Published October 29, 2012 | Version v1
Publication Open

Performance Evaluation of the Maxwell 16 System for Extraction of Influenza Virus RNA from Diverse Samples

Creators

  • 1. Chinese Center For Disease Control and Prevention
  • 2. Huazhong University of Science and Technology
  • 3. St. Joseph's Hospital and Medical Center
  • 4. Barrow Neurological Institute
  • 5. Boai Hospital of Zhongshan
  • 6. Tongji Hospital

Description

This study evaluated the performance of the Maxwell 16 System (Promega) for extraction of influenza virus (flu-v) RNA from diverse samples compared to a classical manual method (QIAamp Kit, QIAGEN). Following extraction by the two methods, all samples were analyzed by Real-time RT-PCR. Results revealed that the use of the standard Maxwell 16 protocol (Maxwell 16-S) resulted in good linearity and precision across a wide concentration range and higher sensitivity of detection from flu-v stock suspensions than the manual method. Compared with the latter method, Maxwell 16-S extracted RNA more efficiently (higher RNA yield and/or fewer PCR inhibitors) from throat swabs and bronchoalveolar lavage fluids, while both methods performed comparably on fecal samples from human and poultry in terms of overall threshold cycle values and detection rates although the Maxwell 16-S co-purified more inhibitors from fecal samples. The capacity of this system to remove inhibitors from fecal matrix was improved by using a modified Maxwell 16 protocol with a reduced sample input, which eliminated all false-negatives produced by the Maxwell 16-S. These findings suggest that the Maxwell 16 System is suitable for RNA extraction from multiple-source samples for diagnosis of influenza and viral load determination and that a proper reduction in starting sample volume may improve the detection of flu-v from complex matrices such as feces. Additionally, this system allows flexible sample throughput and labor-saving sample processing with little or no risk of cross-contamination.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

قيمت هذه الدراسة أداء نظام ماكسويل 16 (بروميغا) لاستخراج الحمض النووي الريبي لفيروس الأنفلونزا من عينات متنوعة مقارنة بالطريقة اليدوية الكلاسيكية (QIAamp Kit، QIAGEN). بعد الاستخراج بالطريقتين، تم تحليل جميع العينات بواسطة RT - PCR في الوقت الفعلي. كشفت النتائج أن استخدام بروتوكول ماكسويل 16 القياسي (ماكسويل 16 - S) أدى إلى خطية ودقة جيدة عبر نطاق تركيز واسع وحساسية أعلى للكشف عن تعليق مخزون الإنفلونزا مقارنة بالطريقة اليدوية. وبالمقارنة مع الطريقة الأخيرة، استخرج ماكسويل 16 - S الحمض النووي الريبي بشكل أكثر كفاءة (إنتاج أعلى للحمض النووي الريبي و/أو مثبطات تفاعل البوليميراز المتسلسل أقل) من مسحات الحلق وسوائل غسل القصبات الهوائية، في حين أن كلتا الطريقتين أجريتا بشكل مقارن على عينات البراز من البشر والدواجن من حيث قيم دورة العتبة الإجمالية ومعدلات الكشف على الرغم من أن ماكسويل 16 - S شارك في تنقية المزيد من المثبطات من عينات البراز. تم تحسين قدرة هذا النظام على إزالة المثبطات من مصفوفة البراز باستخدام بروتوكول ماكسويل 16 المعدل مع مدخلات عينة منخفضة، والتي قضت على جميع السلبيات الخاطئة التي تنتجها Maxwell 16 - S. تشير هذه النتائج إلى أن نظام Maxwell 16 مناسب لاستخراج الحمض النووي الريبي من عينات متعددة المصادر لتشخيص الأنفلونزا وتحديد الحمل الفيروسي وأن الانخفاض المناسب في حجم عينة البداية قد يحسن الكشف عن الأنفلونزا من المصفوفات المعقدة مثل البراز. بالإضافة إلى ذلك، يسمح هذا النظام بمرونة إنتاجية العينات ومعالجة العينات الموفرة للعمالة مع خطر ضئيل أو معدوم للتلوث المتبادل.

Translated Description (French)

Cette étude a évalué les performances du système Maxwell 16 (Promega) pour l'extraction de l'ARN du virus de la grippe (grippe-v) à partir de divers échantillons par rapport à une méthode manuelle classique (QIAamp Kit, QIAGEN). Après extraction par les deux méthodes, tous les échantillons ont été analysés par RT-PCR en temps réel. Les résultats ont révélé que l'utilisation du protocole standard Maxwell 16 (Maxwell 16-S) entraînait une bonne linéarité et une bonne précision dans une large gamme de concentrations et une plus grande sensibilité de détection des suspensions de stocks de virus de la grippe que la méthode manuelle. Par rapport à cette dernière méthode, Maxwell 16-S a extrait l'ARN plus efficacement (rendement en ARN plus élevé et/ou moins d'inhibiteurs de la PCR) à partir d'écouvillons de la gorge et de liquides de lavage broncho-alvéolaires, tandis que les deux méthodes ont fonctionné de manière comparable sur des échantillons de matières fécales provenant d'humains et de volailles en termes de valeurs de cycle de seuil global et de taux de détection, bien que le Maxwell 16-S ait co-purifié plus d'inhibiteurs à partir d'échantillons de matières fécales. La capacité de ce système à éliminer les inhibiteurs de la matrice fécale a été améliorée en utilisant un protocole Maxwell 16 modifié avec une entrée d'échantillon réduite, qui a éliminé tous les faux négatifs produits par le Maxwell 16-S. Ces résultats suggèrent que le système Maxwell 16 convient à l'extraction d'ARN à partir d'échantillons de sources multiples pour le diagnostic de la grippe et la détermination de la charge virale et qu'une réduction appropriée du volume d'échantillon de départ peut améliorer la détection de la grippe-v à partir de matrices complexes telles que les matières fécales. De plus, ce système permet un débit d'échantillon flexible et un traitement d'échantillon à économie de main-d' œuvre avec peu ou pas de risque de contamination croisée.

Translated Description (Spanish)

Este estudio evaluó el rendimiento del sistema Maxwell 16 (Promega) para la extracción de ARN del virus de la influenza (flu-v) de diversas muestras en comparación con un método manual clásico (QIAamp Kit, QIAGEN). Después de la extracción mediante los dos métodos, todas las muestras se analizaron mediante RT-PCR en tiempo real. Los resultados revelaron que el uso del protocolo estándar Maxwell 16 (Maxwell 16-S) dio como resultado una buena linealidad y precisión en un amplio rango de concentración y una mayor sensibilidad de detección de las suspensiones madre de gripe-v que el método manual. En comparación con el último método, Maxwell 16-S extrajo ARN de manera más eficiente (mayor rendimiento de ARN y/o menos inhibidores de PCR) de hisopos de garganta y fluidos de lavado broncoalveolar, mientras que ambos métodos funcionaron de manera comparable en muestras fecales de humanos y aves de corral en términos de valores de ciclo umbral generales y tasas de detección, aunque Maxwell 16-S copurificó más inhibidores de muestras fecales. La capacidad de este sistema para eliminar inhibidores de la matriz fecal se mejoró mediante el uso de un protocolo Maxwell 16 modificado con una entrada de muestra reducida, que eliminó todos los falsos negativos producidos por el Maxwell 16-S. Estos hallazgos sugieren que el sistema Maxwell 16 es adecuado para la extracción de ARN de muestras de múltiples fuentes para el diagnóstico de la gripe y la determinación de la carga viral y que una reducción adecuada en el volumen de muestra inicial puede mejorar la detección de influenza a partir de matrices complejas como las heces. Además, este sistema permite un rendimiento de muestra flexible y un procesamiento de muestras que ahorra mano de obra con poco o ningún riesgo de contaminación cruzada.

Files

journal.pone.0048094&type=printable.pdf

Files (194.5 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:2a03cc69fa6324b5b338cf190c4c2502
194.5 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقييم أداء نظام ماكسويل 16 لاستخراج الحمض النووي الريبي لفيروس الإنفلونزا من عينات متنوعة
Translated title (French)
Évaluation des performances du système Maxwell 16 pour l'extraction de l'ARN du virus de la grippe à partir de divers échantillons
Translated title (Spanish)
Evaluación del rendimiento del sistema Maxwell 16 para la extracción de ARN del virus de la influenza de muestras diversas

Identifiers

Other
https://openalex.org/W1982758059
DOI
10.1371/journal.pone.0048094

Is supplement to
https://openalex.org/W4232242386 (Other)
https://openalex.org/W3196168296 (Other)
https://openalex.org/W3173186018 (Other)
https://openalex.org/W3039857220 (Other)
https://openalex.org/W3007932897 (Other)
https://openalex.org/W2802891156 (Other)
https://openalex.org/W2384038647 (Other)
https://openalex.org/W2147993839 (Other)
https://openalex.org/W2111642776 (Other)
https://openalex.org/W1927445598 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1526895530
  • https://openalex.org/W1981981071
  • https://openalex.org/W1989044021
  • https://openalex.org/W1990360808
  • https://openalex.org/W2031130465
  • https://openalex.org/W2059434841
  • https://openalex.org/W2078545538
  • https://openalex.org/W2096357035
  • https://openalex.org/W2101960580
  • https://openalex.org/W2117138206
  • https://openalex.org/W2122178457
  • https://openalex.org/W2128669942
  • https://openalex.org/W2131980893
  • https://openalex.org/W2139046469
  • https://openalex.org/W2144083941
  • https://openalex.org/W2145534532
  • https://openalex.org/W2146937928
  • https://openalex.org/W2154757889
  • https://openalex.org/W2161246573