Published March 27, 2024
| Version v1
Publication
Open
SARS-CoV-2 outbreak: role of viral proteins and genomic diversity in virus infection and COVID-19 progression
Creators
- 1. Al Azhar University
- 2. Assiut University
- 3. Fayoum University
- 4. South Valley University
Description
The severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) infection is the cause of coronavirus disease 2019 (COVID-19); a severe respiratory distress that has emerged from the city of Wuhan, Hubei province, China during December 2019. COVID-19 is currently the major global health problem and the disease has now spread to most countries in the world. COVID-19 has profoundly impacted human health and activities worldwide. Genetic mutation is one of the essential characteristics of viruses. They do so to adapt to their host or to move to another one. Viral genetic mutations have a high potentiality to impact human health as these mutations grant viruses unique unpredicted characteristics. The difficulty in predicting viral genetic mutations is a significant obstacle in the field. Evidence indicates that SARS-CoV-2 has a variety of genetic mutations and genomic diversity with obvious clinical consequences and implications. In this review, we comprehensively summarized and discussed the currently available knowledge regarding SARS-CoV-2 outbreaks with a fundamental focus on the role of the viral proteins and their mutations in viral infection and COVID-19 progression. We also summarized the clinical implications of SARS-CoV-2 variants and how they affect the disease severity and hinder vaccine development. Finally, we provided a massive phylogenetic analysis of the spike gene of 214 SARS-CoV-2 isolates from different geographical regions all over the world and their associated clinical implications.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
عدوى فيروس كورونا 2 (SARS - CoV -2) المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة هي سبب مرض فيروس كورونا 2019 (COVID -19) ؛ ضائقة تنفسية حادة ظهرت من مدينة ووهان بمقاطعة هوبي في الصين خلال ديسمبر 2019. يعد كوفيد-19 حاليًا المشكلة الصحية العالمية الرئيسية وانتشر المرض الآن إلى معظم بلدان العالم. أثر كوفيد-19 تأثيرًا عميقًا على صحة الإنسان وأنشطته في جميع أنحاء العالم. الطفرة الوراثية هي واحدة من الخصائص الأساسية للفيروسات. يفعلون ذلك للتكيف مع مضيفهم أو للانتقال إلى مضيف آخر. تتمتع الطفرات الجينية الفيروسية بإمكانية عالية للتأثير على صحة الإنسان حيث تمنح هذه الطفرات للفيروسات خصائص فريدة غير متوقعة. تعد صعوبة التنبؤ بالطفرات الوراثية الفيروسية عقبة كبيرة في هذا المجال. تشير الدلائل إلى أن فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة لديه مجموعة متنوعة من الطفرات الجينية والتنوع الجيني مع عواقب وآثار سريرية واضحة. في هذه المراجعة، قمنا بتلخيص ومناقشة المعرفة المتاحة حاليًا فيما يتعلق بتفشي فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة مع التركيز بشكل أساسي على دور البروتينات الفيروسية وطفراتها في العدوى الفيروسية وتطور كوفيد-19. كما لخصنا الآثار السريرية لمتغيرات فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة وكيف تؤثر على شدة المرض وتعيق تطوير اللقاح. أخيرًا، قدمنا تحليلًا ضخمًا لتطور السلالات لجين سبايك 214 SARS - CoV -2 المعزول من مناطق جغرافية مختلفة في جميع أنحاء العالم والآثار السريرية المرتبطة بها.Translated Description (French)
L'infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est la cause de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ; une détresse respiratoire sévère qui a émergé de la ville de Wuhan, dans la province du Hubei, en Chine, en décembre 2019. La COVID-19 est actuellement le principal problème de santé mondial et la maladie s'est maintenant propagée dans la plupart des pays du monde. La COVID-19 a eu un impact profond sur la santé humaine et les activités dans le monde entier. La mutation génétique est l'une des caractéristiques essentielles des virus. Ils le font pour s'adapter à leur hôte ou pour passer à un autre. Les mutations génétiques virales ont un fort potentiel d'impact sur la santé humaine, car ces mutations confèrent aux virus des caractéristiques uniques et imprévisibles. La difficulté à prédire les mutations génétiques virales est un obstacle important sur le terrain. Les preuves indiquent que le SRAS-CoV-2 présente une variété de mutations génétiques et une diversité génomique avec des conséquences et des implications cliniques évidentes. Dans cette revue, nous avons résumé et discuté de manière exhaustive des connaissances actuellement disponibles sur les épidémies de SRAS-CoV-2, en mettant l'accent sur le rôle des protéines virales et de leurs mutations dans l'infection virale et la progression de la COVID-19. Nous avons également résumé les implications cliniques des variants du SRAS-CoV-2 et comment ils affectent la gravité de la maladie et entravent le développement de vaccins. Enfin, nous avons fourni une analyse phylogénétique massive du gène spike de 214 isolats du SRAS-CoV-2 provenant de différentes régions géographiques du monde et de leurs implications cliniques associées.Translated Description (Spanish)
La infección por coronavirus-2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) es la causa de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19); una dificultad respiratoria grave que surgió de la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China durante diciembre de 2019. El COVID-19 es actualmente el principal problema de salud mundial y la enfermedad se ha extendido a la mayoría de los países del mundo. El COVID-19 ha afectado profundamente la salud humana y las actividades en todo el mundo. La mutación genética es una de las características esenciales de los virus. Lo hacen para adaptarse a su anfitrión o para mudarse a otro. Las mutaciones genéticas virales tienen un alto potencial para afectar la salud humana, ya que estas mutaciones otorgan a los virus características únicas e impredecibles. La dificultad para predecir mutaciones genéticas virales es un obstáculo significativo en el campo. La evidencia indica que el SARS-CoV-2 tiene una variedad de mutaciones genéticas y diversidad genómica con consecuencias e implicaciones clínicas obvias. En esta revisión, resumimos y discutimos exhaustivamente el conocimiento actualmente disponible sobre los brotes de SARS-CoV-2 con un enfoque fundamental en el papel de las proteínas virales y sus mutaciones en la infección viral y la progresión de COVID-19. También resumimos las implicaciones clínicas de las variantes del SARS-CoV-2 y cómo afectan a la gravedad de la enfermedad y dificultan el desarrollo de vacunas. Finalmente, proporcionamos un análisis filogenético masivo del gen Spike de 214 aislados de SARS-CoV-2 de diferentes regiones geográficas de todo el mundo y sus implicaciones clínicas asociadas.Files
s12985-024-02342-w.pdf
Files
(4.8 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:5f4f2604a63d79e1f0e84168f2290e20
|
4.8 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تفشي فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة (SARS - CoV -2): دور البروتينات الفيروسية والتنوع الجيني في الإصابة بالفيروس وتطور كوفيد-19
- Translated title (French)
- Épidémie de SRAS-CoV-2 : rôle des protéines virales et de la diversité génomique dans l'infection virale et la progression de la COVID-19
- Translated title (Spanish)
- Brote de SARS-CoV-2: papel de las proteínas virales y la diversidad genómica en la infección por virus y la progresión de COVID-19
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4393231847
- DOI
- 10.1186/s12985-024-02342-w
References
- https://openalex.org/W1544561280
- https://openalex.org/W1969740333
- https://openalex.org/W1974479059
- https://openalex.org/W1990059132
- https://openalex.org/W2020070069
- https://openalex.org/W2027659163
- https://openalex.org/W2041809399
- https://openalex.org/W2048461516
- https://openalex.org/W2058625821
- https://openalex.org/W2061191256
- https://openalex.org/W2061768441
- https://openalex.org/W2071761665
- https://openalex.org/W2081417636
- https://openalex.org/W2100433256
- https://openalex.org/W2103854602
- https://openalex.org/W2106072608
- https://openalex.org/W2110524431
- https://openalex.org/W2114646589
- https://openalex.org/W2126980050
- https://openalex.org/W2134061616
- https://openalex.org/W2136039989
- https://openalex.org/W2140388343
- https://openalex.org/W2146850348
- https://openalex.org/W2167384912
- https://openalex.org/W2169376557
- https://openalex.org/W2256544155
- https://openalex.org/W2306794997
- https://openalex.org/W2513547424
- https://openalex.org/W2587970647
- https://openalex.org/W2914796231
- https://openalex.org/W2943222525
- https://openalex.org/W2947642275
- https://openalex.org/W2947817007
- https://openalex.org/W2989769422
- https://openalex.org/W2997909102
- https://openalex.org/W3001118548
- https://openalex.org/W3001897055
- https://openalex.org/W3003217347
- https://openalex.org/W3003464757
- https://openalex.org/W3004280078
- https://openalex.org/W3004318991
- https://openalex.org/W3004348779
- https://openalex.org/W3006049090
- https://openalex.org/W3006355661
- https://openalex.org/W3006703916
- https://openalex.org/W3006839750
- https://openalex.org/W3006961006
- https://openalex.org/W3007626557
- https://openalex.org/W3007643904
- https://openalex.org/W3007866917
- https://openalex.org/W3007886991
- https://openalex.org/W3007940623
- https://openalex.org/W3008090185
- https://openalex.org/W3008827533
- https://openalex.org/W3009335299
- https://openalex.org/W3009770891
- https://openalex.org/W3009885589
- https://openalex.org/W3010020071
- https://openalex.org/W3011176674
- https://openalex.org/W3011416532
- https://openalex.org/W3011445852
- https://openalex.org/W3012042245
- https://openalex.org/W3012565918
- https://openalex.org/W3012860910
- https://openalex.org/W3013236187
- https://openalex.org/W3013385173
- https://openalex.org/W3013515371
- https://openalex.org/W3014450743
- https://openalex.org/W3014627815
- https://openalex.org/W3014653893
- https://openalex.org/W3014918660
- https://openalex.org/W3014941429
- https://openalex.org/W3015221761
- https://openalex.org/W3015444032
- https://openalex.org/W3015890581
- https://openalex.org/W3016489853
- https://openalex.org/W3016553966
- https://openalex.org/W3017010627
- https://openalex.org/W3017291089
- https://openalex.org/W3018955578
- https://openalex.org/W3020334311
- https://openalex.org/W3021431776
- https://openalex.org/W3021526350
- https://openalex.org/W3021684016
- https://openalex.org/W3022285953
- https://openalex.org/W3022687324
- https://openalex.org/W3022717747
- https://openalex.org/W3023330307
- https://openalex.org/W3023475091
- https://openalex.org/W3023494626
- https://openalex.org/W3023986730
- https://openalex.org/W3024541652
- https://openalex.org/W3026051701
- https://openalex.org/W3028609766
- https://openalex.org/W3032133680
- https://openalex.org/W3033281293
- https://openalex.org/W3033448095
- https://openalex.org/W3034131048
- https://openalex.org/W3034561954
- https://openalex.org/W3034927885
- https://openalex.org/W3035051352
- https://openalex.org/W3035235542
- https://openalex.org/W3036124869
- https://openalex.org/W3036669765
- https://openalex.org/W3038063455
- https://openalex.org/W3039901154
- https://openalex.org/W3040177538
- https://openalex.org/W3040852250
- https://openalex.org/W3042477732
- https://openalex.org/W3043124965
- https://openalex.org/W3043427328
- https://openalex.org/W3045441981
- https://openalex.org/W3045828390
- https://openalex.org/W3046218096
- https://openalex.org/W3047439400
- https://openalex.org/W3080604437
- https://openalex.org/W3080855264
- https://openalex.org/W3082572511
- https://openalex.org/W3083872269
- https://openalex.org/W3084113028
- https://openalex.org/W3085465666
- https://openalex.org/W3086108939
- https://openalex.org/W3087744389
- https://openalex.org/W3087777459
- https://openalex.org/W3088770298
- https://openalex.org/W3093228220
- https://openalex.org/W3093376055
- https://openalex.org/W3093768302
- https://openalex.org/W3094854996
- https://openalex.org/W3098082307
- https://openalex.org/W3103590655
- https://openalex.org/W3106737244
- https://openalex.org/W3106820204
- https://openalex.org/W3107384990
- https://openalex.org/W3108269660
- https://openalex.org/W3108760695
- https://openalex.org/W3110428746
- https://openalex.org/W3111006228
- https://openalex.org/W3111913977
- https://openalex.org/W3112362785
- https://openalex.org/W3113376253
- https://openalex.org/W3116015992
- https://openalex.org/W3116162797
- https://openalex.org/W3116811197
- https://openalex.org/W3121365103
- https://openalex.org/W3122876117
- https://openalex.org/W3125266951
- https://openalex.org/W3126221108
- https://openalex.org/W3126833000
- https://openalex.org/W3126996424
- https://openalex.org/W3127156551
- https://openalex.org/W3128384384
- https://openalex.org/W3129829341
- https://openalex.org/W3131688063
- https://openalex.org/W3133105869
- https://openalex.org/W3155554970
- https://openalex.org/W3164970783
- https://openalex.org/W3165479483
- https://openalex.org/W3183986618
- https://openalex.org/W3188375721
- https://openalex.org/W3190784961
- https://openalex.org/W3194302775
- https://openalex.org/W3200130214
- https://openalex.org/W3207259467
- https://openalex.org/W3211666634
- https://openalex.org/W3211827836
- https://openalex.org/W4210852626
- https://openalex.org/W4224225925
- https://openalex.org/W4248099457
- https://openalex.org/W4283207765
- https://openalex.org/W4286218372
- https://openalex.org/W4307508550
- https://openalex.org/W4311055441
- https://openalex.org/W4311832142
- https://openalex.org/W4312055764
- https://openalex.org/W4313890541
- https://openalex.org/W4317212025
- https://openalex.org/W4317254664
- https://openalex.org/W4318054862
- https://openalex.org/W4320490559
- https://openalex.org/W4322500500
- https://openalex.org/W4376849664
- https://openalex.org/W4388618768
- https://openalex.org/W4388657632