Published January 1, 2013
| Version v1
Publication
Open
Generation of multicolor banding probes for chromosomes of different species
Creators
- 1. Friedrich Schiller University Jena
- 2. Jena University Hospital
- 3. Khon Kaen University
- 4. Surindra Rajabhat University
- 5. Rajabhat Maha Sarakham University
- 6. Mahasarakham University
- 7. Institute of Molecular and Cell Biology
Description
The multicolor banding (MCB/mBAND) technique provides a unique opportunity to characterize intrachromosomal rearrangements and to determine chromosomal breakpoints. Until recently, MCB probes have only been available for human and some murine chromosomes. Generation of MCB probes for chromosomes of other species, useful and required in many cytogenetics research fields, was limited by technical difficulties. MCB probes are established by chromosome microdissection followed by whole genomic DNA amplification. However, unambiguous identification of the target chromosome is required for MCB-probe establishment. Previously proposed protocols suggested G-banding staining or preliminary FISH with whole chromosome paints (WCP) as methods to identify the chromosome of interest.Here we present a complete workflow for MCB probe generation for those cases and species where chromosome morphology is too challenging to recognize target chromosomes by conventional methods and where WCP probes are not available. The workflow was successfully applied for murine chromosomes that are difficult to identify unambiguously. Additionally, we showed that glass-needle based microdissection enables establishment of a whole set of WCP paints by microdissection of individual chromosomes of a single metaphaseThe present method can be applied for generation of whole or region-specific DNA probes for species, where karyotyping of G-banded chromosomes is challenging due to similar chromosome morphology and/or chromosome banding patterns.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
توفر تقنية النطاقات متعددة الألوان (MCB/mBAND) فرصة فريدة لتوصيف عمليات إعادة الترتيب داخل الكروموسومات وتحديد نقاط التوقف الكروموسومية. حتى وقت قريب، كانت مسابر MCB متاحة فقط للكروموسومات البشرية وبعض كروموسومات الفئران. كان توليد مسابير MCB لكروموسومات الأنواع الأخرى، المفيدة والمطلوبة في العديد من مجالات أبحاث الوراثة الخلوية، محدودًا بسبب الصعوبات التقنية. يتم إنشاء مسابير MCB عن طريق التشريح الدقيق للكروموسوم متبوعًا بتضخيم الحمض النووي الجيني الكامل. ومع ذلك، فإن التحديد الواضح للكروموسوم المستهدف مطلوب لإنشاء مسبار MCB. اقترحت البروتوكولات المقترحة سابقًا تلطيخ النطاقات G أو الأسماك الأولية بدهانات الكروموسومات الكاملة (WCP) كطرق لتحديد الكروموسوم محل الاهتمام. نقدم هنا سير عمل كامل لتوليد مسبار MCB لتلك الحالات والأنواع التي يكون فيها مورفولوجيا الكروموسومات صعبة للغاية للتعرف على الكروموسومات المستهدفة بالطرق التقليدية وحيث لا تتوفر تحقيقات WCP. تم تطبيق سير العمل بنجاح على كروموسومات الفئران التي يصعب تحديدها بشكل لا لبس فيه. بالإضافة إلى ذلك، أظهرنا أن التشريح الدقيق القائم على الإبرة الزجاجية يتيح إنشاء مجموعة كاملة من دهانات WCP عن طريق التشريح الدقيق للكروموسومات الفردية لطور استوائي واحد. يمكن تطبيق الطريقة الحالية لتوليد مجسات الحمض النووي الكاملة أو الخاصة بالمنطقة للأنواع، حيث يمثل التنميط النووي للكروموسومات ذات النطاق G تحديًا بسبب التشكل الصبغي و/أو أنماط ربط الكروموسومات المماثلة.Translated Description (French)
La technique des bandes multicolores (MCB/mBAND) offre une occasion unique de caractériser les réarrangements intrachromosomiques et de déterminer les points de rupture chromosomiques. Jusqu'à récemment, les sondes MCB n'étaient disponibles que pour les chromosomes humains et certains chromosomes murins. La génération de sondes MCB pour les chromosomes d'autres espèces, utiles et nécessaires dans de nombreux domaines de recherche en cytogénétique, a été limitée par des difficultés techniques. Les sondes MCB sont établies par microdissection chromosomique suivie d'une amplification de l'ADN génomique entier. Cependant, l'identification sans ambiguïté du chromosome cible est nécessaire pour l'établissement de la sonde MCB. Les protocoles précédemment proposés suggéraient la coloration de la bande G ou des POISSONS préliminaires avec des peintures de chromosomes entiers (WCP) comme méthodes pour identifier le chromosome d'intérêt. Ici, nous présentons un flux de travail complet pour la génération de sondes MCB pour les cas et les espèces où la morphologie des chromosomes est trop difficile à reconnaître les chromosomes cibles par des méthodes conventionnelles et où les sondes WCP ne sont pas disponibles. Le flux de travail a été appliqué avec succès pour les chromosomes murins qui sont difficiles à identifier sans ambiguïté. De plus, nous avons montré que la microdissection à base d'aiguilles de verre permet l'établissement de tout un ensemble de peintures WCP par microdissection de chromosomes individuels d'une seule métaphase. La présente méthode peut être appliquée pour la génération de sondes d'ADN entières ou spécifiques à une région pour les espèces, où le caryotypage des chromosomes à bande G est difficile en raison de la morphologie des chromosomes et/ou des modèles de bandes chromosomiques similaires.Translated Description (Spanish)
La técnica de bandas multicolores (MCB/mBAND) ofrece una oportunidad única para caracterizar los reordenamientos intracromosómicos y determinar los puntos de ruptura cromosómica. Hasta hace poco, las sondas MCB solo estaban disponibles para cromosomas humanos y algunos cromosomas murinos. La generación de sondas MCB para cromosomas de otras especies, útiles y necesarias en muchos campos de investigación citogenética, se vio limitada por dificultades técnicas. Las sondas MCB se establecen mediante microdisección cromosómica seguida de amplificación de ADN genómico completo. Sin embargo, se requiere la identificación inequívoca del cromosoma diana para el establecimiento de la sonda MCB. Los protocolos propuestos anteriormente sugirieron la tinción con banda G o FISH preliminar con pinturas de cromosomas completos (WCP) como métodos para identificar el cromosoma de interés. Aquí presentamos un flujo de trabajo completo para la generación de sondas MCB para aquellos casos y especies donde la morfología cromosómica es demasiado difícil de reconocer los cromosomas diana por métodos convencionales y donde las sondas WCP no están disponibles. El flujo de trabajo se aplicó con éxito para cromosomas murinos que son difíciles de identificar sin ambigüedades. Además, demostramos que la microdisección basada en agujas de vidrio permite el establecimiento de un conjunto completo de pinturas WCP mediante la microdisección de cromosomas individuales de una sola metafase. El presente método se puede aplicar para la generación de sondas de ADN completas o específicas de la región para especies, donde el cariotipo de cromosomas con bandas G es un desafío debido a la morfología cromosómica similar y/o los patrones de bandas cromosómicas.Files
1755-8166-6-6.pdf
Files
(688.4 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:43bb35c9cc78f77c6ba7176d546f761e
|
688.4 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- توليد مسابير النطاقات متعددة الألوان للكروموسومات من الأنواع المختلفة
- Translated title (French)
- Génération de sondes de bandes multicolores pour les chromosomes de différentes espèces
- Translated title (Spanish)
- Generación de sondas de bandas multicolores para cromosomas de diferentes especies
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2113394212
- DOI
- 10.1186/1755-8166-6-6
References
- https://openalex.org/W1977280760
- https://openalex.org/W1984731778
- https://openalex.org/W2011200594
- https://openalex.org/W2028934362
- https://openalex.org/W2031441312
- https://openalex.org/W2037895593
- https://openalex.org/W2039301109
- https://openalex.org/W2040229955
- https://openalex.org/W2047230607
- https://openalex.org/W2065970339
- https://openalex.org/W2074282843
- https://openalex.org/W210883550