Published January 1, 2008 | Version v1
Publication Open

Analysis of bacterial DNA in synovial tissue of Tunisian patients with reactive and undifferentiated arthritis by broad-range PCR, cloning and sequencing

Creators

  • 1. Hopital Universitaire Hedi Chaker
  • 2. Hospital Fatuma Bourguiba Monastir
  • 3. Hôpital La Rabta
  • 4. Atomic Energy and Alternative Energies Commission
  • 5. Genoscope
  • 6. French National Centre for Scientific Research

Description

Bacteria and/or their antigens have been implicated in the pathogenesis of reactive arthritis (ReA). Several studies have reported the presence of bacterial antigens and nucleic acids of bacteria other than those specified by diagnostic criteria for ReA in joint specimens from patients with ReA and various arthritides. The present study was conducted to detect any bacterial DNA and identify bacterial species that are present in the synovial tissue of Tunisian patients with reactive arthritis and undifferentiated arthritis (UA) using PCR, cloning and sequencing.We examined synovial tissue samples from 28 patients: six patients with ReA and nine with UA, and a control group consisting of seven patients with rheumatoid arthritis and six with osteoarthritis (OA). Using broad-range bacterial PCR producing a 1,400-base-pair fragment from the 16S rRNA gene, at least 24 clones were sequenced for each synovial tissue sample. To identify the corresponding bacteria, DNA sequences were compared with sequences from the EMBL (European Molecular Biology Laboratory) database.Bacterial DNA was detected in 75% of the 28 synovial tissue samples. DNA from 68 various bacterial species were found in ReA and UA samples, whereas DNA from 12 bacteria were detected in control group samples. Most of the bacterial DNAs detected were from skin or intestinal bacteria. DNA from bacteria known to trigger ReA, such as Shigella flexneri and Shigella sonnei, were detected in ReA and UA samples of synovial tissue and not in control samples. DNA from various bacterial species detected in this study have not previously been found in synovial samples.This study is the first to use broad-range PCR targeting the full 16S rRNA gene for detection of bacterial DNA in synovial tissue. We detected DNA from a wide spectrum of bacterial species, including those known to be involved in ReA and others not previously associated with ReA or related arthritis. The pathogenic significance of some of these intrasynovial bacterial DNAs remains unclear.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

وقد تورطت البكتيريا و/أو مستضداتها في التسبب في التهاب المفاصل التفاعلي (ReA). أبلغت العديد من الدراسات عن وجود مستضدات بكتيرية وأحماض نووية لبكتيريا غير تلك المحددة في المعايير التشخيصية لـ ReA في عينات مشتركة من المرضى الذين يعانون من ReA والتهابات المفاصل المختلفة. أجريت هذه الدراسة للكشف عن أي حمض نووي بكتيري وتحديد الأنواع البكتيرية الموجودة في النسيج الزليلي للمرضى التونسيين المصابين بالتهاب المفاصل التفاعلي والتهاب المفاصل غير المتمايز (UA) باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل والاستنساخ والتسلسل. قمنا بفحص عينات الأنسجة الزليلية من 28 مريضًا: ستة مرضى مصابين بـ ReA وتسعة مصابين بـ UA، ومجموعة مراقبة تتكون من سبعة مرضى مصابين بالتهاب المفاصل الروماتويدي وستة مصابين بالتهاب المفاصل العظمي (OA). باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل البكتيري واسع النطاق لإنتاج جزء من 1400 زوج قاعدي من جين الحمض النووي الريبوزي 16S، تم تسلسل 24 نسخة على الأقل لكل عينة نسيج زليلي. لتحديد البكتيريا المقابلة، تمت مقارنة تسلسلات الحمض النووي مع تسلسلات من قاعدة بيانات EMBL (المختبر الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية). تم اكتشاف الحمض النووي البكتيري في 75 ٪ من عينات الأنسجة الزليلية الـ 28. تم العثور على الحمض النووي من 68 نوعًا بكتيريًا مختلفًا في عينات حمض اليوريك وحمض اليوريك، في حين تم اكتشاف الحمض النووي من 12 نوعًا من البكتيريا في عينات المجموعة الضابطة. كانت معظم الحمض النووي البكتيري المكتشف من الجلد أو البكتيريا المعوية. تم الكشف عن الحمض النووي من البكتيريا المعروفة بتحريك الحمض النووي الريبي، مثل الشيجيلا فليكسنر وشيجيلا سوني، في عينات من النسيج الزليلي وليس في العينات الضابطة. لم يتم العثور على الحمض النووي من أنواع بكتيرية مختلفة تم اكتشافها في هذه الدراسة من قبل في العينات الزليلية. هذه الدراسة هي الأولى التي تستخدم تفاعل البوليميراز المتسلسل واسع النطاق الذي يستهدف جين الحمض النووي الريبوزي 16S الكامل للكشف عن الحمض النووي البكتيري في الأنسجة الزليلية. اكتشفنا الحمض النووي من مجموعة واسعة من الأنواع البكتيرية، بما في ذلك تلك المعروفة بأنها متورطة في ReA وغيرها من الأنواع التي لم تكن مرتبطة سابقًا بـ ReA أو التهاب المفاصل ذي الصلة. لا تزال الأهمية المرضية لبعض هذه الحمض النووي البكتيري داخل الزليلي غير واضحة.

Translated Description (French)

Les bactéries et/ou leurs antigènes ont été impliqués dans la pathogenèse de l'arthrite réactive (ReA). Plusieurs études ont rapporté la présence d'antigènes bactériens et d'acides nucléiques de bactéries autres que ceux spécifiés par les critères de diagnostic de la ReA dans des échantillons articulaires de patients atteints de ReA et de divers arthritides. La présente étude a été menée pour détecter tout ADN bactérien et identifier les espèces bactériennes présentes dans le tissu synovial de patients tunisiens atteints d'arthrite réactive et d'arthrite indifférenciée (UA) par PCR, clonage et séquençage. Nous avons examiné des échantillons de tissu synovial de 28 patients : six patients atteints de ReA et neuf patients atteints d'UA, et un groupe témoin composé de sept patients atteints de polyarthrite rhumatoïde et de six patients atteints d'arthrose (OA). À l'aide d'une PCR bactérienne à large spectre produisant un fragment de 1 400 paires de bases à partir du gène de l'ARNr 16S, au moins 24 clones ont été séquencés pour chaque échantillon de tissu synovial. Pour identifier les bactéries correspondantes, les séquences d'ADN ont été comparées aux séquences de la base de données EMBL (European Molecular Biology Laboratory). L'ADN bactérien a été détecté dans 75% des 28 échantillons de tissu synovial. L'ADN de 68 espèces bactériennes différentes a été trouvé dans les échantillons ReA et UA, tandis que l'ADN de 12 bactéries a été détecté dans les échantillons du groupe témoin. La plupart des ADN bactériens détectés provenaient de bactéries cutanées ou intestinales. L'ADN de bactéries connues pour déclencher la ReA, telles que Shigella flexneri et Shigella sonnei, a été détecté dans des échantillons de ReA et d'UA du tissu synovial et non dans des échantillons de contrôle. L'ADN de diverses espèces bactériennes détectées dans cette étude n'a pas été trouvé auparavant dans des échantillons synoviaux. Cette étude est la première à utiliser une PCR à large gamme ciblant le gène complet de l'ARNr 16S pour la détection de l'ADN bactérien dans le tissu synovial. Nous avons détecté l'ADN d'un large spectre d'espèces bactériennes, y compris celles connues pour être impliquées dans la ReA et d'autres qui n'étaient pas précédemment associées à la ReA ou à l'arthrite associée. La signification pathogène de certains de ces ADN bactériens intrasynoviaux reste incertaine.

Translated Description (Spanish)

Las bacterias y/o sus antígenos se han implicado en la patogénesis de la artritis reactiva (ReA). Varios estudios han informado la presencia de antígenos bacterianos y ácidos nucleicos de bacterias distintos de los especificados por los criterios de diagnóstico para ReA en muestras de articulaciones de pacientes con ReA y diversas artritis. El presente estudio se realizó para detectar cualquier ADN bacteriano e identificar especies bacterianas que están presentes en el tejido sinovial de pacientes tunecinos con artritis reactiva y artritis indiferenciada (UA) mediante PCR, clonación y secuenciación. Examinamos muestras de tejido sinovial de 28 pacientes: seis pacientes con ReA y nueve con UA, y un grupo de control compuesto por siete pacientes con artritis reumatoide y seis con osteoartritis (OA). Usando PCR bacteriana de amplio rango que produce un fragmento de 1400 pares de bases del gen de ARNr 16S, se secuenciaron al menos 24 clones para cada muestra de tejido sinovial. Para identificar las bacterias correspondientes, se compararon las secuencias de ADN con las secuencias de la base de datos EMBL (Laboratorio Europeo de Biología Molecular). Se detectó ADN bacteriano en el 75% de las 28 muestras de tejido sinovial. Se encontró ADN de 68 especies bacterianas diversas en muestras de ReA y UA, mientras que se detectó ADN de 12 bacterias en muestras del grupo de control. La mayoría de los ADN bacterianos detectados procedían de bacterias cutáneas o intestinales. Se detectó ADN de bacterias conocidas por desencadenar ReA, como Shigella flexneri y Shigella sonnei, en muestras de ReA y UA de tejido sinovial y no en muestras de control. El ADN de varias especies bacterianas detectadas en este estudio no se ha encontrado previamente en muestras sinoviales. Este estudio es el primero en utilizar PCR de amplio rango dirigida al gen completo del ARNr 16S para la detección de ADN bacteriano en el tejido sinovial. Detectamos ADN de un amplio espectro de especies bacterianas, incluidas las que se sabe que están involucradas en ReA y otras no asociadas previamente con ReA o artritis relacionada. La importancia patogénica de algunos de estos ADN bacterianos intrasinoviales sigue sin estar clara.

Files

ar2398.pdf

Files (259.0 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:a5937ddb5118ad2ab59b68a0af312dc5
259.0 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل الحمض النووي البكتيري في الأنسجة الزليلية للمرضى التونسيين المصابين بالتهاب المفاصل التفاعلي وغير المتمايز عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل واسع النطاق والاستنساخ والتسلسل
Translated title (French)
Analyse de l'ADN bactérien dans le tissu synovial de patients tunisiens atteints d'arthrite réactive et indifférenciée par PCR à large spectre, clonage et séquençage
Translated title (Spanish)
Análisis de ADN bacteriano en tejido sinovial de pacientes tunecinos con artritis reactiva e indiferenciada mediante PCR de amplio rango, clonación y secuenciación

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2111085403
DOI
10.1186/ar2398

Is supplement to
https://openalex.org/W4300429324 (Other)
https://openalex.org/W3007182070 (Other)
https://openalex.org/W2386099001 (Other)
https://openalex.org/W2374355452 (Other)
https://openalex.org/W2359277987 (Other)
https://openalex.org/W2319157627 (Other)
https://openalex.org/W2160378260 (Other)
https://openalex.org/W2156516779 (Other)
https://openalex.org/W2144101480 (Other)
https://openalex.org/W2120857786 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Tunisia

References

  • https://openalex.org/W1503034829
  • https://openalex.org/W1582413449
  • https://openalex.org/W1859696357
  • https://openalex.org/W1907098391
  • https://openalex.org/W1964338488
  • https://openalex.org/W1973286667
  • https://openalex.org/W1978379969
  • https://openalex.org/W1981559934
  • https://openalex.org/W1988169435
  • https://openalex.org/W1990510608
  • https://openalex.org/W1996900308
  • https://openalex.org/W2001472542
  • https://openalex.org/W2006988142
  • https://openalex.org/W2011848291
  • https://openalex.org/W2012618134
  • https://openalex.org/W2036297369
  • https://openalex.org/W2037976962
  • https://openalex.org/W2039844397
  • https://openalex.org/W2040956057
  • https://openalex.org/W2041056488
  • https://openalex.org/W2047480444
  • https://openalex.org/W2049050727
  • https://openalex.org/W2067665219
  • https://openalex.org/W2070871769
  • https://openalex.org/W2072720356
  • https://openalex.org/W2074072621
  • https://openalex.org/W2083767818
  • https://openalex.org/W2087484128
  • https://openalex.org/W2091527569
  • https://openalex.org/W2101025921
  • https://openalex.org/W2106598568
  • https://openalex.org/W2108319090
  • https://openalex.org/W2110962100
  • https://openalex.org/W2116016953
  • https://openalex.org/W2136159543
  • https://openalex.org/W2144101480
  • https://openalex.org/W2145118219
  • https://openalex.org/W2149258793
  • https://openalex.org/W2154534573
  • https://openalex.org/W2156516779
  • https://openalex.org/W2158304295
  • https://openalex.org/W2158887145
  • https://openalex.org/W2282682751
  • https://openalex.org/W2328540391
  • https://openalex.org/W2328942928
  • https://openalex.org/W2338831354
  • https://openalex.org/W2412505638
  • https://openalex.org/W2414136696
  • https://openalex.org/W2418556694
  • https://openalex.org/W2471433707