Molecular epidemiology of HTLV-1 in Argentina
Creators
- 1. Garrahan Hospital
- 2. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
- 3. Hospital Muñiz
Description
HTLV-1 is currently classified in 7 different subtypes (a-g) based on the nucleotide diversity of its LTR region. The Cosmopolitan subtype (a) has spread worldwide and is further divided into 5 sub-groups: Transcontinental (A), Japanese (B), West African (C), North African (D) and Peruvian (E). Different clusters has been described within the sub-group a including the Latin American cluster a and b and the South African cluster A. The aim of this study was to examine the molecular epidemiology of HTLV-1 in inhabitants of Argentina and explore its relationship with clinical features of the disease. HTLV-1 provirus DNA (LTR region of 672 bp) was amplified by nested PCR and sequenced from 23 isolates from residents of Argentina. Phylogenetic analysis showed that all sequences belonged to the Cosmopolitan subtype a, clustering in the Japanese B (n=1) and in the Transcontinental A (n=22). Among the latter, 1 clustered in the Latin American a (from Bolivia), 15 in the Latin American b from different geographic regions (9 Argentina, 2 Peru, 2 Paraguay, 1 Bolivia), 3 in the South African cluster A (1 Peru, 2 Buenos Aires), and 3 did not belong to any previously described clusters [2 Argentina, 1 Peru]. Among all the isolates, 4 belonged to symptomatic patients (3ATLL and 1 TSP). All ATLL cases belonged to the sub-type aA, clustering 2 within the Latin American b cluster and 1 with no specific cluster. The isolate from the TSP patient belonged to the South African cluster A. Her mother also belonged to this cluster but she was asymptomatic. In conclusion, most of the isolates belonged the Cosmopolitan subtype A and were from asymptomatic patients from the different regions. This is in accordance with previous reports that establish the major contribution of this sub-type to the circulation of the virus in South America. The only case of sub-type aB had no epidemiological link with Japanese descendants. Although, the phylogenetic classification of HTLV-1 has been associated with geographic localization of the infections, in this study we found a high frequency of isolates from Argentina and Peru (26%) not related to the Latin American cluster. This might reflect that the circulation of these viral types in South America is a recent phenomena.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
يتم تصنيف HTLV -1 حاليًا في 7 أنواع فرعية مختلفة (a - g) بناءً على تنوع النيوكليوتيدات في منطقة LTR الخاصة به. انتشر النوع الفرعي العالمي (أ) في جميع أنحاء العالم وينقسم أيضًا إلى 5 مجموعات فرعية: العابرة للقارات (أ) واليابانية (ب) وغرب إفريقيا (ج) وشمال إفريقيا (د) والبيروفية (هـ). تم وصف مجموعات مختلفة داخل المجموعة الفرعية أ بما في ذلك مجموعة أمريكا اللاتينية أ و ب ومجموعة جنوب إفريقيا أ. كان الهدف من هذه الدراسة هو فحص علم الأوبئة الجزيئي لـ HTLV -1 لدى سكان الأرجنتين واستكشاف علاقته بالسمات السريرية للمرض. تم تضخيم الحمض النووي لفيروس HTLV -1 (منطقة LTR تبلغ 672 نقطة أساس) بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل المتداخل وتسلسله من 23 عزلًا عن سكان الأرجنتين. أظهر التحليل الوراثي أن جميع التسلسلات تنتمي إلى النوع الفرعي العالمي أ، وتتجمع في المجموعة اليابانية ب (n=1) وفي المجموعة العابرة للقارات أ (n=22). من بين هذه الأخيرة، 1 مجمعة في أمريكا اللاتينية أ (من بوليفيا)، 15 في أمريكا اللاتينية ب من مناطق جغرافية مختلفة (9 الأرجنتين، 2 بيرو، 2 باراغواي، 1 بوليفيا)، 3 في مجموعة جنوب إفريقيا أ (1 بيرو، 2 بوينس آيرس)، و 3 لا تنتمي إلى أي مجموعات موصوفة سابقًا [2 الأرجنتين، 1 بيرو]. من بين جميع العزلات، 4 تنتمي إلى مرضى يعانون من أعراض (3ATLL و 1 ملعقة صغيرة). تنتمي جميع حالات ATLL إلى النوع الفرعي aA، حيث تتجمع 2 داخل مجموعة أمريكا اللاتينية b و 1 بدون مجموعة محددة. تنتمي العزلة عن مريضة TSP إلى المجموعة أ في جنوب إفريقيا. كما تنتمي والدتها إلى هذه المجموعة لكنها لم تظهر عليها أي أعراض. في الختام، تنتمي معظم العزلات إلى النوع الفرعي كوزموبوليتان أ وكانت من مرضى بدون أعراض من مناطق مختلفة. وذلك وفقًا للتقارير السابقة التي تثبت المساهمة الرئيسية لهذا النوع الفرعي في انتشار الفيروس في أمريكا الجنوبية. لم يكن للحالة الوحيدة من النوع الفرعي أ ب أي صلة وبائية بالأحفاد اليابانيين. على الرغم من أن التصنيف الوراثي للسلالة HTLV -1 قد ارتبط بالتوطين الجغرافي للعدوى، فقد وجدنا في هذه الدراسة تواترًا مرتفعًا للعزلات من الأرجنتين وبيرو (26 ٪) لا علاقة لها بمجموعة أمريكا اللاتينية. قد يعكس هذا أن تداول هذه الأنواع الفيروسية في أمريكا الجنوبية هو ظاهرة حديثة.Translated Description (French)
HTLV-1 est actuellement classé en 7 sous-types différents (a-g) en fonction de la diversité nucléotidique de sa région LTR. Le sous-type cosmopolite (a) s'est répandu dans le monde entier et est divisé en 5 sous-groupes : transcontinental (A), japonais (B), ouest-africain (C), nord-africain (D) et péruvien (E). Différents groupes ont été décrits au sein du sous-groupe a, y compris les groupes latino-américains a et b et le groupe sud-africain A. L'objectif de cette étude était d'examiner l'épidémiologie moléculaire du HTLV-1 chez les habitants de l'Argentine et d'explorer sa relation avec les caractéristiques cliniques de la maladie. L'ADN du provirus HTLV-1 (région LTR de 672 pb) a été amplifié par PCR imbriquée et séquencé à partir de 23 isolats provenant de résidents d'Argentine. L'analyse phylogénétique a montré que toutes les séquences appartenaient au sous-type cosmopolite a, se regroupant chez le B japonais (n=1) et chez le A transcontinental (n=22). Parmi ces derniers, 1 groupe dans le groupe latino-américain a (de Bolivie), 15 dans le groupe latino-américain b de différentes régions géographiques (9 Argentine, 2 Pérou, 2 Paraguay, 1 Bolivie), 3 dans le groupe sud-africain A (1 Pérou, 2 Buenos Aires) et 3 n'appartenaient à aucun des groupes décrits précédemment [2 Argentine, 1 Pérou]. Parmi tous les isolats, 4 appartenaient à des patients symptomatiques (3 ATLL et 1 C. À THÉ). Tous les cas ATLL appartenaient au sous-type aA, regroupant 2 cas au sein du groupe b latino-américain et 1 cas sans groupe spécifique. L'isolat de la patiente TSP appartenait au cluster sud-africain A. Sa mère appartenait également à ce cluster mais elle était asymptomatique. En conclusion, la plupart des isolats appartenaient au sous-type A de Cosmopolitan et provenaient de patients asymptomatiques des différentes régions. Ceci est conforme aux rapports précédents qui établissent la contribution majeure de ce sous-type à la circulation du virus en Amérique du Sud. Le seul cas de sous-type aB n'avait aucun lien épidémiologique avec les descendants japonais. Bien que la classification phylogénétique du HTLV-1 ait été associée à la localisation géographique des infections, dans cette étude, nous avons trouvé une fréquence élevée d'isolats d'Argentine et du Pérou (26 %) non liés au groupe latino-américain. Cela pourrait refléter le fait que la circulation de ces types viraux en Amérique du Sud est un phénomène récent.Translated Description (Spanish)
El HTLV-1 se clasifica actualmente en 7 subtipos diferentes (a-g) en función de la diversidad de nucleótidos de su región LTR. El subtipo cosmopolita (a) se ha extendido por todo el mundo y se divide en 5 subgrupos: transcontinental (A), japonés (B), africano occidental (C), norteafricano (D) y peruano (E). Se han descrito diferentes grupos dentro del subgrupo a, incluidos el grupo latinoamericano a y b y el grupo sudafricano A. El objetivo de este estudio fue examinar la epidemiología molecular del HTLV-1 en habitantes de Argentina y explorar su relación con las características clínicas de la enfermedad. El ADN del provirus HTLV-1 (región LTR de 672 pb) se amplificó mediante PCR anidada y se secuenció a partir de 23 aislados de residentes de Argentina. El análisis filogenético mostró que todas las secuencias pertenecían al subtipo Cosmopolitan a, agrupándose en el japonés B (n=1) y en el transcontinental A (n=22). Entre estos últimos, 1 agrupado en el grupo latinoamericano a (de Bolivia), 15 en el grupo latinoamericano b de diferentes regiones geográficas (9 Argentina, 2 Perú, 2 Paraguay, 1 Bolivia), 3 en el grupo sudafricano A (1 Perú, 2 Buenos Aires) y 3 no pertenecían a ningún grupo descrito anteriormente [2 Argentina, 1 Perú]. Entre todos los aislados, 4 pertenecían a pacientes sintomáticos (3ATLL y 1 TSP). Todos los casos de ATLL pertenecían al subtipo aA, agrupando 2 dentro del clúster b latinoamericano y 1 sin clúster específico. El aislado de la paciente con TSP pertenecía al grupo sudafricano A. Su madre también pertenecía a este grupo, pero estaba asintomática. En conclusión, la mayoría de los aislados pertenecían al subtipo A de Cosmopolitan y procedían de pacientes asintomáticos de las diferentes regiones. Esto está de acuerdo con informes anteriores que establecen la mayor contribución de este subtipo a la circulación del virus en América del Sur. El único caso de subtipo aB no tuvo relación epidemiológica con descendientes japoneses. Aunque, la clasificación filogenética del HTLV-1 se ha asociado con la localización geográfica de las infecciones, en este estudio encontramos una alta frecuencia de aislados de Argentina y Perú (26%) no relacionados con el clúster latinoamericano. Esto podría reflejar que la circulación de estos tipos virales en América del Sur es un fenómeno reciente.Files
1742-4690-12-S1-P85.pdf
Files
(245.7 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:cf88e1ef21a03b349e36f7482fb804c0
|
245.7 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- علم الأوبئة الجزيئي لـ HTLV -1 في الأرجنتين
- Translated title (French)
- Épidémiologie moléculaire du HTLV-1 en Argentine
- Translated title (Spanish)
- Epidemiología molecular del HTLV-1 en Argentina
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W1915978203
- DOI
- 10.1186/1742-4690-12-s1-p85