Published November 17, 2017 | Version v1
Publication Open

Epidemiology and clinical profile of pathogens responsible for the hospitalization of children in Sousse area, Tunisia

Creators

  • 1. Hôpital Farhat Hached
  • 2. University of Sousse
  • 3. University of Monastir
  • 4. Innsbruck Medical University

Description

This study aimed to identify a broad spectrum of respiratory pathogens from hospitalized and not-preselected children with acute respiratory tract infections in the Farhat Hached University-hospital of Sousse, Tunisia. Between September 2013 and December 2014, samples from 372 children aged between 1 month and 5 years were collected, and tested using multiplex real-time RT-PCR by a commercial assay for 21 respiratory pathogens. In addition, samples were screened for the presence of Streptococcus pneumoniae 16S rDNA using real-time PCR. The viral distribution and its association with clinical symptoms were statistically analyzed. Viral pathogens were detected in 342 (91.93%) of the samples of which 28.76% were single positive and 63.17% had multiple infections. The most frequent detected viruses were rhinovirus (55.64%), respiratory syncytial virus A/B (33.06%), adenovirus (25.00%), coronavirus NL63, HKU1, OC43, and 229E (21.50%), and metapneumovirus A/B (16.12%). Children in the youngest age group (1-3 months) exhibited the highest frequencies of infection. Related to their frequency of detection, RSV A/B was the most associated pathogen with patient's demographic situation and clinical manifestations (p<0.05). Parainfluenza virus 1-4 and parechovirus were found to increase the risk of death (p<0.05). Adenovirus was statistically associated to the manifestation of gastroenteritis (p = 0.004). Rhinovirus infection increases the duration of oxygen support (p = 0.042). Coronavirus group was statistically associated with the manifestation of bronchiolitis (p = 0.009) and laryngitis (p = 0.017). Streptococcus pneumoniae DNA was detected in 143 (38.44%) of tested samples. However, only 53 samples had a concentration of C-reactive protein from equal to higher than 20 milligrams per liter, and 6 of them were single positive for Streptocuccus pneumoniae. This study confirms the high incidence of respiratory viruses in children hospitalized for acute respiratory tract infections in the Sousse area, Tunisia.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

هدفت هذه الدراسة إلى تحديد مجموعة واسعة من مسببات الأمراض التنفسية من الأطفال الذين تم نقلهم إلى المستشفى والذين لم يتم اختيارهم مسبقًا والذين يعانون من التهابات الجهاز التنفسي الحادة في مستشفى جامعة فرحات حشاد في سوسة، تونس. بين سبتمبر 2013 وديسمبر 2014، تم جمع عينات من 372 طفلاً تتراوح أعمارهم بين شهر واحد و 5 سنوات، واختبارها باستخدام RT - PCR متعدد الإرسال في الوقت الفعلي من خلال فحص تجاري لـ 21 من مسببات الأمراض التنفسية. بالإضافة إلى ذلك، تم فحص العينات بحثًا عن وجود العقدية الرئوية 16S rDNA باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي. تم تحليل التوزيع الفيروسي وارتباطه بالأعراض السريرية إحصائيًا. تم اكتشاف مسببات الأمراض الفيروسية في 342 (91.93 ٪) من العينات منها 28.76 ٪ إيجابية واحدة و 63.17 ٪ مصابة بعدوى متعددة. كانت الفيروسات الأكثر شيوعًا المكتشفة هي الفيروس الأنفي (55.64 ٪)، والفيروس المخلوي التنفسي A/B (33.06 ٪)، والفيروس الغدي (25.00 ٪)، والفيروس التاجي NL63، و HKU1، و OC43، و 229E (21.50 ٪)، والفيروس الرئوي A/B (16.12 ٪). أظهر الأطفال في الفئة العمرية الأصغر (1-3 أشهر) أعلى معدلات الإصابة. فيما يتعلق بتواتر اكتشافها، كان الفيروس المخلوي التنفسي أ/ب هو العامل الممرض الأكثر ارتباطًا بالوضع الديموغرافي للمريض ومظاهره السريرية (ص<0.05). وجد أن فيروس نظير الإنفلونزا 1-4 وفيروس الباريتشوفيروس يزيدان من خطر الوفاة (p<0.05). ارتبط الفيروس الغدي إحصائيًا بمظهر التهاب المعدة والأمعاء (p = 0.004). تزيد عدوى الفيروس الأنفي من مدة دعم الأكسجين (p = 0.042). ارتبطت مجموعة فيروس كورونا إحصائيًا بمظهر التهاب القصيبات (p = 0.009) والتهاب الحنجرة (p = 0.017). تم اكتشاف الحمض النووي للعقدية الرئوية في 143 (38.44 ٪) من العينات التي تم اختبارها. ومع ذلك، كان لدى 53 عينة فقط تركيز بروتين سي التفاعلي من مساوٍ إلى أعلى من 20 ملليغرام لكل لتر، وكانت 6 منها إيجابية واحدة للعقدية الرئوية. تؤكد هذه الدراسة ارتفاع معدل الإصابة بفيروسات الجهاز التنفسي لدى الأطفال الذين يدخلون المستشفى بسبب التهابات الجهاز التنفسي الحادة في منطقة سوسة بتونس.

Translated Description (French)

Cette étude visait à identifier un large spectre d'agents pathogènes respiratoires chez des enfants hospitalisés et non présélectionnés atteints d'infections aiguës des voies respiratoires à l'hôpital universitaire Farhat Hached de Sousse, en Tunisie. Entre septembre 2013 et décembre 2014, des échantillons de 372 enfants âgés de 1 mois à 5 ans ont été prélevés et testés en utilisant la RT-PCR multiplex en temps réel par un test commercial pour 21 agents pathogènes respiratoires. De plus, des échantillons ont été dépistés pour la présence d'ADNr 16S de Streptococcus pneumoniae à l'aide d'une PCR en temps réel. La distribution virale et son association avec les symptômes cliniques ont été analysées statistiquement. Des agents pathogènes viraux ont été détectés dans 342 (91,93 %) des échantillons, dont 28,76 % étaient positifs seuls et 63,17 % avaient des infections multiples. Les virus détectés les plus fréquents étaient le rhinovirus (55,64 %), le virus respiratoire syncytial A/B (33,06 %), l'adénovirus (25,00 %), le coronavirus NL63, HKU1, OC43 et 229e (21,50 %) et le métapneumovirus A/B (16,12 %). Les enfants du groupe d'âge le plus jeune (1-3 mois) présentaient les fréquences d'infection les plus élevées. Relativement à leur fréquence de détection, le VRS A/B était l'agent pathogène le plus associé à la situation démographique et aux manifestations cliniques du patient (p<0,05). Il a été constaté que le virus parainfluenza 1-4 et le parechovirus augmentaient le risque de décès (p<0,05). L'adénovirus a été statistiquement associé à la manifestation d'une gastro-entérite (p = 0,004). L'infection par le rhinovirus augmente la durée du soutien de l'oxygène (p = 0,042). Le groupe du coronavirus était statistiquement associé à la manifestation de la bronchiolite (p = 0,009) et de la laryngite (p = 0,017). L'ADN de Streptococcus pneumoniae a été détecté dans 143 (38,44 %) des échantillons testés. Cependant, seuls 53 échantillons avaient une concentration de protéine C-réactive supérieure à 20 milligrammes par litre, et 6 d'entre eux étaient positifs pour Streptocuccus pneumoniae. Cette étude confirme la forte incidence de virus respiratoires chez les enfants hospitalisés pour des infections aiguës des voies respiratoires dans la région de Sousse, en Tunisie.

Translated Description (Spanish)

Este estudio tuvo como objetivo identificar un amplio espectro de patógenos respiratorios de niños hospitalizados y no preseleccionados con infecciones agudas del tracto respiratorio en el hospital de la Universidad de Farhat Hached de Susa, Túnez. Entre septiembre de 2013 y diciembre de 2014, se recolectaron muestras de 372 niños de entre 1 mes y 5 años, y se analizaron mediante RT-PCR multiplex en tiempo real mediante un ensayo comercial para 21 patógenos respiratorios. Además, las muestras se analizaron para detectar la presencia de ADNr 16S de Streptococcus pneumoniae mediante PCR en tiempo real. Se analizó estadísticamente la distribución viral y su asociación con los síntomas clínicos. Se detectaron patógenos virales en 342 (91,93%) de las muestras, de las cuales el 28,76% eran positivas únicas y el 63,17% tenían infecciones múltiples. Los virus detectados con mayor frecuencia fueron rinovirus (55.64%), virus respiratorio sincitial A/B (33.06%), adenovirus (25.00%), coronavirus NL63, HKU1, OC43 y 229E (21.50%) y metapneumovirus A/B (16.12%). Los niños en el grupo de edad más joven (1-3 meses) mostraron las frecuencias más altas de infección. En relación con su frecuencia de detección, el VRS A/B fue el patógeno más asociado con la situación demográfica y las manifestaciones clínicas del paciente (p<0,05). Se encontró que el virus de la parainfluenza 1-4 y el parechovirus aumentan el riesgo de muerte (p<0.05). El adenovirus se asoció estadísticamente a la manifestación de gastroenteritis (p = 0,004). La infección por rinovirus aumenta la duración del soporte de oxígeno (p = 0,042). El grupo de coronavirus se asoció estadísticamente con la manifestación de bronquiolitis (p = 0,009) y laringitis (p = 0,017). Se detectó ADN de Streptococcus pneumoniae en 143 (38,44%) de las muestras analizadas. Sin embargo, solo 53 muestras tenían una concentración de proteína C reactiva igual o superior a 20 miligramos por litro, y 6 de ellas fueron positivas para Streptocuccus pneumoniae. Este estudio confirma la alta incidencia de virus respiratorios en niños hospitalizados por infecciones agudas del tracto respiratorio en el área de Sousse, Túnez.

Files

journal.pone.0188325&type=printable.pdf

Files (2.0 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:3522679183bdb0609ac0f7664944e777
2.0 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
علم الأوبئة والملف السريري لمسببات الأمراض المسؤولة عن إدخال الأطفال إلى المستشفى في منطقة سوسة بتونس
Translated title (French)
Épidémiologie et profil clinique des agents pathogènes responsables de l'hospitalisation des enfants dans la région de Sousse, Tunisie
Translated title (Spanish)
Epidemiología y perfil clínico de los patógenos responsables de la hospitalización de niños en el área de Sousse, Túnez

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2769770101
DOI
10.1371/journal.pone.0188325

Is supplement to
https://openalex.org/W4376474228 (Other)
https://openalex.org/W4309600431 (Other)
https://openalex.org/W3029381021 (Other)
https://openalex.org/W2786643855 (Other)
https://openalex.org/W2119681257 (Other)
https://openalex.org/W2108979494 (Other)
https://openalex.org/W2096982446 (Other)
https://openalex.org/W1984511303 (Other)
https://openalex.org/W1983738627 (Other)
https://openalex.org/W1979720496 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Tunisia

References

  • https://openalex.org/W1571666714
  • https://openalex.org/W1581930822
  • https://openalex.org/W1722584286
  • https://openalex.org/W1847615049
  • https://openalex.org/W1964911614
  • https://openalex.org/W1973365956
  • https://openalex.org/W1975177515
  • https://openalex.org/W1980428624
  • https://openalex.org/W1987783790
  • https://openalex.org/W1991680300
  • https://openalex.org/W2000576466
  • https://openalex.org/W2014819850
  • https://openalex.org/W2016253387
  • https://openalex.org/W2027917776
  • https://openalex.org/W2028068823
  • https://openalex.org/W2055167467
  • https://openalex.org/W2063260799
  • https://openalex.org/W2064024662
  • https://openalex.org/W2066334998
  • https://openalex.org/W2068761525
  • https://openalex.org/W2076354126
  • https://openalex.org/W2078268352
  • https://openalex.org/W2079575967
  • https://openalex.org/W2081835188
  • https://openalex.org/W2088746631
  • https://openalex.org/W2088848561
  • https://openalex.org/W2106426807
  • https://openalex.org/W2113629675
  • https://openalex.org/W2116073376
  • https://openalex.org/W2116132340
  • https://openalex.org/W2117793962
  • https://openalex.org/W2119632771
  • https://openalex.org/W2120399147
  • https://openalex.org/W2122369207
  • https://openalex.org/W2129144407
  • https://openalex.org/W2129657736
  • https://openalex.org/W2132040950
  • https://openalex.org/W2137407508
  • https://openalex.org/W2139699713
  • https://openalex.org/W2159773954
  • https://openalex.org/W2163911337
  • https://openalex.org/W2233505322
  • https://openalex.org/W2403801644
  • https://openalex.org/W2460176835
  • https://openalex.org/W2559267600
  • https://openalex.org/W2577011259