Published May 31, 2013 | Version v1
Publication Open

HIM-herbal ingredients in-vivo metabolism database

Creators

  • 1. Tongji University
  • 2. Shanghai Institute of Materia Medica
  • 3. Chinese Academy of Sciences
  • 4. Shanghai Center For Bioinformation Technology

Description

Herbal medicine has long been viewed as a valuable asset for potential new drug discovery and herbal ingredients' metabolites, especially the in vivo metabolites were often found to gain better pharmacological, pharmacokinetic and even better safety profiles compared to their parent compounds. However, these herbal metabolite information is still scattered and waiting to be collected.HIM database manually collected so far the most comprehensive available in-vivo metabolism information for herbal active ingredients, as well as their corresponding bioactivity, organs and/or tissues distribution, toxicity, ADME and the clinical research profile. Currently HIM contains 361 ingredients and 1104 corresponding in-vivo metabolites from 673 reputable herbs. Tools of structural similarity, substructure search and Lipinski's Rule of Five are also provided. Various links were made to PubChem, PubMed, TCM-ID (Traditional Chinese Medicine Information database) and HIT (Herbal ingredients' targets databases).A curated database HIM is set up for the in vivo metabolites information of the active ingredients for Chinese herbs, together with their corresponding bioactivity, toxicity and ADME profile. HIM is freely accessible to academic researchers at http://www.bioinformatics.org.cn/.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يُنظر إلى الأدوية العشبية منذ فترة طويلة على أنها أصل قيم لاكتشاف الأدوية الجديدة المحتملة ومستقلبات المكونات العشبية، خاصةً المستقلبات الموجودة في الجسم الحي والتي وُجد أنها تكتسب ملامح أمان أفضل للأدوية والحرائك الدوائية وحتى أفضل مقارنة بمركباتها الأصلية. ومع ذلك، لا تزال معلومات الأيض العشبية هذه متناثرة وتنتظر جمعها. تم جمع قاعدة بيانات HIM يدويًا حتى الآن معلومات الأيض الأكثر شمولية المتاحة في الجسم الحي للمكونات النشطة العشبية، بالإضافة إلى نشاطها الحيوي المقابل، وتوزيع الأعضاء و/أو الأنسجة، والسمية، و ADME وملف البحث السريري. يحتوي HIS حاليًا على 361 مكونًا و 1104 مستقلبات مقابلة في الجسم الحي من 673 عشبًا ذا سمعة طيبة. كما يتم توفير أدوات التشابه الهيكلي والبحث عن البنية التحتية وقاعدة ليبينسكي الخمسة. تم إنشاء روابط مختلفة إلى PubChem و PubMed و TCM - ID (قاعدة بيانات معلومات الطب الصيني التقليدي) و HIT (قواعد البيانات المستهدفة للمكونات العشبية). تم إعداد قاعدة بيانات منظمة لمعلومات المستقلبات في الجسم الحي للمكونات النشطة للأعشاب الصينية، جنبًا إلى جنب مع نشاطها الحيوي المقابل والسمية وملف تعريف ADME. يمكن للباحثين الأكاديميين الوصول إليه مجانًا على http://www.bioinformatics.org.cn/.

Translated Description (English)

Herbal medicine has long been viewed as a valuable asset for potential new drug discovery and herbal ingredients' metabolites, especially the in vivo metabolites were often found to gain better pharmacological, pharmacokinetic and even better safety profiles compared to their parent compounds. However, this herbal metabolite information is still scattered and waiting to be collected.HIM database manually collected so far the most comprehensive available in-vivo metabolism information for herbal active ingredients, as well as their corresponding bioactivity, organs and/or tissues distribution, toxicity, ADME and the clinical research profile. Currently his contains 361 ingredients and 1104 corresponding in-vivo metabolites from 673 reputable herbs. Tools of structural similarity, substructure search and Lipinski's Rule of Five are also provided. Various links were made to PubChem, PubMed, TCM-ID (Traditional Chinese Medicine Information database) and hit (Herbal ingredients' target databases) .A curated database his is set up for the in vivo metabolites information of the active ingredients for Chinese herbs, together with their corresponding bioactivity, toxicity and ADME profile. His is freely accessible to academic researchers at http://www.bioinformatics.org.cn/.

Translated Description (French)

La phytothérapie a longtemps été considérée comme un atout précieux pour la découverte potentielle de nouveaux médicaments et les métabolites des ingrédients à base de plantes, en particulier les métabolites in vivo, ont souvent été trouvés pour obtenir de meilleurs profils pharmacologiques, pharmacocinétiques et même de meilleurs profils de sécurité par rapport à leurs composés parents. Cependant, ces informations sur les métabolites à base de plantes sont toujours dispersées et en attente d'être collectées. La base de données HIM a collecté manuellement jusqu'à présent les informations les plus complètes disponibles sur le métabolisme in vivo pour les ingrédients actifs à base de plantes, ainsi que leur bioactivité, la distribution des organes et/ou des tissus, la toxicité, l'ADME et le profil de recherche clinique correspondants. Actuellement, il contient 361 ingrédients et 1104 métabolites in vivo correspondants provenant de 673 herbes réputées. Des outils de similarité structurelle, de recherche de sous-structure et de la règle des cinq de Lipinski sont également fournis. Différents liens ont été établis vers PubChem, PubMed, TCM-ID (base de données d'information sur la médecine traditionnelle chinoise) et hit (bases de données cibles des ingrédients à base de plantes). Une base de données organisée his est mise en place pour les informations sur les métabolites in vivo des ingrédients actifs pour les herbes chinoises, ainsi que leur bioactivité, leur toxicité et leur profil ADME correspondants. His est librement accessible aux chercheurs universitaires sur http://www.bioinformatics.org.cn/.

Translated Description (Spanish)

La medicina herbaria ha sido vista durante mucho tiempo como un activo valioso para el posible descubrimiento de nuevos fármacos y metabolitos de ingredientes herbarios, especialmente los metabolitos in vivo que a menudo obtuvieron mejores perfiles farmacológicos, farmacocinéticos e incluso de seguridad en comparación con sus compuestos originales. Sin embargo, esta información de metabolitos herbales todavía está dispersa y a la espera de ser recopilada. La base de datos Him recopiló manualmente hasta ahora la información metabólica in vivo más completa disponible para los ingredientes activos herbales, así como su correspondiente bioactividad, distribución de órganos y/o tejidos, toxicidad, ADME y el perfil de investigación clínica. Actualmente contiene 361 ingredientes y 1104 metabolitos in vivo correspondientes de 673 hierbas de buena reputación. También se proporcionan herramientas de similitud estructural, búsqueda de subestructura y la Regla de los Cinco de Lipinski. Se establecieron varios enlaces a PubChem, PubMed, TCM-ID (base de datos de información de medicina tradicional china) y hit (bases de datos objetivo de ingredientes herbales). Una base de datos seleccionada His está configurada para la información de metabolitos in vivo de los ingredientes activos de las hierbas chinas, junto con su correspondiente bioactividad, toxicidad y perfil ADME. El suyo es de libre acceso para los investigadores académicos en http://www.bioinformatics.org.cn/.

Files

1758-2946-5-28.pdf

Files (1.8 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5797b26a3b68c1c9322c97235d9744f8
1.8 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
قاعدة بيانات التمثيل الغذائي للمكونات العشبية HIM في الجسم الحي
Translated title (English)
HIM-herbal ingredients in-vivo metabolism database
Translated title (French)
Base de données sur le métabolisme in vivo des ingrédients à base de plantes HIM
Translated title (Spanish)
Base de datos de metabolismo in vivo de ingredientes herbales HIM

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2112872200
DOI
10.1186/1758-2946-5-28

Is supplement to
https://openalex.org/W4293208996 (Other)
https://openalex.org/W3005178103 (Other)
https://openalex.org/W2766029620 (Other)
https://openalex.org/W2547231910 (Other)
https://openalex.org/W2235675062 (Other)
https://openalex.org/W2232104080 (Other)
https://openalex.org/W2177317049 (Other)
https://openalex.org/W2169546341 (Other)
https://openalex.org/W2104366126 (Other)
https://openalex.org/W2008505552 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1606705306
  • https://openalex.org/W1975677287
  • https://openalex.org/W1980710928
  • https://openalex.org/W1990058257
  • https://openalex.org/W1994293341
  • https://openalex.org/W2013278123
  • https://openalex.org/W2022822025
  • https://openalex.org/W2028064281
  • https://openalex.org/W2037664748
  • https://openalex.org/W2037686654
  • https://openalex.org/W2038681355
  • https://openalex.org/W2050113624
  • https://openalex.org/W2060435731
  • https://openalex.org/W2076487610
  • https://openalex.org/W2114922826
  • https://openalex.org/W2127263924
  • https://openalex.org/W2148797284
  • https://openalex.org/W2156077095
  • https://openalex.org/W2156751437
  • https://openalex.org/W2163302303
  • https://openalex.org/W2170146596
  • https://openalex.org/W2184900650
  • https://openalex.org/W36352745