Published September 20, 2022
| Version v1
Publication
Open
Risk variants of obesity associated genes demonstrate BMI raising effect in a large cohort
Creators
- 1. Pir Mehr Ali Shah Arid Agriculture University
- 2. Pakistan Institute of Medical Sciences
- 3. University of Gothenburg
- 4. Universidade Federal de São Paulo
- 5. Region Västra Götaland
- 6. Sahlgrenska University Hospital
Description
Obesity is highly polygenic disease where several genetic variants have been reportedly associated with obesity in different ethnicities of the world. In the current study, we identified the obesity risk or protective association and BMI raising effect of the minor allele of adiponectin, C1Q and collagen domain containing ( ADIPOQ ), cholesteryl ester transfer protein ( CEPT ), FTO alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase ( FTO ), leptin ( LEP ), and leptin receptor ( LEPR ) genes in a large cohort stratified into four BMI-based body weight categories i.e., normal weight, lean, over-weight, and obese. Based on selected candidate genetic markers, the genotyping of all study subjects was performed by PCR assays, and genotypes and allele frequencies were calculated. The minor allele frequencies (MAFs) of all genetic markers were computed for total and BMI-based body weight categories and compared with MAFs of global and South Asian (SAS) populations. Genetic associations of variants with obesity risk were calculated and BMI raising effect per copy of the minor allele were estimated. The genetic variants with higher MAFs in obese BMI group were; rs2241766 (G = 0.43), rs17817449 (G = 0.54), rs9939609 (A = 0.51), rs1421085 (C = 0.53), rs1558902 (A = 0.63), and rs1137101 (G = 0.64) respectively. All these variants were significantly associated with obesity (OR = 1.03–4.42) and showed a high BMI raising effect (β = 0.239–0.31 Kg/m 2 ) per copy of the risk allele. In contrast, the MAFs of three variants were higher in lean-normal BMI groups; rs3764261 A = 0.38, rs9941349 T = 0.43, and rs7799039 G = 0.40–0.43). These variants showed obesity protective associations (OR = 0.68–0.76), and a BMI lowering effect per copy of the protective allele (β = -0.103–0.155 Kg/m 2 ). The rs3764261 variant also showed significant and positive association with lean body mass (OR = 2.38, CI = 1.30–4.34). Overall, we report six genetic variants of ADIPOQ , FTO and LEPR genes as obesity-risk markers and a CETP gene variant as lean mass/obesity protective marker in studied Pakistani cohort.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
السمنة هي مرض متعدد الجينات حيث ورد أن العديد من المتغيرات الجينية مرتبطة بالسمنة في أعراق مختلفة من العالم. في الدراسة الحالية، حددنا خطر السمنة أو الارتباط الوقائي وتأثير رفع مؤشر كتلة الجسم للأليل الثانوي من الأديبونيكتين، C1q ومجال الكولاجين الذي يحتوي على (ADIPOQ)، وبروتين نقل إستر الكوليسترول ( CEPT )، وثنائي أكسجين ألفا كيتوجلوتارات المعتمد على FTO ( FTO )، واللبتين ( LEP )، وجينات مستقبلات اللبتين (LepR) في مجموعة كبيرة مقسمة إلى أربع فئات لوزن الجسم تعتمد على مؤشر كتلة الجسم، أي الوزن الطبيعي، والهزيل، والوزن الزائد، والسمنة. استنادًا إلى العلامات الجينية المرشحة المختارة، تم إجراء التنميط الجيني لجميع المشاركين في الدراسة بواسطة فحوصات تفاعل البوليميراز المتسلسل، وتم حساب الأنماط الجينية وترددات الأليل. تم حساب ترددات الأليل الطفيفة (MAFs) لجميع العلامات الجينية لفئات وزن الجسم الإجمالية والقائمة على مؤشر كتلة الجسم ومقارنتها بترددات الأليل الطفيفة (MAFs) لسكان العالم وجنوب آسيا (SAS). تم حساب الارتباطات الوراثية للمتغيرات ذات مخاطر السمنة وتم تقدير تأثير رفع مؤشر كتلة الجسم لكل نسخة من الأليل الثانوي. كانت المتغيرات الجينية ذات MAFs الأعلى في مجموعة مؤشر كتلة الجسم البدينة ؛ rs2241766 (G = 0.43)، rs17817449 (G = 0.54)، rs9939609 (A = 0.51)، rs1421085 (C = 0.53)، rs1558902 (A = 0.63)، و rs1137101 (G = 0.64) على التوالي. ارتبطت جميع هذه المتغيرات بشكل كبير بالسمنة (OR = 1.03–4.42) وأظهرت تأثيرًا مرتفعًا لرفع مؤشر كتلة الجسم (β = 0.239–0.31 كجم/م 2 ) لكل نسخة من أليل الخطر. في المقابل، كانت MAFs لثلاثة متغيرات أعلى في مجموعات مؤشر كتلة الجسم العجاف الطبيعية ؛ rs3764261 A = 0.38، rs9941349 T = 0.43، و rs7799039 G = 0.40–0.43). أظهرت هذه المتغيرات ارتباطات واقية من السمنة (OR = 0.68-0.76)، وتأثير خفض مؤشر كتلة الجسم لكل نسخة من الأليل الواقي (β = -0.103–0.155 كجم/م 2 ). أظهر المتغير rs3764261 أيضًا ارتباطًا كبيرًا وإيجابيًا بكتلة الجسم النحيل (OR = 2.38، CI = 1.30–4.34). بشكل عام، نبلغ عن ستة متغيرات وراثية لجينات ADIPOQ و FTO و LepR كعلامات لخطر السمنة ومتغير جين CETP كعلامة واقية للكتلة/السمنة الخالية من الدهون في الفوج الباكستاني المدروس.Translated Description (French)
L'obésité est une maladie hautement polygénique où plusieurs variantes génétiques auraient été associées à l'obésité dans différentes ethnies du monde. Dans la présente étude, nous avons identifié le risque d'obésité ou l'association protectrice et l'effet d'augmentation de l'IMC de l'allèle mineur des gènes de l'adiponectine, du C1Q et du domaine du collagène ( ADIPOQ ), de la protéine de transfert d'ester de cholestéryle ( CEPT ), de la dioxygénase dépendante de l'alpha-cétoglutarate ( FTO ), de la leptine (LEP ) et du récepteur de la leptine (LepR) dans une grande cohorte stratifiée en quatre catégories de poids corporel basées sur l'IMC, à savoir poids normal, maigre, en surpoids et obèse. Sur la base de marqueurs génétiques candidats sélectionnés, le génotypage de tous les sujets de l'étude a été effectué par des tests PCR, et les fréquences des génotypes et des allèles ont été calculées. Les fréquences des allèles mineurs (MAF) de tous les marqueurs génétiques ont été calculées pour les catégories de poids corporel totales et basées sur l'IMC et comparées aux MAF des populations mondiales et sud-asiatiques (SAS). Les associations génétiques des variants avec le risque d'obésité ont été calculées et l'effet d'augmentation de l'IMC par copie de l'allèle mineur a été estimé. Les variants génétiques avec des MAF plus élevés dans le groupe IMC obèse étaient ; rs2241766 (G = 0,43), rs17817449 (G = 0,54), rs9939609 (A = 0,51), rs1421085 (C = 0,53), rs1558902 (A = 0,63) et rs1137101 (G = 0,64) respectivement. Tous ces variants ont été significativement associés à l'obésité (OR = 1,03-4,42) et ont montré un effet élevé d'augmentation de l'IMC (β = 0,239-0,31 Kg/m 2 ) par copie de l'allèle de risque. En revanche, les MAF de trois variants étaient plus élevés dans les groupes d'IMC maigres normaux ; rs3764261 A = 0,38, rs9941349 T = 0,43 et rs7799039 G = 0,40-0,43). Ces variants ont montré des associations protectrices de l'obésité (OR = 0,68-0,76), et un effet d'abaissement de l'IMC par copie de l'allèle protecteur (β = -0,103-0,155 Kg/m 2 ). La variante rs3764261 a également montré une association significative et positive avec la masse corporelle maigre (OR = 2,38, IC = 1,30-4,34). Dans l'ensemble, nous rapportons six variantes génétiques des gènes ADIPOQ , FTO et LepR en tant que marqueurs de risque d'obésité et une variante du gène CETP en tant que marqueur protecteur de masse maigre/obésité dans la cohorte pakistanaise étudiée.Translated Description (Spanish)
La obesidad es una enfermedad altamente poligénica en la que varias variantes genéticas se han asociado con la obesidad en diferentes etnias del mundo. En el estudio actual, identificamos el riesgo de obesidad o la asociación protectora y el efecto de aumento del IMC del alelo menor de los genes que contienen adiponectina, C1Q y dominio de colágeno ( ADIPOQ ), proteína de transferencia de éster de colesterilo ( CEPT ), dioxigenasa dependiente de alfa-cetoglutarato ( FTO ), leptina ( LEP ) y receptor de leptina ( LEPR ) en una gran cohorte estratificada en cuatro categorías de peso corporal basadas en el IMC, es decir, peso normal, magro, sobrepeso y obesidad. Con base en los marcadores genéticos candidatos seleccionados, el genotipado de todos los sujetos de estudio se realizó mediante ensayos de PCR, y se calcularon los genotipos y las frecuencias alélicas. Las frecuencias de alelos menores (MAF) de todos los marcadores genéticos se calcularon para las categorías de peso corporal total y basado en el IMC y se compararon con los MAF de las poblaciones globales y del sur de Asia (SAS). Se calcularon las asociaciones genéticas de las variantes con el riesgo de obesidad y se estimó el efecto de aumento del IMC por copia del alelo menor. Las variantes genéticas con mayores MAF en el grupo de IMC obeso fueron; rs2241766 (G = 0.43), rs17817449 (G = 0.54), rs9939609 (A = 0.51), rs1421085 (C = 0.53), rs1558902 (A = 0.63) y rs1137101 (G = 0.64) respectivamente. Todas estas variantes se asociaron significativamente con la obesidad (OR = 1,03-4,42) y mostraron un alto efecto de aumento del IMC (β = 0,239-0,31 Kg/m 2 ) por copia del alelo de riesgo. Por el contrario, los MAF de tres variantes fueron más altos en los grupos de IMC magro-normal; rs3764261 A = 0.38, rs9941349 T = 0.43 y rs7799039 G = 0.40–0.43). Estas variantes mostraron asociaciones protectoras de la obesidad (OR = 0,68-0,76) y un efecto reductor del IMC por copia del alelo protector (β = -0,103-0,155 Kg/m 2 ). La variante rs3764261 también mostró una asociación significativa y positiva con la masa corporal magra (OR = 2,38, CI = 1,30-4,34). En general, informamos seis variantes genéticas de los genes ADIPOQ , FTO y LEPR como marcadores de riesgo de obesidad y una variante del gen CETP como marcador protector de masa magra/obesidad en la cohorte paquistaní estudiada.Files
journal.pone.0274904&type=printable.pdf
Files
(1.2 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:edab307a15412dbddcef372c43a48aea
|
1.2 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تُظهر متغيرات مخاطر الجينات المرتبطة بالسمنة تأثير رفع مؤشر كتلة الجسم في مجموعة كبيرة
- Translated title (French)
- Les variantes à risque des gènes associés à l'obésité démontrent un effet d'augmentation de l'IMC dans une grande cohorte
- Translated title (Spanish)
- Las variantes de riesgo de los genes asociados a la obesidad demuestran el efecto de aumento del IMC en una gran cohorte
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4296801167
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0274904
References
- https://openalex.org/W1566705002
- https://openalex.org/W1840900336
- https://openalex.org/W1965842672
- https://openalex.org/W1969384718
- https://openalex.org/W1970232115
- https://openalex.org/W1976844911
- https://openalex.org/W1976907183
- https://openalex.org/W1981222811
- https://openalex.org/W1986887168
- https://openalex.org/W1991838121
- https://openalex.org/W1994199626
- https://openalex.org/W1996344911
- https://openalex.org/W2000998049
- https://openalex.org/W2005014863
- https://openalex.org/W2016458121
- https://openalex.org/W2027213052
- https://openalex.org/W2031122764
- https://openalex.org/W2039153962
- https://openalex.org/W2050895616
- https://openalex.org/W2053000835
- https://openalex.org/W2055035696
- https://openalex.org/W2056454333
- https://openalex.org/W2059082463
- https://openalex.org/W2060319981
- https://openalex.org/W2061592062
- https://openalex.org/W2063579774
- https://openalex.org/W2066805219
- https://openalex.org/W2076069695
- https://openalex.org/W2077237334
- https://openalex.org/W2078215693
- https://openalex.org/W2080341828
- https://openalex.org/W2091759162
- https://openalex.org/W2097660065
- https://openalex.org/W2101683500
- https://openalex.org/W2104549677
- https://openalex.org/W2108303181
- https://openalex.org/W2108932731
- https://openalex.org/W2110678911
- https://openalex.org/W2129150286
- https://openalex.org/W2134613472
- https://openalex.org/W2139877725
- https://openalex.org/W2146520855
- https://openalex.org/W2148578906
- https://openalex.org/W2160859576
- https://openalex.org/W2163710303
- https://openalex.org/W2314225431
- https://openalex.org/W2315320899
- https://openalex.org/W2378532668
- https://openalex.org/W2471492372
- https://openalex.org/W2587328082
- https://openalex.org/W2730117847
- https://openalex.org/W2747447219
- https://openalex.org/W2777028002
- https://openalex.org/W2788564798
- https://openalex.org/W2810103782
- https://openalex.org/W2831561317
- https://openalex.org/W2889284391
- https://openalex.org/W2894146012
- https://openalex.org/W2898859410
- https://openalex.org/W2910757488
- https://openalex.org/W2947792400
- https://openalex.org/W2963044439
- https://openalex.org/W2975325261
- https://openalex.org/W2991550491
- https://openalex.org/W2994095521
- https://openalex.org/W3006612965
- https://openalex.org/W3006637787
- https://openalex.org/W3009817113
- https://openalex.org/W3041667723
- https://openalex.org/W3081636175
- https://openalex.org/W3103867946
- https://openalex.org/W3162572435
- https://openalex.org/W3163567484
- https://openalex.org/W3199205086
- https://openalex.org/W4211047194
- https://openalex.org/W4230244993
- https://openalex.org/W828328739