Published February 19, 2016
| Version v1
Publication
Open
Assessment of Epstein-Barr virus nucleic acids in gastric but not in breast cancer by next-generation sequencing of pooled Mexican samples
Creators
- 1. Hospital Infantil de México Federico Gómez
- 2. Universidad Nacional Autónoma de México
- 3. Centro Medico Nacional Siglo XXI
Description
Gastric (GC) and breast (BrC) cancer are two of the most common and deadly tumours. Different lines of evidence suggest a possible causative role of viral infections for both GC and BrC. Wide genome sequencing (WGS) technologies allow searching for viral agents in tissues of patients with cancer. These technologies have already contributed to establish virus-cancer associations as well as to discovery new tumour viruses. The objective of this study was to document possible associations of viral infection with GC and BrC in Mexican patients. In order to gain idea about cost effective conditions of experimental sequencing, we first carried out an in silico simulation of WGS. The next-generation-platform IlluminaGallx was then used to sequence GC and BrC tumour samples. While we did not find viral sequences in tissues from BrC patients, multiple reads matching Epstein-Barr virus (EBV) sequences were found in GC tissues. An end-point polymerase chain reaction confirmed an enrichment of EBV sequences in one of the GC samples sequenced, validating the next-generation sequencing-bioinformatics pipeline.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
سرطان المعدة (GC) والثدي (BrC) هما من أكثر الأورام شيوعًا وفتكًا. تشير خطوط الأدلة المختلفة إلى دور مسبب محتمل للعدوى الفيروسية لكل من GC و BrC. تسمح تقنيات تسلسل الجينوم الواسعة (WGS) بالبحث عن العوامل الفيروسية في أنسجة المرضى المصابين بالسرطان. وقد ساهمت هذه التقنيات بالفعل في إنشاء روابط بين الفيروسات والسرطان وكذلك في اكتشاف فيروسات ورم جديدة. كان الهدف من هذه الدراسة هو توثيق الارتباطات المحتملة للعدوى الفيروسية مع GC و BrC في المرضى المكسيكيين. من أجل الحصول على فكرة حول الظروف الفعالة من حيث التكلفة للتسلسل التجريبي، أجرينا أولاً محاكاة في السيليكو لـ WGS. ثم تم استخدام الجيل التالي من منصة IlluminaGallx لتسلسل عينات ورم GC و BrC. على الرغم من أننا لم نعثر على تسلسلات فيروسية في الأنسجة من مرضى سرطان الثدي، إلا أنه تم العثور على قراءات متعددة مطابقة لتسلسلات فيروس إبشتاين بار (EBV) في أنسجة الخلايا التاجية. أكد تفاعل سلسلة بوليميراز نقطة النهاية إثراء تسلسلات EBV في إحدى عينات GC المتسلسلة، مما أدى إلى التحقق من صحة خط أنابيب المعلوماتية الحيوية للتسلسل من الجيل التالي.Translated Description (French)
Le cancer gastrique (GC) et le cancer du sein (BrC) sont deux des tumeurs les plus courantes et les plus mortelles. Différentes sources de données suggèrent un rôle causal possible des infections virales pour la GC et la BrC. Les technologies de séquençage du génome large (WGS) permettent de rechercher des agents viraux dans les tissus des patients atteints de cancer. Ces technologies ont déjà contribué à établir des associations virus-cancer ainsi qu'à découvrir de nouveaux virus tumoraux. L'objectif de cette étude était de documenter les associations possibles d'infection virale par GC et BrC chez les patients mexicains. Afin de se faire une idée des conditions rentables de séquençage expérimental, nous avons d'abord réalisé une simulation in silico de WGS. La plateforme de nouvelle génération IlluminaGallx a ensuite été utilisée pour séquencer des échantillons de tumeurs GC et BrC. Bien que nous n'ayons pas trouvé de séquences virales dans les tissus des patients BrC, plusieurs lectures correspondant aux séquences du virus d'Epstein-Barr (EBV) ont été trouvées dans les tissus GC. Une réaction en chaîne de la polymérase au point final a confirmé un enrichissement des séquences EBV dans l'un des échantillons GC séquencés, validant le pipeline bioinformatique de séquençage de prochaine génération.Translated Description (Spanish)
El cáncer gástrico (GC) y de mama (BrC) son dos de los tumores más comunes y mortales. Diferentes líneas de evidencia sugieren un posible papel causal de las infecciones virales tanto para GC como para BrC. Las tecnologías de secuenciación amplia del genoma (WGS) permiten buscar agentes virales en tejidos de pacientes con cáncer. Estas tecnologías ya han contribuido a establecer asociaciones virus-cáncer, así como al descubrimiento de nuevos virus tumorales. El objetivo de este estudio fue documentar posibles asociaciones de infección viral con GC y BrC en pacientes mexicanos. Con el fin de obtener una idea sobre las condiciones rentables de la secuenciación experimental, primero llevamos a cabo una simulación in silico de WGS. A continuación, se utilizó la plataforma de próxima generación IlluminaGallx para secuenciar muestras de tumores GC y BrC. Si bien no encontramos secuencias virales en tejidos de pacientes con BrC, se encontraron múltiples lecturas que coincidían con las secuencias del virus de Epstein-Barr (EBV) en los tejidos de GC. Una reacción en cadena de la polimerasa de punto final confirmó un enriquecimiento de secuencias de EBV en una de las muestras de GC secuenciadas, validando la línea de secuenciación-bioinformática de próxima generación.Files
0074-0276-mioc-0074-02760150405.pdf.pdf
Files
(624.5 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:3ebe762dd1705ca3311b7fc70436fbc3
|
624.5 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تقييم الأحماض النووية لفيروس إبشتاين بار في المعدة ولكن ليس في سرطان الثدي من خلال تسلسل الجيل التالي من العينات المكسيكية المجمعة
- Translated title (French)
- Évaluation des acides nucléiques du virus d'Epstein-Barr dans le cancer gastrique mais pas dans le cancer du sein par séquençage de prochaine génération d'échantillons mexicains regroupés
- Translated title (Spanish)
- Evaluación de ácidos nucleicos del virus de Epstein-Barr en cáncer gástrico pero no en cáncer de mama mediante secuenciación de próxima generación de muestras mexicanas agrupadas
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2273967837
- DOI
- 10.1590/0074-02760150405
References
- https://openalex.org/W1757407923
- https://openalex.org/W1888760682
- https://openalex.org/W1968482661
- https://openalex.org/W1973215894
- https://openalex.org/W1976298785
- https://openalex.org/W1988345283
- https://openalex.org/W1988460088
- https://openalex.org/W1995462034
- https://openalex.org/W1999219428
- https://openalex.org/W2008247147
- https://openalex.org/W2008553017
- https://openalex.org/W2014143955
- https://openalex.org/W2024616842
- https://openalex.org/W2025012086
- https://openalex.org/W2025749731
- https://openalex.org/W2033931158
- https://openalex.org/W2035449764
- https://openalex.org/W2037324717
- https://openalex.org/W2055043387
- https://openalex.org/W2056280201
- https://openalex.org/W2070785352
- https://openalex.org/W2073614478
- https://openalex.org/W2074226088
- https://openalex.org/W2075529734
- https://openalex.org/W2081183900
- https://openalex.org/W2082556971
- https://openalex.org/W2085487956
- https://openalex.org/W2087505083
- https://openalex.org/W2102934738
- https://openalex.org/W2113142891
- https://openalex.org/W2124985265
- https://openalex.org/W2126532720
- https://openalex.org/W2126547130
- https://openalex.org/W2136304428
- https://openalex.org/W2139837167
- https://openalex.org/W2139963681
- https://openalex.org/W2143277414
- https://openalex.org/W2145933466
- https://openalex.org/W2151017710
- https://openalex.org/W2157539385
- https://openalex.org/W2165316053
- https://openalex.org/W2172222387
- https://openalex.org/W2200420949
- https://openalex.org/W222777498
- https://openalex.org/W2406297800
- https://openalex.org/W2414188677
- https://openalex.org/W4300949710