Published December 9, 2016
| Version v1
Publication
Open
Genetic diversity of Hajar1 and Hajar2 local Saudi chicken lines using mitochondrial DNA D-loop markers
- 1. King Faisal University
- 2. Cairo University
- 3. Agricultural Research Center
Description
This study was conducted to assess genetic diversity of Hajar1 and Hajar2 local Saudi chicken lines using mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop partial sequences.One hundred blood samples were obtained equally from Hajar1 and Hajar2 Saudi chicken lines as 50 samples from each line.The D-loop region was partially amplified from genomic DNA with a conserved primer set, and the fragments were sequenced.Eight published reference mtDNA sequence data from the GenBank were used for comparisons, and multiple alignments were performed.The most common haplotype was assigned as a basic sequence for comparing within each line.Entropy plot and conserved region analysis were performed.Genetic distances and neighbour-joining (NJ) phylogenetic trees were estimated.The results indicated haplotype variations within and between local Saudi chicken lines, which could explain the phenotypic variation reported earlier.A close genetic relationship was shown between the Saudi local chicken lines.Unique conserved regions and nucleotide substitutions were observed between the two lines.Both lines have a close relationship with the reference Asian local chicken population, especially local Chinese and Indian chicken breeds.The current results are considered the first report of mtDNA sequence diversity for Hajar1 and Hajar2 lines.Further detailed molecular genetic studies of both lines are indispensable to genetic conservation and development.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
أُجريت هذه الدراسة لتقييم التنوع الجيني لخطوط الدجاج السعودية المحلية في هاجر1 وهجر2 باستخدام التسلسلات الجزئية للحمض النووي للميتوكوندريا (mtDNA) D - loop. تم الحصول على مائة عينة دم بالتساوي من خطوط الدجاج السعودية في هاجر1 وحجر2 على أنها 50 عينة من كل سطر. تم تضخيم منطقة الحلقة D جزئيًا من الحمض النووي الجيني مع مجموعة تمهيدية محفوظة، وتم تسلسل الشظايا. تم استخدام ثمانية بيانات تسلسل مرجعية منشورة للحمض النووي للميتوكوندريا من بنك الجينات للمقارنات، وتم إجراء محاذاة متعددة. تم تعيين النمط الفرداني الأكثر شيوعًا كتسلسل أساسي للمقارنة داخل كل خط. تم إجراء تحليل مؤامرة الانتروبيا والمنطقة المحفوظة. تم تقدير المسافات الوراثية والأشجار الوراثية المجاورة (NJ). أشارت النتائج إلى اختلافات النمط الفرداني داخل وبين خطوط الدجاج السعودية المحلية، مما قد يفسر الاختلاف في النمط الظاهري الذي تم الإبلاغ عنه سابقًا. تم إظهار علاقة وراثية وثيقة بين خطوط الدجاج المحلية السعودية. لوحظت المناطق المحفوظة الفريدة واستبدالات النيوكليوتيدات بين الخطين. كلا الخطين لهما علاقة وثيقة بسكان الدجاج المحليين الآسيويين المرجعيين، وخاصة سلالات الدجاج الصينية والهندية المحلية. تعتبر النتائج الحالية التقرير الأول عن تنوع تسلسل mtDNA لخطوط Hajar1 و Hajar2. مزيد من الدراسات الجينية الجزيئية التفصيلية لكلا الخطين لا غنى عنها لحفظ الجينات وتنميتها.Translated Description (French)
Cette étude a été menée pour évaluer la diversité génétique des lignées de poulet saoudiennes locales Hajar1 et Hajar2 à l'aide de séquences partielles de boucle D d'ADN mitochondrial (ADNmt). Une centaine d'échantillons de sang ont été obtenus de manière égale à partir de lignées de poulet saoudiennes Hajar1 et Hajar2, soit 50 échantillons de chaque lignée. La région de boucle D a été partiellement amplifiée à partir de l'ADN génomique avec un jeu d'amorces conservé, et les fragments ont été séquencés. Huit données de séquence d'ADNmt de référence publiées de la GenBank ont été utilisées pour des comparaisons, et des alignements multiples ont été effectués.L' haplotype le plus courant a été assigné comme séquence de base pour la comparaison à l'intérieur de chaque lignée.Une analyse de parcelle d'entropie et de région conservée a été effectuée.Les distances génétiques et les arbres phylogénétiques de jonction de voisin (NJ) ont été estimés.Les résultats ont indiqué des variations d'haplotype à l'intérieur et entre les lignées locales de poulet saoudien, ce qui pourrait expliquer la variation phénotypique rapportée précédemment.Une relation génétique étroite a été montrée entre les lignées locales de poulet saoudien.Les régions conservées uniques et les substitutions nucléotidiques ont été observées entre les deux lignées.Les deux lignées ont une relation étroite avec la population locale de poulet asiatique de référence, en particulier les races locales de poulet chinois et indien.Les résultats actuels sont considérés comme les premier rapport sur la diversité des séquences d'ADNmt pour les lignées Hajar1 et Hajar2. Des études génétiques moléculaires plus détaillées des deux lignées sont indispensables à la conservation et au développement génétiques.Translated Description (Spanish)
Este estudio se realizó para evaluar la diversidad genética de las líneas locales de pollo sauditas Hajar1 y Hajar2 utilizando secuencias parciales de bucle D de ADN mitocondrial (ADNmt). Se obtuvieron cien muestras de sangre por igual de las líneas de pollo sauditas Hajar1 y Hajar2 como 50 muestras de cada línea. La región de bucle D se amplificó parcialmente a partir de ADN genómico con un conjunto de cebadores conservados y se secuenciaron los fragmentos. Se utilizaron ocho datos de secuencia de ADNmt de referencia publicados del GenBank para las comparaciones. y se realizaron múltiples alineaciones. Se asignó el haplotipo más común como secuencia básica para comparar dentro de cada línea. Se realizó un gráfico de entropía y un análisis de la región conservada. Se estimaron las distancias genéticas y los árboles filogenéticos de unión de vecinos (NJ). Los resultados indicaron variaciones de haplotipos dentro y entre las líneas locales de pollos saudíes, lo que podría explicar la variación fenotípica informada anteriormente. Se mostró una estrecha relación genética entre las líneas locales de pollos saudíes. Se observaron regiones conservadas únicas y sustituciones de nucleótidos entre las dos líneas. Ambas líneas tienen una estrecha relación con la población local de pollos asiáticos de referencia, especialmente las razas locales de pollos chinos e indios. Los resultados actuales se consideran los siguientes: primer informe de la diversidad de secuencias de ADNmt para las líneas Hajar1 y Hajar2. Estudios genéticos moleculares más detallados de ambas líneas son indispensables para conservar y desarrollar la genética.Files
138785.pdf
Files
(783.3 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:54db76f7d127caa34dfc61878066c6c3
|
783.3 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التنوع الوراثي لخطوط الدجاج السعودية المحلية Hajar1 و Hajar2 باستخدام علامات حلقة D للحمض النووي للميتوكوندريا
- Translated title (French)
- Diversité génétique des lignées de poulet saoudiennes locales Hajar1 et Hajar2 à l'aide de marqueurs de boucle D d'ADN mitochondrial
- Translated title (Spanish)
- Diversidad genética de las líneas locales de pollo sauditas Hajar1 y Hajar2 utilizando marcadores D-loop de ADN mitocondrial
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2552299463
- DOI
- 10.4314/sajas.v46i4.9
References
- https://openalex.org/W1980542019
- https://openalex.org/W2066793897
- https://openalex.org/W2099564576