Published November 24, 2009 | Version v1
Publication Open

Characterization of microsatellites and gene contents from genome shotgun sequences of mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek)

Creators

  • 1. National Center for Genetic Engineering and Biotechnology
  • 2. Kasetsart University

Description

Mungbean is an important economical crop in Asia. However, genomic research has lagged behind other crop species due to the lack of polymorphic DNA markers found in this crop. The objective of this work is to develop and characterize microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers from genome shotgun sequencing of mungbean.We have generated and characterized a total of 470,024 genome shotgun sequences covering 100.5 Mb of the mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek) genome using 454 sequencing technology. We identified 1,493 SSR motifs that could be used as potential molecular markers. Among 192 tested primer pairs in 17 mungbean accessions, 60 loci revealed polymorphism with polymorphic information content (PIC) values ranging from 0.0555 to 0.6907 with an average of 0.2594. Majority of microsatellite markers were transferable in Vigna species, whereas transferability rates were only 22.90% and 24.43% in Phaseolus vulgaris and Glycine max, respectively. We also used 16 SSR loci to evaluate phylogenetic relationship of 35 genotypes of the Asian Vigna group. The genome survey sequences were further analyzed to search for gene content. The evidence suggested 1,542 gene fragments have been sequence tagged, that fell within intersected existing gene models and shared sequence homology with other proteins in the database. Furthermore, potential microRNAs that could regulate developmental stages and environmental responses were discovered from this dataset.In this report, we provided evidence of generating remarkable levels of diverse microsatellite markers and gene content from high throughput genome shotgun sequencing of the mungbean genomic DNA. The markers could be used in germplasm analysis, accessing genetic diversity and linkage mapping of mungbean.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يعد المونغ بين محصولًا اقتصاديًا مهمًا في آسيا. ومع ذلك، فقد تخلفت الأبحاث الجينية عن أنواع المحاصيل الأخرى بسبب نقص علامات الحمض النووي متعدد الأشكال الموجودة في هذا المحصول. الهدف من هذا العمل هو تطوير وتوصيف علامات الأقمار الصناعية الدقيقة أو تكرار التسلسل البسيط (SSR) من تسلسل بندقية الجينوم من mungbean. لقد أنشأنا وميزنا ما مجموعه 470،024 تسلسل بندقية الجينوم التي تغطي 100.5 ميغابايت من جينوم mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek) باستخدام تقنية التسلسل 454. حددنا 1493 زخرفة SSR يمكن استخدامها كعلامات جزيئية محتملة. من بين 192 زوجًا تم اختباره في 17 ملحقًا منجبيًا، كشفت 60 موضعًا عن تعدد الأشكال مع قيم محتوى معلومات متعددة الأشكال (PIC) تتراوح من 0.0555 إلى 0.6907 بمتوسط 0.2594. كانت غالبية علامات الأقمار الصناعية الدقيقة قابلة للنقل في أنواع Vigna، في حين كانت معدلات قابلية النقل 22.90 ٪ و 24.43 ٪ فقط في Phaseolus vulgaris و Glycine max، على التوالي. استخدمنا أيضًا 16 موضع SSR لتقييم العلاقة الوراثية لـ 35 نمطًا وراثيًا من مجموعة فيجنا الآسيوية. تم تحليل تسلسلات مسح الجينوم بشكل أكبر للبحث عن محتوى الجين. تشير الأدلة إلى أن 1542 شظية جينية قد تم وسمها بالتسلسل، والتي تقع ضمن نماذج الجينات المتقاطعة الموجودة وتماثل التسلسل المشترك مع البروتينات الأخرى في قاعدة البيانات. علاوة على ذلك، تم اكتشاف microRNAs المحتملة التي يمكن أن تنظم المراحل التنموية والاستجابات البيئية من مجموعة البيانات هذه. في هذا التقرير، قدمنا أدلة على توليد مستويات ملحوظة من علامات الأقمار الصناعية الدقيقة المتنوعة ومحتوى الجينات من تسلسل بندقية الجينوم عالي الإنتاجية للحمض النووي الجيني المنغولي. يمكن استخدام الواسمات في تحليل الجبلة الجرثومية، والوصول إلى التنوع الجيني ورسم خرائط الروابط للمونجبين.

Translated Description (French)

Le mungbean est une culture économique importante en Asie. Cependant, la recherche génomique a pris du retard par rapport aux autres espèces cultivées en raison du manque de marqueurs ADN polymorphes trouvés dans cette culture. L'objectif de ce travail est de développer et de caractériser des marqueurs microsatellites ou de répétition de séquence simple (SSR) à partir du séquençage du génome par fusil de chasse du mungbean.Nous avons généré et caractérisé un total de 470 024 séquences de fusil de chasse du génome couvrant 100,5 Mb du génome du mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek) en utilisant la technologie de séquençage 454. Nous avons identifié 1 493 motifs SSR qui pourraient être utilisés comme marqueurs moléculaires potentiels. Parmi 192 paires d'amorces testées dans 17 accessions de haricots mungo, 60 loci ont révélé un polymorphisme avec des valeurs de contenu d'information polymorphe (CIP) allant de 0,0555 à 0,6907 avec une moyenne de 0,2594. La majorité des marqueurs microsatellites étaient transférables chez les espèces Vigna, alors que les taux de transférabilité n'étaient que de 22,90 % et 24,43 % chez Phaseolus vulgaris et Glycine max, respectivement. Nous avons également utilisé 16 loci SSR pour évaluer la relation phylogénétique de 35 génotypes du groupe asiatique Vigna. Les séquences d'enquête sur le génome ont été analysées plus avant pour rechercher le contenu génique. Les preuves suggèrent que 1 542 fragments de gènes ont été marqués par séquence, qu'ils se trouvaient dans des modèles de gènes existants intersectés et qu'ils partageaient une homologie de séquence avec d'autres protéines de la base de données. De plus, des microARN potentiels qui pourraient réguler les stades de développement et les réponses environnementales ont été découverts à partir de cet ensemble de données. Dans ce rapport, nous avons fourni des preuves de la génération de niveaux remarquables de divers marqueurs microsatellites et de contenu génique à partir du séquençage à haut débit du génome par fusil de chasse de l'ADN génomique du mungbean. Les marqueurs pourraient être utilisés dans l'analyse du germoplasme, l'accès à la diversité génétique et la cartographie des liens du haricot mungo.

Translated Description (Spanish)

El mungbean es un cultivo económico importante en Asia. Sin embargo, la investigación genómica se ha quedado rezagada con respecto a otras especies de cultivos debido a la falta de marcadores polimórficos de ADN que se encuentran en este cultivo. El objetivo de este trabajo es desarrollar y caracterizar marcadores microsatélites o de repetición de secuencia simple (SSR) a partir de la secuenciación escopeta del genoma de mungbean. Hemos generado y caracterizado un total de 470.024 secuencias escopeta del genoma que cubren 100,5 Mb del genoma de mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek) utilizando tecnología de secuenciación 454. Identificamos 1493 motivos SSR que podrían usarse como posibles marcadores moleculares. Entre 192 pares de cebadores probados en 17 accesiones de frijol mungo, 60 loci revelaron polimorfismo con valores de contenido de información polimórfica (PIC) que varían de 0.0555 a 0.6907 con un promedio de 0.2594. La mayoría de los marcadores de microsatélites fueron transferibles en especies de Vigna, mientras que las tasas de transferibilidad fueron solo del 22,90% y el 24,43% en Phaseolus vulgaris y Glycine max, respectivamente. También utilizamos 16 loci SSR para evaluar la relación filogenética de 35 genotipos del grupo de Vigna asiática. Las secuencias de estudio del genoma se analizaron adicionalmente para buscar el contenido génico. La evidencia sugirió que 1,542 fragmentos de genes han sido etiquetados en secuencia, que se encontraban dentro de los modelos de genes existentes intersectados y compartían homología de secuencia con otras proteínas en la base de datos. Además, se descubrieron microARN potenciales que podrían regular las etapas de desarrollo y las respuestas ambientales a partir de este conjunto de datos. En este informe, proporcionamos evidencia de generar niveles notables de diversos marcadores de microsatélites y contenido génico a partir de la secuenciación escopeta del genoma de alto rendimiento del ADN genómico del frijol mungo. Los marcadores podrían utilizarse en el análisis de germoplasma, el acceso a la diversidad genética y el mapeo de vinculación de la mungbean.

Files

1471-2229-9-137.pdf

Files (1.8 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:80083a03ff1a1787f99fd9c3d10d024f
1.8 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
توصيف السواتل الدقيقة ومحتويات الجينات من تسلسل بندقية الجينوم من المونغبين (Vigna radiata (L.) Wilczek)
Translated title (French)
Caractérisation des microsatellites et du contenu génique à partir des séquences génomiques du fusil de chasse du haricot mungo (Vigna radiata (L.) Wilczek)
Translated title (Spanish)
Caracterización de microsatélites y contenidos génicos a partir de secuencias genómicas de escopeta de mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek)

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2060724693
DOI
10.1186/1471-2229-9-137

Is supplement to
https://openalex.org/W4290994333 (Other)
https://openalex.org/W2799981841 (Other)
https://openalex.org/W2523500887 (Other)
https://openalex.org/W2421514097 (Other)
https://openalex.org/W2376656822 (Other)
https://openalex.org/W2310914630 (Other)
https://openalex.org/W230641855 (Other)
https://openalex.org/W2277885220 (Other)
https://openalex.org/W2215161613 (Other)
https://openalex.org/W2102186664 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1485221699
  • https://openalex.org/W1488822382
  • https://openalex.org/W1494075612
  • https://openalex.org/W1499500424
  • https://openalex.org/W1525014224
  • https://openalex.org/W1803375514
  • https://openalex.org/W193594
  • https://openalex.org/W1946340895
  • https://openalex.org/W1966711026
  • https://openalex.org/W1974978155
  • https://openalex.org/W1975405343
  • https://openalex.org/W1983767939
  • https://openalex.org/W1984780475
  • https://openalex.org/W1988027677
  • https://openalex.org/W1992484459
  • https://openalex.org/W1993876559
  • https://openalex.org/W1994145712
  • https://openalex.org/W1996515220
  • https://openalex.org/W1998671094
  • https://openalex.org/W1998679113
  • https://openalex.org/W2005172590
  • https://openalex.org/W2007888538
  • https://openalex.org/W2012128982
  • https://openalex.org/W2013257559
  • https://openalex.org/W2013738977
  • https://openalex.org/W2013771329
  • https://openalex.org/W2028803704
  • https://openalex.org/W2031903005
  • https://openalex.org/W2037381091
  • https://openalex.org/W2046062863
  • https://openalex.org/W2054479827
  • https://openalex.org/W2069514824
  • https://openalex.org/W2072961183
  • https://openalex.org/W2081031340
  • https://openalex.org/W2082091267
  • https://openalex.org/W2092178164
  • https://openalex.org/W2098565257
  • https://openalex.org/W2106348976
  • https://openalex.org/W2107553805
  • https://openalex.org/W2109490128
  • https://openalex.org/W2114671632
  • https://openalex.org/W2116982032
  • https://openalex.org/W2121540048
  • https://openalex.org/W2122619102
  • https://openalex.org/W2124984344
  • https://openalex.org/W2125346198
  • https://openalex.org/W2128114769
  • https://openalex.org/W2133376645
  • https://openalex.org/W2133876293
  • https://openalex.org/W2139068863
  • https://openalex.org/W2141616651
  • https://openalex.org/W2144236339
  • https://openalex.org/W2148862355
  • https://openalex.org/W2159549123
  • https://openalex.org/W2160053034
  • https://openalex.org/W2160069833
  • https://openalex.org/W2164154943
  • https://openalex.org/W2179935805
  • https://openalex.org/W2295580050
  • https://openalex.org/W2488322981
  • https://openalex.org/W4212941976
  • https://openalex.org/W46186921
  • https://openalex.org/W64700647