Published May 25, 2012
| Version v1
Publication
Open
Distinct repeat motifs at the C-terminal region of CagA of Helicobacter pylori strains isolated from diseased patients and asymptomatic individuals in West Bengal, India
Creators
- 1. National Institute of Cholera and Enteric Diseases
- 2. Institute of Post Graduate Medical Education and Research
- 3. Washington University in St. Louis
Description
Abstract Background Infection with Helicobacter pylori strains that express CagA is associated with gastritis, peptic ulcer disease, and gastric adenocarcinoma. The biological function of CagA depends on tyrosine phosphorylation by a cellular kinase. The phosphate acceptor tyrosine moiety is present within the EPIYA motif at the C-terminal region of the protein. This region is highly polymorphic due to variations in the number of EPIYA motifs and the polymorphism found in spacer regions among EPIYA motifs. The aim of this study was to analyze the polymorphism at the C-terminal end of CagA and to evaluate its association with the clinical status of the host in West Bengal, India. Results Seventy-seven H. pylori strains isolated from patients with various clinical statuses were used to characterize the C-ternimal polymorphic region of CagA. Our analysis showed that there is no correlation between the previously described CagA types and various disease outcomes in Indian context. Further analyses of different CagA structures revealed that the repeat units in the spacer sequences within the EPIYA motifs are actually more discrete than the previously proposed models of CagA variants. Conclusion Our analyses suggest that EPIYA motifs as well as the spacer sequence units are present as distinct insertions and deletions, which possibly have arisen from extensive recombination events. Moreover, we have identified several new CagA types, which could not be typed by the existing systems and therefore, we have proposed a new typing system. We hypothesize that a cagA gene encoding higher number EPIYA motifs may perhaps have arisen from cagA genes that encode lesser EPIYA motifs by acquisition of DNA segments through recombination events.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
ترتبط عدوى الخلفية المجردة بسلالات الملوية البوابية التي تعبر عن CagA بالتهاب المعدة ومرض القرحة الهضمية وسرطان المعدة الغدي. تعتمد الوظيفة البيولوجية لـ CagA على فسفرة التيروزين بواسطة كيناز خلوي. يوجد جزء التيروزين المستقبل للفوسفات داخل عزر EPIYA في المنطقة الطرفية C من البروتين. هذه المنطقة متعددة الأشكال للغاية بسبب الاختلافات في عدد زخارف EPIYA وتعدد الأشكال الموجودة في المناطق الفاصلة بين زخارف EPIYA. كان الهدف من هذه الدراسة هو تحليل تعدد الأشكال في الطرف C من CagA وتقييم ارتباطه بالحالة السريرية للمضيف في غرب البنغال، الهند. النتائج تم استخدام سبعة وسبعين سلالة من الملوية البوابية المعزولة عن المرضى الذين يعانون من حالات سريرية مختلفة لتوصيف المنطقة متعددة الأشكال C من CagA. أظهر تحليلنا أنه لا يوجد ارتباط بين أنواع CagA الموصوفة سابقًا ونتائج الأمراض المختلفة في السياق الهندي. كشفت المزيد من التحليلات لهياكل CAGA المختلفة أن الوحدات المتكررة في تسلسلات المباعد داخل زخارف EPIYA هي في الواقع أكثر تميزًا من النماذج المقترحة مسبقًا لمتغيرات CAGA. الخلاصة تشير تحليلاتنا إلى أن زخارف EPIYA بالإضافة إلى وحدات تسلسل المباعد موجودة كإدخالات وحذف متميزة، والتي ربما نشأت عن أحداث إعادة التركيب واسعة النطاق. علاوة على ذلك، حددنا العديد من أنواع CagA الجديدة، والتي لا يمكن كتابتها بواسطة الأنظمة الحالية، وبالتالي اقترحنا نظام كتابة جديد. نحن نفترض أن جين cagA الذي يشفر عددًا أكبر من زخارف EPIYA ربما يكون قد نشأ من جينات cagA التي تشفر زخارف EPIYA الأقل عن طريق الحصول على شرائح الحمض النووي من خلال أحداث إعادة التركيب.Translated Description (French)
Résumé Contexte L'infection par les souches d'Helicobacter pylori qui expriment la CagA est associée à la gastrite, à l'ulcère gastroduodénal et à l'adénocarcinome gastrique. La fonction biologique de la CagA dépend de la phosphorylation de la tyrosine par une kinase cellulaire. Le fragment tyrosine accepteur de phosphate est présent dans le motif EPIYA au niveau de la région C-terminale de la protéine. Cette région est très polymorphe en raison des variations du nombre de motifs EPIYA et du polymorphisme trouvé dans les régions d'espacement parmi les motifs EPIYA. L'objectif de cette étude était d'analyser le polymorphisme à l'extrémité C-terminale de la CagA et d'évaluer son association avec l'état clinique de l'hôte au Bengale occidental, en Inde. Résultats Soixante-dix-sept souches de H. pylori isolées de patients ayant divers statuts cliniques ont été utilisées pour caractériser la région polymorphe C-ternimale de la CagA. Notre analyse a montré qu'il n'y a pas de corrélation entre les types de CagA décrits précédemment et divers résultats de la maladie dans le contexte indien. D'autres analyses de différentes structures CagA ont révélé que les unités de répétition dans les séquences d'espacement au sein des motifs EPIYA sont en fait plus discrètes que les modèles précédemment proposés de variants CagA. Conclusion Nos analyses suggèrent que les motifs EPIYA ainsi que les unités de séquence d'espacement sont présents sous forme d'insertions et de délétions distinctes, qui peuvent provenir d'événements de recombinaison étendus. De plus, nous avons identifié plusieurs nouveaux types de CagA, qui ne pouvaient pas être dactylographiés par les systèmes existants et, par conséquent, nous avons proposé un nouveau système de dactylographie. Nous émettons l'hypothèse qu'un gène cagA codant pour un nombre plus élevé de motifs EPIYA peut peut-être provenir de gènes cagA qui codent pour des motifs EPIYA inférieurs par acquisition de segments d'ADN par des événements de recombinaison.Translated Description (Spanish)
Resumen Antecedentes La infección con cepas de Helicobacter pylori que expresan CagA se asocia con gastritis, úlcera péptica y adenocarcinoma gástrico. La función biológica de CagA depende de la fosforilación de la tirosina por una quinasa celular. El resto de tirosina aceptor de fosfato está presente dentro del motivo EPIYA en la región C-terminal de la proteína. Esta región es altamente polimórfica debido a las variaciones en el número de motivos EPIYA y el polimorfismo encontrado en las regiones espaciadoras entre los motivos EPIYA. El objetivo de este estudio fue analizar el polimorfismo en el extremo C-terminal de CagA y evaluar su asociación con el estado clínico del huésped en Bengala Occidental, India. Resultados Se utilizaron setenta y siete cepas de H. pylori aisladas de pacientes con diversos estados clínicos para caracterizar la región polimórfica C-ternimal de CagA. Nuestro análisis mostró que no existe correlación entre los tipos de CagA descritos anteriormente y los diversos resultados de la enfermedad en el contexto indio. Otros análisis de diferentes estructuras de CagA revelaron que las unidades de repetición en las secuencias espaciadoras dentro de los motivos EPIYA son en realidad más discretas que los modelos propuestos previamente de variantes de CagA. Conclusión Nuestros análisis sugieren que los motivos EPIYA, así como las unidades de secuencia espaciadora, están presentes como inserciones y deleciones distintas, que posiblemente han surgido de eventos de recombinación extensos. Además, hemos identificado varios tipos nuevos de CagA, que no podían ser tipificados por los sistemas existentes y, por lo tanto, hemos propuesto un nuevo sistema de tipificación. Nuestra hipótesis es que un gen cagA que codifica un mayor número de motivos EPIYA puede haber surgido de genes cagA que codifican motivos EPIYA menores mediante la adquisición de segmentos de ADN a través de eventos de recombinación.Files
1757-4749-4-4.pdf
Files
(1.3 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:8c011e94d7a90f6d329acb40a053c24e
|
1.3 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- الزخارف المتكررة المميزة في المنطقة الطرفية C من CagA لسلالات هيليكوباكتر بيلوري المعزولة عن المرضى والأفراد عديمي الأعراض في غرب البنغال، الهند
- Translated title (French)
- Motifs répétés distincts au niveau de la région C-terminale de la CagA de souches d'Helicobacter pylori isolées de patients malades et d'individus asymptomatiques au Bengale occidental, en Inde
- Translated title (Spanish)
- Distintos motivos de repetición en la región C-terminal de CagA de cepas de Helicobacter pylori aisladas de pacientes enfermos e individuos asintomáticos en Bengala Occidental, India
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2134932177
- DOI
- 10.1186/1757-4749-4-4
References
- https://openalex.org/W1484331280
- https://openalex.org/W1511963303
- https://openalex.org/W1621166403
- https://openalex.org/W1933982026
- https://openalex.org/W1964447229
- https://openalex.org/W1969877322
- https://openalex.org/W1971287106
- https://openalex.org/W1973232347
- https://openalex.org/W1973782068
- https://openalex.org/W1974944235
- https://openalex.org/W1987845682
- https://openalex.org/W1993824855
- https://openalex.org/W1994975655
- https://openalex.org/W1997568709
- https://openalex.org/W2010401077
- https://openalex.org/W2024946285
- https://openalex.org/W2027653803
- https://openalex.org/W2030831526
- https://openalex.org/W2037751628
- https://openalex.org/W2039677394
- https://openalex.org/W2046454404
- https://openalex.org/W2050548181
- https://openalex.org/W2051039844
- https://openalex.org/W2053130824
- https://openalex.org/W2062132676
- https://openalex.org/W2073609790
- https://openalex.org/W2083498141
- https://openalex.org/W2088902653
- https://openalex.org/W2090681869
- https://openalex.org/W2094679140
- https://openalex.org/W2100246627
- https://openalex.org/W2101366809
- https://openalex.org/W2101903403
- https://openalex.org/W2106101113
- https://openalex.org/W2106882534
- https://openalex.org/W2116757244
- https://openalex.org/W2123612320
- https://openalex.org/W2123904147
- https://openalex.org/W2125460385
- https://openalex.org/W2130595921
- https://openalex.org/W2136287933
- https://openalex.org/W2137125723
- https://openalex.org/W2138097729
- https://openalex.org/W2141983035
- https://openalex.org/W2151410525
- https://openalex.org/W2167459687
- https://openalex.org/W2172016913
- https://openalex.org/W2320005475
- https://openalex.org/W4239629847