Published October 26, 2022 | Version v1
Publication Metadata-only

Transmission and Drug Resistance Genotype of Multidrug-Resistant or Rifampicin-Resistant Mycobacterium tuberculosis in Chongqing, China

Creators

  • 1. Chinese Center For Disease Control and Prevention
  • 2. National Institute for Communicable Disease Control and Prevention
  • 3. Center for Tuberculosis Control of Guangdong Province

Description

Multidrug-resistant or rifampicin-resistant tuberculosis (MDR/RR-TB) is a global barrier for the Stop TB plan. To identify risk factors for treatment outcome and cluster transmission of MDR/RR-TB, whole-genome sequencing (WGS) data of isolates from patients of the Chongqing Tuberculosis Control Institute were used for phylogenetic classifications, resistance predictions, and cluster analysis. A total of 223 MDR/RR-TB cases were recorded between 1 January 2018 and 31 December 2020. Elderly patients and those with lung cavitation are at increased risk of death due to MDR/RR-TB. A total of 187 MDR/RR strains were obtained from WGS data; 152 were classified as lineage 2 strains. Eighty (42.8%) strains differing by a distance of 12 or fewer single nucleotide polymorphisms were classified as 20 genomic clusters, indicating recent transmission. Patients infected with lineage 2 strains or those with occupations listed as "other" are significantly associated with a transmission cluster of MDR/RR-TB. Analysis of resistant mutations against first-line tuberculosis drugs found that 76 (95.0%) of all 80 strains had the same mutations within each cluster. A total of 55.0% (44 of 80) of the MDR/RR-TB strains accumulated additional drug resistance mutations along the transmission chain, especially against fluoroquinolones (63.6% [28 of 44]). Recent transmission of MDR/RR strains is driving the MDR/RR-TB epidemics, leading to the accumulation of more serious resistance along the transmission chains. IMPORTANCE The drug resistance molecular characteristics of MDR/RR-TB were elucidated by genome-wide analysis, and risk factors for death by MDR/RR-TB were identified in combination with patient information. Cluster characteristics of MDR/RR-TB in the region were analyzed by genome-wide analysis, and risk factors for cluster transmission (recent transmission) were analyzed. These analyses provide reference for the prevention and treatment of MDR/RR-TB in Chongqing.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

السل المقاوم للأدوية المتعددة أو المقاوم للريفامبيسين (MDR/RR - TB) هو حاجز عالمي لخطة دحر السل. لتحديد عوامل الخطر لنتائج العلاج والانتقال العنقودي لمرض السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية، تم استخدام بيانات تسلسل الجينوم الكامل للعزلات من مرضى معهد تشونغتشينغ لمكافحة السل للتصنيفات الوراثية والتنبؤات بالمقاومة والتحليل العنقودي. تم تسجيل ما مجموعه 223 حالة من حالات السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية بين 1 يناير 2018 و 31 ديسمبر 2020. المرضى المسنون والذين يعانون من تجويف الرئة معرضون لخطر متزايد للوفاة بسبب السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية. تم الحصول على ما مجموعه 187 سلالة متعددة المقاومة للأدوية/المقاومة للأدوية من بيانات المسح الجيولوجي الشامل ؛ تم تصنيف 152 على أنها سلالات النسب 2. تم تصنيف ثمانين (42.8 ٪) من السلالات التي تختلف بمسافة 12 أو أقل من تعدد أشكال النيوكليوتيدات المفردة على أنها 20 مجموعة جينية، مما يشير إلى انتقال العدوى مؤخرًا. يرتبط المرضى المصابون بسلالات النسب 2 أو أولئك الذين لديهم مهن مدرجة على أنها "أخرى" ارتباطًا كبيرًا بمجموعة انتقال السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية. وجد تحليل الطفرات المقاومة ضد أدوية السل من الخط الأول أن 76 (95.0 ٪) من جميع السلالات الثمانين كانت لها نفس الطفرات داخل كل مجموعة. تراكمت لدى ما مجموعه 55.0 ٪ (44 من 80) من سلالات السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية طفرات إضافية في مقاومة الأدوية على طول سلسلة الانتقال، خاصة ضد الفلوروكينولونات (63.6 ٪ [28 من 44]). يؤدي انتقال السلالات المقاومة للأدوية المتعددة/المقاومة للأدوية المتعددة مؤخرًا إلى انتشار أوبئة السل المقاوم للأدوية المتعددة/المقاومة للأدوية المتعددة، مما يؤدي إلى تراكم مقاومة أكثر خطورة على طول سلاسل الانتقال. أهمية تم توضيح الخصائص الجزيئية المقاومة للأدوية لمرض السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية من خلال التحليل على مستوى الجينوم، وتم تحديد عوامل الخطر للوفاة بسبب مرض السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية بالاقتران مع معلومات المريض. تم تحليل الخصائص العنقودية للسل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية في المنطقة من خلال التحليل على مستوى الجينوم، وتم تحليل عوامل الخطر للانتقال العنقودي (الانتقال الأخير). توفر هذه التحليلات مرجعًا للوقاية والعلاج من السل المقاوم للأدوية المتعددة/السل المقاوم للأدوية في تشونغتشينغ.

Translated Description (French)

La tuberculose multirésistante ou résistante à la rifampicine (TB-MR/RR) est un obstacle mondial au plan Halte à la tuberculose. Pour identifier les facteurs de risque pour les résultats du traitement et la transmission en grappes de la TB-MR/RR, des données de séquençage du génome entier (WGS) d'isolats provenant de patients du Chongqing Tuberculosis Control Institute ont été utilisées pour les classifications phylogénétiques, les prédictions de résistance et l'analyse en grappes. Un total de 223 cas de TB-MR/RR ont été enregistrés entre le 1er janvier 2018 et le 31 décembre 2020. Les patients âgés et ceux souffrant de cavitation pulmonaire courent un risque accru de décès dû à la TB-MR/RR. Un total de 187 souches MDR/RR ont été obtenues à partir des données WGS ; 152 ont été classées comme souches de lignée 2. Quatre-vingts souches (42,8 %) différant par une distance de 12 polymorphismes nucléotidiques simples ou moins ont été classées en 20 groupes génomiques, indiquant une transmission récente. Les patients infectés par des souches de lignée 2 ou ceux dont les professions sont répertoriées comme « autres » sont significativement associés à un groupe de transmission de la TB-MR/RR. L'analyse des mutations résistantes contre les médicaments antituberculeux de première intention a révélé que 76 (95,0 %) des 80 souches présentaient les mêmes mutations au sein de chaque grappe. Au total, 55,0 % (44 sur 80) des souches de TB-MR/RR ont accumulé des mutations supplémentaires de résistance aux médicaments le long de la chaîne de transmission, en particulier contre les fluoroquinolones (63,6 % [28 sur 44]). La transmission récente de souches MDR/RR est à l'origine des épidémies de TB-MR/RR, conduisant à l'accumulation de résistances plus graves le long des chaînes de transmission. IMPORTANCE Les caractéristiques moléculaires de résistance aux médicaments de la TB-MR/RR ont été élucidées par une analyse à l'échelle du génome, et les facteurs de risque de décès par TB-MR/RR ont été identifiés en combinaison avec des informations sur les patients. Les caractéristiques des grappes de TB-MR/RR dans la région ont été analysées par analyse à l'échelle du génome, et les facteurs de risque de transmission en grappe (transmission récente) ont été analysés. Ces analyses constituent une référence pour la prévention et le traitement de la TB-MR/RR à Chongqing.

Translated Description (Spanish)

La tuberculosis multirresistente o resistente a la rifampicina (MDR/RR-TB) es una barrera global para el plan Stop TB. Para identificar los factores de riesgo para el resultado del tratamiento y la transmisión por conglomerados de MDR/RR-TB, se utilizaron datos de secuenciación del genoma completo (WGS) de aislados de pacientes del Instituto de Control de la Tuberculosis de Chongqing para clasificaciones filogenéticas, predicciones de resistencia y análisis de conglomerados. Se registraron un total de 223 casos de MDR/RR-TB entre el 1 de enero de 2018 y el 31 de diciembre de 2020. Los pacientes de edad avanzada y aquellos con cavitación pulmonar tienen un mayor riesgo de muerte debido a MDR/RR-TB. Se obtuvieron un total de 187 cepas MDR/RR a partir de los datos de WGS; 152 se clasificaron como cepas de linaje 2. Ochenta (42.8%) cepas que difieren por una distancia de 12 o menos polimorfismos de un solo nucleótido se clasificaron como 20 grupos genómicos, lo que indica una transmisión reciente. Los pacientes infectados con cepas del linaje 2 o aquellos con ocupaciones enumeradas como "otras" se asocian significativamente con un grupo de transmisión de MDR/RR-TB. El análisis de mutaciones resistentes contra medicamentos de primera línea para la tuberculosis encontró que 76 (95.0%) de las 80 cepas tenían las mismas mutaciones dentro de cada grupo. Un total del 55.0% (44 de 80) de las cepas MDR/RR-TB acumularon mutaciones adicionales de resistencia a los medicamentos a lo largo de la cadena de transmisión, especialmente contra las fluoroquinolonas (63.6% [28 de 44]). La reciente transmisión de cepas MDR/RR está impulsando las epidemias de MDR/RR-TB, lo que lleva a la acumulación de una resistencia más grave a lo largo de las cadenas de transmisión. IMPORTANCIA Las características moleculares de resistencia a los medicamentos de MDR/RR-TB se dilucidaron mediante análisis de todo el genoma, y se identificaron los factores de riesgo de muerte por MDR/RR-TB en combinación con la información del paciente. Las características de los conglomerados de MDR/RR-TB en la región se analizaron mediante análisis de todo el genoma y se analizaron los factores de riesgo para la transmisión de conglomerados (transmisión reciente). Estos análisis proporcionan referencia para la prevención y el tratamiento de la MDR/RR-TB en Chongqing.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
النمط الجيني لانتقال ومقاومة الأدوية لمرض المتفطرة السلية المقاومة للأدوية المتعددة أو المقاومة للريفامبيسين في تشونغتشينغ، الصين
Translated title (French)
Génotype de transmission et de résistance aux médicaments de Mycobacterium tuberculosis multirésistant ou résistant à la rifampicine à Chongqing, en Chine
Translated title (Spanish)
Genotipo de transmisión y resistencia a fármacos de Mycobacterium tuberculosis multirresistente o resistente a la rifampicina en Chongqing, China

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4304005709
DOI
10.1128/spectrum.02405-21

Is supplement to
https://openalex.org/W4308058527 (Other)
https://openalex.org/W3195196921 (Other)
https://openalex.org/W2972094210 (Other)
https://openalex.org/W2411061500 (Other)
https://openalex.org/W2110949356 (Other)
https://openalex.org/W2050407936 (Other)
https://openalex.org/W2042252940 (Other)
https://openalex.org/W1983144055 (Other)
https://openalex.org/W1951790984 (Other)
https://openalex.org/W1538374398 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1892028442
  • https://openalex.org/W1975500098
  • https://openalex.org/W1986882903
  • https://openalex.org/W2013923392
  • https://openalex.org/W2060558915
  • https://openalex.org/W2101478678
  • https://openalex.org/W2133488722
  • https://openalex.org/W2134558351
  • https://openalex.org/W2176621021
  • https://openalex.org/W2294783954
  • https://openalex.org/W2558519010
  • https://openalex.org/W2735807601
  • https://openalex.org/W2763070907
  • https://openalex.org/W2786451768
  • https://openalex.org/W2800559610
  • https://openalex.org/W2885548763
  • https://openalex.org/W2902271181
  • https://openalex.org/W2949464256
  • https://openalex.org/W2949808603
  • https://openalex.org/W2952463453
  • https://openalex.org/W2955148412
  • https://openalex.org/W2957591909
  • https://openalex.org/W2963643844
  • https://openalex.org/W2965416599
  • https://openalex.org/W2969442982
  • https://openalex.org/W2971492877
  • https://openalex.org/W2990312921
  • https://openalex.org/W2995623478
  • https://openalex.org/W2995834440
  • https://openalex.org/W3017978072
  • https://openalex.org/W3033400091
  • https://openalex.org/W3046715483
  • https://openalex.org/W3047234294
  • https://openalex.org/W3084162952
  • https://openalex.org/W3087439244
  • https://openalex.org/W3108150642
  • https://openalex.org/W3128263688
  • https://openalex.org/W3152964590
  • https://openalex.org/W3206129759
  • https://openalex.org/W4213204962
  • https://openalex.org/W4294334402