Published March 4, 2020
| Version v1
Publication
Open
Mutational spectrum of SMPD1 gene in Pakistani Niemann-Pick disease patients
- 1. University of Veterinary and Animal Sciences
Description
Objective: Genetic variation analysis of rare autosomal recessive Niemann-Pick disease (NPD) Pakistani patients. Methods: We sequenced the SMPD1 gene including its all coding and flanking regions in seven unrelated sporadic patients suffering from Niemann-Pick disease through targeted exome sequencing. Genetic variants mapping and their protein predictions were evaluated using different bioinformatics tools and clinical phenotypes were correlated. The study was conducted from January 2018 to March 2019 at The Children's Hospital Lahore. Results: We have mapped five different mutations in SMPD1 gene of enrolled patients with a novel homozygous missense variant (c.1718G>C) (p.Trp573Ser) in one patient. A missense mutation (c.1267C>T) (p.His423Tyr) has been identified in three unrelated patients. A nonsense mutation (c.1327C>T) (p.Arg443Term) and one missense mutation (c.1493G>A) (p.Arg498His) mapped in one patient each. A compound heterozygous mutation has been mapped in one patient (c.740G>A) (p.Gly247Asp); (c.1493G>A) (p.Arg498His). Pathogenic effect of novel variant has been predicted through in-silico analysis and has not been reported in general overall population in the globe. Conclusion: This is the first report of genetic demographic assessment of Niemann-Pick disease in Pakistan. The mapped mutations would be helpful to build a disease variants algorithm of Pakistani population. This will be used for determining disease clinical magnitude along with provision of genetic screening services in affected families. doi: https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 How to cite this:Cheema HA, Rasool IG, Anjum MN, Zahoor MY. Mutational spectrum of SMPD1 gene in Pakistani Niemann-Pick disease patients. Pak J Med Sci. 2020;36(3):479-484. doi: https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/3.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
الهدف: تحليل التباين الجيني للمرضى الباكستانيين النادرين المصابين بمرض نيمان بيك المتنحي الجسدي (NPD). الطرق: قمنا بتسلسل جين SMPD1 بما في ذلك جميع مناطق الترميز والمرافقة في سبعة مرضى متقطعين غير مرتبطين يعانون من مرض نيمان بيك من خلال تسلسل إكسوم مستهدف. تم تقييم رسم خرائط المتغيرات الجينية وتنبؤاتها بالبروتين باستخدام أدوات المعلوماتية الحيوية المختلفة وتم ربط الأنماط الظاهرية السريرية. أجريت الدراسة من يناير 2018 إلى مارس 2019 في مستشفى الأطفال في لاهور. النتائج: قمنا بتعيين خمس طفرات مختلفة في جين SMPD1 للمرضى المسجلين مع متغير خاطئ متماثل الزيجوت جديد (c.1718G >C) (p.Trp573Ser) في مريض واحد. تم تحديد طفرة خاطئة (c.1267C >T) (p.His423Tyr) في ثلاثة مرضى غير مرتبطين. تم تعيين طفرة لا معنى لها (c.1327C >T) (p.Arg443Term) وطفرة خاطئة واحدة (c.1493G >A) (p.Arg498His) في مريض واحد لكل منهما. تم تعيين طفرة زيجوتية مركبة في مريض واحد (c.740G >A) (p.Gly247Asp) ؛ (c.1493G>A) (p.Arg498His). تم التنبؤ بالتأثير الممرض للمتغير الجديد من خلال التحليل داخل السيليكو ولم يتم الإبلاغ عنه في عموم السكان في العالم. الاستنتاج: هذا هو التقرير الأول للتقييم الديموغرافي الوراثي لمرض نيمان بيك في باكستان. ستكون الطفرات التي تم تعيينها مفيدة لبناء خوارزمية متغيرات المرض للسكان الباكستانيين. سيتم استخدام هذا لتحديد الحجم السريري للمرض جنبًا إلى جنب مع توفير خدمات الفحص الجيني في العائلات المتضررة. doi: https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 كيفية الاستشهاد بذلك:Cheema HA، Rasool IG، Anjum MN، Zahoor MY. الطيف الطفري لجين SMPD1 في مرضى مرض نيمان بيك الباكستانيين. Pak J Med Sci. 2020;36(3): 479-484. doi: https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 هذه مقالة مفتوحة الوصول تم توزيعها بموجب شروط رخصة إسناد المشاع الإبداعي (http://creativecommons.org/licenses/by/3.0)، والتي تسمح بالاستخدام غير المقيد والتوزيع والاستنساخ في أي وسيط، بشرط الاستشهاد بالعمل الأصلي بشكل صحيح.Translated Description (French)
Objectif : Analyse de la variation génétique des patients pakistanais atteints de la maladie de Niemann-Pick (NPD) autosomique récessive rare. Méthodes : Nous avons séquencé le gène SMPD1, y compris ses régions codantes et flanquantes, chez sept patients sporadiques non apparentés souffrant de la maladie de Niemann-Pick par séquençage ciblé de l'exome. La cartographie des variants génétiques et leurs prédictions protéiques ont été évaluées à l'aide de différents outils bioinformatiques et des phénotypes cliniques ont été corrélés. L'étude a été menée de janvier 2018 à mars 2019 à l'Hôpital pour enfants de Lahore. Résultats : Nous avons cartographié cinq mutations différentes dans le gène SMPD1 de patients inclus avec un nouveau variant faux-sens homozygote (c.1718G>C) (p.Trp573Ser) chez un patient. Une mutation faux-sens (c.1267C>T) (p.His423Tyr) a été identifiée chez trois patients non apparentés. Une mutation non-sens (c.1327C>T) (p.Arg443Term) et une mutation faux-sens (c.1493G>A) (p.Arg498His) cartographiées chez un patient chacune. Une mutation hétérozygote composée a été cartographiée chez un patient (c.740G>A) (p.Gly247Asp) ; (c.1493G>A) (p.Arg498His). L'effet pathogène d'une nouvelle variante a été prédit par une analyse in-silico et n'a pas été rapporté dans la population générale dans le monde. Conclusion : Il s'agit du premier rapport d'évaluation génétique et démographique de la maladie de Niemann-Pick au Pakistan. Les mutations cartographiées seraient utiles pour construire un algorithme de variantes de maladie de la population pakistanaise. Cela servira à déterminer l'ampleur clinique de la maladie ainsi que la fourniture de services de dépistage génétique dans les familles touchées. doi : https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 Comment citer ceci :Cheema HA, Rasool IG, Anjum MN, Zahoor MY. Spectre mutationnel du gène SMPD1 chez les patients pakistanais atteints de la maladie de Niemann-Pick. Pak J Med Sci. 2020 ;36(3) : 479-484. doi : https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 Il s' agit d'un article en libre accès distribué sous les termes de la licence d'attribution Creative Commons (http://creativecommons.org/licenses/by/3 .0), qui permet une utilisation, une distribution et une reproduction illimitées sur tout support, à condition que l'œuvre originale soit correctement citée.Translated Description (Spanish)
Objetivo: Análisis de variación genética de pacientes paquistaníes con enfermedad de Niemann-Pick (NPD) autosómica recesiva rara. Métodos: Secuenciamos el gen SMPD1, incluidas sus regiones codificantes y flanqueantes, en siete pacientes esporádicos no relacionados que padecían la enfermedad de Niemann-Pick a través de la secuenciación dirigida del exoma. El mapeo de variantes genéticas y sus predicciones de proteínas se evaluaron utilizando diferentes herramientas bioinformáticas y se correlacionaron los fenotipos clínicos. El estudio se realizó de enero de 2018 a marzo de 2019 en The Children's Hospital Lahore. Resultados: Hemos mapeado cinco mutaciones diferentes en el gen SMPD1 de pacientes inscritos con una nueva variante homocigótica de sentido erróneo (c.1718G >C) (p.Trp573Ser) en un paciente. Se ha identificado una mutación de cambio de sentido (c.1267C >T) (p.His423Tyr) en tres pacientes no relacionados. Una mutación sin sentido (c.1327C>T) (p.Arg443Term) y una mutación sin sentido (c.1493G>A) (p.Arg498His) mapeadas en un paciente cada una. Se ha mapeado una mutación heterocigótica compuesta en un paciente (c.740G>A) (p.Gly247Asp); (c.1493G>A) (p.Arg498His). El efecto patógeno de la nueva variante se ha predicho a través del análisis in silico y no se ha informado en la población general general del mundo. Conclusión: Este es el primer informe de evaluación demográfica genética de la enfermedad de Niemann-Pick en Pakistán. Las mutaciones mapeadas serían útiles para construir un algoritmo de variantes de la enfermedad de la población paquistaní. Esto se utilizará para determinar la magnitud clínica de la enfermedad junto con la prestación de servicios de detección genética en las familias afectadas. doi: https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 Cómo citar esto:Cheema HA, Rasool IG, Anjum MN, Zahoor MY. Espectro mutacional del gen SMPD1 en pacientes pakistaníes con enfermedad de Niemann-Pick. Pak J Med Sci. 2020;36(3): 479-484. doi: https://doi.org/10.12669/pjms.36.3.467 Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la Licencia de Atribución de Creative Commons (http://creativecommons.org/licenses/by/3.0), que permite el uso, distribución y reproducción sin restricciones en cualquier medio, siempre que el trabajo original se cite adecuadamente.Files
474.pdf
Files
(460.6 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:954798a8e72c61ddc997ea5a6c512e34
|
460.6 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- الطيف الطفري لجين SMPD1 في مرضى مرض نيمان بيك الباكستانيين
- Translated title (French)
- Spectre mutationnel du gène SMPD1 chez les patients pakistanais atteints de la maladie de Niemann-Pick
- Translated title (Spanish)
- Espectro mutacional del gen SMPD1 en pacientes pakistaníes con enfermedad de Niemann-Pick
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3008245550
- DOI
- 10.12669/pjms.36.3.467
References
- https://openalex.org/W1596575794
- https://openalex.org/W1803102843
- https://openalex.org/W1867283789
- https://openalex.org/W1990137805
- https://openalex.org/W2021965973
- https://openalex.org/W2025782555
- https://openalex.org/W2040383487
- https://openalex.org/W2054159532
- https://openalex.org/W2074567702
- https://openalex.org/W2074639205
- https://openalex.org/W2076355000
- https://openalex.org/W2333790047
- https://openalex.org/W2482863643
- https://openalex.org/W2484871515
- https://openalex.org/W2518972237
- https://openalex.org/W2562918265
- https://openalex.org/W2605741499
- https://openalex.org/W2605988729
- https://openalex.org/W2735769350
- https://openalex.org/W2750398688
- https://openalex.org/W2761954779
- https://openalex.org/W2898958970
- https://openalex.org/W2923468275
- https://openalex.org/W2972174984
- https://openalex.org/W2978242979