Published July 27, 2021
| Version v1
Publication
Open
Whole genome resequencing data sets of different species from Pistacia genus
Creators
- 1. Agricultural Research & Education Organization
- 2. Shahid Bahonar University of Kerman
- 3. Kunming Institute of Zoology
- 4. Chinese Academy of Sciences
Description
Abstract Objectives Pistacia genus belongs to the flowering plants in the cashew family and contains at least 11 species. The whole-genome resequencing data of different species from Pistacia genus are described herein. The data reported here will be useful for better understand the adaptive evolution, demographic history, genetic diversity, population structure, and domestication of pistachio. Data description Genomic DNA was isolated from fresh leaves and used to construct libraries with insert size of 350 bp. Sequence libraries were made and sequenced on the Illumina Hiseq 4000 platform to produce 150 bp paired-end reads. A total number of 4,851,118,730 billion reads (ranging from 33,305,900 to 34,990,618 reads per sample) were created across all samples. We produced a total of 727.67 Gbp data which have been deposited in the Genome Sequence Archive (GSA) database with the Accession of CRA000978. All of the data are also available as the sequence read archive (SRA) format in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) with identifier of SRP189222, mirroring our deposited data in GSA.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
ينتمي جنس الفستق إلى النباتات المزهرة في عائلة الكاجو ويحتوي على 11 نوعًا على الأقل. يتم هنا وصف بيانات إعادة تسلسل الجينوم الكامل لأنواع مختلفة من جنس بيستاسيا. ستكون البيانات الواردة هنا مفيدة لفهم التطور التكيفي والتاريخ الديموغرافي والتنوع الجيني والهيكل السكاني وتدجين الفستق بشكل أفضل. تم عزل الحمض النووي الجيني من الأوراق الطازجة واستخدم لبناء مكتبات بحجم 350 نقطة أساس. تم إنشاء مكتبات التسلسل وتسلسلها على منصة Illumina Hiseq 4000 لإنتاج قراءات ثنائية 150 نقطة أساس. تم إنشاء عدد إجمالي قدره 4,851,118,730 مليار قراءة (تتراوح من 33,305,900 إلى 34,990,618 قراءة لكل عينة) في جميع العينات. أنتجنا ما مجموعه 727.67 جيجابايت من البيانات التي تم إيداعها في قاعدة بيانات أرشيف تسلسل الجينوم (GSA) مع انضمام CRA000978. تتوفر جميع البيانات أيضًا بتنسيق أرشيف قراءة التسلسل (SRA) في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) مع معرف SRP189222، مما يعكس بياناتنا المودعة في GSA.Translated Description (French)
Résumé Objectifs Le genre Pistacia appartient aux plantes à fleurs de la famille des noix de cajou et contient au moins 11 espèces. Les données de reséquençage du génome entier de différentes espèces du genre Pistacia sont décrites ici. Les données rapportées ici seront utiles pour mieux comprendre l'évolution adaptative, l'histoire démographique, la diversité génétique, la structure de la population et la domestication de la pistache. Description des données L'ADN génomique a été isolé à partir de feuilles fraîches et utilisé pour construire des bibliothèques avec une taille d'insertion de 350 pb. Des bibliothèques de séquences ont été créées et séquencées sur la plate-forme Illumina Hiseq 4000 pour produire des lectures à extrémité appariée de 150 pb. Un nombre total de 4 851 118 730 milliards de lectures (allant de 33 305 900 à 34 990 618 lectures par échantillon) a été créé pour tous les échantillons. Nous avons produit un total de 727,67 Gbp de données qui ont été déposées dans la base de données Genome Sequence Archive (GSA) avec l'adhésion de CRA000978. Toutes les données sont également disponibles au format SRA (Sequence Read Archive) dans le National Center for Biotechnology Information (NCBI) avec l'identifiant SRP189222, reflétant nos données déposées dans GSA.Translated Description (Spanish)
Resumen Objetivos El género Pistacia pertenece a las plantas con flores de la familia del anacardo y contiene al menos 11 especies. En la presente se describen los datos de resecuenciación del genoma completo de diferentes especies del género Pistacia. Los datos presentados aquí serán útiles para comprender mejor la evolución adaptativa, la historia demográfica, la diversidad genética, la estructura de la población y la domesticación del pistacho. Descripción de los datos El ADN genómico se aisló de hojas frescas y se utilizó para construir bibliotecas con un tamaño de inserto de 350 pb. Las bibliotecas de secuencias se realizaron y secuenciaron en la plataforma Illumina Hiseq 4000 para producir lecturas de extremos emparejados de 150 pb. Se creó un número total de 4.851.118.730 millones de lecturas (que van desde 33.305.900 a 34.990.618 lecturas por muestra) en todas las muestras. Produjimos un total de datos de 727,67 Gbp que se han depositado en la base de datos Genome Sequence Archive (GSA) con el acceso de CRA000978. Todos los datos también están disponibles como el formato de archivo de lectura de secuencia (Sra) en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) con identificador de SRP189222, reflejando nuestros datos depositados en GSA.Files
s13104-021-05702-9.pdf
Files
(805.3 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:a1edb4123a4262d5a4008d9760af3c92
|
805.3 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مجموعات بيانات إعادة تسلسل الجينوم الكامل لأنواع مختلفة من جنس بيستاسيا
- Translated title (French)
- Ensembles de données de reséquençage du génome entier de différentes espèces du genre Pistacia
- Translated title (Spanish)
- Conjuntos de datos de resecuenciación del genoma completo de diferentes especies del género Pistacia
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3186610845
- DOI
- 10.1186/s13104-021-05702-9
References
- https://openalex.org/W336020214
- https://openalex.org/W339725762
- https://openalex.org/W2004313886
- https://openalex.org/W2011286809
- https://openalex.org/W2162379339
- https://openalex.org/W2168830673
- https://openalex.org/W2170119912
- https://openalex.org/W2560486815
- https://openalex.org/W2749609756
- https://openalex.org/W2945924357