Published October 1, 2021 | Version v1
Publication Open

Genomic surveillance of Acinetobacter baumannii in the Philippines, 2013–2014

Creators

  • 1. Research Institute for Tropical Medicine
  • 2. University of St Andrews
  • 3. Brigham and Women's Hospital
  • 4. University of Oxford
  • 5. Open Data Institute

Description

Acinetobacter baumannii is an opportunistic nosocomial pathogen that has increasingly become resistant to carbapenems worldwide. In the Philippines, rates of carbapenem resistance and multidrug resistance are above 50%. We undertook a genomic study of carbapenem-resistant A. baumannii in the Philippines to characterize the population diversity and antimicrobial resistance mechanisms.We sequenced the whole genomes of 117 A. baumannii isolates recovered by 16 hospitals in the Philippines between 2013 and 2014. From the genome sequences, we determined the multilocus sequence type, presence of acquired determinants of antimicrobial resistance and relatedness between isolates. We also compared the phenotypic and genotypic resistance results.Carbapenem resistance was mainly explained by acquisition of the class-D β-lactamase gene blaOXA-23. The concordance between phenotypic and genotypic resistance to imipenem was 98.15%, and it was 94.97% overall for the seven antibiotics analysed. Twenty-two different sequence types were identified, including 7 novel types. The population was dominated by the high-risk international clone 2 (i.e. clonal complex 92), in particular by ST195 and ST208 and their single locus variants. Using whole-genome sequencing, we identified local clusters representing potentially undetected nosocomial outbreaks, as well as multihospital clusters that indicated interhospital dissemination. Comparison with global genomes suggested that the establishment of carbapenem-resistant international clone 2 in the Philippines is likely the result of clonal expansion and geographical dissemination, and at least partly explained by inadequate hospital infection control and prevention.This is the first extensive genomic study of carbapenem-resistant A. baumannii in the Philippines, and it underscores the importance of hospital infection control and prevention measures to contain high-risk clones.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

Acinetobacter baumannii هو مرض مستشفوي انتهازي أصبح مقاومًا بشكل متزايد للكاربابينيمات في جميع أنحاء العالم. في الفلبين، تزيد معدلات مقاومة الكاربابينيم ومقاومة الأدوية المتعددة عن 50 ٪. أجرينا دراسة جينية لـ A. baumannii المقاوم للكاربابينيم في الفلبين لتوصيف التنوع السكاني وآليات مقاومة مضادات الميكروبات. قمنا بتسلسل الجينوم الكامل لعزلات 117 A. baumannii التي تم استردادها من قبل 16 مستشفى في الفلبين بين عامي 2013 و 2014. من تسلسلات الجينوم، حددنا نوع التسلسل متعدد البؤر، ووجود المحددات المكتسبة لمقاومة مضادات الميكروبات والعلاقة بين العزلات. كما قارنا نتائج مقاومة النمط الظاهري والنمط الجيني. تم تفسير مقاومة الكربابينيم بشكل أساسي من خلال اكتساب جين بلاوكسا-23 من الفئة D β - lactamase. كان التوافق بين مقاومة النمط الظاهري والنمط الجيني للإيميبينيم 98.15 ٪، وكان 94.97 ٪ بشكل عام للمضادات الحيوية السبعة التي تم تحليلها. تم تحديد 22 نوعًا مختلفًا من التسلسلات، بما في ذلك 7 أنواع جديدة. سيطر على السكان الاستنساخ الدولي عالي الخطورة 2 (أي المركب النسلي 92)، ولا سيما ST195 و ST208 ومتغيرات موضع واحد. باستخدام تسلسل الجينوم الكامل، حددنا مجموعات محلية تمثل تفشيًا محتملًا غير مكتشف في المستشفيات، بالإضافة إلى مجموعات متعددة المستشفيات تشير إلى الانتشار بين المستشفيات. تشير المقارنة مع الجينومات العالمية إلى أن إنشاء استنساخ دولي مقاوم للكاربابينيم 2 في الفلبين من المحتمل أن يكون نتيجة للتوسع الاستنساخي والانتشار الجغرافي، ويفسر ذلك جزئيًا على الأقل بعدم كفاية مكافحة العدوى في المستشفيات والوقاية منها. هذه هي أول دراسة جينية واسعة النطاق لـ A. baumannii المقاوم للكاربابينيم في الفلبين، وتؤكد على أهمية مكافحة العدوى في المستشفيات وتدابير الوقاية لاحتواء الحيوانات المستنسخة عالية الخطورة.

Translated Description (French)

Acinetobacter baumannii est un pathogène nosocomial opportuniste qui est devenu de plus en plus résistant aux carbapénèmes dans le monde entier. Aux Philippines, les taux de résistance aux carbapénèmes et de multirésistance aux médicaments sont supérieurs à 50 %. Nous avons entrepris une étude génomique d'A. baumannii résistant aux carbapénèmes aux Philippines pour caractériser la diversité de la population et les mécanismes de résistance aux antimicrobiens. Nous avons séquencé l'ensemble des génomes de 117 isolats d'A. baumannii récupérés par 16 hôpitaux aux Philippines entre 2013 et 2014. À partir des séquences du génome, nous avons déterminé le type de séquence multilocus, la présence de déterminants acquis de la résistance aux antimicrobiens et la relation entre les isolats. Nous avons également comparé les résultats de résistance phénotypique et génotypique. La résistance au carbapénème s'explique principalement par l'acquisition du gène de la β-lactamase de classe D blaOXA-23. La concordance entre la résistance phénotypique et génotypique à l'imipénème était de 98,15 %, et elle était de 94,97 % globalement pour les sept antibiotiques analysés. Vingt-deux types de séquences différents ont été identifiés, dont 7 nouveaux types. La population était dominée par le clone international à haut risque 2 (c'est-à-dire le complexe clonal 92), en particulier par ST195 et ST208 et leurs variants à locus unique. À l'aide du séquençage du génome entier, nous avons identifié des grappes locales représentant des épidémies nosocomiales potentiellement non détectées, ainsi que des grappes multi-hospitalières indiquant une diffusion inter-hospitalière. La comparaison avec les génomes mondiaux a suggéré que l'établissement du clone international 2 résistant aux carbapénèmes aux Philippines est probablement le résultat de l'expansion clonale et de la dissémination géographique, et s'explique au moins en partie par un contrôle et une prévention inadéquats des infections hospitalières. Il s'agit de la première étude génomique approfondie d'A. baumannii résistant aux carbapénèmes aux Philippines, et elle souligne l'importance des mesures de contrôle et de prévention des infections hospitalières pour contenir les clones à haut risque.

Translated Description (Spanish)

Acinetobacter baumannii es un patógeno nosocomial oportunista que se ha vuelto cada vez más resistente a los carbapenémicos en todo el mundo. En Filipinas, las tasas de resistencia a carbapenem y resistencia a múltiples fármacos están por encima del 50%. Realizamos un estudio genómico de A. baumannii resistente a carbapenem en Filipinas para caracterizar la diversidad de la población y los mecanismos de resistencia a los antimicrobianos. Secuenciamos los genomas completos de 117 aislados de A. baumannii recuperados en 16 hospitales de Filipinas entre 2013 y 2014. A partir de las secuencias del genoma, determinamos el tipo de secuencia multilocus, la presencia de determinantes adquiridos de resistencia antimicrobiana y la relación entre los aislados. También comparamos los resultados de resistencia fenotípica y genotípica. La resistencia al carbapenem se explicó principalmente por la adquisición del gen de la β-lactamasa de clase D blaOXA-23. La concordancia entre la resistencia fenotípica y genotípica al imipenem fue del 98,15%, y fue del 94,97% en general para los siete antibióticos analizados. Se identificaron veintidós tipos de secuencias diferentes, incluidos 7 tipos novedosos. La población estaba dominada por el clon internacional de alto riesgo 2 (es decir, el complejo clonal 92), en particular por ST195 y ST208 y sus variantes de locus único. Utilizando la secuenciación de todo el genoma, identificamos grupos locales que representaban brotes nosocomiales potencialmente no detectados, así como grupos multihospitalarios que indicaban diseminación interhospitalaria. La comparación con los genomas globales sugirió que el establecimiento del clon internacional 2 resistente a carbapenem en Filipinas es probablemente el resultado de la expansión clonal y la diseminación geográfica, y al menos en parte se explica por el control y la prevención inadecuados de infecciones hospitalarias. Este es el primer estudio genómico extenso de A. baumannii resistente a carbapenem en Filipinas, y subraya la importancia de las medidas de control y prevención de infecciones hospitalarias para contener clones de alto riesgo.

Files

1054.pdf

Files (1.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:523872456d1e240791059e6b11e57583
1.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
المراقبة الجينية للبكتيريا الخاملة في الفلبين، 2013–2014
Translated title (French)
Surveillance génomique d'Acinetobacter baumannii aux Philippines, 2013–2014
Translated title (Spanish)
Vigilancia genómica de Acinetobacter baumannii en Filipinas, 2013–2014

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4220936764
DOI
10.5365/wpsar.2021.12.4.863

Is supplement to
https://openalex.org/W2983077141 (Other)
https://openalex.org/W2775245348 (Other)
https://openalex.org/W2576324597 (Other)
https://openalex.org/W2519980832 (Other)
https://openalex.org/W2391506830 (Other)
https://openalex.org/W2385081987 (Other)
https://openalex.org/W2367135151 (Other)
https://openalex.org/W2178294890 (Other)
https://openalex.org/W2134442153 (Other)
https://openalex.org/W2114686855 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Philippines

References

  • https://openalex.org/W1021032006
  • https://openalex.org/W1522929799
  • https://openalex.org/W1972145956
  • https://openalex.org/W1984750475
  • https://openalex.org/W2011619924
  • https://openalex.org/W2030501295
  • https://openalex.org/W2031611770
  • https://openalex.org/W2070945587
  • https://openalex.org/W2086666923
  • https://openalex.org/W2088361440
  • https://openalex.org/W2099837668
  • https://openalex.org/W2102346367
  • https://openalex.org/W2105161608
  • https://openalex.org/W2113068511
  • https://openalex.org/W2141052558
  • https://openalex.org/W2149018580
  • https://openalex.org/W2159435953
  • https://openalex.org/W2160161568
  • https://openalex.org/W2255229927
  • https://openalex.org/W2338234759
  • https://openalex.org/W2340153025
  • https://openalex.org/W2340441276
  • https://openalex.org/W2529415489
  • https://openalex.org/W2533596066
  • https://openalex.org/W2551267404
  • https://openalex.org/W2621995756
  • https://openalex.org/W2891078715
  • https://openalex.org/W2943254919
  • https://openalex.org/W2946951820
  • https://openalex.org/W2949848068
  • https://openalex.org/W2950006954
  • https://openalex.org/W2952620784
  • https://openalex.org/W2965957986
  • https://openalex.org/W2969547331
  • https://openalex.org/W2999695263
  • https://openalex.org/W3030261765
  • https://openalex.org/W3060710023
  • https://openalex.org/W3104066785
  • https://openalex.org/W4237658394