: La diversidad genética de las especies de Barbodes en Tailandia no está disponible actualmente. Los objetivos de este estudio fueron estudiar la morfología externa y la diversidad genética utilizando la reacción en cadena de la ADN polimerasa polimórfica amplificada aleatoriamente (RAPD-PCR) de tres especies de Barbodes; Barbodes altus, B. gonionotus y Barbodes sp. Enfoque: Se seleccionaron dos de los doce cebadores decanucleotídicos seleccionados (OPA07 y UBC122) para el análisis genético de los géneros Barbodes. Resultados: Se generaron treinta y cinco fragmentos reproducibles y polimórficos (250-2150 pb de longitud) en las especies investigadas. Los porcentajes de banda polimórfica fueron 7,69, 3,85 y 6,25% para B. altus, B. gonionotus y Barbodes sp., respectivamente. La UPGMA indicó un coeficiente de similitud entre B. gonionotus y Barbodes sp. de hasta el 90%. El marcador específico de la especie candidata del cebador UBC122 se encontró solo en Barbodes sp. Conclusión: Este enfoque indica que Barbodes sp. puede ser una especie variante de B. gonionotus.Files
ojbsci.2011.1.6.pdf.pdf
Files
(107.7 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:932d702c9396fc9348c27cf7952b8f0b
|
107.7 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- استخدام تفاعل سلسلة الحمض النووي متعدد الأشكال والبوليميراز المضخم عشوائيًا من <i>الباربودات </ i> spp. في تايلاند
- Translated title (French)
- Utilisation de la réaction en chaîne ADN-polymérase polymorphe amplifiée aléatoirement de <i>Barbodes </i> spp. en Thaïlande
- Translated title (Spanish)
- Uso de la reacción en cadena de la ADN polimerasa polimórfica amplificada aleatoriamente de <i>Barbodes</i> spp. en Tailandia
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2062065299
- DOI
- 10.3844/ojbsci.2011.1.6
References
- https://openalex.org/W1513717105
- https://openalex.org/W1972628735
- https://openalex.org/W1980590811
- https://openalex.org/W2032689526
- https://openalex.org/W2171114940
- https://openalex.org/W2612032254
- https://openalex.org/W577087891