Published August 4, 2023
| Version v1
Publication
Open
Peer Review #1 of "Metagenomics of African Empogona and Tricalysia (Rubiaceae) reveals the presence of leaf endophytes (v0.1)"
Creators
- 1. Ghent University
- 2. Politecnica Salesiana University
- 3. Pontificia Universidad Católica del Ecuador
- 4. University of Montpellier
- 5. Diversité, adaptation, développement des plantes
- 6. Universidad Autonoma de Manizales
Description
Background.Leaf symbiosis is a phenomenon in which host plants of Rubiaceae interact with bacterial endophytes within their leaves.To date, it has been found in around 650 species belonging to 8 genera in 4 tribes; however, the true extent in Rubiaceae remains unknown.Our aim is to investigate the possible occurrence of leaf endophytes in the African plant genera Empogona and Tricalysia and, if present, to establish their identity. Methods.Total DNA was extracted from the leaves of four species of the Coffeeae tribe (Empogona congesta, Tricalysia hensii, T. lasiodelphys, and T. semidecidua) and sequenced.Bacterial reads were filtered out and assembled.Phylogenetic analysis of the endophytes was used to reveal their identity and their relationship with known symbionts. Results.All four species have non-nodulated leaf endophytes, which are identified as Caballeronia.The endophytes are distinct from each other but related to other nodulated and non-nodulated endophytes.An apparent phylogenetic or geographic pattern appears to be absent in endophytes or host plants.Caballeronia endophytes are present in the leaves of Empogona and Tricalysia, two genera not previously implicated in leaf symbiosis.This interaction is likely to be more widespread, and future discoveries are inevitable.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
خلفية .التعايش الورقي هو ظاهرة تتفاعل فيها النباتات المضيفة من روبياسي مع النباتات الداخلية البكتيرية داخل أوراقها .حتى الآن، تم العثور عليها في حوالي 650 نوعًا تنتمي إلى 8 أجناس في 4 قبائل ؛ ومع ذلك، لا يزال المدى الحقيقي في روبياسي غير معروف .هدفنا هو التحقيق في احتمال حدوث النباتات الداخلية الورقية في أجناس النباتات الأفريقية Empogona و Tricalysia، وإذا كانت موجودة، لإثبات هويتها. تم استخراج الحمض النووي الكلي من أوراق أربعة أنواع من قبيلة القهوة (Empogona congesta، Tricalysia hensii، T. lasiodelphys، و T. semidecidua) وتسلسلها. تمت تصفية القراءات البكتيرية وتجميعها. تم استخدام التحليل الوراثي للنباتات الداخلية للكشف عن هويتها وعلاقتها بالتكافل المعروف. النتائج. تحتوي جميع الأنواع الأربعة على نباتات داخلية غير معدلة، والتي تم تحديدها على أنها Caballeronia. تختلف النباتات الداخلية عن بعضها البعض ولكنها مرتبطة بالنباتات الداخلية الأخرى العقدية وغير المعددة. يبدو أن النمط الوراثي أو الجغرافي الظاهري غائب في النباتات الداخلية أو النباتات المضيفة. توجد نباتات داخلية من الكاباليرون في أوراق Empogona و Tricalysia، وهما جنسان لم يتورطا سابقًا في التعايش الورقي. من المرجح أن يكون هذا التفاعل أكثر انتشارًا، والاكتشافات المستقبلية لا مفر منها.Translated Description (French)
Contexte. La symbiose foliaire est un phénomène dans lequel les plantes hôtes des Rubiacées interagissent avec les endophytes bactériens dans leurs feuilles. À ce jour, elle a été trouvée chez environ 650 espèces appartenant à 8 genres dans 4 tribus ; cependant, la véritable étendue chez les Rubiacées reste inconnue. Notre objectif est d'étudier la présence possible d'endophytes foliaires dans les genres végétaux africains Empogona et Tricalysia et, le cas échéant, d'établir leur identité. Méthodes. L'ADN total a été extrait des feuilles de quatre espèces de la tribu des Coffeeae (Empogona congesta, Tricalysia hensii, T. lasiodelphys et T. semidecidua) et séquencé. Les lectures bactériennes ont été filtrées et assemblées. L'analyse phylogénétique des endophytes a été utilisée pour révéler leur identité et leur relation avec les symbiotes connus. Résultats. Les quatre espèces ont des endophytes foliaires non modulés, identifiés comme Caballeronia. Les endophytes sont distincts les uns des autres mais liés à d'autres endophytes nodulés et non modulés. Un schéma phylogénétique ou géographique apparent semble être absent chez les endophytes ou les plantes hôtes. Les endophytes de Caballeronia sont présents dans les feuilles d'Empogona et de Tricalysia, deux genres non impliqués auparavant dans la symbiose foliaire. Cette interaction est susceptible d'être plus répandue et les découvertes futures sont inévitables.Translated Description (Spanish)
Antecedentes. La simbiosis foliar es un fenómeno en el que las plantas huésped de Rubiaceae interactúan con endófitos bacterianos dentro de sus hojas. Hasta la fecha, se ha encontrado en alrededor de 650 especies pertenecientes a 8 géneros en 4 tribus; sin embargo, se desconoce la verdadera extensión en Rubiaceae. Nuestro objetivo es investigar la posible aparición de endófitos foliares en los géneros de plantas africanas Empogona y Tricalysia y, si están presentes, establecer su identidad. Métodos. El ADN total se extrajo de las hojas de cuatro especies de la tribu Coffeeae (Empogona congesta, Tricalysia hensii, T. lasiodelphys y T. semidecidua) y se secuenció. Las lecturas bacterianas se filtraron y ensamblaron. Se utilizó el análisis filogenético de los endófitos para revelar su identidad y su relación con simbiontes conocidos. Resultados. Las cuatro especies tienen endófitos foliares no nodulados, que se identifican como Caballeronia. Los endófitos son distintos entre sí pero están relacionados con otros endófitos nodulados y no nodulados. Un patrón filogenético o geográfico aparente parece estar ausente en los endófitos o plantas huésped. Los endófitos de Caballeronia están presentes en las hojas de Empogona y Tricalysia, dos géneros no implicados previamente en la simbiosis foliar. Es probable que esta interacción esté más extendida y que los descubrimientos futuros sean inevitables.Files
submission.pdf
Files
(865.5 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:9052e11a4cab00b47434a57733a52c7c
|
865.5 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- يكشف استعراض الأقران رقم1 من "Metagenomics of African Empogona and Tricalysia (Rubiaceae) عن وجود نباتات نباتية داخلية (v0.1 )"
- Translated title (French)
- L'examen par les pairs n °1 de « Metagenomics of African Empogona and Tricalysia (Rubiaceae) reveals the presence of leaf endophytes (v0.1) »
- Translated title (Spanish)
- La revisión por pares n .º1 de "Metagenomics of African Empogona and Tricalysia (Rubiaceae) reveals the presence of leaf endophytes (v0.1)"
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4385703261
- DOI
- 10.7287/peerj.15778v0.1/reviews/1
References
- https://openalex.org/W1583800029
- https://openalex.org/W1842316916
- https://openalex.org/W1988697107
- https://openalex.org/W1996423252
- https://openalex.org/W2007610885
- https://openalex.org/W2014637603
- https://openalex.org/W2019625127
- https://openalex.org/W2027989916
- https://openalex.org/W2056139200
- https://openalex.org/W2095166132
- https://openalex.org/W2096093282
- https://openalex.org/W2096614917
- https://openalex.org/W2104287604
- https://openalex.org/W2110823601
- https://openalex.org/W2113719903
- https://openalex.org/W2118798547
- https://openalex.org/W2127774996
- https://openalex.org/W2127882125
- https://openalex.org/W2130530163
- https://openalex.org/W2157299138
- https://openalex.org/W2161444534
- https://openalex.org/W2162421185
- https://openalex.org/W2167930971
- https://openalex.org/W2170009226
- https://openalex.org/W2170551349
- https://openalex.org/W2189959630
- https://openalex.org/W2314793788
- https://openalex.org/W2324358856
- https://openalex.org/W2337747100
- https://openalex.org/W2402138326
- https://openalex.org/W2413098056
- https://openalex.org/W2555257244
- https://openalex.org/W2589379462
- https://openalex.org/W2599417231
- https://openalex.org/W2617580882
- https://openalex.org/W2762049965
- https://openalex.org/W2765176339
- https://openalex.org/W2785608009
- https://openalex.org/W2787410111
- https://openalex.org/W2801159594
- https://openalex.org/W2801684308
- https://openalex.org/W2889522015
- https://openalex.org/W2941072767
- https://openalex.org/W2952136406
- https://openalex.org/W2957134636
- https://openalex.org/W2997916675
- https://openalex.org/W3020987458
- https://openalex.org/W3040998762
- https://openalex.org/W3090955200
- https://openalex.org/W3110950787
- https://openalex.org/W3156077830
- https://openalex.org/W3179882447
- https://openalex.org/W3195488919
- https://openalex.org/W3211726932
- https://openalex.org/W4221031006
- https://openalex.org/W4225639598
- https://openalex.org/W4234040065
- https://openalex.org/W4296106991
- https://openalex.org/W4309305263
- https://openalex.org/W4310944251
- https://openalex.org/W4361806347