Published July 27, 2012 | Version v1
Publication Open

Visual detection of the human metapneumovirus using reverse transcription loop-mediated isothermal amplification with hydroxynaphthol blue dye

Creators

  • 1. National Institute for Viral Disease Control and Prevention
  • 2. China Medical University

Description

Human metapneumovirus (hMPV) is a major cause of acute respiratory infections ranging from wheezing to bronchiolitis and pneumonia in children worldwide. The objective of this study is to develop a visual reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay for the detection of hMPV and applied to the clinical samples.In this study, visual RT-LAMP assay for hMPV was performed in one step with the addition of hydroxynaphthol blue (HNB), and were used to detect respiratory samples. Six primers, including two outer primers (F3 and B3), two inner primers (FIP, BIP) and two loop primers (LF and LB), were designed for hMPV N gene by the online software. Moreover, the RT-LAMP assay showed good specificity and no cross-reactivity was observed with human rhinovirus (HRV), human respiratory syncytial Virus (RSV), or influenza virus A/PR/8/34 (H1N1). The detection limit of the RT-LAMP assay was approximately ten viral RNA copies, lower than that of traditional reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) 100 RNA copies. In the 176 nasopharyngeal samples, 23 (13.1%) were conformed as hMPV positive by RT-LAMP, but 18 (10.2%) positive by RT-PCR.Compared with conventional RT-PCR, the visual hMPV RT-LAMP assay performed well in the aspect of detect time, sensitivity, specificity and visibility. It is anticipated that the RT-LAMP will be used for clinical tests in hospital or field testing during outbreaks and in emergency.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الفيروس الرئوي البشري (HMPV) هو سبب رئيسي لالتهابات الجهاز التنفسي الحادة التي تتراوح من الصفير إلى التهاب القصيبات والالتهاب الرئوي لدى الأطفال في جميع أنحاء العالم. الهدف من هذه الدراسة هو تطوير اختبار تضخيم متساوي الحرارة بوساطة حلقة النسخ العكسي البصري (RT - LAMP) للكشف عن فيروس الورم الحليمي البشري وتطبيقه على العينات السريرية. في هذه الدراسة، تم إجراء اختبار RT - LAMP البصري لفيروس الورم الحليمي البشري في خطوة واحدة مع إضافة أزرق الهيدروكسينافثول (HNB)، وتم استخدامه للكشف عن عينات الجهاز التنفسي. تم تصميم ستة برايمر، بما في ذلك اثنين من البرايمر الخارجي (F3 و B3)، واثنين من البرايمر الداخلي (FIP، BIP) واثنين من برايمر الحلقة (LF و LB)، لجين hMPV N بواسطة البرنامج عبر الإنترنت. علاوة على ذلك، أظهر اختبار RT - LAMP خصوصية جيدة ولم يلاحظ أي تفاعل متقاطع مع فيروس الأنف البشري أو الفيروس المخلوي التنفسي البشري أو فيروس الأنفلونزا A/PR/8/34 (H1N1). كان حد الكشف عن اختبار RT - LAMP حوالي عشر نسخ من الحمض النووي الريبي الفيروسي، وهو أقل من الحد الأقصى للتفاعل المتسلسل لبوليميراز النسخ العكسي التقليدي (RT - PCR) 100 نسخة من الحمض النووي الريبي. في عينات البلعوم الأنفي البالغ عددها 176 عينة، تم مطابقة 23 عينة (13.1 ٪) على أنها موجبة لـ hMPV بواسطة RT - LAMP، ولكن 18 عينة (10.2 ٪) إيجابية بواسطة RT - PCR. مقارنةً بـ RT - PCR التقليدي، كان أداء الفحص البصري لـ hMPV RT - LAMP جيدًا في جانب اكتشاف الوقت والحساسية والخصوصية والرؤية. من المتوقع أن يتم استخدام RT - LAMP للاختبارات السريرية في المستشفى أو الاختبارات الميدانية أثناء تفشي المرض وفي حالات الطوارئ.

Translated Description (French)

Le métapneumovirus humain (hMPV) est une cause majeure d'infections respiratoires aiguës allant de la respiration sifflante à la bronchiolite et à la pneumonie chez les enfants du monde entier. L'objectif de cette étude est de développer un test visuel d'amplification isotherme à boucle de transcription inverse (RT-LAMP) pour la détection du hMPV et appliqué aux échantillons cliniques. Dans cette étude, le test visuel RT-LAMP pour le hMPV a été effectué en une étape avec l'ajout de bleu d'hydroxynaphtol (HNB) et a été utilisé pour détecter des échantillons respiratoires. Six amorces, dont deux amorces externes (F3 et B3), deux amorces internes (FIP, bip) et deux amorces en boucle (LF et LB), ont été conçues pour le gène N du hMPV par le logiciel en ligne. De plus, le test RT-LAMP a montré une bonne spécificité et aucune réactivité croisée n'a été observée avec le rhinovirus humain (HRV), le virus respiratoire syncytial humain (RSV) ou le virus de la grippe A/PR/8/34 (H1N1). La limite de détection du test RT-LAMP était d'environ dix copies d'ARN viral, inférieure à celle des 100 copies d'ARN de la réaction en chaîne de la polymérase par transcriptase inverse (RT-PCR) traditionnelle. Dans les 176 échantillons nasopharyngés, 23 (13,1 %) ont été déclarés positifs pour le hMPV par RT-LAMP, mais 18 (10,2 %) positifs par RT-PCR. Comparé à la RT-PCR conventionnelle, le test visuel RT-LAMP du hMPV s'est bien comporté en termes de temps de détection, de sensibilité, de spécificité et de visibilité. Il est prévu que le RT-LAMP sera utilisé pour des tests cliniques à l'hôpital ou sur le terrain pendant les épidémies et en cas d'urgence.

Translated Description (Spanish)

El metapneumovirus humano (hMPV) es una causa importante de infecciones respiratorias agudas que van desde sibilancias hasta bronquiolitis y neumonía en niños de todo el mundo. El objetivo de este estudio es desarrollar un ensayo visual de amplificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa (RT-LAMP) para la detección de hMPV y aplicado a las muestras clínicas. En este estudio, el ensayo visual RT-LAMP para hMPV se realizó en un solo paso con la adición de azul de hidroxinaftol (HNB) y se utilizó para detectar muestras respiratorias. El software en línea diseñó seis cebadores, incluidos dos cebadores externos (F3 y B3), dos cebadores internos (FIP, bip) y dos cebadores de bucle (LF y LB), para el gen N de hMPV. Además, el ensayo RT-LAMP mostró una buena especificidad y no se observó reactividad cruzada con el rinovirus humano (HRV), el virus respiratorio sincitial humano (RSV) o el virus de la gripe A/PR/8/34 (H1N1). El límite de detección del ensayo RT-LAMP fue de aproximadamente diez copias de ARN viral, menor que el de 100 copias de ARN de la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa tradicional (RT-PCR). En las 176 muestras nasofaríngeas, 23 (13.1%) se conformaron como hMPV positivo por RT-LAMP, pero 18 (10.2%) positivo por RT-PCR.Comparado con la RT-PCR convencional, el ensayo visual de hMPV RT-LAMP funcionó bien en el aspecto de tiempo de detección, sensibilidad, especificidad y visibilidad. Se prevé que el RT-LAMP se utilizará para pruebas clínicas en hospitales o pruebas de campo durante brotes y en emergencias.

Files

1743-422X-9-138.pdf

Files (507.6 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:f5b8721fc5b6f12fefd8a5210d6c8f54
507.6 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الكشف البصري عن الفيروس الرئوي البشري باستخدام تضخيم متساوي الحرارة بوساطة حلقة النسخ العكسي مع صبغة الهيدروكسينافثول الزرقاء
Translated title (French)
Détection visuelle du métapneumovirus humain à l'aide d'une amplification isotherme à médiation par boucle de transcription inverse avec un colorant bleu d'hydroxynaphtol
Translated title (Spanish)
Detección visual del metaneumovirus humano mediante amplificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa con colorante azul de hidroxinaftol

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2128336177
DOI
10.1186/1743-422x-9-138

Is supplement to
https://openalex.org/W4376474228 (Other)
https://openalex.org/W3142487381 (Other)
https://openalex.org/W3029381021 (Other)
https://openalex.org/W2435846065 (Other)
https://openalex.org/W2119681257 (Other)
https://openalex.org/W2048217543 (Other)
https://openalex.org/W2033708183 (Other)
https://openalex.org/W2010035758 (Other)
https://openalex.org/W1983738627 (Other)
https://openalex.org/W1975470470 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1589490904
  • https://openalex.org/W1963509351
  • https://openalex.org/W1989776535
  • https://openalex.org/W1991198490
  • https://openalex.org/W1997575588
  • https://openalex.org/W1999106142
  • https://openalex.org/W2019786863
  • https://openalex.org/W2028689121
  • https://openalex.org/W2036828337
  • https://openalex.org/W2051715583
  • https://openalex.org/W2054330901
  • https://openalex.org/W2057680658
  • https://openalex.org/W2066385972
  • https://openalex.org/W2075638265
  • https://openalex.org/W2084576921
  • https://openalex.org/W2088779442
  • https://openalex.org/W2100982533
  • https://openalex.org/W2105275554
  • https://openalex.org/W2152552492
  • https://openalex.org/W2170380549
  • https://openalex.org/W2170881661
  • https://openalex.org/W2171435460
  • https://openalex.org/W2348937342