Published January 1, 2022 | Version v1
Publication Metadata-only

Identification of bZIP transcription factors and their responses to brown spot in pear

Creators

  • 1. University of Iowa
  • 2. Capital University
  • 3. Capital Medical University
  • 4. Southern Medical University
  • 5. Huazhong University of Science and Technology
  • 6. Guangzhou Medical University
  • 7. Anhui Agricultural University
  • 8. Harbin Medical University
  • 9. Second Affiliated Hospital of Harbin Medical University
  • 10. Shenyang Pharmaceutical University
  • 11. Guangzhou Women and Children Medical Center
  • 12. Public Health Agency of Canada
  • 13. Nanfang Hospital
  • 14. Shenyang Fifth People Hospital
  • 15. Peking Union Medical College Hospital
  • 16. Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
  • 17. Nanjing Municipal Center for Disease Control And Prevention
  • 18. Baotou Teachers College
  • 19. Johns Hopkins University
  • 20. Lanzhou University
  • 21. Fudan University
  • 22. China Agricultural University
  • 23. McMaster University
  • 24. Second Affiliated Hospital of Zhejiang University
  • 25. Xuzhou Medical College
  • 26. Chinese People's Liberation Army
  • 27. Sichuan University
  • 28. Universidad del Noreste
  • 29. Lanzhou University Second Hospital
  • 30. Nanjing University
  • 31. Peking University People's Hospital
  • 32. Peking University
  • 33. Northeast Forestry University
  • 34. Qingdao Agricultural University
  • 35. Jiangsu Province Hospital
  • 36. West China Hospital of Sichuan University
  • 37. Sichuan Center for Disease Control and Prevention
  • 38. Nanjing Drum Tower Hospital
  • 39. Anhui University of Science and Technology
  • 40. Soochow University
  • 41. Children's Hospital of Suzhou University
  • 42. Second Affiliated Hospital of Dalian Medical University
  • 43. Jilin Agricultural University
  • 44. University Hospital Heidelberg
  • 45. Heidelberg University
  • 46. Nanjing Medical University
  • 47. The University of Texas MD Anderson Cancer Center
  • 48. Nanjing Agricultural University
  • 49. Cornell University
  • 50. Children's Hospital of Fudan University
  • 51. Air Force Medical University

Description

Abstract Basic leucine zipper (bZIP) is a conserved transcription factor (TF) widely present in eukaryotes, and it plays an important role in regulating plant growth and stress responses. To better understand the white pear bZIP gene family, comprehensive bioinformatics analysis of the pear genome was performed. A total of 84 PbbZIP genes were identified, which were divided into 13 subfamilies by phylogenetic analysis. The 84 PbbZIP genes were all located in the nucleus, and 77 of those genes were unevenly distributed across the 17 chromosomes of white pear. The other 7 PbbZIP genes were located on the scaffold. Subsequent expression profile analysis showed that PbbZIP genes in exocarp were significantly upregulated or downregulated in 'Huangguan' pear with brown spot (BS) compared with healthy pear and in response to hormonal treatment with gibberellin A3 (GA3). These results provide helpful insights into the characteristics of PbbZIP genes and their responses to BS in 'Huangguan' pear.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الملخص سحاب الليوسين الأساسي (bZIP) هو عامل نسخ محفوظ (TF) موجود على نطاق واسع في حقيقيات النوى، ويلعب دورًا مهمًا في تنظيم نمو النبات واستجابات الإجهاد. لفهم عائلة جين bZIP الكمثرى البيضاء بشكل أفضل، تم إجراء تحليل شامل للمعلوماتية الحيوية لجينوم الكمثرى. تم تحديد ما مجموعه 84 جين PbbZIP، والتي تم تقسيمها إلى 13 عائلة فرعية عن طريق التحليل الوراثي. كانت جميع جينات PbbZIP البالغ عددها 84 موجودة في النواة، وتم توزيع 77 من هذه الجينات بشكل غير متساوٍ عبر الكروموسومات السبعة عشر للكمثرى الأبيض. كانت الجينات السبعة الأخرى PbbZIP موجودة على السقالة. أظهر تحليل الملف الشخصي للتعبير اللاحق أن جينات PbbZIP في exocarp تم تنظيمها بشكل كبير أو تقليلها في الكمثرى "Huangguan" مع البقعة البنية (BS) مقارنة بالكمثرى الصحية واستجابة للعلاج الهرموني بالجبريلين A3 (GA3). توفر هذه النتائج رؤى مفيدة حول خصائص جينات PbbZIP واستجاباتها لـ BS في الكمثرى "Huangguan".

Translated Description (French)

Résumé La fermeture éclair à leucine basique (bZIP) est un facteur de transcription (TF) conservé largement présent chez les eucaryotes, et elle joue un rôle important dans la régulation de la croissance des plantes et des réponses au stress. Pour mieux comprendre la famille de gènes bZIP de la poire blanche, une analyse bioinformatique complète du génome de la poire a été réalisée. Un total de 84 gènes PbbZIP ont été identifiés, qui ont été divisés en 13 sous-familles par analyse phylogénétique. Les 84 gènes PbbZIP étaient tous situés dans le noyau, et 77 de ces gènes étaient inégalement répartis sur les 17 chromosomes de la poire blanche. Les 7 autres gènes PbbZIP étaient localisés sur l'échafaudage. Une analyse ultérieure du profil d'expression a montré que les gènes PbbZIP dans l'exocarpe étaient significativement régulés à la hausse ou à la baisse chez la poire « Huangguan » avec une tache brune (BS) par rapport à la poire saine et en réponse à un traitement hormonal par la gibbérelline A3 (GA3). Ces résultats fournissent des informations utiles sur les caractéristiques des gènes PbbZIP et leurs réponses à la BS chez la poire « Huangguan ».

Translated Description (Spanish)

Resumen La cremallera básica de leucina (bZIP) es un factor de transcripción conservado (TF) ampliamente presente en eucariotas, y desempeña un papel importante en la regulación del crecimiento de las plantas y las respuestas al estrés. Para comprender mejor la familia de genes bZIP de la pera blanca, se realizó un análisis bioinformático exhaustivo del genoma de la pera. Se identificaron un total de 84 genes PbbZIP, que se dividieron en 13 subfamilias mediante análisis filogenético. Los 84 genes PbbZIP estaban todos ubicados en el núcleo, y 77 de esos genes estaban distribuidos de manera desigual en los 17 cromosomas de la pera blanca. Los otros 7 genes PbbZIP se localizaron en el andamio. El análisis posterior del perfil de expresión mostró que los genes PbbZIP en el exocarpio estaban significativamente regulados al alza o a la baja en la pera 'Huangguan' con mancha marrón (BS) en comparación con la pera sana y en respuesta al tratamiento hormonal con giberelina A3 (GA3). Estos resultados proporcionan información útil sobre las características de los genes PbbZIP y sus respuestas a BS en la pera 'Huangguan'.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحديد عوامل نسخ bZIP واستجاباتها للبقعة البنية في الكمثرى
Translated title (French)
Identification des facteurs de transcription bZIP et de leurs réponses à la tache brune dans la poire
Translated title (Spanish)
Identificación de los factores de transcripción de bZIP y sus respuestas a la mancha marrón en Pear

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4394201370
DOI
10.6084/m9.figshare.20018162

Is supplement to
https://openalex.org/W4391375266 (Other)
https://openalex.org/W4292091388 (Other)
https://openalex.org/W2941417718 (Other)
https://openalex.org/W2389767552 (Other)
https://openalex.org/W2385876339 (Other)
https://openalex.org/W2377508083 (Other)
https://openalex.org/W2376985653 (Other)
https://openalex.org/W2368207219 (Other)
https://openalex.org/W2354521947 (Other)
https://openalex.org/W2351035948 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China