Published October 12, 2022 | Version v1
Publication Metadata-only

Prevalence and associated risk factors of avian influenza A virus subtypes H5N1 and H9N2 in LBMs of East Java province, Indonesia: a cross-sectional study

Creators

  • 1. Airlangga University
  • 2. University of Veterinary and Animal Sciences
  • 3. Chinese University of Hong Kong

Description

Background Avian influenza A virus subtypes H5N1 and H9N2 are contagious zoonotic diseases that are circulating in Indonesia and have raised increasing concern about their potential impacts on poultry and public health. A cross-sectional study was carried out to investigate the prevalence and associated risk factors of avian influenza A virus subtypes H5N1 and H9N2 among poultry in the live bird markets of four cities in East Java province, Indonesia. Methods A total of 600 tracheal and cloacal swabs (267 from backyards, 179 from broilers, and 154 from layers) from healthy birds were collected. The samples were inoculated into specific pathogenic-free embryonated eggs at 9-day-old via the allantoic cavity. qRT-PCR was used for further identification of avian influenza. Results The overall prevalence of circulating influenza A virus subtypes H5N1 and H9N2 was 3.8% (23/600, 95%CI [0.0229–0.0537]). Prevalence was higher in backyards at 5.99% (16/267) followed by broilers (2.23% (4/179)) and layers (1.68% (3/154)). The final multivariable model revealed five risk factors for H9N2 infections: presence of ducks ( p = 0.003, OR = 38.2), turkeys ( p = 0.017 OR = 0.032), and pheasants in the stall ( p = 0.04, OR = 18.422), dry ( p = 0.006) and rainy season ( p < 0.001), and household birds ( p = 0.002) and seven factors for H5N1 infections including: observing rodents ( p = 0.036, OR = 0.005), stray dogs access ( p = 0.004 OR ≤ 0.001), presence of turkeys ( p = 0.03 OR = 0.007), chukars/partridges ( p = 0.024 OR = 2500), and peafowls in the stalls ( p = 0.0043 OR ≤ 0.001), rainy season ( p = 0.001) and birds from the household sources ( p = 0.002) in the live bird markets. Conclusions The findings of the current study illustrate the recurring infection and presence of both avian influenza viruses and associated risk factors in the surveyed marketplaces. Effective protective measures and mitigation strategies for risks outlined in this study could help to reduce the burden of H5N1 and H9N2 AI subtypes into the live bird markets of Indonesia.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

خلفية الأنواع الفرعية لفيروس أنفلونزا الطيور أ H5N1 و H9N2 هي أمراض حيوانية المنشأ معدية تنتشر في إندونيسيا وأثارت قلقًا متزايدًا بشأن آثارها المحتملة على الدواجن والصحة العامة. أجريت دراسة مستعرضة للتحقيق في انتشار الأنواع الفرعية لفيروس أنفلونزا الطيور أ H5N1 و H9N2 وعوامل الخطر المرتبطة بها بين الدواجن في أسواق الطيور الحية في أربع مدن في مقاطعة جاوة الشرقية بإندونيسيا. الأساليب تم جمع ما مجموعه 600 مسحة من القصبة الهوائية والمذرق (267 من الفناء الخلفي، و 179 من الدجاج اللاحم، و 154 من الطبقات) من الطيور السليمة. تم تلقيح العينات في بويضات مضغية محددة خالية من مسببات الأمراض في عمر 9 أيام عبر التجويف السقائي. تم استخدام qRT - PCR لمزيد من التعرف على إنفلونزا الطيور. النتائج بلغ الانتشار العام للأنواع الفرعية من فيروس الأنفلونزا A H5N1 و H9N2 3.8 ٪ (23/600، 95 ٪CI [0.0229-0.0537]). كان الانتشار أعلى في الأفنية الخلفية بنسبة 5.99 ٪ (16/267) تليها الفروج (2.23 ٪ (4/179)) والطبقات (1.68 ٪ (3/154)). كشف النموذج النهائي متعدد المتغيرات عن خمسة عوامل خطر لعدوى H9N2: وجود البط ( p = 0.003، أو = 38.2)، والديك الرومي ( p = 0.017 أو = 0.032)، والدراج في المماطلة ( p = 0.04، أو = 18.422)، والجاف ( p = 0.006) وموسم الأمطار ( p < 0.001)، والطيور المنزلية ( p = 0.002) وسبعة عوامل لعدوى H5N1 بما في ذلك: مراقبة القوارض ( p = 0.036، أو = 0.005)، والوصول إلى الكلاب الضالة ( p = 0.004 أو ≤ 0.001)، ووجود الديك الرومي ( p = 0.03 أو = 0.007)، والقصاصات/الحجل ( p = 0.024 أو = 2500)، والطاوسة في الأكشاك ( p = 0.0043 أو ≤ 0.001)، وموسم الأمطار ( p = 0.001) والطيور من المصادر المنزلية ( p = 0.002) في أسواق الطيور الحية. الاستنتاجات توضح نتائج الدراسة الحالية العدوى المتكررة ووجود كل من فيروسات أنفلونزا الطيور وعوامل الخطر المرتبطة بها في الأسواق التي شملها الاستطلاع. يمكن أن تساعد تدابير الحماية الفعالة واستراتيجيات التخفيف من المخاطر الموضحة في هذه الدراسة في تقليل عبء الأنواع الفرعية من الذكاء الاصطناعي H5N1 و H9N2 في أسواق الطيور الحية في إندونيسيا.

Translated Description (French)

Contexte Les sous-types H5N1 et H9N2 du virus de la grippe aviaire A sont des zoonoses contagieuses qui circulent en Indonésie et suscitent des inquiétudes croissantes quant à leurs impacts potentiels sur la volaille et la santé publique. Une étude transversale a été réalisée pour étudier la prévalence et les facteurs de risque associés des sous-types H5N1 et H9N2 du virus de la grippe aviaire A chez les volailles dans les marchés d'oiseaux vivants de quatre villes de la province de Java Est, en Indonésie. Méthodes Un total de 600 écouvillons trachéaux et cloacaux (267 dans les cours arrière, 179 dans les poulets de chair et 154 dans les couches) provenant d'oiseaux en bonne santé ont été recueillis. Les échantillons ont été inoculés dans des œufs embryonnés spécifiques exempts de pathogènes à l'âge de 9 jours via la cavité allantoïdienne. La qRT-PCR a été utilisée pour une identification plus poussée de la grippe aviaire. Résultats La prévalence globale des sous-types H5N1 et H9N2 du virus de la grippe A en circulation était de 3,8 % (23/600, IC à 95 % [0,0229-0,0537]). La prévalence était plus élevée dans les arrière-cours à 5,99 % (16/267), suivie des poulets de chair (2,23 % (4/179)) et des pondeuses (1,68 % (3/154)). Le modèle multivariable final a révélé cinq facteurs de risque d'infections à H9N2 : la présence de canards ( p = 0,003, OR = 38,2), de dindes ( p = 0,017 OR = 0,032) et de faisans dans l'étable ( p = 0,04, OR = 18,422), la saison sèche ( p = 0,006) et la saison des pluies ( p < 0,001), et d'oiseaux domestiques ( p = 0,002) et sept facteurs d'infections à H5N1, notamment : l'observation de rongeurs ( p = 0,036, OR = 0,005), l'accès des chiens errants ( p = 0,004 OR ≤ 0,001), la présence de dindes ( p = 0,03 OR = 0,007), de chukars/perdrix ( p = 0,024 OR = 2500) et de peafowls dans les étables ( p = 0,0043 OR ≤ 0,001), la saison des pluies ( p = 0,001) et d'oiseaux provenant des sources domestiques ( p = 0,002) sur les marchés d'oiseaux vivants. Conclusions Les résultats de la présente étude illustrent l'infection récurrente et la présence de virus de la grippe aviaire et de facteurs de risque associés sur les marchés étudiés. Des mesures de protection efficaces et des stratégies d'atténuation des risques décrites dans cette étude pourraient aider à réduire le fardeau des sous-types d'IA H5N1 et H9N2 sur les marchés des oiseaux vivants en Indonésie.

Translated Description (Spanish)

Antecedentes Los subtipos H5N1 y H9N2 del virus de la influenza aviar A son enfermedades zoonóticas contagiosas que están circulando en Indonesia y han suscitado una creciente preocupación por sus posibles impactos en las aves de corral y la salud pública. Se llevó a cabo un estudio transversal para investigar la prevalencia y los factores de riesgo asociados de los subtipos H5N1 y H9N2 del virus de la influenza aviar A entre las aves de corral en los mercados de aves vivas de cuatro ciudades de la provincia de Java Oriental, Indonesia. Métodos Se recogieron un total de 600 hisopos traqueales y cloacales (267 de patios traseros, 179 de pollos de engorde y 154 de ponedoras) de aves sanas. Las muestras se inocularon en huevos embrionados libres de patógenos específicos a los 9 días de edad a través de la cavidad alantoidea. qRT-PCR se utilizó para la identificación adicional de la influenza aviar. Resultados La prevalencia global de los subtipos H5N1 y H9N2 del virus de la gripe A circulante fue del 3,8% (23/600, IC del 95% [0,0229-0,0537]). La prevalencia fue mayor en los patios traseros, con un 5,99% (16/267), seguidos de los pollos de engorde (2,23% (4/179)) y las ponedoras (1,68% (3/154)). El modelo multivariable final reveló cinco factores de riesgo para infecciones por H9N2: presencia de patos ( p = 0.003, OR = 38.2), pavos ( p = 0.017 OR = 0.032) y faisanes en el establo ( p = 0.04, OR = 18.422), seco ( p = 0.006) y temporada de lluvias ( p < 0.001), y aves domésticas ( p = 0.002) y siete factores para infecciones por H5N1 que incluyen: roedores observadores ( p = 0.036, OR = 0.005), acceso de perros callejeros ( p = 0.004 OR ≤ 0.001), presencia de pavos ( p = 0.03 OR = 0.007), chukars/perdices ( p = 0.024 OR = 2500) y pavos reales en los establos ( p = 0.0043 OR ≤ 0.001), temporada de lluvias ( p = 0.001) y aves de fuentes domésticas ( p = 0.002) en los mercados de aves vivas. Conclusiones Los hallazgos del presente estudio ilustran la infección recurrente y la presencia tanto de virus de la gripe aviar como de factores de riesgo asociados en los mercados encuestados. Las medidas de protección y estrategias de mitigación efectivas para los riesgos descritos en este estudio podrían ayudar a reducir la carga de los subtipos de IA H5N1 y H9N2 en los mercados de aves vivas de Indonesia.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
انتشار وعوامل الخطر المرتبطة بالأنواع الفرعية لفيروس أنفلونزا الطيور A H5N1 و H9N2 في LBMs في مقاطعة جاوة الشرقية، إندونيسيا: دراسة مستعرضة
Translated title (French)
Prévalence et facteurs de risque associés des sous-types H5N1 et H9N2 du virus de la grippe aviaire A dans les LBM de la province de Java Est, en Indonésie : une étude transversale
Translated title (Spanish)
Prevalencia y factores de riesgo asociados de los subtipos H5N1 y H9N2 del virus de la influenza aviar A en LBM de la provincia de Java Oriental, Indonesia: un estudio transversal

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4304788989
DOI
10.7717/peerj.14095

Is supplement to
https://openalex.org/W2773837281 (Other)
https://openalex.org/W2352678222 (Other)
https://openalex.org/W2350899495 (Other)
https://openalex.org/W2347644781 (Other)
https://openalex.org/W2285562173 (Other)
https://openalex.org/W2137238093 (Other)
https://openalex.org/W2055149792 (Other)
https://openalex.org/W1995527227 (Other)
https://openalex.org/W1553543121 (Other)
https://openalex.org/W1504424866 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W1510128447
  • https://openalex.org/W1608152841
  • https://openalex.org/W1831786936
  • https://openalex.org/W1936744805
  • https://openalex.org/W1952936741
  • https://openalex.org/W1964505113
  • https://openalex.org/W1966361839
  • https://openalex.org/W1971764780
  • https://openalex.org/W1976661984
  • https://openalex.org/W1980633123
  • https://openalex.org/W1983943930
  • https://openalex.org/W2004139298
  • https://openalex.org/W2011983340
  • https://openalex.org/W2012365408
  • https://openalex.org/W2014563734
  • https://openalex.org/W2022633441
  • https://openalex.org/W2024189136
  • https://openalex.org/W2050699782
  • https://openalex.org/W2061787129
  • https://openalex.org/W2087480717
  • https://openalex.org/W2095814147
  • https://openalex.org/W2100506962
  • https://openalex.org/W2104735476
  • https://openalex.org/W2106173155
  • https://openalex.org/W2111322194
  • https://openalex.org/W2112982331
  • https://openalex.org/W2114458001
  • https://openalex.org/W2118837720
  • https://openalex.org/W2120832169
  • https://openalex.org/W2126688991
  • https://openalex.org/W2130597972
  • https://openalex.org/W2131146007
  • https://openalex.org/W2132641937
  • https://openalex.org/W2135851703
  • https://openalex.org/W2148691397
  • https://openalex.org/W2153449197
  • https://openalex.org/W2154169062
  • https://openalex.org/W2159401492
  • https://openalex.org/W2165339992
  • https://openalex.org/W2165945861
  • https://openalex.org/W2168020376
  • https://openalex.org/W2178281147
  • https://openalex.org/W2196332937
  • https://openalex.org/W2238040642
  • https://openalex.org/W2306596008
  • https://openalex.org/W2329802989
  • https://openalex.org/W2461648798
  • https://openalex.org/W2507723168
  • https://openalex.org/W2549976854
  • https://openalex.org/W2554655201
  • https://openalex.org/W2580767461
  • https://openalex.org/W2590170525
  • https://openalex.org/W2602037051
  • https://openalex.org/W2606205956
  • https://openalex.org/W2614235411
  • https://openalex.org/W2750825815
  • https://openalex.org/W2795651375
  • https://openalex.org/W2890347782
  • https://openalex.org/W2899560853
  • https://openalex.org/W2945613431
  • https://openalex.org/W3039727867
  • https://openalex.org/W3123545874
  • https://openalex.org/W3155743755
  • https://openalex.org/W3167866924
  • https://openalex.org/W3188277317
  • https://openalex.org/W3198045129
  • https://openalex.org/W4200323874
  • https://openalex.org/W4234549721
  • https://openalex.org/W4280643723
  • https://openalex.org/W4283751187