Published November 30, 2021
| Version v1
Publication
Open
Sequences analysis of chloroplast psbA-trnH region in Citrus L. (Rutaceae) species from the Aegean region of Turkey
- 1. Adnan Menderes University
- 2. University of Life Sciences in Lublin
Description
In this study, sequences analysis of some Citrus species distributed in Turkey's Aegean region was based on the cpDNA psbA-trnH region. The sequences for psbA-trnH regions of the outgroups were retrieved from NCBI GenBank. Genomic DNA was isolated from healthy and green leaves. Total genomic DNA was extracted using GeneMark DNA isolation Plant Kit. The psbA-trnH region was amplified using primers psbA and trnH. DNA sequences were edited using the Sequencher 5.4.6. Sequencing data were analyzed using MEGA 6.0 software. Maximum likelihood (ML) tree was created to determine the relationships between Citrus taxa. cpDNA psbA-trnH sequences ranged between 426 and 470 nucleotides. Maximum likelihood phylogenetic tree is composed of two clades. The divergence values differed between 0.000 and 0.012. According to the results of the study, the separation of Citrus species in phylogenetic tree obtained with psbA-trnH sequence data was realized. However, it has been found that cpDNA psbA-trnH sequence populations of species belong together. In addition, the phylogenetic relationship between the sequence data of some species belonging to the Rutaceae family taken from NCBI and Citrus species was revealed.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
في هذه الدراسة، استند تحليل تسلسل بعض أنواع الحمضيات الموزعة في منطقة بحر إيجه في تركيا إلى منطقة cpDNA psbA - trnH. تم استرداد تسلسل مناطق psbA - trnH للمجموعات الخارجية من NCBI GenBank. تم عزل الحمض النووي الجيني من الأوراق الصحية والخضراء. تم استخراج إجمالي الحمض النووي الجيني باستخدام مجموعة نبات عزل الحمض النووي GeneMark. تم تضخيم منطقة psbA - trnH باستخدام البرايمر psbA و trnH. تم تحرير تسلسل الحمض النووي باستخدام التسلسل 5.4.6. تم تحليل بيانات التسلسل باستخدام برنامج ميجا 6.0. تم إنشاء شجرة الاحتمال الأقصى (ML) لتحديد العلاقات بين أصناف الحمضيات. تراوحت تسلسلات cpDNA psbA - trnH بين 426 و 470 نيوكليوتيد. تتكون شجرة النشوء والتطور ذات الاحتمالية القصوى من صفين. اختلفت قيم التباعد بين 0.000 و 0.012. وفقًا لنتائج الدراسة، تم تحقيق فصل أنواع الحمضيات في شجرة النشوء والتطور التي تم الحصول عليها باستخدام بيانات تسلسل psbA - trnH. ومع ذلك، فقد وجد أن مجموعات تسلسل cpDNA psbA - trnH من الأنواع تنتمي معًا. بالإضافة إلى ذلك، تم الكشف عن العلاقة النشوء والتطور بين بيانات تسلسل بعض الأنواع التي تنتمي إلى عائلة الروتاسي المأخوذة من NCBI وأنواع الحمضيات.Translated Description (French)
Dans cette étude, l'analyse des séquences de certaines espèces d'agrumes distribuées dans la région égéenne de la Turquie était basée sur la région cpDNA psbA-trnH. Les séquences des régions psbA-trnH des outgroups ont été extraites de NCBI GenBank. L'ADN génomique a été isolé à partir de feuilles saines et vertes. L'ADN génomique total a été extrait à l'aide de GeneMark DNA isolation Plant Kit. La région psbA-trnH a été amplifiée à l'aide des amorces psbA et trnH. Les séquences d'ADN ont été éditées à l'aide du Sequencher 5.4.6. Les données de séquençage ont été analysées à l'aide du logiciel MEGA 6.0. Un arbre de probabilité maximale (ML) a été créé pour déterminer les relations entre les séquences de Citrus taxa. cpDNA psbA-trnH se situait entre 426 et 470 nucléotides. L'arbre phylogénétique à probabilité maximale est composé de deux clades. Les valeurs de divergence différaient entre 0,000 et 0,012. Selon les résultats de l'étude, la séparation des espèces d'agrumes dans l'arbre phylogénétique obtenue avec les données de séquence psbA-trnH a été réalisée. Cependant, il a été constaté que les populations d'espèces de la séquence psbA-trnH de l'ADNcp appartiennent ensemble. De plus, la relation phylogénétique entre les données de séquence de certaines espèces appartenant à la famille des Rutaceae prélevées sur les espèces NCBI et Citrus a été révélée.Translated Description (Spanish)
En este estudio, el análisis de secuencias de algunas especies de cítricos distribuidas en la región del Egeo de Turquía se basó en la región cpDNA psbA-trnH. Las secuencias para las regiones psbA-trnH de los grupos externos se recuperaron del NCBI GenBank. Se aisló ADN genómico de hojas sanas y verdes. El ADN genómico total se extrajo utilizando el kit de plantas de aislamiento de ADN GeneMark. La región psbA-trnH se amplificó utilizando los cebadores psbA y trnH. Las secuencias de ADN se editaron utilizando el secuenciador 5.4.6. Los datos de secuenciación se analizaron utilizando el software MEGA 6.0. El árbol de máxima probabilidad (ML) se creó para determinar las relaciones entre los taxones de Citrus. Las secuencias de cpDNA psbA-trnH oscilaron entre 426 y 470 nucleótidos. El árbol filogenético de máxima verosimilitud se compone de dos clados. Los valores de divergencia difirieron entre 0.000 y 0.012. De acuerdo con los resultados del estudio, se realizó la separación de especies de Citrus en árbol filogenético obtenida con datos de secuencia psbA-trnH. Sin embargo, se ha encontrado que las poblaciones de especies de la secuencia cpDNA psbA-trnH pertenecen juntas. Además, se reveló la relación filogenética entre los datos de secuencia de algunas especies pertenecientes a la familia Rutaceae tomadas de especies NCBI y Citrus.Files
665.pdf
Files
(529.0 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:af161e079df076cc0851f3abcdaf52da
|
529.0 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تحليل تسلسل منطقة البلاستيدات الخضراء psbA - trnH في أنواع الحمضيات L. (الروتاسية) من منطقة بحر إيجة في تركيا
- Translated title (French)
- Analyse des séquences de la région psbA-trnH des chloroplastes chez les espèces Citrus L. (Rutaceae) de la région égéenne de Turquie
- Translated title (Spanish)
- Análisis de secuencias de la región psbA-trnH del cloroplasto en especies de Citrus L. (Rutaceae) de la región del Egeo de Turquía
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3216944683
- DOI
- 10.36547/nbc.877