Published December 14, 2023 | Version v1
Publication Open

MegaSSR: a web server for large scale microsatellite identification, classification, and marker development

Creators

  • 1. Université Mohammed VI Polytechnique

Description

Next-generation sequencing technologies have opened new avenues for using genomic data to study and develop molecular markers and improve genetic resources. Simple Sequence Repeats (SSRs) as genetic markers are increasingly used in molecular diversity and molecular breeding programs that require bioinformatics pipelines to analyze the large amounts of data. Therefore, there is an ongoing need for online tools that provide computational resources with minimal effort and maximum efficiency, including automated development of SSR markers. These tools should be flexible, customizable, and able to handle the ever-increasing amount of genomic data. Here we introduce MegaSSR (https://bioinformatics.um6p.ma/MegaSSR), a web server and a standalone pipeline that enables the design of SSR markers in any target genome. MegaSSR allows users to design targeted PCR-based primers for their selected SSR repeats and includes multiple tools that initiate computational pipelines for SSR mining, classification, comparisons, PCR primer design, in silico PCR validation, and statistical visualization. MegaSSR results can be accessed, searched, downloaded, and visualized with user-friendly web-based tools. These tools provide graphs and tables showing various aspects of SSR markers and corresponding PCR primers. MegaSSR will accelerate ongoing research in plant species and assist breeding programs in their efforts to improve current genomic resources.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

فتحت تقنيات التسلسل من الجيل التالي طرقًا جديدة لاستخدام البيانات الجينية لدراسة وتطوير العلامات الجزيئية وتحسين الموارد الجينية. يتكرر التسلسل البسيط (SSRs) كعلامات وراثية تستخدم بشكل متزايد في برامج التنوع الجزيئي والتكاثر الجزيئي التي تتطلب خطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية لتحليل كميات كبيرة من البيانات. لذلك، هناك حاجة مستمرة للأدوات عبر الإنترنت التي توفر الموارد الحسابية بأقل جهد وأقصى قدر من الكفاءة، بما في ذلك التطوير الآلي لعلامات SSR. يجب أن تكون هذه الأدوات مرنة وقابلة للتخصيص وقادرة على التعامل مع الكمية المتزايدة باستمرار من البيانات الجينية. نقدم هنا MegaSSR (https://bioinformatics.um6p.ma/MegaSSR)، وهو خادم ويب وخط أنابيب مستقل يتيح تصميم علامات SSR في أي جينوم مستهدف. يسمح MegaSSR للمستخدمين بتصميم مواد أولية مستهدفة قائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل لتكرار SSR المحدد الخاص بهم ويتضمن أدوات متعددة تبدأ خطوط أنابيب حسابية لتعدين SSR، والتصنيف، والمقارنات، وتصميم تمهيدي تفاعل البوليميراز المتسلسل، والتحقق من صحة تفاعل البوليميراز المتسلسل السيليكو، والتصور الإحصائي. يمكن الوصول إلى نتائج MegaSSR والبحث فيها وتنزيلها وتصورها باستخدام أدوات سهلة الاستخدام قائمة على الويب. توفر هذه الأدوات رسومات بيانية وجداول توضح جوانب مختلفة من علامات SSR وما يقابلها من برايمر PCR. ستعمل MegaSSR على تسريع البحوث الجارية في الأنواع النباتية ومساعدة برامج التكاثر في جهودها لتحسين الموارد الجينية الحالية.

Translated Description (French)

Les technologies de séquençage de nouvelle génération ont ouvert de nouvelles voies pour utiliser les données génomiques pour étudier et développer des marqueurs moléculaires et améliorer les ressources génétiques. Les répétitions de séquences simples (SSR) en tant que marqueurs génétiques sont de plus en plus utilisées dans les programmes de diversité moléculaire et de sélection moléculaire qui nécessitent des pipelines bioinformatiques pour analyser les grandes quantités de données. Par conséquent, il existe un besoin continu d'outils en ligne qui fournissent des ressources informatiques avec un effort minimal et une efficacité maximale, y compris le développement automatisé de marqueurs SSR. Ces outils doivent être flexibles, personnalisables et capables de gérer la quantité toujours croissante de données génomiques. Nous présentons ici MegaSSR (https://bioinformatics.um6p.ma/MegaSSR), un serveur Web et un pipeline autonome qui permet la conception de marqueurs SSR dans n'importe quel génome cible. MegaSSR permet aux utilisateurs de concevoir des amorces PCR ciblées pour leurs répétitions SSR sélectionnées et comprend de multiples outils qui lancent des pipelines de calcul pour l'extraction SSR, la classification, les comparaisons, la conception d'amorces PCR, la validation PCR in silico et la visualisation statistique. Les résultats MegaSSR peuvent être consultés, recherchés, téléchargés et visualisés à l'aide d'outils Web conviviaux. Ces outils fournissent des graphiques et des tableaux montrant divers aspects des marqueurs SSR et des amorces PCR correspondantes. MegaSSR accélérera la recherche en cours sur les espèces végétales et aidera les programmes de sélection dans leurs efforts pour améliorer les ressources génomiques actuelles.

Translated Description (Spanish)

Las tecnologías de secuenciación de próxima generación han abierto nuevas vías para utilizar datos genómicos para estudiar y desarrollar marcadores moleculares y mejorar los recursos genéticos. Las repeticiones de secuencia simples (SSR) como marcadores genéticos se utilizan cada vez más en programas de diversidad molecular y mejoramiento molecular que requieren líneas de bioinformática para analizar las grandes cantidades de datos. Por lo tanto, existe una necesidad continua de herramientas en línea que proporcionen recursos computacionales con el mínimo esfuerzo y la máxima eficiencia, incluido el desarrollo automatizado de marcadores SSR. Estas herramientas deben ser flexibles, personalizables y capaces de manejar la cantidad cada vez mayor de datos genómicos. Aquí presentamos MegaSSR (https://bioinformatics.um6p.ma/MegaSSR), un servidor web y un pipeline independiente que permite el diseño de marcadores SSR en cualquier genoma objetivo. MegaSSR permite a los usuarios diseñar cebadores basados en PCR dirigidos para sus repeticiones de SSR seleccionadas e incluye múltiples herramientas que inician canales computacionales para la minería de SSR, clasificación, comparaciones, diseño de cebadores de PCR, validación de PCR in silico y visualización estadística. Se puede acceder a los resultados de MegaSSR, buscarlos, descargarlos y visualizarlos con herramientas web fáciles de usar. Estas herramientas proporcionan gráficos y tablas que muestran diversos aspectos de los marcadores de SSR y los cebadores de PCR correspondientes. MegaSSR acelerará la investigación en curso en especies de plantas y ayudará a los programas de mejoramiento en sus esfuerzos por mejorar los recursos genómicos actuales.

Files

pdf.pdf

Files (1.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:f5468c67378f277a6f4a508942b80627
1.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
MegaSSR: خادم ويب لتحديد وتصنيف وتطوير العلامات على نطاق واسع
Translated title (French)
MegaSSR : un serveur Web pour l'identification, la classification et le développement de marqueurs de microsatellites à grande échelle
Translated title (Spanish)
MegaSSR: un servidor web para la identificación, clasificación y desarrollo de marcadores de microsatélites a gran escala

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4389765861
DOI
10.3389/fpls.2023.1219055

Is supplement to
https://openalex.org/W2788277189 (Other)
https://openalex.org/W2130076355 (Other)
https://openalex.org/W2119695867 (Other)
https://openalex.org/W2082860237 (Other)
https://openalex.org/W2058131830 (Other)
https://openalex.org/W2046158694 (Other)
https://openalex.org/W2013243191 (Other)
https://openalex.org/W1993764875 (Other)
https://openalex.org/W1990804418 (Other)
https://openalex.org/W1971568933 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Morocco

References

  • https://openalex.org/W1568479515
  • https://openalex.org/W1846919320
  • https://openalex.org/W1927419452
  • https://openalex.org/W1989401932
  • https://openalex.org/W1991863746
  • https://openalex.org/W1996928029
  • https://openalex.org/W2039752257
  • https://openalex.org/W2042060276
  • https://openalex.org/W2068912657
  • https://openalex.org/W2070352069
  • https://openalex.org/W2075235348
  • https://openalex.org/W2081561808
  • https://openalex.org/W2082185127
  • https://openalex.org/W2096525273
  • https://openalex.org/W2102007365
  • https://openalex.org/W2108350018
  • https://openalex.org/W2112814753
  • https://openalex.org/W2119114298
  • https://openalex.org/W2124351063
  • https://openalex.org/W2129935896
  • https://openalex.org/W2132333203
  • https://openalex.org/W2143478787
  • https://openalex.org/W2146705834
  • https://openalex.org/W2150641734
  • https://openalex.org/W2161455016
  • https://openalex.org/W2162098634
  • https://openalex.org/W2166336352
  • https://openalex.org/W2167034214
  • https://openalex.org/W2176267011
  • https://openalex.org/W2336957559
  • https://openalex.org/W2488019113
  • https://openalex.org/W2488220022
  • https://openalex.org/W2518998933
  • https://openalex.org/W2565576491
  • https://openalex.org/W2754643005
  • https://openalex.org/W2905502650
  • https://openalex.org/W2909584420
  • https://openalex.org/W2935347158
  • https://openalex.org/W2943963468
  • https://openalex.org/W2981543307
  • https://openalex.org/W2988396470
  • https://openalex.org/W3108513745
  • https://openalex.org/W4239371745
  • https://openalex.org/W4239678514
  • https://openalex.org/W4245543257
  • https://openalex.org/W4283168250