Published November 21, 2023 | Version v1
Publication Metadata-only

A conceptual framework for nomenclatural stability and validity of medically important fungi: a proposed global consensus guideline for fungal name changes supported by ABP, ASM, CLSI, ECMM, ESCMID-EFISG, EUCAST-AFST, FDLC, IDSA, ISHAM, MMSA, and MSGERC

Creators

  • 1. Radboud University Medical Center
  • 2. Peking University First Hospital
  • 3. Peking University
  • 4. Universidade Federal do Paraná
  • 5. Radboud University Nijmegen
  • 6. Innovative Clinical Research
  • 7. University of Maryland, Baltimore
  • 8. CS Diagnostics
  • 9. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
  • 10. Duke University
  • 11. Statens Serum Institut
  • 12. Rigshospitalet
  • 13. Copenhagen University Hospital
  • 14. Memorial Sloan Kettering Cancer Center
  • 15. Chinese Medical Association
  • 16. Institute of Microbiology
  • 17. Chinese Academy of Sciences
  • 18. The Ohio State University Wexner Medical Center
  • 19. Public Health England
  • 20. University of Delhi
  • 21. The University of Texas Southwestern Medical Center
  • 22. Mount Auburn Hospital
  • 23. Infectious Diseases Society of America
  • 24. Cologne Excellence Cluster on Cellular Stress Responses in Aging Associated Diseases
  • 25. University of Cologne
  • 26. Clinical and Laboratory Standards Institute
  • 27. Institut National de Santé Publique du Québec
  • 28. London Health Sciences Centre
  • 29. Centre Hospitalier Universitaire de Rennes
  • 30. The University of Texas Health Science Center at San Antonio
  • 31. St. Jude Children's Research Hospital
  • 32. Humboldt-Universität zu Berlin
  • 33. Charité - Universitätsmedizin Berlin
  • 34. Oniris
  • 35. University Hospital Münster
  • 36. RWTH Aachen University
  • 37. Universitätsklinikum Aachen
  • 38. University of Utah
  • 39. Loyola Medicine
  • 40. Loyola University Chicago
  • 41. Royal Botanic Gardens, Kew
  • 42. University of Southampton
  • 43. Natural History Museum
  • 44. Jilin Agricultural University
  • 45. Clinical Research Consortium
  • 46. Medical University of Graz
  • 47. European Hematology Association
  • 48. Charles University
  • 49. Public Health Ontario
  • 50. University of Toronto
  • 51. Innsbruck Medical University
  • 52. Universität Innsbruck
  • 53. Institut Pasteur
  • 54. University of Alabama at Birmingham
  • 55. Centers for Disease Control and Prevention
  • 56. Dartmouth Psychiatric Research Center
  • 57. National Institute of Allergy and Infectious Diseases
  • 58. National Institutes of Health
  • 59. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute
  • 60. British Mycological Society
  • 61. University of Pittsburgh Medical Center
  • 62. The University of Texas Health Science Center at Houston
  • 63. Atrium Health Wake Forest Baptist
  • 64. American Board of Internal Medicine
  • 65. Agriculture and Agri-Food Canada
  • 66. Cleveland Clinic Lerner College of Medicine
  • 67. Case Western Reserve University
  • 68. Cleveland Clinic
  • 69. Beth Israel Deaconess Medical Center
  • 70. Temple University
  • 71. Mayo Clinic
  • 72. Hippocration General Hospital
  • 73. National Institutes of Health Clinical Center
  • 74. Vanderbilt University Medical Center
  • 75. Hospital Ramos Mejía
  • 76. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
  • 77. Hebei University
  • 78. Cornell University
  • 79. Public Health Wales
  • 80. University of Vermont Medical Center
  • 81. Johns Hopkins Medicine
  • 82. Johns Hopkins University

Description

ABSTRACT The rapid pace of name changes of medically important fungi is creating challenges for clinical laboratories and clinicians involved in patient care. We describe two sources of name change which have different drivers, at the species versus the genus level. Some suggestions are made here to reduce the number of name changes. We urge taxonomists to provide diagnostic markers of taxonomic novelties. Given the instability of phylogenetic trees due to variable taxon sampling, we advocate to maintain genera at the largest possible size. Reporting of identified species in complexes or series should where possible comprise both the name of the overarching species and that of the molecular sibling, often cryptic species. Because the use of different names for the same species will be unavoidable for many years to come, an open access online database of the names of all medically important fungi, with proper nomenclatural designation and synonymy, is essential. We further recommend that while taxonomic discovery continues, the adaptation of new name changes by clinical laboratories and clinicians be reviewed routinely by a standing committee for validation and stability over time, with reference to an open access database, wherein reasons for changes are listed in a transparent way.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

إن الوتيرة السريعة لتغيير اسم الفطريات المهمة طبياً تخلق تحديات للمختبرات السريرية والأطباء المشاركين في رعاية المرضى. وصفنا مصدرين لتغيير الاسم لهما دوافع مختلفة، على مستوى الأجناس مقابل مستوى الأجناس. يتم تقديم بعض الاقتراحات هنا لتقليل عدد تغييرات الاسم. نحث علماء التصنيف على توفير علامات تشخيصية للمستجدات التصنيفية. نظرًا لعدم استقرار الأشجار الوراثية بسبب أخذ عينات متغيرة من الأصناف، فإننا ندعو إلى الحفاظ على الأجناس بأكبر حجم ممكن. يجب أن يشتمل الإبلاغ عن الأنواع المحددة في المجمعات أو السلاسل حيثما أمكن على كل من اسم الأنواع الشاملة واسم الأشقاء الجزيئيين، وغالبًا ما تكون الأنواع الخفية. نظرًا لأن استخدام أسماء مختلفة لنفس النوع سيكون أمرًا لا مفر منه لسنوات عديدة قادمة، فمن الضروري إنشاء قاعدة بيانات مفتوحة الوصول عبر الإنترنت لأسماء جميع الفطريات المهمة طبيًا، مع تسمية وترادف مناسبين. نوصي كذلك بأنه بينما يستمر الاكتشاف التصنيفي، تتم مراجعة تكييف تغييرات الاسم الجديدة من قبل المختبرات السريرية والأطباء بشكل روتيني من قبل لجنة دائمة للتحقق من الصحة والاستقرار بمرور الوقت، مع الإشارة إلى قاعدة بيانات الوصول المفتوح، حيث يتم سرد أسباب التغييرات بطريقة شفافة.

Translated Description (French)

RÉSUMÉ Le rythme rapide des changements de nom des champignons médicalement importants crée des défis pour les laboratoires cliniques et les cliniciens impliqués dans les soins aux patients. Nous décrivons deux sources de changement de nom qui ont des facteurs différents, au niveau de l'espèce par rapport au genre. Quelques suggestions sont faites ici pour réduire le nombre de changements de nom. Nous exhortons les taxonomistes à fournir des marqueurs diagnostiques des nouveautés taxonomiques. Compte tenu de l'instabilité des arbres phylogénétiques due à l'échantillonnage de taxons variables, nous préconisons de maintenir les genres à la plus grande taille possible. La déclaration des espèces identifiées dans les complexes ou les séries doit, dans la mesure du possible, comprendre à la fois le nom de l'espèce globale et celui de l'espèce moléculaire sœur, souvent cryptique. Parce que l'utilisation de noms différents pour la même espèce sera inévitable pendant de nombreuses années à venir, une base de données en ligne en libre accès des noms de tous les champignons médicalement importants, avec une désignation nomenclaturale et une synonymie appropriées, est essentielle. Nous recommandons en outre que, pendant que la découverte taxonomique se poursuit, l'adaptation des nouveaux changements de nom par les laboratoires cliniques et les cliniciens soit régulièrement examinée par un comité permanent de validation et de stabilité dans le temps, en référence à une base de données en libre accès, dans laquelle les raisons des changements sont énumérées de manière transparente.

Translated Description (Spanish)

RESUMEN El rápido ritmo de los cambios de nombre de los hongos médicamente importantes está creando desafíos para los laboratorios clínicos y los médicos que participan en la atención al paciente. Describimos dos fuentes de cambio de nombre que tienen diferentes impulsores, a nivel de especie frente a género. Aquí se hacen algunas sugerencias para reducir el número de cambios de nombre. Instamos a los taxonomistas a proporcionar marcadores de diagnóstico de las novedades taxonómicas. Dada la inestabilidad de los árboles filogenéticos debido al muestreo variable de taxones, abogamos por mantener los géneros en el mayor tamaño posible. La notificación de especies identificadas en complejos o series debe incluir, cuando sea posible, tanto el nombre de la especie general como el de la especie hermana molecular, a menudo críptica. Debido a que el uso de diferentes nombres para la misma especie será inevitable durante muchos años, es esencial una base de datos en línea de acceso abierto de los nombres de todos los hongos médicamente importantes, con la designación y sinonimia nomenclaturales adecuadas. Recomendamos además que, si bien el descubrimiento taxonómico continúa, la adaptación de los nuevos cambios de nombre por parte de los laboratorios clínicos y los médicos sea revisada rutinariamente por un comité permanente para su validación y estabilidad en el tiempo, con referencia a una base de datos de acceso abierto, en la que las razones de los cambios se enumeran de manera transparente.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
إطار مفاهيمي للاستقرار الاسمي وصلاحية الفطريات المهمة طبيًا: دليل إجماعي عالمي مقترح لتغييرات الأسماء الفطرية مدعوم من ABP و ASM و CLSI و ECMM و ESCMID - EEFISG و EUCAST - AFST و FDLC و IDSA و ISHAM و MMSA و MSGERC
Translated title (French)
Un cadre conceptuel pour la stabilité nomenclaturale et la validité des champignons d'importance médicale : une proposition de directive consensuelle mondiale pour les changements de noms fongiques soutenue par ABP, ASM, CLSI, ECMM, ESCMID-EFISG, EUCAST-AFST, FDLC, IDSA, ISHAM, MMSA et MSGERC
Translated title (Spanish)
Un marco conceptual para la estabilidad y validez nomenclatural de hongos médicamente importantes: una guía de consenso global propuesta para cambios de nombre de hongos respaldada por ABP, ASM, CLSI, ECMM, ESCMID-EFISG, EUCAST-AFST, FDLC, IDSA, ISHAM, MMSA y MSGERC

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4387949691
DOI
10.1128/jcm.00873-23

Is supplement to
https://openalex.org/W4391375266 (Other)
https://openalex.org/W2788277189 (Other)
https://openalex.org/W2130076355 (Other)
https://openalex.org/W2119695867 (Other)
https://openalex.org/W2082860237 (Other)
https://openalex.org/W2061542922 (Other)
https://openalex.org/W2046158694 (Other)
https://openalex.org/W2013243191 (Other)
https://openalex.org/W1993764875 (Other)
https://openalex.org/W1990804418 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina

References

  • https://openalex.org/W1623746512
  • https://openalex.org/W1938762120
  • https://openalex.org/W1967720421
  • https://openalex.org/W1983985796
  • https://openalex.org/W2002822192
  • https://openalex.org/W2012103503
  • https://openalex.org/W2060704313
  • https://openalex.org/W2082889229
  • https://openalex.org/W2097212521
  • https://openalex.org/W2113728388
  • https://openalex.org/W2119980960
  • https://openalex.org/W2139152294
  • https://openalex.org/W2140148710
  • https://openalex.org/W2145895533
  • https://openalex.org/W2146398631
  • https://openalex.org/W2147353512
  • https://openalex.org/W2161965506
  • https://openalex.org/W2168426583
  • https://openalex.org/W2199826080
  • https://openalex.org/W2240081306
  • https://openalex.org/W2276357303
  • https://openalex.org/W2336054503
  • https://openalex.org/W2410568297
  • https://openalex.org/W2469953177
  • https://openalex.org/W2528920152
  • https://openalex.org/W2533504273
  • https://openalex.org/W2557270964
  • https://openalex.org/W2560465215
  • https://openalex.org/W2576825974
  • https://openalex.org/W2753063061
  • https://openalex.org/W2763867976
  • https://openalex.org/W2808776204
  • https://openalex.org/W2885871362
  • https://openalex.org/W2897778894
  • https://openalex.org/W2910637053
  • https://openalex.org/W2954467103
  • https://openalex.org/W2967465367
  • https://openalex.org/W2969237467
  • https://openalex.org/W2997762504
  • https://openalex.org/W3000375570
  • https://openalex.org/W3037176037
  • https://openalex.org/W3040709534
  • https://openalex.org/W3043763415
  • https://openalex.org/W3047030860
  • https://openalex.org/W3087468039
  • https://openalex.org/W3092175383
  • https://openalex.org/W3096685430
  • https://openalex.org/W3097799618
  • https://openalex.org/W3102829296
  • https://openalex.org/W3108867987
  • https://openalex.org/W3119694290
  • https://openalex.org/W3140704865
  • https://openalex.org/W3165591494
  • https://openalex.org/W3181248998
  • https://openalex.org/W3192212956
  • https://openalex.org/W3194006911
  • https://openalex.org/W4210677258
  • https://openalex.org/W4213369789
  • https://openalex.org/W4287009780
  • https://openalex.org/W4292714987
  • https://openalex.org/W4312480854
  • https://openalex.org/W4313170282
  • https://openalex.org/W4313729332
  • https://openalex.org/W4367175163
  • https://openalex.org/W4384935439