Published February 5, 2016
| Version v1
Publication
Open
Copy number variation of a gene cluster encoding endopolygalacturonase mediates flesh texture and stone adhesion in peach
Creators
- 1. Wuhan Botanical Garden
- 2. Chinese Academy of Sciences
- 3. University of Chinese Academy of Sciences
- 4. Chulalongkorn University
- 5. Shandong Agricultural University
Description
Texture is an important attribute affecting consumer perception of fruit quality. Peach melting flesh and flesh adhesion to stone (endocarp) are simply inherited and controlled by the F-M locus on linkage group (LG) 4. Here, we report that two genes encoding endopolygalacturonase (endoPG) in the F-M locus, designated PpendoPGF and PpendoPGM, are associated with the melting flesh and stone adhesion traits. PpendoPGM controls melting flesh while PpendoPGF has pleiotropic effects on both melting flesh and stone adhesion. The F-M locus has three allelic copy number variants of endoPG, H1 (PpendoPGF and PpendoPGM), H2 (PpendoPGM), and H3 (null). The H2 haplotype represents the ancestral one while the H1 and H3 haplotypes are two variants due to duplication and deletion of PpendoPGM, respectively. Accessions with H1H1, H1H2, or H1H3 genotypes show the freestone or semi-freestone and melting flesh phenotype, while both H2H2 and H2H3 accessions have the clingstone and melting flesh phenotype. The H3H3 accessions have the clingstone and non-melting flesh phenotype. Our study not only demonstrates a driving role of gene copy number variations in flesh texture diversification in fruit trees, but also provides a useful diagnostic tool for early seedling selection in peach breeding programmes.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
الملمس هو سمة مهمة تؤثر على تصور المستهلك لجودة الفاكهة. يتم ببساطة توريث التصاق اللحم الذي يذوب الخوخ واللحم بالحجر (الإندوكارب) والتحكم فيه بواسطة موضع F - M على مجموعة الربط (LG) 4. هنا، نذكر أن جينين يشفران إندوبوليغالاكتوروناز (endoPG) في موضع F - M، المعينين PpendoPGF و PpendoPGM، مرتبطان بسمات التصاق اللحم والحجر الذائب. يتحكم PpendoPGM في ذوبان اللحم في حين أن PpendoPGF له تأثيرات متعددة الاتجاهات على كل من ذوبان اللحم والتصاق الحجر. يحتوي موضع F - M على ثلاثة متغيرات لأرقام النسخ الأليلية من endoPG و H1 (PpendoPGF و PpendoPGM) و H2 (PpendoPGM) و H3 (فارغ). يمثل النمط الفرداني H2 النمط الأسلاف في حين أن الأنماط الفردانية H1 و H3 هما نوعان مختلفان بسبب تكرار وحذف PpendoPGM، على التوالي. تُظهر الوصلات مع الأنماط الجينية H1H1 أو H1H2 أو H1H3 النمط الظاهري للحجر الحر أو شبه الحر واللحم الذائب، في حين أن كلا الوصلات H2H2 و H2H3 لها النمط الظاهري للحجر اللزج واللحم الذائب. تحتوي ملحقات H3H3 على النمط الظاهري للحجر اللاصق واللحم غير الذائب. لا توضح دراستنا الدور الدافع لاختلافات عدد نسخ الجينات في تنويع نسيج اللحم في أشجار الفاكهة فحسب، بل توفر أيضًا أداة تشخيصية مفيدة لاختيار الشتلات مبكرًا في برامج تربية الخوخ.Translated Description (French)
La texture est un attribut important qui affecte la perception de la qualité des fruits par les consommateurs. La chair de pêche en fusion et l'adhésion de la chair à la pierre (endocarpe) sont simplement héritées et contrôlées par le locus F-M sur le groupe de liaison (LG) 4. Ici, nous rapportons que deux gènes codant pour l'endopolygalacturonase (endoPG) dans le locus F-M, désignés PpendoPGF et PpendoPGM, sont associés aux traits d'adhésion de la chair fondante et des pierres. Le PpendoPGM contrôle la fusion de la chair tandis que le PpendoPGF a des effets pléiotropes à la fois sur la fusion de la chair et sur l'adhésion des pierres. Le locus F-M a trois variantes du nombre de copies alléliques de l'endoPG, H1 (PpendoPGF et PpendoPGM), H2 (PpendoPGM) et H3 (NULL). L'haplotype H2 représente l'haplotype ancestral tandis que les haplotypes H1 et H3 sont deux variants dus à la duplication et à la délétion de PpendoPGM, respectivement. Les accessions avec les génotypes H1H1, H1H2 ou H1H3 montrent le phénotype de la pierre de taille ou de la demi-pierre et de la chair fondante, tandis que les accessions H2H2 et H2H3 ont le phénotype de la pierre d'accrochage et de la chair fondante. Les accessions H3H3 ont le phénotype clingstone et chair non fusible. Notre étude démontre non seulement un rôle moteur des variations du nombre de copies de gènes dans la diversification de la texture de la chair chez les arbres fruitiers, mais fournit également un outil de diagnostic utile pour la sélection précoce des semis dans les programmes de sélection des pêches.Translated Description (Spanish)
La textura es un atributo importante que afecta la percepción del consumidor sobre la calidad de la fruta. La carne de melocotón que se derrite y la adhesión de la carne al cálculo (endocarpio) son simplemente heredadas y controladas por el locus F-M en el grupo de enlace (LG) 4. Aquí, informamos que dos genes que codifican la endopoligalacturonasa (endoPG) en el locus F-M, designados PpendoPGF y PpendoPGM, están asociados con los rasgos de adhesión de la carne y el cálculo que se derriten. PpendoPGM controla la fusión de la carne, mientras que PpendoPGF tiene efectos pleiotrópicos tanto en la fusión de la carne como en la adhesión de las piedras. El locus F-M tiene tres variantes de número de copias alélicas de endoPG, H1 (PpendoPGF y PpendoPGM), H2 (PpendoPGM) y H3 (nulo). El haplotipo H2 representa el ancestral mientras que los haplotipos H1 y H3 son dos variantes por duplicación y deleción de PpendoPGM, respectivamente. Los accesos con genotipos H1H1, H1H2 o H1H3 muestran el fenotipo de piedra caliza o semi-piedra caliza y carne fundida, mientras que los accesos H2H2 y H2H3 tienen el fenotipo de piedra caliza y carne fundida. Los accesos H3H3 tienen el fenotipo de piedra pegajosa y carne no fundida. Nuestro estudio no solo demuestra un papel impulsor de las variaciones en el número de copias de genes en la diversificación de la textura de la carne en los árboles frutales, sino que también proporciona una herramienta de diagnóstico útil para la selección temprana de plántulas en los programas de cultivo de melocotón.Files
erw021.pdf.pdf
Files
(93 Bytes)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
|
93 Bytes | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- نسخة رقم الاختلاف من مجموعة الجينات ترميز endopolygalacturonase يتوسط نسيج اللحم والتصاق الحجر في الخوخ
- Translated title (French)
- La variation du nombre de copies d'un groupe de gènes codant pour l'endopolygalacturonase induit la texture de la chair et l'adhésion des pierres dans la pêche
- Translated title (Spanish)
- La variación del número de copias de un grupo de genes que codifica la endopoligalacturonasa media la textura de la carne y la adhesión de los cálculos en el melocotón
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2264686534
- DOI
- 10.1093/jxb/erw021
References
- https://openalex.org/W1539917762
- https://openalex.org/W1964436754
- https://openalex.org/W1965815826
- https://openalex.org/W1966240042
- https://openalex.org/W1967973651
- https://openalex.org/W1972066961
- https://openalex.org/W1972448623
- https://openalex.org/W1982307236
- https://openalex.org/W1989464680
- https://openalex.org/W1991814173
- https://openalex.org/W1997189279
- https://openalex.org/W1999736916
- https://openalex.org/W2001144276
- https://openalex.org/W2006031601
- https://openalex.org/W2021479968
- https://openalex.org/W2021714239
- https://openalex.org/W2029639739
- https://openalex.org/W2032330065
- https://openalex.org/W2034979835
- https://openalex.org/W2041207112
- https://openalex.org/W2050694525
- https://openalex.org/W2051464954
- https://openalex.org/W2057952667
- https://openalex.org/W2060531604
- https://openalex.org/W2066835754
- https://openalex.org/W2073552485
- https://openalex.org/W2080034547
- https://openalex.org/W2085755265
- https://openalex.org/W2095903088
- https://openalex.org/W2097065948
- https://openalex.org/W2102347283
- https://openalex.org/W2104070005
- https://openalex.org/W2109304262
- https://openalex.org/W2112039810
- https://openalex.org/W2113000575
- https://openalex.org/W2114104545
- https://openalex.org/W2114615912
- https://openalex.org/W2118374285
- https://openalex.org/W2122057899
- https://openalex.org/W2123088474
- https://openalex.org/W2124873881
- https://openalex.org/W2124985265
- https://openalex.org/W2141614817
- https://openalex.org/W2143694004
- https://openalex.org/W2148086604
- https://openalex.org/W2148737891
- https://openalex.org/W2150431403
- https://openalex.org/W2154453780
- https://openalex.org/W2162212014
- https://openalex.org/W2168041093
- https://openalex.org/W2181885086
- https://openalex.org/W2476352144
- https://openalex.org/W2521180234
- https://openalex.org/W2591403493
- https://openalex.org/W4294955336