Published November 1, 2012 | Version v1
Publication Open

Antiretroviral drug resistance in HIV‐1 therapy‐naïve patients in Cuba, 2006–2011

Creators

  • 1. Instituto de Medicina Tropical "Pedro Kourí"
  • 2. Rega Institute for Medical Research
  • 3. KU Leuven

Description

In 2009, genotypic drug resistance testing was introduced for HIV‐1 patients failing antiviral therapy in Cuba. The high prevalence of drug resistance in this population indicated the need for surveillance of transmitted drug resistance (TDR) in therapy‐naïve patients. Therefore, the objectives of this study were to analyze the level and patterns of TDR and subtype in therapy‐naïve HIV‐1 patients in Cuba from 2006 to 2011, and to compare it with reported data from 2004 that indicated 4% TDR, solely restricted to NRTI. 153 plasma from HIV‐1 therapy‐naïve patients were collected between June 2006 and December 2011 and subsequently extracted, amplified and sequenced. Drug resistance was interpreted according to HIVdb v.6.1.1 and WHO list for TDR surveillance (2009) using the CPR tool v.6.0. Phylogenetic analysis was performed using Neighbour Joining (Kimura 2) in Mega 4. The majority of patients was male (82.4%), MSM (68.6%) and originated from Havana province (68.1%). 8.4% were recent infections. Subtype B was the most prevalent subtype (31.3%) followed by CRF20‐23‐24_BG (28.1%), CRF19 (18.3%) and CRF18 (13.0%). The prevalence of subtype B declined from 43.7% in the 2004 study to 31.3% in the present study, whereas BG recombinants increased from 14.4% to 28.1%. Overall, 12.4% (19/154) had evidence of TDR. 3.9% carried at least one NRTI, 1.9% at least one NNRTI and 1.9% at least one PI mutation. Drug resistance mutations against both NRTI and NNRTI were observed in 3.9%, whereas triple class resistance was found in only 0.6%. The most frequent NRTI mutations were M184V (55.5%), T215F/Y/rev (16.6%) and K70R (16.6%). The most frequent NNRTI mutations were K103N (61.1%) and G190A (22.2%). The most common PI mutation was L90M (5.5%). From the 19 patients with TDR, 13 (68.4%) were diagnosed with a recent HIV‐1 infection. AZT/D4T + 3TC + NVP may be effective in 6 of the patients with TDR (31.5%), partially effective in 6 (31.5%) and ineffective in 7 (36.8%). AZT/D4T + 3TC + IDV would be effective in 9 of the patients with TDR (47.3%), partially effective in 8 (42.1%) and ineffective in 2 (10.5%). This analysis confirmed the further expansion of BG recombinants in Cuba and revealed that antiretroviral drug resistance in HIV‐1 therapy‐naïve patients has increased to 12.4% in 2006–2011. The current study emphasizes the need to perform surveillance studies for TDR in therapy‐naïve patients, as the extent of TDR might jeopardize the effectiveness of first‐line regimens prescribed in Cuba.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

في عام 2009، تم تقديم اختبار مقاومة الأدوية الوراثية لمرضى فيروس نقص المناعة البشرية -1 الذين يفشلون في العلاج المضاد للفيروسات في كوبا. يشير الانتشار المرتفع لمقاومة الأدوية بين هؤلاء السكان إلى الحاجة إلى مراقبة مقاومة الأدوية المنقولة (TDR) في المرضى الذين يعانون من السذاجة العلاجية. لذلك، كانت أهداف هذه الدراسة هي تحليل مستوى وأنماط TDR والنوع الفرعي في العلاج- مرضى فيروس نقص المناعة البشرية -1 الساذجين في كوبا من عام 2006 إلى عام 2011، ومقارنتها بالبيانات المبلغ عنها من عام 2004 والتي أشارت إلى 4 ٪ من TDR، تقتصر فقط على NRTI. تم جمع 153 بلازما من علاج فيروس نقص المناعة البشرية -1 - المرضى الساذجين بين يونيو 2006 وديسمبر 2011 وتم استخراجها وتضخيمها وتسلسلها لاحقًا. تم تفسير مقاومة الأدوية وفقًا لـ HIVdb v.6.1.1 وقائمة منظمة الصحة العالمية لمراقبة TDR (2009) باستخدام أداة CPR v.6.0. تم إجراء التحليل الوراثي باستخدام انضمام الجيران (كيمورا 2) في ميجا 4. كان غالبية المرضى من الذكور (82.4 ٪)، MSM (68.6 ٪) وأصلهم من مقاطعة هافانا (68.1 ٪). 8.4 ٪ كانت إصابات حديثة. كان النوع الفرعي ب هو النوع الفرعي الأكثر انتشارًا (31.3 ٪) يليه CRF20-23-24_BG (28.1 ٪)، CRF19 (18.3 ٪) و CRF18 (13.0 ٪). انخفض معدل انتشار النوع الفرعي B من 43.7 ٪ في دراسة عام 2004 إلى 31.3 ٪ في هذه الدراسة، في حين ارتفع معدل عودة الجين BG من 14.4 ٪ إلى 28.1 ٪. بشكل عام، كان لدى 12.4 ٪ (19/154) دليل على TDR. 3.9 ٪ يحملون على الأقل NRTI واحد، 1.9 ٪ على الأقل NNRTI واحد و 1.9 ٪ على الأقل طفرة PI واحدة. لوحظت طفرات مقاومة الأدوية ضد كل من NRTI و NNRTI في 3.9 ٪، في حين تم العثور على مقاومة ثلاثية الطبقات في 0.6 ٪ فقط. كانت طفرات NRTI الأكثر شيوعًا هي M184V (55.5 ٪) و T215F/Y/REV (16.6 ٪) و K70R (16.6 ٪). كانت طفرات NNRTI الأكثر شيوعًا هي K103N (61.1 ٪) و G190A (22.2 ٪). كانت طفرة PI الأكثر شيوعًا هي L90M (5.5 ٪). من بين 19 مريضًا يعانون من TDR، تم تشخيص 13 (68.4 ٪) بإصابة حديثة بفيروس نقص المناعة البشرية -1. قد تكون AZT/d4T + 3TC + NVP فعالة في 6 من المرضى الذين يعانون من TDR (31.5 ٪)، وفعالة جزئيًا في 6 (31.5 ٪) وغير فعالة في 7 (36.8 ٪). سيكون AZT/d4T + 3TC + IDV فعالًا في 9 من المرضى الذين يعانون من TDR (47.3 ٪)، وفعالًا جزئيًا في 8 (42.1 ٪) وغير فعال في 2 (10.5 ٪). أكد هذا التحليل التوسع الإضافي لمواد BG المؤتلفة في كوبا وكشف عن أن مقاومة الأدوية المضادة للفيروسات القهقرية في علاج فيروس نقص المناعة البشرية- المرضى الساذجين قد زادت إلى 12.4 ٪ في الفترة 2006–2011. تؤكد الدراسة الحالية على الحاجة إلى إجراء دراسات مراقبة لـ TDR في مرضى العلاج الساذجين، حيث أن مدى TDR قد يعرض فعالية أنظمة الخط الأول الموصوفة في كوبا للخطر.

Translated Description (French)

En 2009, des tests génotypiques de résistance aux médicaments ont été introduits pour les patients infectés par le VIH-1 qui n'avaient pas reçu de traitement antiviral à Cuba. La prévalence élevée de la pharmacorésistance dans cette population a indiqué la nécessité d'une surveillance de la pharmacorésistance transmise (TDR) chez les patientsnaïfs de traitement. Par conséquent, les objectifs de cette étude étaient d'analyser le niveau et les schémas de TDR et de sous-type chez les patients VIH‐1 naïfs de traitement à Cuba de 2006 à 2011, et de le comparer avec les données rapportées de 2004 indiquant un TDR de 4%, uniquement limité aux INTI. 153 plasma de patients naïfs de traitement VIH‐1 ont été collectés entre juin 2006 et décembre 2011, puis extraits, amplifiés et séquencés. La pharmacorésistance a été interprétée selon HIVdb v.6.1.1 et la liste de l'OMS pour la surveillance du TDR (2009) à l'aide de l'outil de RCP v.6.0. L'analyse phylogénétique a été réalisée en utilisant Neighbour Joining (Kimura 2) dans Mega 4. La majorité des patients étaient des hommes (82,4 %), des HSH (68,6 %) et provenaient de la province de La Havane (68,1 %). 8,4 % étaient des infections récentes. Le sous-type B était le sous-type le plus répandu (31,3 %), suivi de CRF20‐23‐24_BG (28,1 %), CRF19 (18,3 %) et CRF18 (13,0 %). La prévalence du sous-type B est passée de 43,7 % dans l'étude de 2004 à 31,3 % dans la présente étude, tandis que les recombinants BG sont passés de 14,4 % à 28,1 %. Dans l'ensemble, 12,4 % (19/154) présentaient des signes de TDR. 3,9 % portaient au moins un INTI, 1,9 % au moins un INNTI et 1,9 % au moins une mutation PI. Des mutations de résistance aux médicaments contre les INTI et les INNTI ont été observées chez 3,9 % des patients, tandis que la résistance triple classe n'a été observée que chez 0,6 % des patients. Les mutations INTI les plus fréquentes étaient M184V (55,5 %), T215F/Y/rev (16,6 %) et K70R (16,6 %). Les mutations INNTI les plus fréquentes étaient K103N (61,1 %) et G190A (22,2 %). La mutation PI la plus fréquente était L90M (5,5 %). Sur les 19 patients atteints de TDR, 13 (68,4 %) ont reçu un diagnostic d'infection récente par le VIH‐1. L'AZT/D4T + 3TC + NVP peut être efficace chez 6 des patients atteints de TDR (31,5 %), partiellement efficace chez 6 (31,5 %) et inefficace chez 7 (36,8 %). AZT/D4T + 3TC + IDV serait efficace chez 9 des patients atteints de TDR (47,3 %), partiellement efficace chez 8 (42,1 %) et inefficace chez 2 (10,5 %). Cette analyse a confirmé la poursuite de l'expansion des recombinants BG à Cuba et a révélé que la résistance aux médicaments antirétroviraux chez les patients naïfs de traitement contre le VIH-1 a augmenté à 12,4 % en 2006–2011. La présente étude souligne la nécessité de réaliser des études de surveillance du TDR chez les patientsnaïfs de traitement, car l'ampleur du TDR pourrait compromettre l'efficacité des schémas thérapeutiques de première intention prescrits à Cuba.

Translated Description (Spanish)

En 2009, se introdujo la prueba genotípica de resistencia a los medicamentos para los pacientes con VIH-1 que fracasaron en la terapia antiviral en Cuba. La alta prevalencia de resistencia a los medicamentos en esta población indicó la necesidad de vigilancia de la resistencia a los medicamentos transmitida (TDR) en pacientes sin tratamientoprevio. Por lo tanto, los objetivos de este estudio fueron analizar el nivel y los patrones de TDR y subtipo en pacientes con VIH-1 sin tratamiento previo en Cuba de 2006 a 2011, y compararlo con los datos informados de 2004 que indicaban un 4% de TDR, restringido únicamente a NRTI. Se recolectaron 153 plasma de pacientes sin tratamientoprevio con VIH-1 entre junio de 2006 y diciembre de 2011 y posteriormente se extrajeron, amplificaron y secuenciaron. La resistencia a los medicamentos se interpretó de acuerdo con HIVdb v.6.1.1 y la lista de la OMS para la vigilancia de TDR (2009) utilizando la herramienta de RCP v.6.0. El análisis filogenético se realizó utilizando Neighbour Joining (Kimura 2) en Mega 4. La mayoría de los pacientes eran hombres (82,4%), HSH (68,6%) y originarios de la provincia de La Habana (68,1%). El 8,4% eran infecciones recientes. El subtipo B fue el subtipo más prevalente (31.3%) seguidodeCRF20-23-24_BG (28.1%), CRF19 (18.3%) y CRF18 (13.0%). La prevalencia del subtipo B disminuyó del 43,7% en el estudio de 2004 al 31,3% en el presente estudio, mientras que los recombinantes BG aumentaron del 14,4% al 28,1%. En general, el 12.4% (19/154) tenía evidencia de TDR. El 3.9% tenía al menos un NRTI, el 1.9% al menos un NNRTI y el 1.9% al menos una mutación de PI. Se observaron mutaciones de resistencia a fármacos contra NRTI y NNRTI en 3.9%, mientras que la resistencia de clase triple se encontró en solo 0.6%. Las mutaciones NRTI más frecuentes fueron M184V (55,5%), T215F/Y/rev (16,6%) y K70R (16,6%). Las mutaciones NNRTI más frecuentes fueron K103N (61,1%) y G190A (22,2%). La mutación PI más común fue L90M (5,5%). De los 19 pacientes con TDR, 13 (68.4%) fueron diagnosticados con una infección reciente por VIH-1. AZT/D4T + 3TC + NVP puede ser eficaz en 6 de los pacientes con TDR (31,5%), parcialmente eficaz en 6 (31,5%) e ineficaz en 7 (36,8%). AZT/D4T + 3TC + IDV sería eficaz en 9 de los pacientes con TDR (47,3%), parcialmente eficaz en 8 (42,1%) e ineficaz en 2 (10,5%). Este análisis confirmó la mayor expansión de los recombinantes de BG en Cuba y reveló que la resistencia a los medicamentos antirretrovirales en pacientes sin tratamientoprevio con VIH-1 ha aumentado al 12,4% en 2006–2011. El estudio actual enfatiza la necesidad de realizar estudios de vigilancia para TDR en pacientes sin tratamientoprevio, ya que el alcance de TDR podría poner en peligro la efectividad de los regímenes de primera línea prescritos en Cuba.

Files

IAS.15.6.18185.pdf

Files (16.0 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:993b2b68306cccd80cc33e06687a0dfa
16.0 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مقاومة الأدوية المضادة للفيروسات القهقرية في علاج فيروس نقص المناعة البشرية- مرضى السذاجة في كوبا، 2006–2011
Translated title (French)
Résistance aux médicaments antirétroviraux chez les patients naïfs de traitement contre le VIH‐1 à Cuba, 2006–2011
Translated title (Spanish)
Resistencia a los medicamentos antirretrovirales en pacientes sin tratamientoprevio con VIH-1 en Cuba, 2006–2011

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2087668095
DOI
10.7448/ias.15.6.18185

Is supplement to
https://openalex.org/W4295488769 (Other)
https://openalex.org/W3203493386 (Other)
https://openalex.org/W3011567179 (Other)
https://openalex.org/W2964979954 (Other)
https://openalex.org/W2378384631 (Other)
https://openalex.org/W2372700301 (Other)
https://openalex.org/W2355300513 (Other)
https://openalex.org/W2289782372 (Other)
https://openalex.org/W2109046728 (Other)
https://openalex.org/W2103414045 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Cuba