Published June 8, 2023 | Version v1
Publication Open

Locus specific human endogenous retroviruses reveal new lymphoma subtypes

Creators

  • 1. Cornell University
  • 2. Instituto de Medicina Genómica
  • 3. National Institute of Genomic Medicine
  • 4. Universidad Nacional Autónoma de México
  • 5. National Cancer Institute

Description

The heterogeneity of cancers are driven by diverse mechanisms underlying oncogenesis such as differential 'cell-of-origin' (COO) progenitors, mutagenesis, and viral infections. Classification of B-cell lymphomas have been defined by considering these characteristics. However, the expression and contribution of transposable elements (TEs) to B cell lymphoma oncogenesis or classification have been overlooked. We hypothesized that incorporating TE signatures would increase the resolution of B-cell identity during healthy and malignant conditions. Here, we present the first comprehensive, locus-specific characterization of TE expression in benign germinal center (GC) B-cells, diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), Epstein-Barr virus (EBV)-positive and EBV-negative Burkitt lymphoma (BL), and follicular lymphoma (FL). Our findings demonstrate unique human endogenous retrovirus (HERV) signatures in the GC and lymphoma subtypes whose activity can be used in combination with gene expression to define B-cell lineage in lymphoid malignancies, highlighting the potential of retrotranscriptomic analyses as a tool in lymphoma classification, diagnosis, and the identification of novel treatment groups.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

إن عدم تجانس السرطانات مدفوع بالآليات المتنوعة الكامنة وراء تكوين الأورام مثل الأسلاف التفاضلية "لخلايا المنشأ" (COO)، والطفرات، والالتهابات الفيروسية. تم تحديد تصنيف الأورام اللمفاوية للخلايا البائية من خلال النظر في هذه الخصائص. ومع ذلك، فقد تم التغاضي عن تعبير ومساهمة العناصر القابلة للنقل (TEs) في تكوين أو تصنيف سرطان الغدد الليمفاوية B. افترضنا أن دمج توقيعات TE من شأنه أن يزيد من دقة هوية الخلية B أثناء الظروف الصحية والخبيثة. هنا، نقدم أول توصيف شامل ومحدد للموضع لتعبير TE في الخلايا البائية في المركز الجرثومي الحميد (GC)، وسرطان الغدد الليمفاوية كبير الخلايا البائية المنتشر (DLBCL)، وفيروس إبشتاين بار (EBV)- الإيجابي وسرطان الغدد الليمفاوية بيركيت السلبي (BL)، وسرطان الغدد الليمفاوية الجريبي (FL). تُظهر النتائج التي توصلنا إليها تواقيع فريدة للفيروس الرجعي الداخلي المنشأ البشري (HERV) في النوعين الفرعيين GC والورم اللمفاوي اللذين يمكن استخدام نشاطهما بالاقتران مع التعبير الجيني لتحديد سلالة الخلايا البائية في الأورام الخبيثة اللمفاوية، مما يسلط الضوء على إمكانات التحليلات خلف النسيجية كأداة في تصنيف الورم اللمفاوي وتشخيصه وتحديد مجموعات العلاج الجديدة.

Translated Description (French)

L'hétérogénéité des cancers est motivée par divers mécanismes sous-jacents à l'oncogenèse tels que les progéniteurs différentiels de la « cellule d'origine » (COO), la mutagenèse et les infections virales. La classification des lymphomes à cellules B a été définie en tenant compte de ces caractéristiques. Cependant, l'expression et la contribution des éléments transposables (ET) à l'oncogenèse ou à la classification du lymphome B ont été négligées. Nous avons émis l'hypothèse que l'incorporation de signatures TE augmenterait la résolution de l'identité des lymphocytes B dans des conditions saines et malignes. Nous présentons ici la première caractérisation complète et spécifique au locus de l'expression de l'ET dans les cellules B du centre germinal bénin (GC), le lymphome diffus à grandes cellules B (LDGCB), le lymphome de Burkitt (BL)positif au virus d'Epstein-Barr (EBV) et négatif au EBV et le lymphome folliculaire (FL). Nos résultats démontrent des signatures uniques de rétrovirus endogènes humains (HERV) dans les sous-types de GC et de lymphome dont l'activité peut être utilisée en combinaison avec l'expression génique pour définir la lignée des cellules B dans les tumeurs malignes lymphoïdes, soulignant le potentiel des analyses rétrotranscriptomiques en tant qu'outil de classification, de diagnostic et d'identification de nouveaux groupes de traitement du lymphome.

Translated Description (Spanish)

La heterogeneidad de los cánceres está impulsada por diversos mecanismos subyacentes a la oncogénesis, como los progenitores diferenciales de la "célula de origen" (COO), la mutagénesis y las infecciones virales. La clasificación de los linfomas de células B se ha definido teniendo en cuenta estas características. Sin embargo, se ha pasado por alto la expresión y la contribución de los elementos transponibles (TE) a la oncogénesis o clasificación del linfoma de células B. Planteamos la hipótesis de que la incorporación de firmas TE aumentaría la resolución de la identidad de las células B en condiciones sanas y malignas. Aquí, presentamos la primera caracterización integral y específica del locus de la expresión de TE en células B benignas del centro germinal (GC), linfoma difuso de células B grandes (DLBCL), linfoma de Burkitt (BL)positivo para el virus de Epstein-Barr (EBV) y negativo para EBV, y linfoma folicular (FL). Nuestros hallazgos demuestran firmas únicas de retrovirus endógeno humano (HERV) en los subtipos de GC y linfoma cuya actividad se puede usar en combinación con la expresión génica para definir el linaje de células B en neoplasias malignas linfoides, destacando el potencial de los análisis retrotranscriptómicos como una herramienta en la clasificación, el diagnóstico y la identificación de nuevos grupos de tratamiento del linfoma.

Files

2023.06.08.544208.full.pdf.pdf

Files (9.5 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:01e6d0f916b3c7d7c69a6b7d30ff7a60
9.5 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تكشف الفيروسات القهقرية الذاتية البشرية الخاصة بالموقع عن أنواع فرعية جديدة من سرطان الغدد الليمفاوية
Translated title (French)
Les rétrovirus endogènes humains spécifiques au locus révèlent de nouveaux sous-types de lymphome
Translated title (Spanish)
Los retrovirus endógenos humanos específicos de locus revelan nuevos subtipos de linfoma

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4379927843
DOI
10.1101/2023.06.08.544208

Is supplement to
https://openalex.org/W2512267281 (Other)
https://openalex.org/W2410181327 (Other)
https://openalex.org/W2316628929 (Other)
https://openalex.org/W2275798086 (Other)
https://openalex.org/W2272952900 (Other)
https://openalex.org/W2263945982 (Other)
https://openalex.org/W2143045093 (Other)
https://openalex.org/W2123323046 (Other)
https://openalex.org/W1911875678 (Other)
https://openalex.org/W1847671176 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Mexico

References

  • https://openalex.org/W1491910236
  • https://openalex.org/W1966915893
  • https://openalex.org/W1976564639
  • https://openalex.org/W2015637630
  • https://openalex.org/W2017621914
  • https://openalex.org/W2024532806
  • https://openalex.org/W2027835215
  • https://openalex.org/W2039824889
  • https://openalex.org/W2072583113
  • https://openalex.org/W2082538818
  • https://openalex.org/W2084378748
  • https://openalex.org/W2107333779
  • https://openalex.org/W2110256992
  • https://openalex.org/W2110417468
  • https://openalex.org/W2115462905
  • https://openalex.org/W2130410032
  • https://openalex.org/W2140496675
  • https://openalex.org/W2149525857
  • https://openalex.org/W2156665896
  • https://openalex.org/W2157279932
  • https://openalex.org/W2158485828
  • https://openalex.org/W2164035719
  • https://openalex.org/W2167719208
  • https://openalex.org/W2168909179
  • https://openalex.org/W2179438025
  • https://openalex.org/W2214074259
  • https://openalex.org/W2290849670
  • https://openalex.org/W2318777795
  • https://openalex.org/W2360800897
  • https://openalex.org/W2407307498
  • https://openalex.org/W2521741241
  • https://openalex.org/W2595956860
  • https://openalex.org/W2797584152
  • https://openalex.org/W2801763724
  • https://openalex.org/W2888593931
  • https://openalex.org/W2901901698
  • https://openalex.org/W2910753135
  • https://openalex.org/W2914560998
  • https://openalex.org/W2926154163
  • https://openalex.org/W2973090451
  • https://openalex.org/W2976891460
  • https://openalex.org/W2989996227
  • https://openalex.org/W3016044607
  • https://openalex.org/W3036325257
  • https://openalex.org/W3040048187
  • https://openalex.org/W3087081867
  • https://openalex.org/W3089588814
  • https://openalex.org/W3097629227
  • https://openalex.org/W3099862724
  • https://openalex.org/W3119487047
  • https://openalex.org/W3135031452
  • https://openalex.org/W3147549530
  • https://openalex.org/W3157310410
  • https://openalex.org/W3159288716
  • https://openalex.org/W3162125475
  • https://openalex.org/W3171487727
  • https://openalex.org/W3175735655
  • https://openalex.org/W3188243467
  • https://openalex.org/W3188425922
  • https://openalex.org/W3195250120
  • https://openalex.org/W3204588361
  • https://openalex.org/W3204930657
  • https://openalex.org/W4214672693
  • https://openalex.org/W4220959798
  • https://openalex.org/W4220999759
  • https://openalex.org/W4224253091
  • https://openalex.org/W4226063992
  • https://openalex.org/W4280582324
  • https://openalex.org/W4288740289
  • https://openalex.org/W4296826646
  • https://openalex.org/W4306711309
  • https://openalex.org/W4306926664
  • https://openalex.org/W4307412666
  • https://openalex.org/W4308303334
  • https://openalex.org/W4315631544
  • https://openalex.org/W4316662920
  • https://openalex.org/W4319069400
  • https://openalex.org/W4319069473
  • https://openalex.org/W4360999762
  • https://openalex.org/W4362600529
  • https://openalex.org/W4365137750