Published July 23, 2011 | Version v1
Publication Open

Differential gene expression analysis of in vitro duck hepatitis B virus infected primary duck hepatocyte cultures

Creators

  • 1. Rajiv Gandhi Centre for Biotechnology

Description

Abstract Background The human hepatitis B virus (HBV), a member of the hepadna viridae, causes acute or chronic hepatitis B, and hepatocellular carcinoma (HCC). The duck hepatitis B virus (DHBV) infection, a dependable and reproducible model for hepadna viral studies, does not result in HCC unlike chronic HBV infection. Information on differential gene expression in DHBV infection might help to compare corresponding changes during HBV infection, and to delineate the reasons for this difference. Findings A subtractive hybridization cDNA library screening of in vitro DHBV infected, cultured primary duck hepatocytes (PDH) identified cDNAs of 42 up-regulated and 36 down-regulated genes coding for proteins associated with signal transduction, cellular respiration, transcription, translation, ubiquitin/proteasome pathway, apoptosis, and membrane and cytoskeletal organization. Those coding for both novel as well as previously reported proteins in HBV/DHBV infection were present in the library. An inverse modulation of the cDNAs of ten proteins, reported to play role in human HCC, such as that of Y-box binding protein1, Platelet-activating factor acetylhydrolase isoform 1B, ribosomal protein L35a, Ferritin, α-enolase, Acid α-glucosidase and Caspase 3, copper-zinc superoxide dismutase (CuZnSOD), Filamin and Pyruvate dehydrogenase, was also observed in this in vitro study. Conclusions The present study identified cDNAs of a number of genes that are differentially modulated in in vitro DHBV infection of primary duck hepatocytes. Further correlation of this differential gene expression in in vivo infection models would be valuable to understand the little known aspects of the hepadnavirus biology.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

خلفية مجردة فيروس التهاب الكبد B البشري (HBV)، وهو عضو في فيروس الكبد، يسبب التهاب الكبد B الحاد أو المزمن، وسرطان الكبد الخلوي (HCC). لا تؤدي عدوى فيروس التهاب الكبد ب البط (DHBV)، وهو نموذج موثوق به وقابل للتكرار للدراسات الفيروسية للكبد، إلى التهاب الكبد ب على عكس عدوى التهاب الكبد ب المزمنة. قد تساعد المعلومات حول التعبير الجيني التفاضلي في عدوى فيروس الالتهاب الكبدي الوبائي (DHBV) في مقارنة التغييرات المقابلة أثناء عدوى فيروس الالتهاب الكبدي الوبائي (HBV)، وتحديد أسباب هذا الاختلاف. النتائج حدد فحص مكتبة التهجين الطرحي للحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين (cDNA) لخلايا كبد البط الأولية المصابة والمثقفة (PDH) في المختبر الحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين (cDNA) لـ 42 جينًا مرتفع التنظيم و 36 جينًا منخفض التنظيم ترميز البروتينات المرتبطة بنقل الإشارة، والتنفس الخلوي، والنسخ، والترجمة، ومسار اليوبيكويتين/البروتيازوم، والاستماتة، وتنظيم الغشاء والهيكل الخلوي. كانت تلك الترميز لكل من البروتينات الجديدة وكذلك البروتينات التي تم الإبلاغ عنها سابقًا في عدوى HBV/DHBV موجودة في المكتبة. كما لوحظ في هذه الدراسة المختبرية تعديل عكسي لـ cDNAs لعشرة بروتينات، تم الإبلاغ عن أنها تلعب دورًا في HCC البشري، مثل البروتين الرابط لـ Y - box، والعامل المنشط للصفائح الدموية acetylhydrolase isoform 1B، والبروتين الريبوسومي L35a، والفيريتين، و α - enolase، وحمض α - glucosidase و Caspase 3، وفوق أكسيد النحاس والزنك ديسموتاز (CuZnSOD)، وفيلامين ونازعة هيدروجين البيروفات. الاستنتاجات حددت هذه الدراسة الحمض النووي الدنوي لعدد من الجينات التي يتم تعديلها بشكل تفاضلي في عدوى DHBV في المختبر لخلايا كبد البط الأولية. سيكون الارتباط الإضافي لهذا التعبير الجيني التفاضلي في نماذج العدوى في الجسم الحي ذا قيمة لفهم الجوانب غير المعروفة لبيولوجيا فيروس الكبد.

Translated Description (French)

Résumé Contexte Le virus de l'hépatite B humaine (VHB), un membre de l'hepadna viridae, provoque une hépatite B aiguë ou chronique et un carcinome hépatocellulaire (CHC). L'infection par le virus de l'hépatite B du canard (DHBV), un modèle fiable et reproductible pour les études virales de l'hépadna, n'entraîne pas de CHC contrairement à l'infection chronique par le VHB. Les informations sur l'expression génique différentielle dans l'infection par le DHBV pourraient aider à comparer les changements correspondants au cours de l'infection par le VHB et à définir les raisons de cette différence. Résultats Un criblage de banques d'ADNc par hybridation soustractive d'hépatocytes primaires de canard (PDH) de culture infectés par le DHBV in vitro a identifié des ADNc de 42 gènes régulés à la hausse et de 36 gènes régulés à la baisse codant pour des protéines associées à la transduction du signal, à la respiration cellulaire, à la transcription, à la traduction, à la voie ubiquitine/protéasome, à l'apoptose et à l'organisation membranaire et cytosquelettique. Ceux codant à la fois pour des protéines nouvelles et pour des protéines précédemment signalées dans l'infection par le VHB/DHBV étaient présents dans la bibliothèque. Une modulation inverse des ADNc de dix protéines, qui joueraient un rôle dans le CHC humain, telles que la protéine de liaison à la boîte Y1, l'isoforme 1B de l'acétylhydrolase du facteur d'activation plaquettaire, la protéine ribosomale L35a, la ferritine, l'α-énolase, l'α-glucosidase acide et la caspase 3, la superoxyde dismutase cuivre-zinc (CuZnSOD), la filamine et la pyruvate déshydrogénase, a également été observée dans cette étude in vitro. Conclusions La présente étude a identifié des ADNc d'un certain nombre de gènes qui sont modulés différemment dans l'infection in vitro par le DHBV des hépatocytes primaires de canard. Une corrélation plus poussée de cette expression génique différentielle dans des modèles d'infection in vivo serait utile pour comprendre les aspects peu connus de la biologie de l'hépadnavirus.

Translated Description (Spanish)

Resumen Antecedentes El virus de la hepatitis B humana (VHB), un miembro de la hepadna viridae, causa hepatitis B aguda o crónica y carcinoma hepatocelular (CHC). La infección por el virus de la hepatitis B del pato (DHBV), un modelo fiable y reproducible para los estudios de hepadna viral, no produce CHC a diferencia de la infección crónica por VHB. La información sobre la expresión génica diferencial en la infección por DHBV podría ayudar a comparar los cambios correspondientes durante la infección por VHB y a delinear las razones de esta diferencia. Hallazgos Un análisis de la biblioteca de ADNc de hibridación sustractiva de hepatocitos de pato primarios (PDH) cultivados e infectados in vitro con DHBV identificó ADNc de 42 genes regulados positivamente y 36 regulados negativamente que codifican proteínas asociadas con la transducción de señales, la respiración celular, la transcripción, la traducción, la vía de ubiquitina/proteasoma, la apoptosis y la organización de la membrana y el citoesqueleto. Los que codifican tanto las proteínas nuevas como las previamente informadas en la infección por HBV/DHBV estaban presentes en la biblioteca. En este estudio in vitro también se observó una modulación inversa de los ADNc de diez proteínas, que se informó que desempeñan un papel en el CHC humano, como la de la proteína de unión a la caja Y1, la isoforma 1B del factor acetilhidrolasa activador de plaquetas, la proteína ribosómica L35a, la ferritina, la α-enolasa, la α-glucosidasa ácida y la caspasa 3, la superóxido dismutasa de cobre-zinc (CuZnSOD), la filamina y la piruvato deshidrogenasa. Conclusiones El presente estudio identificó ADNc de una serie de genes que se modulan diferencialmente en la infección in vitro por DHBV de hepatocitos primarios de pato. Una correlación adicional de esta expresión génica diferencial en modelos de infección in vivo sería valiosa para comprender los aspectos poco conocidos de la biología del hepadnavirus.

Files

1743-422X-8-363.pdf

Files (1.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:c4d54ccf8bb3499631e1947f32143b36
1.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل التعبير الجيني التفاضلي لمزارع الخلايا الكبدية الأولية المصابة بفيروس التهاب الكبد B في المختبر
Translated title (French)
Analyse de l'expression génique différentielle de cultures d'hépatocytes primaires de canard infectées par le virus de l'hépatite B in vitro
Translated title (Spanish)
Análisis diferencial de la expresión génica de cultivos primarios de hepatocitos de pato infectados por el virus de la hepatitis B de pato in vitro

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2123742288
DOI
10.1186/1743-422x-8-363

Is supplement to
https://openalex.org/W4250971390 (Other)
https://openalex.org/W3144326514 (Other)
https://openalex.org/W3141792278 (Other)
https://openalex.org/W3140535278 (Other)
https://openalex.org/W2395877311 (Other)
https://openalex.org/W2387479390 (Other)
https://openalex.org/W2146636675 (Other)
https://openalex.org/W2076122407 (Other)
https://openalex.org/W2050689325 (Other)
https://openalex.org/W1989516716 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W147468288
  • https://openalex.org/W1515552583
  • https://openalex.org/W1822042631
  • https://openalex.org/W1845079004
  • https://openalex.org/W1893522896
  • https://openalex.org/W1952314774
  • https://openalex.org/W1999273064
  • https://openalex.org/W2003422486
  • https://openalex.org/W2023714513
  • https://openalex.org/W2032352097
  • https://openalex.org/W2042637324
  • https://openalex.org/W2046277631
  • https://openalex.org/W2046853446
  • https://openalex.org/W2067279573
  • https://openalex.org/W2086493424
  • https://openalex.org/W2104639442
  • https://openalex.org/W2108244474
  • https://openalex.org/W2115287848
  • https://openalex.org/W2125510448
  • https://openalex.org/W2155902053
  • https://openalex.org/W2169502787
  • https://openalex.org/W2169709333
  • https://openalex.org/W2181765919
  • https://openalex.org/W2329468263