Published March 14, 2023
| Version v1
Publication
Open
Identification of hsa_circ_0001445 of a novel circRNA-miRNA-mRNA regulatory network as potential biomarker for coronary heart disease
Creators
- 1. Guangxi Medical University
- 2. Duy Tan University
- 3. Guangxi University
- 4. Hue University
- 5. The People's Hospital of Guangxi Zhuang Autonomous Region
Description
To evaluate the hsa_circ_0001445 level in peripheral blood leukocytes of patients with coronary heart disease (CHD) and its related clinical factors, and predict its circRNA-miRNA-mRNA regulatory network in CHD pathogenesis via bioinformatics analysis.Peripheral blood leukocytes were isolated from the whole blood samples of 94 CHD patients (aged 65.96 ± 9.78 years old) and 126 healthy controls (aged 60.75 ± 8.81 years old). qRT-PCR was used to quantify the expression level of circRNA and subsequently analyze its association with CHD clinical parameters. Via bioinformatics algorithm and GEO datasets, differential miRNA expression was evaluated using the Limma package. A miRNA-mRNA regulatory network was predicted by cyTargetLinker. ClusterProfiler was employed to perform functional enrichment analysis of the circRNA network to investigate its role in CHD pathogenesis.The expression of hsa_circ_0001445 in peripheral blood leukocytes of CHD patients was downregulated compared with that of healthy controls. Positive correlations were evident between hsa_circ_0001445 expression level and the levels of hemoglobin, triglycerides, high- and low-density lipoprotein cholesterol. A significant negative correlation was also found between hsa_circ_0001445 expression level and age and the neutrophil level. Low expression of hsa_circ_0001445 exhibited a discriminatory ability between CHD patients and healthy controls with a sensitivity of 67.5% and a specificity of 76.6% (p < 0.05). By bioinformatics analysis, 405 gene ontology terms were identified. The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes terms focused principally on the PI3K-Akt signaling pathway. hsa_circ_0001445 was associated with the expression of three miRNAs that may regulate 18 genes involved in KEGG processes: hsa-miR-507, hsa-miR-375-3p, and hsa-miR-942-5p.The hsa_circ_0001445 level in peripheral blood leukocytes may serve as a biomarker for CHD diagnosis. Our work on circRNA-miRNA-mRNA networks suggests a potential role for hsa_circ_0001445 in CHD development.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
لتقييم مستوى hsa_circ _0001445 في كريات الدم البيضاء الطرفية للمرضى الذين يعانون من أمراض القلب التاجية (CHD) والعوامل السريرية ذات الصلة، والتنبؤ بشبكتها التنظيمية circRNA - miRNA - mRNA في التسبب في أمراض القلب التاجية عن طريق تحليل المعلوماتية الحيوية. تم عزل كريات الدم البيضاء الطرفية من عينات الدم الكاملة لـ 94 مريضًا مصابًا بأمراض القلب التاجية (تتراوح أعمارهم بين 65.96 و 9.78 عامًا) و 126 من الضوابط الصحية (تتراوح أعمارهم بين 60.75 و 8.81 عامًا). تم استخدام qRT - PCR لتحديد مستوى التعبير عن circRNA ثم تحليل ارتباطه بالمعلمات السريرية لأمراض القلب التاجية. من خلال خوارزمية المعلوماتية الحيوية ومجموعات البيانات الجغرافية، تم تقييم تعبير miRNA التفاضلي باستخدام حزمة Limma. تم التنبؤ بشبكة تنظيمية miRNA - mRNA بواسطة cyTargetLinker. تم استخدام ClusterProfiler لإجراء تحليل الإثراء الوظيفي لشبكة circRNA للتحقيق في دورها في التسبب في أمراض القلب التاجية. تم تقليل تنظيم التعبير عن hsa_circ _0001445 في كريات الدم البيضاء الطرفية لمرضى أمراض القلب التاجية مقارنة بالضوابط الصحية. كانت الارتباطات الإيجابية واضحة بين مستوى التعبير hsa_circ _0001445 ومستويات الهيموغلوبين والدهون الثلاثية وكوليسترول البروتين الدهني عالي ومنخفض الكثافة. كما تم العثور على ارتباط سلبي كبير بين مستوى التعبير hsa_circ _0001445 والعمر ومستوى العدلات. أظهر التعبير المنخفض عن hsa_circ _0001445 قدرة تمييزية بين مرضى أمراض القلب التاجية والضوابط الصحية بحساسية 67.5 ٪ وخصوصية 76.6 ٪ (p < 0.05). من خلال تحليل المعلوماتية الحيوية، تم تحديد 405 مصطلحات في علم الوجود الجيني. ركزت موسوعة كيوتو للجينات والجينوم بشكل أساسي على مسار إشارات PI3K - Akt. hsa_circ _0001445 ارتبط بالتعبير عن ثلاثة miRNAs التي قد تنظم 18 جينًا مشاركًا في عمليات KEGG: hsa - miR -507 و hsa - miR -375-3 p و hsa - miR -942-5 p. قد يكون مستوى hsa_circ _0001445 في كريات الدم البيضاء المحيطية بمثابة علامة حيوية لتشخيص أمراض القلب التاجية. يشير عملنا على شبكات circRNA - miRNA - mRNA إلى دور محتمل لـ hsa_circ _0001445 في تطوير أمراض القلب التاجية.Translated Description (French)
Pour évaluer le taux de hsa_circ_0001445 dans les leucocytes du sang périphérique des patients atteints de coronaropathie (CHD) et de ses facteurs cliniques connexes, et prédire son réseau de régulation circRNA-miRNA-mRNA dans la pathogenèse de la CHD via une analyse bioinformatique. Les leucocytes du sang périphérique ont été isolés à partir des échantillons de sang total de 94 patients atteints de CHD (âgés de 65,96 ± 9,78 ans) et de 126 témoins sains (âgés de 60,75 ± 8,81 ans). La qRT-PCR a été utilisée pour quantifier le niveau d'expression de circRNA et ensuite analyser son association avec les paramètres cliniques de la CHD. Via un algorithme bioinformatique et des ensembles de données GEO, l'expression différentielle des miARN a été évaluée à l'aide du package Limma. Un réseau régulateur miRNA-mRNA a été prédit par cyTargetLinker. ClusterProfiler a été utilisé pour effectuer une analyse d'enrichissement fonctionnel du réseau circRNA afin d'étudier son rôle dans la pathogenèse des maladies coronariennes. L'expression de hsa_circ_0001445 dans les leucocytes du sang périphérique des patients atteints de maladies coronariennes a été régulée à la baisse par rapport à celle des témoins sains. Des corrélations positives étaient évidentes entre le niveau d'expression de hsa_circ_0001445 et les niveaux d'hémoglobine, de triglycérides, de cholestérol des lipoprotéines de haute et de basse densité. Une corrélation négative significative a également été trouvée entre le niveau d'expression et l'âge de hsa_circ_0001445 et le niveau de neutrophiles. La faible expression de hsa_circ_0001445 a montré une capacité discriminatoire entre les patients atteints de coronaropathie et les témoins sains avec une sensibilité de 67,5% et une spécificité de 76,6% (p < 0,05). Par analyse bioinformatique, 405 termes d'ontologie génique ont été identifiés. Les termes de l'Encyclopédie de Kyoto des gènes et des génomes se sont principalement concentrés sur la voie de signalisation PI3K-Akt. hsa_circ_0001445 a été associé à l'expression de trois miARN qui peuvent réguler 18 gènes impliqués dans les processus KEGG : hsa-miR-507, hsa-miR-375-3p et hsa-miR-942-5p.Le niveau de hsa_circ_0001445 dans les leucocytes du sang périphérique peut servir de biomarqueur pour le diagnostic de la coronaropathie. Nos travaux sur les réseaux circRNA-miRNA-mRNA suggèrent un rôle potentiel pour hsa_circ_0001445 dans le développement des maladies coronariennes.Translated Description (Spanish)
Evaluar el nivel de hsa_circ_0001445 en leucocitos de sangre periférica de pacientes con cardiopatía coronaria (CHD) y sus factores clínicos relacionados, y predecir su red reguladora de circARN-miARN-mARN en la patogénesis de CHD mediante análisis bioinformático. Se aislaron leucocitos de sangre periférica de las muestras de sangre completa de 94 pacientes con CHD (de 65,96 ± 9,78 años de edad) y 126 controles sanos (de 60,75 ± 8,81 años de edad). Se utilizó qRT-PCR para cuantificar el nivel de expresión de circARN y posteriormente analizar su asociación con los parámetros clínicos de CHD. A través del algoritmo bioinformático y los conjuntos de datos GEO, se evaluó la expresión diferencial de miARN utilizando el paquete Limma. CyTargetLinker predijo una red reguladora de miARN-ARNm. Se empleó ClusterProfiler para realizar un análisis de enriquecimiento funcional de la red de circRNA para investigar su papel en la patogénesis de la CHD. La expresión de hsa_circ_0001445 en leucocitos de sangre periférica de pacientes con CHD se reguló negativamente en comparación con la de los controles sanos. Se evidenciaron correlaciones positivas entre el nivel de expresión de hsa_circ_0001445 y los niveles de hemoglobina, triglicéridos, colesterol de lipoproteínas de alta y baja densidad. También se encontró una correlación negativa significativa entre el nivel de expresión de hsa_circ_0001445 y la edad y el nivel de neutrófilos. La baja expresión de hsa_circ_0001445 mostró una capacidad discriminatoria entre los pacientes con CHD y los controles sanos con una sensibilidad del 67,5% y una especificidad del 76,6% (p < 0,05). Mediante el análisis bioinformático, se identificaron 405 términos de ontología génica. Los términos de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto se centraron principalmente en la vía de señalización PI3K-Akt. hsa_circ_0001445 se asoció con la expresión de tres miARN que pueden regular 18 genes involucrados en los procesos KEGG: hsa-miR-507, hsa-miR-375-3p y hsa-miR-942-5p.El nivel de hsa_circ_0001445 en leucocitos de sangre periférica puede servir como biomarcador para el diagnóstico de CHD. Nuestro trabajo sobre las redes circRNA-miRNA-mRNA sugiere un papel potencial de hsa_circ_0001445 en el desarrollo de CHD.Files
pdf.pdf
Files
(6.9 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:2c30f229703e643fdcf2cfa03d823d2c
|
6.9 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تحديد hsa_circ _0001445 لشبكة تنظيمية جديدة للحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين كمؤشر حيوي محتمل لمرض القلب التاجي
- Translated title (French)
- Identification de hsa_circ_0001445 d'un nouveau réseau de régulation circARN-miARN-mARN comme biomarqueur potentiel pour les maladies coronariennes
- Translated title (Spanish)
- Identificación de hsa_circ_0001445 de una nueva red reguladora de circARN-miARN-mARN como posible biomarcador para la enfermedad coronaria
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4324144907
- DOI
- 10.3389/fcvm.2023.1104223
References
- https://openalex.org/W1270834676
- https://openalex.org/W1770991729
- https://openalex.org/W1846631206
- https://openalex.org/W1888757770
- https://openalex.org/W1966557314
- https://openalex.org/W1974052090
- https://openalex.org/W1994732338
- https://openalex.org/W2007820457
- https://openalex.org/W2015034754
- https://openalex.org/W2029989907
- https://openalex.org/W2035618305
- https://openalex.org/W2109096406
- https://openalex.org/W2146512944
- https://openalex.org/W2148749248
- https://openalex.org/W2148937727
- https://openalex.org/W2296321737
- https://openalex.org/W2296681127
- https://openalex.org/W2409907752
- https://openalex.org/W2567056358
- https://openalex.org/W2582821178
- https://openalex.org/W2588790292
- https://openalex.org/W2727560479
- https://openalex.org/W2737675802
- https://openalex.org/W2742062495
- https://openalex.org/W2747157901
- https://openalex.org/W2748873707
- https://openalex.org/W2757224515
- https://openalex.org/W2776332611
- https://openalex.org/W2791347580
- https://openalex.org/W2795553963
- https://openalex.org/W2801710951
- https://openalex.org/W2911292316
- https://openalex.org/W2942372765
- https://openalex.org/W2948607394
- https://openalex.org/W2993449680
- https://openalex.org/W2994068443
- https://openalex.org/W3001273413
- https://openalex.org/W3003883450
- https://openalex.org/W3003953372
- https://openalex.org/W3028389147
- https://openalex.org/W3032470871
- https://openalex.org/W3036197060
- https://openalex.org/W3038072510
- https://openalex.org/W3094367028
- https://openalex.org/W3113265071
- https://openalex.org/W3119971867
- https://openalex.org/W3122226502
- https://openalex.org/W3148162787
- https://openalex.org/W3171551840
- https://openalex.org/W3217112298
- https://openalex.org/W4200062676
- https://openalex.org/W4200298078
- https://openalex.org/W4226342190