Published September 30, 2019 | Version v1
Publication Open

Molecular characterization of Chickpea chlorotic dwarf virus strain D in Chickpea (Cicer arietinum) from District Dera Ismail Khan Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan

Creators

  • 1. Government College University, Faisalabad
  • 2. Gomal University
  • 3. Lahore College for Women University
  • 4. National Institute for Biotechnology and Genetic Engineering

Description

Chickpea chlorotic dwarf virus (CpCDV), a member of genus Mastrevirus (family Geminiviridae) is an important viral pathogen of chickpea and other legume crops in Middle East, North Africa, India and Pakistan. Among sixteen known strains of CpCDV three are known to infect legume crops in Punjab province of Pakistan. In this study diversity of CpCDV was explored in Khyber Pakhtunkhwa (KP) province of Pakistan. In year 2016, during a survey in the chickpea growing areas of district Dera Ismail Khan, CpCDV infected plants were identified. Leaf samples were collected, and a diagnostic PCR confirmed mastreivrus infection in 4 out of 100 samples. From these samples full-length genome of CpCDV was amplified using specific back-to-back primers. Virus molecules were sequenced to their entirety and sequence analysis of a molecule KRF4 (GenBank accession # KY952837) showed the highest pair wise sequence identity of 97% with a CpCDV molecule (KM229787) isolated from chickpea plant. An SDT analysis revealed it to be the D strain of CpCDV and a recombination detection program (RDP) showed it to be a recombinant between C (KM229780) and L (KT634301) strains of CpCDV. Thus, further supporting the intra-species recombination for CpCDV and presence of the same strain in chickpea growing areas of Pakistan other than Punjab province. This is the first identification of CpCDV (genus Mastrevirus family Geminiviridae) from chickpea (Cicer arietinum) plants in District Dera Ismail Khan, KP province, Pakistan.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

فيروس الحمص القزم الكلوري (CpCDV)، وهو عضو في جنس Mastrevirus (عائلة Geminiviridae) هو أحد مسببات الأمراض الفيروسية المهمة للحمص ومحاصيل البقوليات الأخرى في الشرق الأوسط وشمال إفريقيا والهند وباكستان. من بين ستة عشر سلالة معروفة من CpCDV، من المعروف أن ثلاثة منها تصيب محاصيل البقوليات في مقاطعة البنجاب في باكستان. في هذه الدراسة، تم استكشاف تنوع CpCDV في مقاطعة خيبر باختونخوا (KP) في باكستان. في عام 2016، خلال مسح في مناطق زراعة الحمص في منطقة ديرا إسماعيل خان، تم تحديد النباتات المصابة بفيروس CpCDV. تم جمع عينات من أوراق الشجر، وأكد PCR التشخيصي عدوى الثدي في 4 من أصل 100 عينة. من هذه العينات، تم تضخيم جينوم كامل الطول لـ CpCDV باستخدام بادئات محددة متتالية. تم تسلسل جزيئات الفيروس إلى مجملها وأظهر تحليل تسلسل جزيء KRF4 (انضمام بنك الجينات # KY952837) أعلى هوية تسلسل زوجية بنسبة 97 ٪ مع جزيء CpCDV (KM229787) معزول عن نبات الحمص. كشف تحليل SDT أنه سلالة D من CpCDV وأظهر برنامج الكشف عن إعادة التركيب (RDP) أنه مؤتلف بين سلالات C (KM229780) و L (KT634301) من CpCDV. وبالتالي، دعم إعادة التركيب داخل الأنواع لـ CpCDV ووجود نفس السلالة في مناطق زراعة الحمص في باكستان بخلاف مقاطعة البنجاب. هذا هو أول تحديد لـ CpCDV (جنس عائلة الفيروسات المستديمة Geminiviridae) من نباتات الحمص (Cicer arietinum) في District Dera Ismail Khan، مقاطعة KP، باكستان.

Translated Description (French)

Le virus chlorotique nain du pois chiche (CpCDV), un membre du genre Mastrevirus (famille des Geminiviridae), est un agent pathogène viral important du pois chiche et d'autres cultures de légumineuses au Moyen-Orient, en Afrique du Nord, en Inde et au Pakistan. Parmi les seize souches connues de CpCDV, trois sont connues pour infecter les cultures de légumineuses dans la province du Pendjab au Pakistan. Dans cette étude, la diversité de la CpCDV a été explorée dans la province de Khyber Pakhtunkhwa (KP) au Pakistan. En 2016, lors d'une enquête dans les zones de culture de pois chiches du district de Dera Ismail Khan, des plantes infectées par le CpCDV ont été identifiées. Des échantillons de feuilles ont été prélevés et une PCR diagnostique a confirmé l'infection à mastreivrus dans 4 échantillons sur 100. À partir de ces échantillons, le génome complet de CpCDV a été amplifié à l'aide d'amorces spécifiques dos à dos. Les molécules virales ont été séquencées dans leur intégralité et l'analyse de séquence d'une molécule KRF4 (GenBank accession # KY952837) a montré l'identité de séquence Wise la plus élevée de 97 % avec une molécule CpCDV (KM229787) isolée à partir de la plante de pois chiche. Une analyse SDT a révélé qu'il s'agissait de la souche D de CpCDV et un programme de détection par recombinaison (RDP) a montré qu'il s'agissait d'un recombinant entre les souches C (KM229780) et L (KT634301) de CpCDV. Ainsi, soutenant davantage la recombinaison intra-espèce pour CpCDV et la présence de la même souche dans les zones de culture de pois chiches du Pakistan autres que la province du Pendjab. Il s'agit de la première identification de CpCDV (genre Mastrevirus famille Geminiviridae) à partir de plantes de pois chiche (Cicer arietinum) dans le district de Dera Ismail Khan, province de KP, Pakistan.

Translated Description (Spanish)

El virus enano clorótico del garbanzo (CpCDV), miembro del género Mastrevirus (familia Geminiviridae), es un importante patógeno viral del garbanzo y otros cultivos de leguminosas en Oriente Medio, África del Norte, India y Pakistán. Entre las dieciséis cepas conocidas de CpCDV, se sabe que tres infectan los cultivos de leguminosas en la provincia de Punjab en Pakistán. En este estudio se exploró la diversidad de CpCDV en la provincia de Khyber Pakhtunkhwa (KP) de Pakistán. En el año 2016, durante una encuesta en las áreas de cultivo de garbanzos del distrito Dera Ismail Khan, se identificaron plantas infectadas con CpCDV. Se recogieron muestras de hojas y una PCR de diagnóstico confirmó la infección por mastreivrus en 4 de cada 100 muestras. A partir de estas muestras, se amplificó el genoma de longitud completa de CpCDV utilizando cebadores consecutivos específicos. Las moléculas de virus se secuenciaron en su totalidad y el análisis de secuencia de una molécula KRF4 (n .º de acceso de GenBank KY952837) mostró la mayor identidad de secuencia por pares del 97% con una molécula de CpCDV (KM229787) aislada de la planta de garbanzo. Un análisis SDT reveló que era la cepa D de CpCDV y un programa de detección de recombinación (RDP) mostró que era un recombinante entre las cepas C (KM229780) y L (KT634301) de CpCDV. Por lo tanto, apoya aún más la recombinación intraespecie para CpCDV y la presencia de la misma cepa en áreas de cultivo de garbanzos de Pakistán que no sean la provincia de Punjab. Esta es la primera identificación de CpCDV (género Mastrevirus familia Geminiviridae) de plantas de garbanzo (Cicer arietinum) en el distrito Dera Ismail Khan, provincia de KP, Pakistán.

Files

1489.pdf

Files (510.6 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:78c8c41437e9a7fa802216ad8e94aa24
510.6 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التوصيف الجزيئي لسلالة فيروس الحمص القزم الكلوري D في الحمص (Cicer arietinum) من مقاطعة ديرا إسماعيل خان خيبر باختونخوا، باكستان
Translated title (French)
Caractérisation moléculaire de la souche D du virus chlorotique nain du pois chiche chez le pois chiche (Cicer arietinum) du district de Dera Ismail Khan Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan
Translated title (Spanish)
Caracterización molecular de la cepa D del virus enano clorótico del garbanzo en garbanzos (Cicer arietinum) del distrito Dera Ismail Khan Khyber Pakhtunkhwa, Pakistán

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2980360324
DOI
10.14715/cmb/2019.65.7.7

Is supplement to
https://openalex.org/W4379648572 (Other)
https://openalex.org/W4321601096 (Other)
https://openalex.org/W4280593912 (Other)
https://openalex.org/W4249739355 (Other)
https://openalex.org/W4223522336 (Other)
https://openalex.org/W3174457239 (Other)
https://openalex.org/W3036577349 (Other)
https://openalex.org/W2786311476 (Other)
https://openalex.org/W2769240282 (Other)
https://openalex.org/W2062954387 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W1236282760
  • https://openalex.org/W1863421476
  • https://openalex.org/W1967649409
  • https://openalex.org/W1975304429
  • https://openalex.org/W1976462703
  • https://openalex.org/W2014507542
  • https://openalex.org/W2016577845
  • https://openalex.org/W2018379029
  • https://openalex.org/W2019594587
  • https://openalex.org/W2037158686
  • https://openalex.org/W2059186744
  • https://openalex.org/W2075537466
  • https://openalex.org/W2114575121
  • https://openalex.org/W2144269579