Published July 19, 2019 | Version v1
Publication Open

First detection and genetic characterization of canine Kobuvirus in domestic dogs in Thailand

Creators

  • 1. Chulalongkorn University

Description

Canine Kobuvirus (CaKoV) has been detected both in healthy and diarrheic dogs and in asymptomatic wild carnivores. In this study, we conducted a survey of CaKoV at small animal hospitals in Bangkok and vicinity of Thailand during September 2016 to September 2018. Three hundred and seven rectal swab samples were collected from healthy dogs (n = 55) and dogs with gastroenteritis symptoms (n = 252). Of 307 swab samples tested by using one-step RT-PCR specific to 3D gene, we found CaKoV positivity at 17.59% (54/307). CaKoVs could be detected in both sick (19.44%) and healthy (9.09%) animals. In relation to age group, CaKoV could be frequently detected in younger dogs (25.45%). Our result showed no seasonal pattern of CaKoV infection in domestic dogs. In this study, we characterized CaKoVs by whole genome sequencing (n = 4) or 3D and VP1 gene sequencing (n = 8). Genetic and phylogenetic analyses showed that whole genomes of Thai CaKoVs were closely related to Chinese CaKoVs with highest 99.5% amino acid identity suggesting possible origin of CaKoVs in Thailand. In conclusion, this study was the first to report the detection and genetic characteristics of CaKoVs in domestic dogs in Thailand. CaKoVs could be detected in both sick and healthy dogs. The virus is frequently detected in younger dogs. Thai CaKoVs were genetically closely related and grouped with Chinese CaKoVs. Our result raises the concerns to vet practitioners that diarrhea in dogs due to canine Kobuvirus infection should not be ignored.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم اكتشاف فيروس كوبوفيروس الكلاب (CaKoV) في كل من الكلاب السليمة والمصابة بالإسهال وفي الحيوانات آكلة اللحوم البرية التي لا تظهر عليها أعراض. في هذه الدراسة، أجرينا مسحًا لـ CaKoV في مستشفيات الحيوانات الصغيرة في بانكوك والمناطق المجاورة لتايلاند خلال سبتمبر 2016 إلى سبتمبر 2018. تم جمع ثلاثمائة وسبع عينات من مسحة المستقيم من الكلاب الصحية (العدد = 55) والكلاب التي تعاني من أعراض التهاب المعدة والأمعاء (العدد = 252). من بين 307 عينة مسحة تم اختبارها باستخدام RT - PCR من خطوة واحدة خاصة بالجينات ثلاثية الأبعاد، وجدنا إيجابية CaKoV بنسبة 17.59 ٪ (54/307). يمكن اكتشاف CaKoVs في كل من الحيوانات المريضة (19.44 ٪) والصحية (9.09 ٪). فيما يتعلق بالفئة العمرية، يمكن اكتشاف CaKoV بشكل متكرر في الكلاب الأصغر سنًا (25.45 ٪). لم تظهر نتائجنا أي نمط موسمي لعدوى CaKoV في الكلاب المنزلية. في هذه الدراسة، قمنا بتوصيف CaKoVs من خلال تسلسل الجينوم الكامل (n = 4) أو التسلسل الجيني ثلاثي الأبعاد و VP1 (n = 8). أظهرت التحليلات الجينية والتطور الوراثي أن الجينوم الكامل لفيروسات CaKoVs التايلاندية كان مرتبطًا ارتباطًا وثيقًا بفيروسات CaKoVs الصينية التي تحتوي على أعلى هوية من الأحماض الأمينية بنسبة 99.5 ٪ مما يشير إلى أصل محتمل لفيروسات CaKoVs في تايلاند. في الختام، كانت هذه الدراسة هي الأولى التي أبلغت عن الكشف عن فيروسات CaKoVs وخصائصها الجينية في الكلاب المنزلية في تايلاند. يمكن اكتشاف CaKoVs في كل من الكلاب المريضة والصحية. وكثيرا ما يتم الكشف عن الفيروس في الكلاب الأصغر سنا. كانت فيروسات كورونا (CaKoVs) التايلاندية مرتبطة ارتباطًا وثيقًا وراثيًا ومجمعة مع فيروسات كورونا (CaKoVs) الصينية. تثير نتيجتنا مخاوف الممارسين البيطريين من أنه لا ينبغي تجاهل الإسهال في الكلاب بسبب عدوى فيروس الكوبوفيروس النابي.

Translated Description (French)

Le kobuvirus canin (CaKoV) a été détecté à la fois chez des chiens en bonne santé et diarrhéiques et chez des carnivores sauvages asymptomatiques. Dans cette étude, nous avons mené une enquête sur le CaKoV dans les hôpitaux pour petits animaux de Bangkok et des environs de la Thaïlande entre septembre 2016 et septembre 2018. Trois cent sept échantillons d'écouvillons rectaux ont été prélevés sur des chiens en bonne santé (n = 55) et des chiens présentant des symptômes de gastro-entérite (n = 252). Sur 307 échantillons d'écouvillons testés en utilisant la RT-PCR en une étape spécifique au gène 3D, nous avons trouvé une positivité au CaKoV à 17,59 % (54/307). Les CaKoV ont pu être détectés à la fois chez les animaux malades (19,44 %) et en bonne santé (9,09 %). Par rapport au groupe d'âge, le CaKoV pourrait être fréquemment détecté chez les chiens plus jeunes (25,45 %). Notre résultat n'a montré aucun schéma saisonnier d'infection à CaKoV chez les chiens domestiques. Dans cette étude, nous avons caractérisé les CaKoV par séquençage du génome entier (n = 4) ou séquençage des gènes 3D et VP1 (n = 8). Des analyses génétiques et phylogénétiques ont montré que des génomes entiers de CaKoV thaïlandais étaient étroitement liés aux CaKoV chinois avec l'identité d'acides aminés la plus élevée à 99,5 %, suggérant une origine possible des CaKoV en Thaïlande. En conclusion, cette étude a été la première à signaler la détection et les caractéristiques génétiques des CaKoV chez les chiens domestiques en Thaïlande. Les CaKoV pouvaient être détectés chez les chiens malades et en bonne santé. Le virus est fréquemment détecté chez les chiens plus jeunes. Les CaKoV thaïlandais étaient génétiquement étroitement liés et regroupés avec les CaKoV chinois. Notre résultat soulève les préoccupations des vétérinaires quant au fait que la diarrhée chez les chiens due à une infection par le kobuvirus canin ne doit pas être ignorée.

Translated Description (Spanish)

Se ha detectado Kobuvirus Canino (CaKoV) tanto en perros sanos y diarreicos como en carnívoros silvestres asintomáticos. En este estudio, realizamos una encuesta de CaKoV en hospitales de animales pequeños en Bangkok y en las cercanías de Tailandia durante septiembre de 2016 a septiembre de 2018. Se recogieron trescientas siete muestras de hisopos rectales de perros sanos (n = 55) y perros con síntomas de gastroenteritis (n = 252). De las 307 muestras de hisopo analizadas mediante el uso de RT-PCR de un solo paso específica para el gen 3D, encontramos una positividad de CaKoV del 17,59% (54/307). Los CaKoV se pudieron detectar tanto en animales enfermos (19,44%) como en animales sanos (9,09%). En relación con el grupo de edad, el CaKoV podría detectarse con frecuencia en perros más jóvenes (25,45%). Nuestro resultado no mostró un patrón estacional de infección por CaKoV en perros domésticos. En este estudio, caracterizamos los CaKoV mediante secuenciación del genoma completo (n = 4) o secuenciación de genes 3D y VP1 (n = 8). Los análisis genéticos y filogenéticos mostraron que los genomas completos de los CaKoV tailandeses estaban estrechamente relacionados con los CaKoV chinos con la mayor identidad de aminoácidos del 99,5%, lo que sugiere un posible origen de los CaKoV en Tailandia. En conclusión, este estudio fue el primero en informar la detección y las características genéticas de los CaKoV en perros domésticos en Tailandia. Los CaKoV podrían detectarse tanto en perros enfermos como en perros sanos. El virus se detecta con frecuencia en perros más jóvenes. Los CaKoV tailandeses estaban genéticamente estrechamente relacionados y agrupados con los CaKoV chinos. Nuestro resultado plantea la preocupación a los veterinarios de que la diarrea en perros debido a la infección canina por Kobuvirus no debe ignorarse.

Files

s12917-019-1994-6.pdf

Files (1.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:c72fe7ee337e681c5adb2d757df46f68
1.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
أول اكتشاف وتوصيف وراثي لفيروس الكوبوفير في الكلاب الأليفة في تايلاند
Translated title (French)
Première détection et caractérisation génétique du kobuvirus canin chez les chiens domestiques en Thaïlande
Translated title (Spanish)
Primera detección y caracterización genética de Kobuvirus canino en perros domésticos en Tailandia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2964033295
DOI
10.1186/s12917-019-1994-6

Is supplement to
https://openalex.org/W4230540696 (Other)
https://openalex.org/W3119120477 (Other)
https://openalex.org/W3044331089 (Other)
https://openalex.org/W2951399089 (Other)
https://openalex.org/W2781494228 (Other)
https://openalex.org/W2562811035 (Other)
https://openalex.org/W2466743278 (Other)
https://openalex.org/W2097753790 (Other)
https://openalex.org/W2049776456 (Other)
https://openalex.org/W1627705222 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1173371742
  • https://openalex.org/W1971663992
  • https://openalex.org/W1984557524
  • https://openalex.org/W1987862717
  • https://openalex.org/W1998595295
  • https://openalex.org/W2010089900
  • https://openalex.org/W2018542089
  • https://openalex.org/W2043907464
  • https://openalex.org/W2044669725
  • https://openalex.org/W2067508599
  • https://openalex.org/W2076362114
  • https://openalex.org/W2100303227
  • https://openalex.org/W2101658703
  • https://openalex.org/W2122365084
  • https://openalex.org/W2124827597
  • https://openalex.org/W2127561779
  • https://openalex.org/W2130362098
  • https://openalex.org/W2134002904
  • https://openalex.org/W2137214652
  • https://openalex.org/W2149957719
  • https://openalex.org/W2152207030
  • https://openalex.org/W2153177156
  • https://openalex.org/W2501170233
  • https://openalex.org/W2550531771
  • https://openalex.org/W2559082725
  • https://openalex.org/W2694968405
  • https://openalex.org/W2765412491
  • https://openalex.org/W2769532242
  • https://openalex.org/W2791970281
  • https://openalex.org/W2805713378
  • https://openalex.org/W4211119448