Published December 22, 2021 | Version v1
Publication Open

Ultra-Deep Sequencing of Plasma-Circulating DNA for the Detection of Tumor- Derived Mutations in Patients with Nonmetastatic Colorectal Cancer

Creators

  • 1. University Medical Center HCMC
  • 2. Ho Chi Minh City Medicine and Pharmacy University
  • 3. Agricultural Genetics Institute

Description

Identification of tumor-derived mutation (TDM) in liquid biopsies (LB), especially in early-stage patients, faces several challenges, including low variant-allele frequencies, interference by white blood cell (WBC)-derived mutations (WDM), benign somatic mutations and tumor heterogeneity. Here, we addressed the above-mentioned challenges in a cohort of 50 nonmetastatic colorectal cancer patients, via a workflow involving parallel sequencing of paired WBC- and tumor-gDNA. After excluding potential false positive mutations, we detected at least one TDM in LB of 56% (28/50) of patients, with the majority showing low-patient coverage, except for one TDM mapped to KMT2D that recurred in 30% (15/30) of patients.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يواجه تحديد الطفرة المشتقة من الورم (TDM) في الخزعات السائلة (LB)، خاصة في مرضى المرحلة المبكرة، العديد من التحديات، بما في ذلك الترددات المنخفضة للأليل المتغير، والتداخل بواسطة الطفرات المشتقة من خلايا الدم البيضاء (WDM)، والطفرات الجسدية الحميدة وعدم تجانس الورم. هنا، تناولنا التحديات المذكورة أعلاه في مجموعة من 50 مريضًا بسرطان القولون والمستقيم غير النقيلي، عبر سير عمل يتضمن تسلسلًا موازيًا لكريات الدم البيضاء والورم - الحمض النووي الوراثي. بعد استبعاد الطفرات الإيجابية الكاذبة المحتملة، اكتشفنا ما لا يقل عن صدمة نصفية واحدة في LB بنسبة 56 ٪ (28/50) من المرضى، مع إظهار الغالبية تغطية منخفضة للمرضى، باستثناء صدمة نصية واحدة تم تعيينها إلى KMT2D التي تكررت في 30 ٪ (15/30) من المرضى.

Translated Description (French)

L'identification de la mutation dérivée de la tumeur (TDM) dans les biopsies liquides (LB), en particulier chez les patients à un stade précoce, est confrontée à plusieurs défis, notamment de faibles fréquences d'allèles variants, l'interférence par des mutations dérivées des globules blancs (WBC), des mutations somatiques bénignes et l'hétérogénéité tumorale. Ici, nous avons abordé les défis susmentionnés dans une cohorte de 50 patients atteints de cancer colorectal non métastatique, via un flux de travail impliquant un séquençage parallèle de l'ADNg des globules blancs et de la tumeur appariés. Après avoir exclu d'éventuelles mutations faussement positives, nous avons détecté au moins un TDM dans la LB de 56% (28/50) des patients, la majorité montrant une faible couverture des patients, à l'exception d'un TDM mappé à KMT2D qui a récidivé chez 30% (15/30) des patients.

Translated Description (Spanish)

La identificación de la mutación derivada de tumores (TDM) en biopsias líquidas (LB), especialmente en pacientes en etapa temprana, enfrenta varios desafíos, incluidas las bajas frecuencias de alelos variantes, la interferencia por mutaciones derivadas de glóbulos blancos (WBC) (WDM), mutaciones somáticas benignas y heterogeneidad tumoral. Aquí, abordamos los desafíos mencionados anteriormente en una cohorte de 50 pacientes con cáncer colorrectal no metastásico, a través de un flujo de trabajo que implica la secuenciación paralela de WBC y ADNg tumoral emparejados. Después de excluir posibles mutaciones falsas positivas, detectamos al menos una TDM en el LB del 56% (28/50) de los pacientes, y la mayoría mostró una baja cobertura de pacientes, a excepción de una TDM mapeada a KMT2D que recidivó en el 30% (15/30) de los pacientes.

Files

32047941.pdf.pdf

Files (350.1 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:0bc9feca80571cbd775f0764be6be3e3
350.1 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تسلسل عميق للغاية للحمض النووي المنتشر في البلازما للكشف عن الطفرات المشتقة من الورم في المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم غير النقيلي
Translated title (French)
Séquençage ultra-profond de l'ADN circulant dans le plasma pour la détection des mutations d'origine tumorale chez les patients atteints d'un cancer colorectal non métastatique
Translated title (Spanish)
Secuenciación ultraprofunda de ADN circulante en plasma para la detección de mutaciones derivadas de tumores en pacientes con cáncer colorrectal no metastásico

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4200493830
DOI
10.1080/07357907.2021.2017951

Is supplement to
https://openalex.org/W4205796194 (Other)
https://openalex.org/W3087237025 (Other)
https://openalex.org/W3036038058 (Other)
https://openalex.org/W2996450400 (Other)
https://openalex.org/W2990878540 (Other)
https://openalex.org/W2945013480 (Other)
https://openalex.org/W2884237486 (Other)
https://openalex.org/W2598440651 (Other)
https://openalex.org/W1851952311 (Other)
https://openalex.org/W1754920572 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Vietnam

References

  • https://openalex.org/W1985213644
  • https://openalex.org/W2036663918
  • https://openalex.org/W2110859373
  • https://openalex.org/W2120869188
  • https://openalex.org/W2131271579
  • https://openalex.org/W2137297899
  • https://openalex.org/W2163494229
  • https://openalex.org/W2171237493
  • https://openalex.org/W2323851578
  • https://openalex.org/W2417483443
  • https://openalex.org/W2508072117
  • https://openalex.org/W2590954301
  • https://openalex.org/W2608738563
  • https://openalex.org/W2739592885
  • https://openalex.org/W2747939174
  • https://openalex.org/W2783674487
  • https://openalex.org/W2805888371
  • https://openalex.org/W2890380562
  • https://openalex.org/W2901512842
  • https://openalex.org/W2907588798
  • https://openalex.org/W2945086019
  • https://openalex.org/W2947989913
  • https://openalex.org/W2949129392
  • https://openalex.org/W2952109315
  • https://openalex.org/W2954180652
  • https://openalex.org/W2964304746
  • https://openalex.org/W2982291252
  • https://openalex.org/W2990435446
  • https://openalex.org/W2990870977
  • https://openalex.org/W2994939474
  • https://openalex.org/W2999417355
  • https://openalex.org/W2999910066
  • https://openalex.org/W3013924915
  • https://openalex.org/W3031471547
  • https://openalex.org/W3032714376
  • https://openalex.org/W3047582435
  • https://openalex.org/W3094794966
  • https://openalex.org/W3122882833
  • https://openalex.org/W4247053599