Published June 8, 2022 | Version v1
Publication Open

Clinical and Gene Features of SARS-CoV-2-Positive Recurrence in Patients Recovered From COVID-19

Creators

  • 1. Academic Degrees & Graduate Education
  • 2. Chinese Center For Disease Control and Prevention

Description

There are still frequent reports that a number of recovered coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients following discharge have re-detectable positive (RP) results by RT-PCR. Understanding the clinical and molecular characteristics of RP patients may have implications for curbing the COVID-19 pandemic. In this study, 318 COVID-19 convalescent patients, including 59 RP patients and 259 non-RP (NRP) patients, were enrolled. Among RP patients, women accounted for a significantly high proportion (67.8%), and the titers of IgG and IgM antibodies in this group were also significantly high. Differentially expressed genes (DEGs), including 692 upregulated and 383 downregulated genes, overlapped in two public GEO datasets containing RP and NRP blood cell samples. Enrichment analysis indicated that these DEGs were related to several key signaling pathways, such as viral infection, immune activation, and inflammatory responses. Importantly, 59 indicator genes constituting the core network exhibited high diagnostic values and were correlated with markers of different immune cells. Among these, 12 drug-related genes were associated with the RP results. Our work suggests that, in addition to clinically available features, blood cell transcriptome sequencing can be performed to obtain gene signatures for diagnosis of RP patients.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لا تزال هناك تقارير متكررة تفيد بأن عددًا من مرضى فيروس كورونا المتعافين 2019 (COVID -19) بعد الخروج لديهم نتائج إيجابية يمكن اكتشافها من خلال RT - PCR. قد يكون لفهم الخصائص السريرية والجزيئية لمرضى التهاب الشبكية التنفسي آثار على الحد من جائحة كوفيد-19. في هذه الدراسة، تم تسجيل 318 مريضًا في مرحلة النقاهة من كوفيد-19، بما في ذلك 59 مريضًا في مرحلة النقاهة و 259 مريضًا من خارج مرحلة النقاهة. من بين مرضى التهاب الشبكية الروماتويدي، شكلت النساء نسبة عالية للغاية (67.8 ٪)، وكانت عيارات الأجسام المضادة للغلوبولين المناعي G والغلوبولين المناعي M في هذه المجموعة مرتفعة أيضًا بشكل كبير. تتداخل الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي (DEGs)، بما في ذلك 692 جينة معاد تنظيمها و 383 جينة معاد تنظيمها، في مجموعتي بيانات جغرافية عامة تحتوي على عينات من خلايا الدم RP و NRP. أشار تحليل الإثراء إلى أن DEGs هذه كانت مرتبطة بالعديد من مسارات الإشارات الرئيسية، مثل العدوى الفيروسية والتنشيط المناعي والاستجابات الالتهابية. الأهم من ذلك، أظهر 59 جينًا مؤشرًا تشكل الشبكة الأساسية قيمًا تشخيصية عالية وارتبطت بعلامات الخلايا المناعية المختلفة. ومن بين هذه الجينات، ارتبط 12 جينًا مرتبطًا بالعقاقير بنتائج RP. يشير عملنا إلى أنه بالإضافة إلى الميزات المتاحة سريريًا، يمكن إجراء تسلسل نسخ خلايا الدم للحصول على توقيعات جينية لتشخيص مرضى التهاب الشبكية التنفسي.

Translated Description (French)

Il y a encore des rapports fréquents selon lesquels un certain nombre de patients guéris de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) après leur sortie ont des résultats positifs redétectables (RP) par RT-PCR. Comprendre les caractéristiques cliniques et moléculaires des patients atteints de RP peut avoir des implications pour freiner la pandémie de COVID-19. Dans cette étude, 318 patients convalescents COVID-19, dont 59 patients RP et 259 patients non RP (NRP), ont été recrutés. Parmi les patients atteints de RP, les femmes représentaient une proportion significativement élevée (67,8 %), et les titres d'anticorps IgG et IgM dans ce groupe étaient également significativement élevés. Les gènes exprimés différentiellement (DEG), y compris 692 gènes régulés à la hausse et 383 gènes régulés à la baisse, se chevauchaient dans deux ensembles de données GEO publics contenant des échantillons de cellules sanguines RP et NRP. L'analyse d'enrichissement a indiqué que ces DEG étaient liés à plusieurs voies de signalisation clés, telles que l'infection virale, l'activation immunitaire et les réponses inflammatoires. Fait important, 59 gènes indicateurs constituant le réseau central présentaient des valeurs diagnostiques élevées et étaient corrélés avec des marqueurs de différentes cellules immunitaires. Parmi ceux-ci, 12 gènes liés au médicament ont été associés aux résultats de la RP. Notre travail suggère qu'en plus des caractéristiques cliniquement disponibles, le séquençage du transcriptome des cellules sanguines peut être effectué pour obtenir des signatures génétiques pour le diagnostic des patients atteints de RP.

Translated Description (Spanish)

Todavía hay informes frecuentes de que varios pacientes recuperados de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) después del alta tienen resultados positivos (RP) re-detectables por RT-PCR. Comprender las características clínicas y moleculares de los pacientes con RP puede tener implicaciones para frenar la pandemia de COVID-19. En este estudio, se inscribieron 318 pacientes convalecientes por COVID-19, incluidos 59 pacientes con RP y 259 pacientes sin RP (NRP). Entre los pacientes con RP, las mujeres representaron una proporción significativamente alta (67.8%), y los títulos de anticuerpos IgG e IgM en este grupo también fueron significativamente altos. Los genes expresados diferencialmente (DEG), incluidos 692 genes regulados positivamente y 383 genes regulados negativamente, se superpusieron en dos conjuntos de datos públicos de GEO que contenían muestras de células sanguíneas RP y NRP. El análisis de enriquecimiento indicó que estos DEG estaban relacionados con varias vías de señalización clave, como la infección viral, la activación inmunitaria y las respuestas inflamatorias. Es importante destacar que 59 genes indicadores que constituyen la red central exhibieron altos valores de diagnóstico y se correlacionaron con marcadores de diferentes células inmunitarias. Entre estos, 12 genes relacionados con el fármaco se asociaron con los resultados de RP. Nuestro trabajo sugiere que, además de las características clínicamente disponibles, se puede realizar la secuenciación del transcriptoma de las células sanguíneas para obtener firmas génicas para el diagnóstico de pacientes con RP.

Files

pdf.pdf

Files (4.5 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:26414d0363356dec8f99344518432f30
4.5 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
السمات السريرية والجينية للتكرار الإيجابي لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة لدى المرضى الذين تعافوا من كوفيد-19
Translated title (French)
Caractéristiques cliniques et génétiques de la récidive positive du SRAS-CoV-2 chez les patients guéris de la COVID-19
Translated title (Spanish)
Características clínicas y genéticas de la recurrencia positiva del SARS-CoV-2 en pacientes recuperados de COVID-19

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4281680736
DOI
10.3389/fmolb.2022.875418

Is supplement to
https://openalex.org/W4392059188 (Other)
https://openalex.org/W4388725868 (Other)
https://openalex.org/W4388386498 (Other)
https://openalex.org/W4379374180 (Other)
https://openalex.org/W3150324899 (Other)
https://openalex.org/W2982720988 (Other)
https://openalex.org/W2523545060 (Other)
https://openalex.org/W2399513595 (Other)
https://openalex.org/W2104762330 (Other)
https://openalex.org/W2028462563 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W2072339607
  • https://openalex.org/W2210729715
  • https://openalex.org/W2291471126
  • https://openalex.org/W2560843419
  • https://openalex.org/W2617627282
  • https://openalex.org/W3002539152
  • https://openalex.org/W3005079553
  • https://openalex.org/W3006643024
  • https://openalex.org/W3008116551
  • https://openalex.org/W3008827533
  • https://openalex.org/W3013558861
  • https://openalex.org/W3015379548
  • https://openalex.org/W3017638747
  • https://openalex.org/W3018517500
  • https://openalex.org/W3018850960
  • https://openalex.org/W3020443288
  • https://openalex.org/W3021855722
  • https://openalex.org/W3031921507
  • https://openalex.org/W3034008666
  • https://openalex.org/W3036453504
  • https://openalex.org/W3043654491
  • https://openalex.org/W3043748183
  • https://openalex.org/W3044927477
  • https://openalex.org/W3046287740
  • https://openalex.org/W3047497593
  • https://openalex.org/W3081010888
  • https://openalex.org/W3081129621
  • https://openalex.org/W3081329931
  • https://openalex.org/W3095264630
  • https://openalex.org/W3097408824
  • https://openalex.org/W3104014378
  • https://openalex.org/W3110713218
  • https://openalex.org/W3113249006
  • https://openalex.org/W3137766503
  • https://openalex.org/W3151317104
  • https://openalex.org/W3153293222
  • https://openalex.org/W3157799465
  • https://openalex.org/W3158441092
  • https://openalex.org/W3162245524
  • https://openalex.org/W3165656738
  • https://openalex.org/W3170034504
  • https://openalex.org/W3177704568
  • https://openalex.org/W3188503467
  • https://openalex.org/W3196783092