Published August 11, 2011 | Version v1
Publication Open

Determination of circulating Mycobacterium tuberculosis strains and transmission patterns among pulmonary TB patients in Kawempe municipality, Uganda, using MIRU-VNTR

Creators

  • 1. Makerere University
  • 2. University of Georgia
  • 3. Boston Medical Center
  • 4. Boston University

Description

Mycobacterial interspersed repetitive units - variable number of tandem repeats (MIRU-VNTR) genotyping is a powerful tool for unraveling clonally complex Mycobacterium tuberculosis (MTB) strains and detection of transmission patterns. Using MIRU-VNTR, MTB genotypes and their transmission patterns among patients with new and active pulmonary tuberculosis (PTB) in Kawempe municipality in Kampala, Uganda was determined.MIRU-VNTR genotyping was performed by PCR-amplification of 15 MTB-MIRU loci from 113 cultured specimens from 113 PTB patients (one culture sample per patient). To determine lineages, the genotypes were entered into the MIRU-VNTRplus database [http://www.miru-vntrplus.org/] as numerical codes corresponding to the number of alleles at each locus. Ten different lineages were obtained: Uganda II (40% of specimens), Uganda I (14%), LAM (6%), Delhi/CAS (3%), Haarlem (3%), Beijing (3%), Cameroon (3%), EAI (2%), TUR (2%) and S (1%). Uganda I and Uganda II were the most predominant genotypes. Genotypes for 29 isolates (26%) did not match any strain in the database and were considered unique. There was high diversity of MIRU-VNTR genotypes, with a total of 94 distinct patterns. Thirty four isolates grouped into 15 distinct clusters each with two to four isolates. Eight households had similar MTB strains for both index and contact cases, indicating possible transmission.MIRU-VNTR genotyping revealed high MTB strain diversity with low clustering in Kawempe municipality. The technique has a high discriminatory power for genotyping MTB strains in Uganda.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

وحدات متكررة تتخللها المتفطرة - يعد التنميط الجيني لعدد متغير من التكرارات الترادفية (MIRU - VNTR) أداة قوية لكشف سلالات المتفطرة السلية المعقدة (MTB) والكشف عن أنماط الانتقال. باستخدام الأنماط الجينية MIRU - VNTR و MTB وأنماط انتقالها بين المرضى الذين يعانون من السل الرئوي الجديد والنشط (PTB) في بلدية كاويمبي في كمبالا، تم تحديد أوغندا. تم إجراء التنميط الجيني MIRU - VNTR عن طريق تضخيم PCR لـ 15 MTB - MIRU من 113 عينة مزروعة من 113 مريضًا من PTB (عينة مزرعة واحدة لكل مريض). لتحديد الأنساب، تم إدخال الأنماط الجينية في قاعدة بيانات MIRU - VNTRplus [http://www.miru-vntrplus.org/] كرموز عددية تتوافق مع عدد الأليلات في كل موضع. تم الحصول على عشر سلالات مختلفة: أوغندا الثانية (40 ٪ من العينات)، أوغندا الأولى (14 ٪)، لام (6 ٪)، دلهي/كاس (3 ٪)، هارلم (3 ٪)، بكين (3 ٪)، الكاميرون (3 ٪)، إيي (2 ٪)، تور (2 ٪) و س (1 ٪). كانت أوغندا الأولى وأوغندا الثانية أكثر الأنماط الوراثية السائدة. لم تتطابق الأنماط الجينية لـ 29 عزلًا (26 ٪) مع أي سلالة في قاعدة البيانات واعتبرت فريدة من نوعها. كان هناك تنوع كبير في الأنماط الجينية MIRU - VNTR، مع ما مجموعه 94 نمطًا متميزًا. أربعة وثلاثون عزلًا مجمعة في 15 مجموعة متميزة لكل منها اثنين إلى أربعة عزلات. كان لدى ثماني أسر سلالات متشابهة من MTB لكل من حالات الفهرس والاتصال، مما يشير إلى احتمال انتقال العدوى. كشف التنميط الجيني لـ MIRU - VNTR عن تنوع كبير في سلالات MTB مع تجمعات منخفضة في بلدية كاويمبي. تتمتع هذه التقنية بقوة تمييزية عالية في التنميط الجيني لسلالات MTB في أوغندا.

Translated Description (French)

Unités répétitives intercalées mycobactériennes - le génotypage à nombre variable de répétitions en tandem (MIRU-VNTR) est un outil puissant pour démêler les souches de Mycobacterium tuberculosis (MTB) clonalement complexes et détecter les schémas de transmission. À l'aide de MIRU-VNTR, les génotypes de MTB et leurs modes de transmission chez les patients atteints de tuberculose pulmonaire (PTB) nouvelle et active dans la municipalité de Kawempe à Kampala, en Ouganda, ont été déterminés. Le génotypage de MIRU-VNTR a été effectué par amplification PCR de 15 loci MTB-MIRU à partir de 113 échantillons cultivés provenant de 113 patients PTB (un échantillon de culture par patient). Pour déterminer les lignées, les génotypes ont été saisis dans la base de données MIRU-VNTRplus [http://www.miru-vntrplus.org/] sous forme de codes numériques correspondant au nombre d'allèles à chaque locus. Dix lignées différentes ont été obtenues : Ouganda II (40% des spécimens), Ouganda I (14%), LAM (6%), Delhi/cas (3%), Haarlem (3%), Pékin (3%), Cameroun (3%), EAI (2%), TUR (2%) et S (1%). L'Ouganda I et l'Ouganda II étaient les génotypes les plus prédominants. Les génotypes de 29 isolats (26 %) ne correspondaient à aucune souche de la base de données et étaient considérés comme uniques. Il y avait une grande diversité de génotypes MIRU-VNTR, avec un total de 94 modèles distincts. Trente-quatre isolats regroupés en 15 grappes distinctes de deux à quatre isolats chacune. Huit ménages avaient des souches de MTB similaires pour les cas index et de contact, ce qui indique une transmission possible. Le génotypage MIRU-VNTR a révélé une grande diversité de souches de MTB avec un faible regroupement dans la municipalité de Kawempe. La technique a un pouvoir discriminatoire élevé pour le génotypage des souches de VTT en Ouganda.

Translated Description (Spanish)

El genotipado de unidades repetitivas intercaladas de micobacterias - número variable de repeticiones en tándem (MIRU-VNTR) es una poderosa herramienta para desentrañar cepas de Mycobacterium tuberculosis (MTB) clonalmente complejas y detectar patrones de transmisión. Utilizando MIRU-VNTR, se determinaron los genotipos de MTB y sus patrones de transmisión entre pacientes con tuberculosis pulmonar (PTB) nueva y activa en el municipio de Kawempe en Kampala, Uganda. El genotipado de MIRU-VNTR se realizó mediante amplificación por PCR de 15 loci MTB-MIRU de 113 muestras cultivadas de 113 pacientes con PTB (una muestra de cultivo por paciente). Para determinar los linajes, los genotipos se ingresaron en la base de datos MIRU-VNTRplus [http://www.miru-vntrplus.org/] como códigos numéricos correspondientes al número de alelos en cada locus. Se obtuvieron diez linajes diferentes: Uganda II (40% de los especímenes), Uganda I (14%), LAM (6%), Delhi/CAS (3%), Haarlem (3%), Beijing (3%), Camerún (3%), EAI (2%), Tur (2%) y S (1%). Uganda I y Uganda II fueron los genotipos más predominantes. Los genotipos para 29 aislados (26%) no coincidieron con ninguna cepa en la base de datos y se consideraron únicos. Hubo una gran diversidad de genotipos MIRU-VNTR, con un total de 94 patrones distintos. Treinta y cuatro aislados agrupados en 15 grupos distintos, cada uno con dos a cuatro aislados. Ocho hogares tenían cepas de MTB similares tanto para el índice como para los casos de contacto, lo que indica una posible transmisión. El genotipado MIRU-VNTR reveló una alta diversidad de cepas de MTB con baja agrupación en el municipio de Kawempe. La técnica tiene un alto poder discriminatorio para genotipar cepas de MTB en Uganda.

Files

1756-0500-4-280.pdf

Files (939.2 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:427e87173c9c1a0954f331b1234b54b8
939.2 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحديد سلالات السل المتفطرة وأنماط انتقالها بين مرضى السل الرئوي في بلدية كاويمبي، أوغندا، باستخدام MIRU - VNTR
Translated title (French)
Détermination des souches circulantes de Mycobacterium tuberculosis et des modes de transmission chez les patients atteints de tuberculose pulmonaire dans la municipalité de Kawempe, en Ouganda, à l'aide de MIRU-VNTR
Translated title (Spanish)
Determinación de cepas circulantes de Mycobacterium tuberculosis y patrones de transmisión entre pacientes con tuberculosis pulmonar en el municipio de Kawempe, Uganda, utilizando MIRU-VNTR

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2127325504
DOI
10.1186/1756-0500-4-280

Is supplement to
https://openalex.org/W4308058527 (Other)
https://openalex.org/W2972094210 (Other)
https://openalex.org/W2110949356 (Other)
https://openalex.org/W4210506554 (Other)
https://openalex.org/W2042252940 (Other)
https://openalex.org/W1538374398 (Other)
https://openalex.org/W1986832896 (Other)
https://openalex.org/W2050407936 (Other)
https://openalex.org/W2411061500 (Other)
https://openalex.org/W3160640465 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Uganda

References

  • https://openalex.org/W1968691007
  • https://openalex.org/W1977186246
  • https://openalex.org/W1989415838
  • https://openalex.org/W2027771457
  • https://openalex.org/W2043213118
  • https://openalex.org/W2098618245
  • https://openalex.org/W2099676047
  • https://openalex.org/W2099998016
  • https://openalex.org/W2101189906
  • https://openalex.org/W2124419586
  • https://openalex.org/W2139994589
  • https://openalex.org/W2147141708
  • https://openalex.org/W2153927725
  • https://openalex.org/W2157093580
  • https://openalex.org/W2165822919
  • https://openalex.org/W2283320463