Chromosomal 16p microdeletion in Rubinstein-Taybi syndrome detected by oligonucleotide-based array comparative genomic hybridization: a case report
- 1. Institute for Medical Research
- 2. University of Malaya
- 3. Universiti Sains Malaysia
Description
Chromosomal aberrations of chromosome 16 are uncommon and submicroscopic deletions have rarely been reported. At present, a cytogenetic or molecular abnormality can only be detected in 55% of Rubinstein-Taybi syndrome patients, leaving the diagnosis in 45% of patients to rest on clinical features only. Interestingly, this microdeletion of 16 p13.3 was found in a young child with an unexplained syndromic condition due to an indistinct etiological diagnosis. To the best of our knowledge, no evidence of a microdeletion of 16 p13.3 with contiguous gene deletion, comprising cyclic adenosine monophosphate-response element-binding protein and tumor necrosis factor receptor-associated protein 1 genes, has been described in typical Rubinstein-Taybi syndrome.We present the case of a three-year-old Malaysian Chinese girl with a de novo microdeletion on the short arm of chromosome 16, identified by oligonucleotide array-based comparative genomic hybridization. Our patient showed mild to moderate global developmental delay, facial dysmorphism, bilateral broad thumbs and great toes, a moderate size atrial septal defect, hypotonia and feeding difficulties. A routine chromosome analysis on 20 metaphase cells showed a normal 46, XX karyotype. Further investigation by high resolution array-based comparative genomic hybridization revealed a 120 kb microdeletion on chromosomal band 16 p13.3.A mutation or abnormality in the cyclic adenosine monophosphate-response element-binding protein has previously been determined as a cause of Rubinstein-Taybi syndrome. However, microdeletion of 16 p13.3 comprising cyclic adenosine monophosphate-response element-binding protein and tumor necrosis factor receptor-associated protein 1 genes is a rare scenario in the pathogenesis of Rubinstein-Taybi syndrome. Additionally, due to insufficient coverage of the human genome by conventional techniques, clinically significant genomic imbalances may be undetected in unexplained syndromic conditions of young children. This case report demonstrates the ability of array-based comparative genomic hybridization to offer a genome-wide analysis at high resolution and provide information directly linked to the physical and genetic maps of the human genome. This will contribute to more accurate genetic counseling and provide further insight into the syndrome.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
الانحرافات الكروموسومية للكروموسوم 16 غير شائعة ونادراً ما تم الإبلاغ عن الحذف تحت المجهر. في الوقت الحاضر، لا يمكن اكتشاف الشذوذ الوراثي الخلوي أو الجزيئي إلا في 55 ٪ من مرضى متلازمة روبنشتاين- تايبي، مما يترك التشخيص في 45 ٪ من المرضى للراحة على السمات السريرية فقط. ومن المثير للاهتمام، تم العثور على هذا الحذف الجزئي لـ 16 p13.3 في طفل صغير يعاني من حالة متلازمة غير مفسرة بسبب تشخيص مسبباتي غير واضح. على حد علمنا، لم يتم وصف أي دليل على الحذف الدقيق لـ 16 p13.3 مع الحذف الجيني المتجاور، بما في ذلك البروتين الرابط لعنصر الأدينوزين أحادي الفوسفات الدوري وجينات البروتين 1 المرتبطة بمستقبلات عامل نخر الورم، في متلازمة روبنشتاين- تايبي النموذجية. نقدم حالة فتاة صينية ماليزية تبلغ من العمر ثلاث سنوات مع حذف دقيق جديد على الذراع القصيرة للكروموسوم 16، والتي تم تحديدها بواسطة التهجين الجيني المقارن القائم على مصفوفة أوليجو نوكليوتيد. أظهر مريضنا تأخرًا خفيفًا إلى معتدلًا في النمو العالمي، وتشوهًا في الوجه، وإبهامًا عريضًا ثنائيًا وأصابع قدم كبيرة، وعيبًا متوسطًا في الحاجز الأذيني، ونقص التوتر، وصعوبات في التغذية. أظهر تحليل كروموسوم روتيني على 20 خلية طورية نمطًا نوويًا طبيعيًا 46، XX. كشف المزيد من التحقيق من خلال التهجين الجيني المقارن القائم على المصفوفة عالية الدقة عن حذف دقيق 120 كيلوبايت على النطاق الكروموسومي 16 p13.3.A تم تحديد طفرة أو شذوذ في بروتين ربط العناصر أحادي الفوسفات الأدينوزين الدوري سابقًا كسبب لمتلازمة روبنشتاين- تايبي. ومع ذلك، فإن الحذف الدقيق لجينات 16 p13.3 التي تشتمل على بروتين ربط عنصر الأدينوزين أحادي الفوسفات الدوري وجينات البروتين 1 المرتبطة بمستقبلات نخر الورم هو سيناريو نادر في التسبب في متلازمة روبنشتاين- تايبي. بالإضافة إلى ذلك، نظرًا لعدم كفاية تغطية الجينوم البشري بالتقنيات التقليدية، قد لا يتم اكتشاف الاختلالات الجينية المهمة سريريًا في حالات المتلازمات غير المبررة للأطفال الصغار. يوضح تقرير الحالة هذا قدرة التهجين الجيني المقارن القائم على الصفيف على تقديم تحليل على مستوى الجينوم بدقة عالية وتوفير معلومات مرتبطة مباشرة بالخرائط الفيزيائية والجينية للجينوم البشري. سيسهم ذلك في تقديم استشارات وراثية أكثر دقة ويوفر مزيدًا من التبصر في المتلازمة.Translated Description (French)
Les aberrations chromosomiques du chromosome 16 sont rares et des délétions submicroscopiques ont rarement été rapportées. À l'heure actuelle, une anomalie cytogénétique ou moléculaire ne peut être détectée que chez 55 % des patients atteints du syndrome de Rubinstein-Taybi, laissant le diagnostic chez 45 % des patients reposer uniquement sur des caractéristiques cliniques. Fait intéressant, cette microdélétion de 16 p13.3 a été retrouvée chez un jeune enfant présentant une affection syndromique inexpliquée due à un diagnostic étiologique indistinct. À notre connaissance, aucune preuve d'une microdélétion de 16 p13.3 avec délétion de gène contiguë, comprenant des gènes de la protéine de liaison à l'élément de réponse à l'adénosine monophosphate cyclique et de la protéine 1 associée au récepteur du facteur de nécrose tumorale, n'a été décrite dans le syndrome typique de Rubinstein-Taybi. Nous présentons le cas d'une fille chinoise malaisienne de trois ans avec une microdélétion de novo sur le bras court du chromosome 16, identifiée par hybridation génomique comparative basée sur un réseau d'oligonucléotides. Notre patiente présentait un retard de développement global léger à modéré, un dysmorphisme facial, des pouces larges bilatéraux et des gros orteils, une anomalie septale auriculaire de taille modérée, une hypotonie et des difficultés d'alimentation. Une analyse chromosomique de routine sur 20 cellules métaphases a montré un caryotype 46, XX normal. Une enquête plus approfondie par hybridation génomique comparative basée sur un réseau à haute résolution a révélé une microdélétion de 120 kb sur la bande chromosomique 16 p13.3. Une mutation ou une anomalie dans la protéine de liaison à l'élément de réponse à l'adénosine monophosphate cyclique a déjà été déterminée comme une cause du syndrome de Rubinstein-Taybi. Cependant, la microdélétion de 16 p13.3 comprenant des gènes de la protéine 1 associée au récepteur du facteur de nécrose tumorale et à la protéine de liaison à l'élément de réponse à l'adénosine monophosphate cyclique est un scénario rare dans la pathogenèse du syndrome de Rubinstein-Taybi. De plus, en raison de la couverture insuffisante du génome humain par les techniques conventionnelles, des déséquilibres génomiques cliniquement significatifs peuvent ne pas être détectés dans les affections syndromiques inexpliquées des jeunes enfants. Ce rapport de cas démontre la capacité de l'hybridation génomique comparative basée sur des réseaux à offrir une analyse à l'échelle du génome à haute résolution et à fournir des informations directement liées aux cartes physiques et génétiques du génome humain. Cela contribuera à un conseil génétique plus précis et permettra de mieux comprendre le syndrome.Translated Description (Spanish)
Las aberraciones cromosómicas del cromosoma 16 son poco comunes y rara vez se han informado deleciones submicroscópicas. En la actualidad, solo se puede detectar una anomalía citogenética o molecular en el 55% de los pacientes con síndrome de Rubinstein-Taybi, dejando que el diagnóstico en el 45% de los pacientes se base únicamente en las características clínicas. Curiosamente, esta microdeleción de 16 p13.3 se encontró en un niño pequeño con una condición sindrómica inexplicable debido a un diagnóstico etiológico indistinto. Hasta donde sabemos, no se ha descrito evidencia de una microdeleción de 16 p13.3 con deleción génica contigua, que comprende genes de proteína de unión al elemento de respuesta a monofosfato de adenosina cíclica y proteína 1 asociada al receptor del factor de necrosis tumoral, en el síndrome típico de Rubinstein-Taybi. Presentamos el caso de una niña china de Malasia de tres años con una microdeleción de novo en el brazo corto del cromosoma 16, identificada por hibridación genómica comparativa basada en matrices de oligonucleótidos. Nuestro paciente mostró un retraso global del desarrollo de leve a moderado, dismorfismo facial, pulgares y dedos gordos bilaterales, un defecto septal auricular de tamaño moderado, hipotonía y dificultades para alimentarse. Un análisis cromosómico de rutina en 20 células en metafase mostró un cariotipo 46, XX normal. La investigación adicional mediante hibridación genómica comparativa basada en matrices de alta resolución reveló una microdeleción de 120 kb en la banda cromosómica 16 p13.3. Una mutación o anomalía en la proteína de unión al elemento de respuesta a monofosfato de adenosina cíclica se ha determinado previamente como una causa del síndrome de Rubinstein-Taybi. Sin embargo, la microdeleción de 16 p13.3 que comprende los genes de la proteína de unión al elemento de respuesta al monofosfato de adenosina cíclica y la proteína 1 asociada al receptor del factor de necrosis tumoral es un escenario raro en la patogénesis del síndrome de Rubinstein-Taybi. Además, debido a la cobertura insuficiente del genoma humano mediante técnicas convencionales, es posible que no se detecten desequilibrios genómicos clínicamente significativos en afecciones sindrómicas inexplicables de niños pequeños. Este informe de caso demuestra la capacidad de la hibridación genómica comparativa basada en matrices para ofrecer un análisis de todo el genoma a alta resolución y proporcionar información directamente relacionada con los mapas físicos y genéticos del genoma humano. Esto contribuirá a un asesoramiento genético más preciso y proporcionará una mayor comprensión del síndrome.Files
1752-1947-6-30.pdf
Files
(1.5 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:bd27bc8cc768e99c0dc27046f56bb53d
|
1.5 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- الحذف الصغري للكروموسومات 16p في متلازمة روبنشتاين- تايبي المكتشفة بواسطة التهجين الجيني المقارن للمصفوفة القائمة على قلة النوكليوتيدات: تقرير حالة
- Translated title (French)
- Microdélétion chromosomique 16p dans le syndrome de Rubinstein-Taybi détectée par hybridation génomique comparative à base d'oligonucléotides : un rapport de cas
- Translated title (Spanish)
- Microdeleción cromosómica 16p en el síndrome de Rubinstein-Taybi detectada mediante hibridación genómica comparativa de matrices basadas en oligonucleótidos: un informe de caso
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2128730606
- DOI
- 10.1186/1752-1947-6-30
References
- https://openalex.org/W1994588694
- https://openalex.org/W1995360528
- https://openalex.org/W2003063655
- https://openalex.org/W2010986105
- https://openalex.org/W2048342357
- https://openalex.org/W2076807277
- https://openalex.org/W2089669232
- https://openalex.org/W2093947302
- https://openalex.org/W2122501673
- https://openalex.org/W2140771931
- https://openalex.org/W2171243763
- https://openalex.org/W2552920066