Published May 15, 2018 | Version v1
Publication Open

Host Interaction Analysis of PA-N155 and PA-N182 in Chicken Cells Reveals an Essential Role of UBA52 for Replication of H5N1 Avian Influenza Virus

Creators

  • 1. Chinese Academy of Agricultural Sciences
  • 2. Institute of Animal Sciences
  • 3. Yangzhou University
  • 4. University of California, Davis
  • 5. Foshan University

Description

PA-N155 and PA-N182 proteins were translated from the 11th and 13th start codon AUG of the RNA polymerase acidic protein (PA) mRNA of H5N1 influenza A virus (IAV), which plays an important role in viral replication. Little is known about the interactions between PA-N155 and PA-N182 and the host proteins. This study investigated the interaction landscape of PA-N155 and PA-N182 of H5N1 IAV in chicken cells while their interacting complexes were captured by immunoprecipitation and analyzed by mass spectrometry. A total of 491 (PA-N155) and 302 (PA-N182) interacting proteins were identified. Gene ontology and pathway enrichment analyses showed that proteins of the two interactomes were enriched in RNA processing, viral processing and protein transport, and proteins related to signaling pathways of proteasome, ribosome and aminoacy1-tRNA biosynthesis were significantly enriched, suggesting their potential roles in H5N1 IAV infection. Comparative analysis of the interactome of PA, PA-N155 and PA-N182 identified UBA52 as a conserved host factor that interacted with all three viral proteins. UBA52 is a fusion protein consisting of ubiquitin at the N terminus and ribosomal protein L40 at the C terminus. Knockdown of UBA52 significantly decreased the titer of H5N1 IAV in chicken cells and was accompanied with attenuated production of proinflammatory cytokines. Our analyses of the influenza–host protein interactomes identified UBA52 as a PA interaction protein for virus replication.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تمت ترجمة بروتينات PA - N155 و PA - N182 من كودون البداية الحادي عشر والثالث عشر للحمض النووي الريبي المرسال لبروتين البوليميراز الحمضي لفيروس H5N1 الأنفلونزا A (IAV)، والذي يلعب دورًا مهمًا في التكاثر الفيروسي. لا يُعرف سوى القليل عن التفاعلات بين PA - N155 و PA - N182 والبروتينات المضيفة. بحثت هذه الدراسة في المشهد التفاعلي لـ PA - N155 و PA - N182 لـ H5N1 IAV في خلايا الدجاج بينما تم التقاط مجمعاتها المتفاعلة عن طريق الترسيب المناعي وتحليلها بواسطة قياس الطيف الكتلي. تم تحديد ما مجموعه 491 (PA - N155) و 302 (PA - N182) من البروتينات المتفاعلة. أظهرت تحليلات الأنطولوجيا الجينية وإثراء المسار أن بروتينات التفاعليين تم إثراؤها في معالجة الحمض النووي الريبي والمعالجة الفيروسية ونقل البروتين، والبروتينات المتعلقة بمسارات الإشارة للبروتيازوم والريبوسوم والتركيب الحيوي للحمض النووي الريبي الأميني 1 - tRNA تم إثراؤها بشكل كبير، مما يشير إلى أدوارها المحتملة في عدوى H5N1 IAV. حدد التحليل المقارن للتفاعل بين PA و PA - N155 و PA - N182 UBA52 كعامل مضيف محفوظ يتفاعل مع جميع البروتينات الفيروسية الثلاثة. UBA52 هو بروتين انصهار يتكون من يوبيكويتين في الطرف N والبروتين الريبوسومي L40 في الطرف C. أدى انخفاض UBA52 إلى انخفاض كبير في عيار فيروس نقص المناعة البشرية H5N1 في خلايا الدجاج وكان مصحوبًا بإنتاج مخفف من السيتوكينات المسببة للالتهابات. حددت تحليلاتنا لتفاعلات البروتين المضيف للأنفلونزا UBA52 كبروتين تفاعل PA لتكاثر الفيروس.

Translated Description (French)

Les protéines PA-N155 et PA-N182 ont été traduites à partir des 11e et 13e codons de départ AUG de la protéine acide ARN polymérase (PA) ARNm du virus de la grippe A H5N1 (IAV), qui joue un rôle important dans la réplication virale. On sait peu de choses sur les interactions entre PA-N155 et PA-N182 et les protéines hôtes. Cette étude a examiné le paysage d'interaction du PA-N155 et du PA-N182 de l'IAV H5N1 dans les cellules de poulet tandis que leurs complexes d'interaction ont été capturés par immunoprécipitation et analysés par spectrométrie de masse. Au total, 491 (PA-N155) et 302 (PA-N182) protéines interagissant ont été identifiées. L'ontologie des gènes et les analyses d'enrichissement des voies ont montré que les protéines des deux interactomes étaient enrichies dans le traitement de l'ARN, le traitement viral et le transport des protéines, et que les protéines liées aux voies de signalisation de la biosynthèse du protéasome, du ribosome et de l'aminoacy1-tRNA étaient significativement enrichies, suggérant leurs rôles potentiels dans l'infection par le virus de l'influenza aviaire (IAV) H5N1. L'analyse comparative de l'interactome de PA, PA-N155 et PA-N182 a identifié UBA52 comme un facteur hôte conservé qui interagissait avec les trois protéines virales. UBA52 est une protéine de fusion composée d'ubiquitine à l'extrémité N terminale et de la protéine ribosomale L40 à l'extrémité C. L'élimination de l'UBA52 a significativement diminué le titre de l'IAV H5N1 dans les cellules de poulet et s'est accompagnée d'une production atténuée de cytokines pro-inflammatoires. Nos analyses des interactomes de la protéine hôte de la grippe ont identifié UBA52 comme une protéine d'interaction PA pour la réplication du virus.

Translated Description (Spanish)

Las proteínas PA-N155 y PA-N182 se tradujeron a partir del codón de inicio 11 y 13 AUG del ARNm de la proteína ácida (PA) de la ARN polimerasa del virus de la influenza A H5N1 (IAV), que desempeña un papel importante en la replicación viral. Poco se sabe sobre las interacciones entre PA-N155 y PA-N182 y las proteínas huésped. Este estudio investigó el panorama de interacción de PA-N155 y PA-N182 de H5N1 IAV en células de pollo, mientras que sus complejos de interacción fueron capturados por inmunoprecipitación y analizados por espectrometría de masas. Se identificaron un total de 491 (PA-N155) y 302 (PA-N182) proteínas que interactúan. La ontología génica y los análisis de enriquecimiento de la vía mostraron que las proteínas de los dos interactomas se enriquecieron en el procesamiento de ARN, el procesamiento viral y el transporte de proteínas, y las proteínas relacionadas con las vías de señalización de la biosíntesis de proteasoma, ribosoma y aminoacid1-ARNt se enriquecieron significativamente, lo que sugiere sus posibles funciones en la infección por IAV H5N1. El análisis comparativo del interactoma de PA, PA-N155 y PA-N182 identificó a UBA52 como un factor huésped conservado que interactuaba con las tres proteínas virales. UBA52 es una proteína de fusión que consiste en ubiquitina en el extremo N y proteína ribosómica L40 en el extremo C. La inactivación de UBA52 disminuyó significativamente el título de IAV H5N1 en células de pollo y se acompañó de una producción atenuada de citocinas proinflamatorias. Nuestros análisis de los interactomas de la proteína huésped de la gripe identificaron a UBA52 como una proteína de interacción PA para la replicación del virus.

Files

pdf.pdf

Files (2.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:95ff286dc035943b5af2e0e5292805a0
2.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
يكشف تحليل تفاعل المضيف لـ PA - N155 و PA - N182 في خلايا الدجاج عن دور أساسي لـ UBA52 لتكرار فيروس إنفلونزا الطيور H5N1
Translated title (French)
L'analyse de l'interaction hôte du PA-N155 et du PA-N182 dans les cellules de poulet révèle un rôle essentiel de l'UBA52 pour la réplication du virus de la grippe aviaire H5N1
Translated title (Spanish)
El análisis de interacción del huésped de PA-N155 y PA-N182 en células de pollo revela un papel esencial de UBA52 para la replicación del virus de la gripe aviar H5N1

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2803072395
DOI
10.3389/fmicb.2018.00936

Is supplement to
https://openalex.org/W4319230148 (Other)
https://openalex.org/W4252442860 (Other)
https://openalex.org/W4251692803 (Other)
https://openalex.org/W3159731292 (Other)
https://openalex.org/W2392586760 (Other)
https://openalex.org/W2178844921 (Other)
https://openalex.org/W2162117109 (Other)
https://openalex.org/W2152546257 (Other)
https://openalex.org/W2018720220 (Other)
https://openalex.org/W1500663296 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1588972287
  • https://openalex.org/W1797058518
  • https://openalex.org/W1948944555
  • https://openalex.org/W1965888648
  • https://openalex.org/W1968271510
  • https://openalex.org/W1968985628
  • https://openalex.org/W1971491257
  • https://openalex.org/W1990180184
  • https://openalex.org/W1996076856
  • https://openalex.org/W2001788095
  • https://openalex.org/W2009659072
  • https://openalex.org/W2010692119
  • https://openalex.org/W2018549259
  • https://openalex.org/W2023742017
  • https://openalex.org/W2027847170
  • https://openalex.org/W2054864408
  • https://openalex.org/W2062527379
  • https://openalex.org/W2069156386
  • https://openalex.org/W2070924692
  • https://openalex.org/W2072439611
  • https://openalex.org/W2087623083
  • https://openalex.org/W2105910482
  • https://openalex.org/W2105924489
  • https://openalex.org/W2115293595
  • https://openalex.org/W2135213915
  • https://openalex.org/W2140343664
  • https://openalex.org/W2158217645
  • https://openalex.org/W2160103276
  • https://openalex.org/W2163113082
  • https://openalex.org/W2163989499
  • https://openalex.org/W2176257503
  • https://openalex.org/W2277337347
  • https://openalex.org/W2334539119
  • https://openalex.org/W2464947659
  • https://openalex.org/W2537623931
  • https://openalex.org/W2540126827
  • https://openalex.org/W2556695214
  • https://openalex.org/W2565972943
  • https://openalex.org/W2579756453
  • https://openalex.org/W2586758900
  • https://openalex.org/W2593808434
  • https://openalex.org/W2608193888
  • https://openalex.org/W4251692803