Published August 22, 2013 | Version v1
Publication Open

The Mitochondrial Genome of Paramphistomum cervi (Digenea), the First Representative for the Family Paramphistomidae

Creators

  • 1. Chinese Academy of Agricultural Sciences
  • 2. Lanzhou Veterinary Research Institute
  • 3. Northwest A&F University
  • 4. James Cook University

Description

We determined the complete mitochondrial DNA (mtDNA) sequence of a fluke, Paramphistomum cervi (Digenea: Paramphistomidae). This genome (14,014 bp) is slightly larger than that of Clonorchis sinensis (13,875 bp), but smaller than those of other digenean species. The mt genome of P. cervi contains 12 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, 2 ribosomal RNA genes and 2 non-coding regions (NCRs), a complement consistent with those of other digeneans. The arrangement of protein-coding and ribosomal RNA genes in the P. cervi mitochondrial genome is identical to that of other digeneans except for a group of Schistosoma species that exhibit a derived arrangement. The positions of some transfer RNA genes differ. Bayesian phylogenetic analyses, based on concatenated nucleotide sequences and amino-acid sequences of the 12 protein-coding genes, placed P. cervi within the Order Plagiorchiida, but relationships depicted within that order were not quite as expected from previous studies. The complete mtDNA sequence of P. cervi provides important genetic markers for diagnostics, ecological and evolutionary studies of digeneans.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

حددنا تسلسل الحمض النووي الكامل للميتوكوندريا (mtDNA) للحظ، Paramphistomum cervi (Digenea: Paramphistomidae). هذا الجينوم (14,014 نقطة أساس) أكبر قليلاً من جينوم Clonorchis sinensis (13,875 نقطة أساس)، ولكنه أصغر من جينوم الأنواع الديجينية الأخرى. يحتوي جينوم MT لـ P. cervi على 12 جينًا مشفرًا للبروتين، و 22 جينًا من الحمض النووي الريبي الناقل، وجينين من الحمض النووي الريبي الريبوسومي، ومنطقتين غير مشفرتين (NCRs)، وهو مكمل يتسق مع جينات الديجين الأخرى. يتطابق ترتيب ترميز البروتين وجينات الحمض النووي الريبي الريبوسومي في جينوم P. cervi الميتوكوندريا مع جينوم الديجينيات الأخرى باستثناء مجموعة من أنواع البلهارسيا التي تظهر ترتيبًا مشتقًا. تختلف مواضع بعض جينات الحمض النووي الريبي المنقولة. وضعت التحليلات الوراثية السلالية البايزية، بناءً على تسلسلات النيوكليوتيدات المتسلسلة وتسلسلات الأحماض الأمينية لـ 12 جينًا مشفرًا للبروتين، المتصورة العنقية داخل الرتبة Plagiorchiida، لكن العلاقات المصورة ضمن هذا الترتيب لم تكن كما هو متوقع تمامًا من الدراسات السابقة. يوفر تسلسل mtDNA الكامل لـ P. cervi علامات وراثية مهمة للتشخيص والدراسات البيئية والتطورية لـ digeneans.

Translated Description (French)

Nous avons déterminé la séquence complète de l'ADN mitochondrial (ADNmt) d'une douve, Paramphistomum cervi (Digenea : Paramphistomidae). Ce génome (14 014 pb) est légèrement plus grand que celui de Clonorchis sinensis (13 875 pb), mais plus petit que ceux des autres espèces digénées. Le génome mt de P. cervi contient 12 gènes codant pour des protéines, 22 gènes d'ARN de transfert, 2 gènes d'ARN ribosomique et 2 régions non codantes (NCR), un complément compatible avec ceux d'autres digéniens. La disposition des gènes codant pour les protéines et de l'ARN ribosomal dans le génome mitochondrial de P. cervi est identique à celle d'autres digéniens, à l'exception d'un groupe d'espèces de schistosomes qui présentent une disposition dérivée. Les positions de certains gènes d'ARN de transfert diffèrent. Les analyses phylogénétiques bayésiennes, basées sur des séquences nucléotidiques concaténées et des séquences d'acides aminés des 12 gènes codant pour les protéines, ont placé P. cervi dans l'ordre Plagiorchiida, mais les relations décrites dans cet ordre n'étaient pas tout à fait conformes aux attentes des études précédentes. La séquence complète de l'ADNmt de P. cervi fournit des marqueurs génétiques importants pour le diagnostic, les études écologiques et évolutives des digéniens.

Translated Description (Spanish)

Determinamos la secuencia completa de ADN mitocondrial (ADNmt) de un parásito, Paramphistomum cervi (Digenea: Paramphistomidae). Este genoma (14.014 pb) es ligeramente mayor que el de Clonorchis sinensis (13.875 pb), pero menor que el de otras especies digeneas. El genoma mt de P. cervi contiene 12 genes codificantes de proteínas, 22 genes de ARN de transferencia, 2 genes de ARN ribosómico y 2 regiones no codificantes (NCR), un complemento coherente con los de otros digeneanos. La disposición de los genes de ARN ribosómico y codificante de proteínas en el genoma mitocondrial de P. cervi es idéntica a la de otros digeneanos, excepto por un grupo de especies de Schistosoma que exhiben una disposición derivada. Las posiciones de algunos genes de ARN de transferencia difieren. Los análisis filogenéticos bayesianos, basados en secuencias de nucleótidos concatenadas y secuencias de aminoácidos de los 12 genes codificantes de proteínas, colocaron a P. cervi dentro del orden Plagiorchiida, pero las relaciones representadas dentro de ese orden no fueron las esperadas de estudios anteriores. La secuencia completa de ADNmt de P. cervi proporciona importantes marcadores genéticos para estudios diagnósticos, ecológicos y evolutivos de digeneanos.

Files

journal.pone.0071300&type=printable.pdf

Files (339.1 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:1ee5e4a78264a1b89c667a8a4e3d9364
339.1 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الجينوم الميتوكوندريا من Paramphistomum cervi (Digenea)، الممثل الأول للأسرة Paramphistomidae
Translated title (French)
Le génome mitochondrial de Paramphistomum cervi (Digenea), premier représentant de la famille des Paramphistomidae
Translated title (Spanish)
El genoma mitocondrial de Paramphistomum cervi (Digenea), el primer representante de la familia Paramphistomidae

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2092552334
DOI
10.1371/journal.pone.0071300

Is supplement to
https://openalex.org/W989832380 (Other)
https://openalex.org/W4291669659 (Other)
https://openalex.org/W2606456961 (Other)
https://openalex.org/W2462975205 (Other)
https://openalex.org/W2393505951 (Other)
https://openalex.org/W2127112464 (Other)
https://openalex.org/W2106028649 (Other)
https://openalex.org/W2031758482 (Other)
https://openalex.org/W2008359040 (Other)
https://openalex.org/W173179637 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1483247593
  • https://openalex.org/W149239451
  • https://openalex.org/W1527548437
  • https://openalex.org/W1558105112
  • https://openalex.org/W1964475654
  • https://openalex.org/W1976659161
  • https://openalex.org/W1977160627
  • https://openalex.org/W1978810039
  • https://openalex.org/W1988064594
  • https://openalex.org/W1993180919
  • https://openalex.org/W1993257812
  • https://openalex.org/W1994044001
  • https://openalex.org/W2009762049
  • https://openalex.org/W2012411697
  • https://openalex.org/W2013176007
  • https://openalex.org/W2019276531
  • https://openalex.org/W2027914524
  • https://openalex.org/W2029146302
  • https://openalex.org/W2034122580
  • https://openalex.org/W2041551103
  • https://openalex.org/W2042177449
  • https://openalex.org/W2042959501
  • https://openalex.org/W2043925999
  • https://openalex.org/W2056335884
  • https://openalex.org/W2069853099
  • https://openalex.org/W2073412013
  • https://openalex.org/W2079144534
  • https://openalex.org/W2087001096
  • https://openalex.org/W2087267427
  • https://openalex.org/W2089354843
  • https://openalex.org/W2096702350
  • https://openalex.org/W2103514709
  • https://openalex.org/W2115562119
  • https://openalex.org/W2117557324
  • https://openalex.org/W2128863631
  • https://openalex.org/W2137015675
  • https://openalex.org/W2146058063
  • https://openalex.org/W2156814302
  • https://openalex.org/W2168597394
  • https://openalex.org/W2171867584
  • https://openalex.org/W2341163127
  • https://openalex.org/W2402193154
  • https://openalex.org/W2408373935
  • https://openalex.org/W2413844093
  • https://openalex.org/W2419669009
  • https://openalex.org/W4250052351