Published December 24, 2022 | Version v1
Publication Open

Molecular surveillance of arboviruses circulation and co-infection during a large chikungunya virus outbreak in Thailand, October 2018 to February 2020

Creators

  • 1. Chulalongkorn University

Description

Abstract A large national outbreak of chikungunya virus (CHIKV) was recently reported in Thailand. While dengue virus (DENV) infection tends to occur year-round with an upsurge in the rainy season, Zika virus (ZIKV) also circulates in the country. The overlap in the distribution of these viruses increased the probability of co-infections during the heightened CHIKV activity. By examining 1806 patient serum samples submitted for CHIKV diagnostics from October 2018-February 2020 (511 CHIKV-negatives and 1295 CHIKV-positives), we used real-time reverse transcription-polymerase chain reaction to identify DENV and ZIKV individually. A total of 29 ZIKV and 36 DENV single-infections were identified. Interestingly, 13 co-infection cases were observed, of which 8 were CHIKV/DENV, 3 were CHIKV/ZIKV, and 2 were DENV/ZIKV. There were six DENV genotypes (13 DENV-1 genotype I, 10 DENV-2 Asian I, 10 DENV-2 Cosmopolitan, 6 DENV-3 genotype I, 2 DENV-3 genotype III, and 5 DENV-4 genotype I). Additionally, ZIKV strains identified in this study either clustered with strains previously circulating in Thailand and Singapore, or with strains previously reported in China, French Polynesia, and the Americas. Our findings reveal the co-infection and genetic diversity patterns of mosquito-borne viruses circulating in Thailand.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم الإبلاغ مؤخرًا عن تفشي فيروس شيكونغونيا (CHIKV) على المستوى الوطني في تايلاند. بينما تميل عدوى فيروس حمى الضنك (DENV) إلى الحدوث على مدار العام مع زيادة مفاجئة في موسم الأمطار، ينتشر فيروس زيكا (ZIKV) أيضًا في البلاد. أدى التداخل في توزيع هذه الفيروسات إلى زيادة احتمال الإصابة بالعدوى المصاحبة أثناء نشاط تشيكف المتزايد. من خلال فحص 1806 عينة من مصل المريض المقدمة لتشخيص فيروس كورونا المستجد (CHIKV) من أكتوبر 2018 إلى فبراير 2020 (511 عينة سلبية من فيروس كورونا المستجد (CHIKV) و 1295 عينة إيجابية من فيروس كورونا المستجد (CHIKV))، استخدمنا تفاعل سلسلة النسخ العكسي والبوليميراز في الوقت الفعلي لتحديد DENV و ZIKV بشكل فردي. تم تحديد ما مجموعه 29 عدوى ZIKV و 36 عدوى أحادية DENV. ومن المثير للاهتمام، لوحظت 13 حالة عدوى مشتركة، منها 8 حالات لفيروس نقص المناعة البشرية/فيروس نقص المناعة البشرية DENV، و 3 حالات لفيروس نقص المناعة البشرية/فيروس نقص المناعة البشرية ZIKV، وحالتان لفيروس نقص المناعة البشرية/فيروس نقص المناعة البشرية ZIKV. كان هناك ستة أنماط جينية لـ DENV (13 النمط الجيني DENV -1 I، و 10 النمط الجيني DENV -2 ASIAN I، و 10 النمط الجيني DENV -2 Cosmopolitan، و 6 النمط الجيني DENV -3 I، و 2 النمط الجيني DENV -3 III، و 5 النمط الجيني DENV -4 I). بالإضافة إلى ذلك، فإن سلالات ZIKV التي تم تحديدها في هذه الدراسة إما متجمعة مع سلالات كانت منتشرة سابقًا في تايلاند وسنغافورة، أو مع سلالات تم الإبلاغ عنها سابقًا في الصين وبولينيزيا الفرنسية والأمريكتين. تكشف النتائج التي توصلنا إليها عن أنماط العدوى المشتركة والتنوع الجيني للفيروسات التي ينقلها البعوض المنتشرة في تايلاند.

Translated Description (French)

Résumé Une importante épidémie nationale de virus du chikungunya (CHIKV) a récemment été signalée en Thaïlande. Alors que l'infection par le virus de la dengue (DENV) a tendance à se produire toute l'année avec une recrudescence de la saison des pluies, le virus Zika (ZIKV) circule également dans le pays. Le chevauchement dans la distribution de ces virus a augmenté la probabilité de co-infections au cours de l'activité accrue du CHIKV. En examinant 1806 échantillons de sérum de patient soumis pour le diagnostic du CHIKV d'octobre 2018 à février 2020 (511 CHIKV-négatifs et 1295 CHIKV-positifs), nous avons utilisé la réaction en chaîne de la polymérase de transcription inverse en temps réel pour identifier le DENV et le ZIKV individuellement. Au total, 29 infections uniques par le ZIKV et 36 infections uniques par le DENV ont été identifiées. Fait intéressant, 13 cas de co-infection ont été observés, dont 8 étaient CHIKV/DENV, 3 étaient CHIKV/ZIKV et 2 étaient DENV/ZIKV. Il y avait six génotypes DENV (13 génotypes DENV-1 de génotype I, 10 génotypes DENV-2 asiatiques I, 10 génotypes DENV-2 cosmopolites, 6 génotypes DENV-3 de génotype I, 2 génotypes DENV-3 III et 5 génotypes DENV-4 de génotype I). De plus, les souches de ZIKV identifiées dans cette étude étaient soit regroupées avec des souches circulant précédemment en Thaïlande et à Singapour, soit avec des souches précédemment signalées en Chine, en Polynésie française et dans les Amériques. Nos résultats révèlent les modèles de co-infection et de diversité génétique des virus transmis par les moustiques circulant en Thaïlande.

Translated Description (Spanish)

Resumen Recientemente se informó de un gran brote nacional del virus chikungunya (CHIKV) en Tailandia. Si bien la infección por el virus del dengue (DENV) tiende a ocurrir durante todo el año con un aumento en la temporada de lluvias, el virus del Zika (ZIKV) también circula en el país. La superposición en la distribución de estos virus aumentó la probabilidad de coinfecciones durante la mayor actividad de CHIKV. Al examinar 1806 muestras de suero de pacientes enviadas para diagnósticos de CHIKV de octubre de 2018 a febrero de 2020 (511 negativas para CHIKV y 1295 positivas para CHIKV), utilizamos la reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa en tiempo real para identificar DENV y ZIKV individualmente. Se identificaron un total de 29 infecciones únicas por ZIKV y 36 por DENV. Curiosamente, se observaron 13 casos de coinfección, de los cuales 8 fueron CHIKV/DENV, 3 CHIKV/ZIKV y 2 DENV/ZIKV. Hubo seis genotipos DENV (13 DENV-1 genotipo I, 10 DENV-2 Asian I, 10 DENV-2 Cosmopolitan, 6 DENV-3 genotipo I, 2 DENV-3 genotipo III y 5 DENV-4 genotipo I). Además, las cepas de ZIKV identificadas en este estudio se agruparon con cepas que circulaban previamente en Tailandia y Singapur, o con cepas previamente reportadas en China, la Polinesia Francesa y las Américas. Nuestros hallazgos revelan los patrones de coinfección y diversidad genética de los virus transmitidos por mosquitos que circulan en Tailandia.

Files

s41598-022-27028-7.pdf.pdf

Files (5.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:f32707b50ff0108203cee21bcd1ef407
5.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
المراقبة الجزيئية لدوران فيروسات arbovirus والعدوى المشتركة أثناء تفشي فيروس الشيكونغونيا الكبير في تايلاند، من أكتوبر 2018 إلى فبراير 2020
Translated title (French)
Surveillance moléculaire de la circulation des arbovirus et de la co-infection lors d'une grande épidémie de virus du chikungunya en Thaïlande, d'octobre 2018 à février 2020
Translated title (Spanish)
Vigilancia molecular de la circulación y coinfección de arbovirus durante un gran brote de virus chikungunya en Tailandia, de octubre de 2018 a febrero de 2020

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4312203567
DOI
10.1038/s41598-022-27028-7

Is supplement to
https://openalex.org/W3156758060 (Other)
https://openalex.org/W3004711645 (Other)
https://openalex.org/W2883249868 (Other)
https://openalex.org/W2775372485 (Other)
https://openalex.org/W2549485495 (Other)
https://openalex.org/W2418053309 (Other)
https://openalex.org/W2399399246 (Other)
https://openalex.org/W2149961808 (Other)
https://openalex.org/W2021776701 (Other)
https://openalex.org/W1585158025 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1918934150
  • https://openalex.org/W1966484840
  • https://openalex.org/W1979987816
  • https://openalex.org/W1994850469
  • https://openalex.org/W2020008524
  • https://openalex.org/W2022870110
  • https://openalex.org/W2029816983
  • https://openalex.org/W2032019941
  • https://openalex.org/W2049621280
  • https://openalex.org/W2061089511
  • https://openalex.org/W2083614812
  • https://openalex.org/W2099364044
  • https://openalex.org/W2108295257
  • https://openalex.org/W2122349387
  • https://openalex.org/W2123134819
  • https://openalex.org/W2129498642
  • https://openalex.org/W2131467229
  • https://openalex.org/W2154216761
  • https://openalex.org/W2163721175
  • https://openalex.org/W2165410465
  • https://openalex.org/W2171508094
  • https://openalex.org/W2255837968
  • https://openalex.org/W2286910497
  • https://openalex.org/W2299440439
  • https://openalex.org/W2324408118
  • https://openalex.org/W2339105112
  • https://openalex.org/W2465307030
  • https://openalex.org/W2473741889
  • https://openalex.org/W2477934012
  • https://openalex.org/W2521262145
  • https://openalex.org/W2530729015
  • https://openalex.org/W2580138358
  • https://openalex.org/W2597672669
  • https://openalex.org/W2614980328
  • https://openalex.org/W2663963046
  • https://openalex.org/W2760364797
  • https://openalex.org/W2771726993
  • https://openalex.org/W2790413719
  • https://openalex.org/W2791488016
  • https://openalex.org/W2793228617
  • https://openalex.org/W2797350331
  • https://openalex.org/W2801097114
  • https://openalex.org/W2828970040
  • https://openalex.org/W2884889354
  • https://openalex.org/W2889723135
  • https://openalex.org/W2901845010
  • https://openalex.org/W2904550610
  • https://openalex.org/W2907768116
  • https://openalex.org/W2911218998
  • https://openalex.org/W2911437996
  • https://openalex.org/W2914775873
  • https://openalex.org/W2916673643
  • https://openalex.org/W2918546994
  • https://openalex.org/W2968035172
  • https://openalex.org/W3020941453
  • https://openalex.org/W3130171721
  • https://openalex.org/W3134442260
  • https://openalex.org/W3170178959
  • https://openalex.org/W3176484129
  • https://openalex.org/W3216658333
  • https://openalex.org/W4229441561