Published June 27, 2018
| Version v1
Publication
Open
Promising primers for detection of phytoplasma causing coconut lethal yellowing disease in Mozambique
- 1. Eduardo Mondlane University
- 2. University of Pisa
- 3. University of Sassari
Description
Coconut is one of the main cash crop in Mozambique, which occupied the second position after Tanzania in coconut production in Africa. Coconut production was drastically affected by the occurrence of a devastating Coconut Lethal Yellowing Disease (CLYD) epidemics, which reduced significantly the coconut yields. CLYD symptoms triggered upon phytoplasma infection, i.e. premature fruit dropping, necrosis of the inflorescence and progressive yellowing of the leaves, are used to identify infected trees. However, the diagnostic based uniquely on symptoms is not conclusive to confirm infection, and needs to be confirmed by molecular methods. In this study, three previously described reference primers for phytoplasma detection were tested on infected samples collected in Mozambique. Since those primers gave incongruent results, 20 new primer pairs targeting the 16S rDNA region, were newly designed. To evaluate their performance in detecting coconut infecting phytoplasma, 108 samples were tested and selected positive samples confirmed by sequencing. Our results showed a new primer pair more accurate and reliable compared to the reference pairs for CLYD detection in Mozambique. Moreover, the new primer pair was able to detect a new putative phytoplasma variant in Mozambique. Therefore, this study makes an important contribution to CLYD phytoplasma molecular diagnostics and its causative agent, giving insights that may be applied to the study of CLYD phytoplasma infection systems.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
جوز الهند هو أحد المحاصيل النقدية الرئيسية في موزمبيق، التي احتلت المركز الثاني بعد تنزانيا في إنتاج جوز الهند في أفريقيا. تأثر إنتاج جوز الهند بشكل كبير بحدوث أوبئة مرض اصفرار جوز الهند المميت (CLYD) المدمرة، مما قلل بشكل كبير من غلة جوز الهند. تستخدم أعراض CLYD الناجمة عن عدوى البلازما النباتية، أي إسقاط الفاكهة قبل الأوان، ونخر الإزهار والاصفرار التدريجي للأوراق، لتحديد الأشجار المصابة. ومع ذلك، فإن التشخيص الذي يعتمد بشكل فريد على الأعراض ليس قاطعًا لتأكيد العدوى، ويجب تأكيده بالطرق الجزيئية. في هذه الدراسة، تم اختبار ثلاثة برايمر مرجعية موصوفة سابقًا للكشف عن البلازما النباتية على عينات مصابة تم جمعها في موزمبيق. نظرًا لأن هذه المواد الأولية أعطت نتائج غير متوافقة، فقد تم تصميم 20 زوجًا جديدًا من المواد الأولية التي تستهدف منطقة الحمض النووي الريبي 16S. لتقييم أدائها في الكشف عن إصابة جوز الهند بالنباتات، تم اختبار 108 عينة واختيار عينات إيجابية تم تأكيدها عن طريق التسلسل. أظهرت نتائجنا زوجًا تمهيديًا جديدًا أكثر دقة وموثوقية مقارنة بالأزواج المرجعية للكشف عن CLYD في موزمبيق. علاوة على ذلك، تمكن الزوج التمهيدي الجديد من اكتشاف نوع جديد مفترض من البلازما النباتية في موزمبيق. لذلك، تقدم هذه الدراسة مساهمة مهمة في التشخيص الجزيئي لـ CLYD Phytoplasma وعامله المسبب، مما يعطي رؤى يمكن تطبيقها على دراسة أنظمة عدوى CLYD Phytoplasma.Translated Description (French)
La noix de coco est l'une des principales cultures de rente au Mozambique, qui occupait la deuxième place après la Tanzanie dans la production de noix de coco en Afrique. La production de noix de coco a été considérablement affectée par la survenue d'une épidémie dévastatrice de maladie du jaunissement létal de la noix de coco (CLYD), qui a considérablement réduit les rendements de la noix de coco. Les symptômes de CLYD déclenchés par l'infection par le phytoplasme, c'est-à-dire la chute prématurée des fruits, la nécrose de l'inflorescence et le jaunissement progressif des feuilles, sont utilisés pour identifier les arbres infectés. Cependant, le diagnostic basé uniquement sur les symptômes n'est pas concluant pour confirmer l'infection et doit être confirmé par des méthodes moléculaires. Dans cette étude, trois amorces de référence précédemment décrites pour la détection des phytoplasmes ont été testées sur des échantillons infectés prélevés au Mozambique. Étant donné que ces amorces ont donné des résultats incongrus, 20 nouvelles paires d'amorces ciblant la région de l'ADNr 16S ont été nouvellement conçues. Pour évaluer leurs performances dans la détection des phytoplasmes infectant la noix de coco, 108 échantillons ont été testés et des échantillons positifs sélectionnés ont été confirmés par séquençage. Nos résultats ont montré une nouvelle paire d'amorces plus précise et fiable par rapport aux paires de référence pour la détection CLYD au Mozambique. De plus, la nouvelle paire d'amorces a pu détecter une nouvelle variante présumée du phytoplasme au Mozambique. Par conséquent, cette étude apporte une contribution importante au diagnostic moléculaire du phytoplasme CLYD et à son agent causal, donnant des informations qui peuvent être appliquées à l'étude des systèmes d'infection par le phytoplasme CLYD.Translated Description (Spanish)
El coco es uno de los principales cultivos comerciales en Mozambique, que ocupó la segunda posición después de Tanzania en la producción de coco en África. La producción de coco se vio drásticamente afectada por la aparición de una devastadora epidemia de la enfermedad amarillenta letal del coco (CLYD, por sus siglas en inglés), que redujo significativamente los rendimientos de coco. Los síntomas de CLYD desencadenados por la infección por fitoplasma, es decir, caída prematura de frutos, necrosis de la inflorescencia y amarilleamiento progresivo de las hojas, se utilizan para identificar los árboles infectados. Sin embargo, el diagnóstico basado únicamente en los síntomas no es concluyente para confirmar la infección y debe confirmarse mediante métodos moleculares. En este estudio, se probaron tres cebadores de referencia descritos anteriormente para la detección de fitoplasmas en muestras infectadas recolectadas en Mozambique. Dado que esos cebadores dieron resultados incongruentes, se diseñaron recientemente 20 nuevos pares de cebadores dirigidos a la región de ADNr 16S. Para evaluar su desempeño en la detección de fitoplasma que infecta el coco, se analizaron 108 muestras y se seleccionaron muestras positivas confirmadas por secuenciación. Nuestros resultados mostraron un nuevo par de cebadores más preciso y confiable en comparación con los pares de referencia para la detección de CLYD en Mozambique. Además, el nuevo par de cebadores fue capaz de detectar una nueva variante de fitoplasma putativo en Mozambique. Por lo tanto, este estudio hace una contribución importante al diagnóstico molecular del fitoplasma CLYD y su agente causal, dando ideas que pueden aplicarse al estudio de los sistemas de infección por fitoplasma CLYD.Files
10.1007%2Fs12600-018-0675-5.pdf.pdf
Files
(642.8 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:5c3d94c50086d8135a7ac085e4663467
|
642.8 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- برايمر واعدة للكشف عن البلازما النباتية المسببة لمرض اصفرار جوز الهند القاتل في موزمبيق
- Translated title (French)
- Amorces prometteuses pour la détection du phytoplasme causant la maladie du jaunissement létal de la noix de coco au Mozambique
- Translated title (Spanish)
- Primeros prometedores para la detección del fitoplasma causante de la letal enfermedad amarillenta del coco en Mozambique
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2809860558
- DOI
- 10.1007/s12600-018-0675-5
References
- https://openalex.org/W1981850574
- https://openalex.org/W1983431189
- https://openalex.org/W1996966171
- https://openalex.org/W2006420882
- https://openalex.org/W2014688081
- https://openalex.org/W2032851035
- https://openalex.org/W2051733274
- https://openalex.org/W2055356170
- https://openalex.org/W2092830424
- https://openalex.org/W2121981718
- https://openalex.org/W2127818892
- https://openalex.org/W2128880918
- https://openalex.org/W2134263480
- https://openalex.org/W2135899145
- https://openalex.org/W2137015675
- https://openalex.org/W2340857696
- https://openalex.org/W4302990270