Published January 1, 2011
| Version v1
Publication
Open
Rapid PCR detection of group a streptococcus from flocked throat swabs: A retrospective clinical study
Creators
- 1. Children's Hospital of Eastern Ontario
- 2. University of Ottawa
- 3. University of Botswana
Description
Rapid diagnosis of GAS pharyngitis may improve patient care by ensuring that patients with GAS pharyngitis are treated quickly and also avoiding unnecessary use of antibiotics in those without GAS infection. Very few molecular methods for detection of GAS in clinical throat swab specimens have been described.We performed a study of a laboratory-developed internally-controlled rapid Group A streptococcus (GAS) PCR assay using flocked swab throat specimens. We compared the GAS PCR assay to GAS culture results using a collection of archived throat swab samples obtained during a study comparing the performance of conventional and flocked throat swabs.The sensitivity of the GAS PCR assay as compared to the reference standard was 96.0% (95% CI 90.1% to 98.4%), specificity 98.6% (95% CI 95.8% to 99.5%), positive predictive value (PPV) 96.9% (95% CI 91.4% to 99.0%) and negative predictive value (NPV) of 98.1% (95% CI 95.2% to 99.2%). For conventional swab cultures, sensitivity was 96.0% (95% CI 90.1% to 98.4%), specificity 100% (95% CI 98.2% to 100%), PPV 100%, (95% CI 96.1% to 100%) and NPV 98.1% (95% CI 95.2% to 99.3%)In this retrospective study, the GAS PCR assay appeared to perform as well as conventional throat swab culture, the current standard of practice. Since the GAS PCR assay, including DNA extraction, can be performed in approximately 1 hour, prospective studies of this assay are warranted to evaluate the clinical impact of the assay on management of patients with pharyngitis.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
قد يؤدي التشخيص السريع لالتهاب البلعوم الغازي إلى تحسين رعاية المرضى من خلال ضمان علاج المرضى الذين يعانون من التهاب البلعوم الغازي بسرعة وكذلك تجنب الاستخدام غير الضروري للمضادات الحيوية في أولئك الذين لا يعانون من عدوى الغاز. تم وصف عدد قليل جدًا من الطرق الجزيئية للكشف عن الغاز في عينات مسحة الحلق السريرية. أجرينا دراسة على اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) للمكورات العقدية أ (الغازية) الذي تم تطويره داخليًا باستخدام عينات مسحة الحلق المتدفقة. قارنا نتائج اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل للغاز بنتائج مزرعة الغاز باستخدام مجموعة من عينات مسحة الحلق المؤرشفة التي تم الحصول عليها خلال دراسة تقارن أداء مسحات الحلق التقليدية والمتدفقة. كانت حساسية اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل للغاز مقارنة بالمعيار المرجعي 96.0 ٪ (95 ٪ CI 90.1 ٪ إلى 98.4 ٪)، والنوعية 98.6 ٪ (95 ٪ CI 95.8 ٪ إلى 99.5 ٪)، والقيمة التنبؤية الإيجابية (PPV) 96.9 ٪ (95 ٪ CI 91.4 ٪ إلى 99.0 ٪) والقيمة التنبؤية السلبية (NPV) 98.1 ٪ (95 ٪ CI 95.2 ٪ إلى 99.2 ٪). بالنسبة لمزارع المسحة التقليدية، كانت الحساسية 96.0 ٪ (95 ٪ CI 90.1 ٪ إلى 98.4 ٪)، والخصوصية 100 ٪ (95 ٪ CI 98.2 ٪ إلى 100 ٪)، و PPV 100 ٪، (95 ٪ CI 96.1 ٪ إلى 100 ٪) و NPV 98.1 ٪ (95 ٪ CI 95.2 ٪ إلى 99.3 ٪)في هذه الدراسة بأثر رجعي، بدا أن اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل للغاز يؤدي وكذلك مزرعة مسحة الحلق التقليدية، وهو معيار الممارسة الحالي. نظرًا لأن اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل للغاز، بما في ذلك استخراج الحمض النووي، يمكن إجراؤه في حوالي ساعة واحدة، فإن الدراسات المستقبلية لهذا الاختبار مبررة لتقييم التأثير السريري للفحص على إدارة المرضى الذين يعانون من التهاب البلعوم.Translated Description (French)
Un diagnostic rapide de la pharyngite GAZEUSE peut améliorer les soins aux patients en veillant à ce que les patients atteints de pharyngite GAZEUSE soient traités rapidement et en évitant également l'utilisation inutile d'antibiotiques chez les personnes sans infection GAZEUSE. Très peu de méthodes moléculaires de détection de GAZ dans des échantillons cliniques d'écouvillonnage de la gorge ont été décrites. Nous avons effectué une étude d'un test de PCR rapide de streptocoque (GAS) du groupe A contrôlé en interne développé en laboratoire à l'aide d'échantillons de gorge d'écouvillonnage floqués. Nous avons comparé le test de PCR en phase GAZEUSE aux résultats de culture en phase gazeuse en utilisant une collection d'échantillons d'écouvillons de gorge archivés obtenus au cours d'une étude comparant la performance des écouvillons de gorge conventionnels et floqués. La sensibilité du test de PCR en phase GAZEUSE par rapport à l'étalon de référence était de 96,0 % (IC à 95 % de 90,1 % à 98,4 %), la spécificité de 98,6 % (IC à 95 % de 95,8 % à 99,5 %), la valeur prédictive positive (VPP) de 96,9 % (IC à 95 % de 91,4 % à 99,0 %) et la valeur prédictive négative (VAN) de 98,1 % (IC à 95 % de 95,2 % à 99,2 %). Pour les cultures d'écouvillons conventionnelles, la sensibilité était de 96,0 % (IC à 95 % de 90,1 % à 98,4 %), la spécificité de 100 % (IC à 95 % de 98,2 % à 100 %), la PPV de 100 % (IC à 95 % de 96,1 % à 100 %) et la NPV de 98,1 % (IC à 95 % de 95,2 % à 99,3 %). Dans cette étude rétrospective, le test PCR en PHASE GAZEUSE semblait aussi performant que la culture d'écouvillons de gorge conventionnelle, la norme de pratique actuelle. Étant donné que le test de PCR en PHASE GAZEUSE, y compris l'extraction de l'ADN, peut être effectué en environ 1 heure, des études prospectives de ce test sont justifiées pour évaluer l'impact clinique du test sur la prise en charge des patients atteints de pharyngite.Translated Description (Spanish)
El diagnóstico rápido de la faringitis GASEOSA puede mejorar la atención al paciente al garantizar que los pacientes con faringitis GASEOSA sean tratados rápidamente y también evitar el uso innecesario de antibióticos en aquellos sin infección GASEOSA. Se han descrito muy pocos métodos moleculares para la detección de GAS en muestras clínicas de hisopo de garganta. Realizamos un estudio de un ensayo rápido de PCR de estreptococos del Grupo A (GAS) controlado internamente desarrollado en laboratorio utilizando muestras de garganta de hisopo flocado. Comparamos el ensayo de PCR de GAS con los resultados del cultivo de GAS utilizando una colección de muestras de hisopos de garganta archivados obtenidos durante un estudio que compara el rendimiento de hisopos de garganta convencionales y flocados. La sensibilidad del ensayo de PCR de GAS en comparación con el estándar de referencia fue del 96,0% (IC del 95%: 90,1% a 98,4%), especificidad del 98,6% (IC del 95%: 95,8% a 99,5%), valor predictivo positivo (PPV) del 96,9% (IC del 95%: 91,4% a 99,0%) y valor predictivo negativo (NPV) del 98,1% (IC del 95%: 95,2% a 99,2%). Para los cultivos de hisopo convencional, la sensibilidad fue del 96,0% (IC del 95%: 90,1% a 98,4%), la especificidad del 100% (IC del 95%: 98,2% a 100%), el VPP del 100% (IC del 95%: 96,1% a 100%) y el VPN del 98,1% (IC del 95%: 95,2% a 99,3%). En este estudio retrospectivo, el ensayo de PCR con GAS pareció funcionar tan bien como el cultivo de hisopo de garganta convencional, el estándar de práctica actual. Dado que el ensayo de PCR de GAS, incluida la extracción de ADN, se puede realizar en aproximadamente 1 hora, se justifican estudios prospectivos de este ensayo para evaluar el impacto clínico del ensayo en el tratamiento de pacientes con faringitis.Files
1476-0711-10-33.pdf
Files
(398.1 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:f2a94c41be8acd91e775989a7163aa68
|
398.1 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- الكشف السريع عن تفاعل البوليميراز المتسلسل للمجموعة أ من المكورات العقدية من مسحات الحلق المتدفقة: دراسة سريرية بأثر رجعي
- Translated title (French)
- Détection rapide par PCR du streptocoque du groupe A à partir d'écouvillons de gorge floqués : une étude clinique rétrospective
- Translated title (Spanish)
- Detección rápida por PCR de estreptococos del grupo A a partir de hisopos de garganta: un estudio clínico retrospectivo
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2124926110
- DOI
- 10.1186/1476-0711-10-33
References
- https://openalex.org/W1971294355
- https://openalex.org/W1995295345
- https://openalex.org/W2007172202
- https://openalex.org/W2054061412
- https://openalex.org/W2096371474
- https://openalex.org/W2128447129
- https://openalex.org/W2130977216
- https://openalex.org/W2131272750
- https://openalex.org/W2134513668
- https://openalex.org/W2146272590