Published December 30, 2022 | Version v1
Publication Open

Advantages of metagenomic next-generation sequencing in the management of ANCA- associated vasculitis patients with pulmonary infections

Creators

  • 1. Peking University First Hospital
  • 2. Peking University

Description

Abstract Background Pulmonary infection is one of the leading causes of death in patients with ANCA-associated vasculitis (AAV). Fiberoptic bronchoscopy and bronchoalveolar lavage fluid (BALF) assays are useful diagnostic methods. In addition to conventional microbiological tests (CMTs), metagenomic next-generation sequencing (mNGS) facilitates rapid and sensitive detection of various pathogens. We aimed to evaluate the advantages of additional BALF mNGS in the management of pulmonary infections in AAV patients. Methods Fourteen patients with active AAV and/or suspected infection whose BALF samples were tested by mNGS (BALF mNGS group) and 14 AAV patients whose BALF were tested by CMTs only (CMTs group) were retrospectively included in the study. The results of microbiological tests and adjustments of treatment upon BALF mNGS were described. The durations of antimicrobial treatment, ventilation and ICU stay as well as in-hospital mortality in patients were compared between the BALF mNGS group and the CMT group. Results A total of 64.3% (9/14) of patients in the BALF mNGS group had polymicrobial infections, including bacterium, fungus and virus. Patients in the BALF mNGS group received significantly shorter antibacterial treatment than those in the CMT group. Patients in the early BALF mNGS group (symptomatic infection duration before bronchoscopies < 5 days) received significantly shorter antibacterial and total antimicrobial treatments than those in the early CMT group. Patients with pulmonary infections in the BALF mNGS group received significantly shorter ventilation treatment than those in the CMT group. No deaths occurred in the early BALF mNGS group. Conclusions Compared with CMT alone, additional mNGS tests may shorten the duration of antimicrobial treatment and ventilation. mNGS might be further pursued as a routine approach for the management of active AAV patients with suspected pulmonary infections.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

ملخص خلفية العدوى الرئوية هي واحدة من الأسباب الرئيسية للوفاة في المرضى الذين يعانون من التهاب الأوعية الدموية المرتبط بـ ANCA (AAV). تنظير القصبات الليفية البصرية ومقايسات سائل غسل القصبات السنخية (BALF) هي طرق تشخيص مفيدة. بالإضافة إلى الاختبارات الميكروبيولوجية التقليدية (CMTs)، يسهل تسلسل الجيل التالي من الميتاجينوم (mNGS) الكشف السريع والحساس عن مسببات الأمراض المختلفة. كنا نهدف إلى تقييم مزايا BALF mNGS الإضافية في إدارة الالتهابات الرئوية لدى مرضى AAV. تم تضمين أربعة عشر مريضًا مصابًا بعدوى AAV نشطة و/أو يشتبه في إصابتهم بعدوى BALF تم اختبار عيناتهم بواسطة mNGS (مجموعة BALF mNGS) و 14 مريضًا من AAV تم اختبار BALF لديهم بواسطة CMTs فقط (مجموعة CMTs) بأثر رجعي في الدراسة. تم وصف نتائج الاختبارات الميكروبيولوجية وتعديلات العلاج على BALF mNGS. تمت مقارنة فترات العلاج المضاد للميكروبات والتهوية والبقاء في وحدة العناية المركزة وكذلك الوفيات داخل المستشفى لدى المرضى بين مجموعة BALF mNGS ومجموعة CMT. النتائج كان ما مجموعه 64.3 ٪ (9/14) من المرضى في مجموعة BALF mNGS مصابين بعدوى متعددة الميكروبات، بما في ذلك البكتيريا والفطريات والفيروسات. تلقى المرضى في مجموعة BALF mNGS علاجًا مضادًا للبكتيريا أقصر بكثير من أولئك في مجموعة CMT. تلقى المرضى في مجموعة BALF mNGS المبكرة (مدة العدوى العرضية قبل تنظير القصبات < 5 أيام) علاجات مضادة للبكتيريا ومجموع مضادات الميكروبات أقصر بكثير من تلك الموجودة في مجموعة CMT المبكرة. تلقى المرضى الذين يعانون من التهابات رئوية في مجموعة BALF mNGS علاج تهوية أقصر بكثير من أولئك في مجموعة CMT. لم تحدث أي وفيات في مجموعة BALF mNGS المبكرة. الاستنتاجات بالمقارنة مع العلاج المضاد للميكروبات وحده، قد تؤدي اختبارات mNGS الإضافية إلى تقصير مدة العلاج المضاد للميكروبات والتهوية. يمكن متابعة mNGS كنهج روتيني لإدارة مرضى AAV النشطين الذين يشتبه في إصابتهم بالتهابات رئوية.

Translated Description (French)

Résumé Contexte L'infection pulmonaire est l'une des principales causes de décès chez les patients atteints de vascularite associée à l'ANCA (VAA). Les tests de bronchoscopie à fibre optique et de liquide de lavage bronchoalvéolaire (BALF) sont des méthodes de diagnostic utiles. En plus des tests microbiologiques conventionnels (CMT), le séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS) facilite la détection rapide et sensible de divers agents pathogènes. Nous avons cherché à évaluer les avantages de BALF mNGS supplémentaires dans la prise en charge des infections pulmonaires chez les patients AAV. Méthodes Quatorze patients présentant un AAV actif et/ou une infection suspectée dont les échantillons BALF ont été testés par mNGS (groupe BALF mNGS) et 14 patients AAV dont les BALF ont été testés par CMTS uniquement (groupe CMTS) ont été inclus rétrospectivement dans l'étude. Les résultats des tests microbiologiques et des ajustements du traitement sur BALF mNGS ont été décrits. Les durées de traitement antimicrobien, de ventilation et de séjour en USI ainsi que la mortalité hospitalière chez les patients ont été comparées entre le groupe BALF mNGS et le groupe CMT. Résultats Un total de 64,3 % (9/14) des patients du groupe BALF mNGS avaient des infections polymicrobiennes, y compris des bactéries, des champignons et des virus. Les patients du groupe BALF mNGS ont reçu un traitement antibactérien significativement plus court que ceux du groupe CMT. Les patients du groupe BALF mNGS précoce (durée de l'infection symptomatique avant les bronchoscopies < 5 jours) ont reçu des traitements antibactériens et antimicrobiens totaux significativement plus courts que ceux du groupe CMT précoce. Les patients atteints d'infections pulmonaires dans le groupe BALF mNGS ont reçu un traitement de ventilation significativement plus court que ceux du groupe CMT. Aucun décès n'est survenu dans le groupe BALF mNGS précoce. Conclusions Par rapport à la CMT seule, des tests mNGS supplémentaires peuvent raccourcir la durée du traitement antimicrobien et de la ventilation. La mNGS pourrait être poursuivie en tant qu'approche de routine pour la prise en charge des patients AAV actifs présentant des infections pulmonaires suspectées.

Translated Description (Spanish)

Resumen Antecedentes La infección pulmonar es una de las principales causas de muerte en pacientes con vasculitis asociada a ANCA (AAV). Los ensayos de fibrobroncoscopia y líquido de lavado broncoalveolar (BALF) son métodos de diagnóstico útiles. Además de las pruebas microbiológicas convencionales (CMT), la secuenciación metagenómica de próxima generación (mNGS) facilita la detección rápida y sensible de diversos patógenos. Nuestro objetivo fue evaluar las ventajas de mNGS BALF adicionales en el manejo de infecciones pulmonares en pacientes con AAV. Métodos Catorce pacientes con AAV activo y/o sospecha de infección cuyas muestras de BALF fueron analizadas por mNGS (grupo BALF mNGS) y 14 pacientes con AAV cuyos BALF fueron analizados solo por CMT (grupo CMT) se incluyeron retrospectivamente en el estudio. Se describieron los resultados de las pruebas microbiológicas y los ajustes del tratamiento en BALF mNGS. Se compararon las duraciones del tratamiento antimicrobiano, la ventilación y la estancia en la UCI, así como la mortalidad hospitalaria en los pacientes entre el grupo BALF mNGS y el grupo CMT. Resultados Un total del 64,3% (9/14) de los pacientes en el grupo BALF mNGS tenían infecciones polimicrobianas, incluyendo bacterias, hongos y virus. Los pacientes en el grupo BALF mNGS recibieron un tratamiento antibacteriano significativamente más corto que los del grupo CMT. Los pacientes en el grupo BALF mNGS temprano (duración de la infección sintomática antes de las broncoscopias < 5 días) recibieron tratamientos antibacterianos y antimicrobianos totales significativamente más cortos que los del grupo CMT temprano. Los pacientes con infecciones pulmonares en el grupo BALF mNGS recibieron un tratamiento de ventilación significativamente más corto que los del grupo CMT. No se produjeron muertes en el grupo BALF mNGS temprano. Conclusiones En comparación con la CMT sola, las pruebas adicionales de mNGS pueden acortar la duración del tratamiento antimicrobiano y la ventilación. La mNGS podría seguirse como un enfoque de rutina para el tratamiento de pacientes con AAV activo con sospechas de infecciones pulmonares.

Files

latest.pdf.pdf

Files (1.0 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:1658923e02062aae89a2015947217607
1.0 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مزايا تسلسل الجيل التالي من الميتاجينوم في إدارة مرضى التهاب الأوعية الدموية المرتبط بـ ANCA الذين يعانون من الالتهابات الرئوية
Translated title (French)
Avantages du séquençage métagénomique de nouvelle génération dans la prise en charge des patients atteints de vascularite associée à l'ANCA atteints d'infections pulmonaires
Translated title (Spanish)
Ventajas de la secuenciación metagenómica de próxima generación en el tratamiento de pacientes con vasculitis asociada a ANCA con infecciones pulmonares

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4313313560
DOI
10.21203/rs.3.rs-2407918/v1

Is supplement to
https://openalex.org/W4238678312 (Other)
https://openalex.org/W2891132011 (Other)
https://openalex.org/W2441567832 (Other)
https://openalex.org/W2415138818 (Other)
https://openalex.org/W2396377779 (Other)
https://openalex.org/W2356063833 (Other)
https://openalex.org/W2282610073 (Other)
https://openalex.org/W2110590074 (Other)
https://openalex.org/W2021189430 (Other)
https://openalex.org/W1943340112 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1540475776
  • https://openalex.org/W1836717707
  • https://openalex.org/W1969171525
  • https://openalex.org/W2000728146
  • https://openalex.org/W2007778318
  • https://openalex.org/W2011309580
  • https://openalex.org/W2025060860
  • https://openalex.org/W2032331596
  • https://openalex.org/W2109207289
  • https://openalex.org/W2121602116
  • https://openalex.org/W2127954239
  • https://openalex.org/W2147254658
  • https://openalex.org/W2155965977
  • https://openalex.org/W2203618271
  • https://openalex.org/W2239037555
  • https://openalex.org/W2480856538
  • https://openalex.org/W2569452486
  • https://openalex.org/W2805813448
  • https://openalex.org/W2811004238
  • https://openalex.org/W2911798461
  • https://openalex.org/W2952498933
  • https://openalex.org/W3080818324
  • https://openalex.org/W3132487837
  • https://openalex.org/W4211247004
  • https://openalex.org/W4212992154
  • https://openalex.org/W4280621191